MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 21283

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_015408	AAC	2	6	25568	25573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443779
502	NC_015408	CAA	2	6	25580	25585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443779
503	NC_015408	CAA	2	6	25686	25691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443780
504	NC_015408	ATC	2	6	25697	25702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443780
505	NC_015408	ATAA	2	8	25739	25746	75 %	25 %	0 %	0 %	330443780
506	NC_015408	A	6	6	25745	25750	100 %	0 %	0 %	0 %	330443780
507	NC_015408	CT	3	6	25787	25792	0 %	50 %	0 %	50 %	330443780
508	NC_015408	ACA	2	6	25839	25844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
509	NC_015408	ACA	2	6	25852	25857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
510	NC_015408	A	6	6	25860	25865	100 %	0 %	0 %	0 %	330443781
511	NC_015408	TCA	2	6	25875	25880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443781
512	NC_015408	A	8	8	25910	25917	100 %	0 %	0 %	0 %	330443781
513	NC_015408	GAT	2	6	25928	25933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443781
514	NC_015408	CAA	2	6	25979	25984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
515	NC_015408	ACA	2	6	26008	26013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
516	NC_015408	GCA	2	6	26024	26029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443781
517	NC_015408	CAA	2	6	26030	26035	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
518	NC_015408	CAA	2	6	26100	26105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443781
519	NC_015408	AGG	2	6	26155	26160	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443781
520	NC_015408	AACC	2	8	26281	26288	50 %	0 %	0 %	50 %	330443782
521	NC_015408	TCC	2	6	26290	26295	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443782
522	NC_015408	TTC	2	6	26337	26342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443782
523	NC_015408	TC	3	6	26348	26353	0 %	50 %	0 %	50 %	330443782
524	NC_015408	CTAT	2	8	26442	26449	25 %	50 %	0 %	25 %	330443782
525	NC_015408	T	6	6	26470	26475	0 %	100 %	0 %	0 %	330443782
526	NC_015408	CTT	2	6	26553	26558	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443782
527	NC_015408	T	7	7	26560	26566	0 %	100 %	0 %	0 %	330443782
528	NC_015408	TAT	2	6	26583	26588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443782
529	NC_015408	CTA	2	6	26723	26728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443782
530	NC_015408	TCTTA	2	10	26811	26820	20 %	60 %	0 %	20 %	330443782
531	NC_015408	T	6	6	26846	26851	0 %	100 %	0 %	0 %	330443782
532	NC_015408	TC	3	6	26883	26888	0 %	50 %	0 %	50 %	330443782
533	NC_015408	A	6	6	26914	26919	100 %	0 %	0 %	0 %	330443782
534	NC_015408	A	6	6	26921	26926	100 %	0 %	0 %	0 %	330443782
535	NC_015408	A	6	6	26970	26975	100 %	0 %	0 %	0 %	330443783
536	NC_015408	CG	3	6	26988	26993	0 %	0 %	50 %	50 %	330443783
537	NC_015408	CTT	2	6	27020	27025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443783
538	NC_015408	CAT	2	6	27080	27085	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443783
539	NC_015408	TAA	2	6	27159	27164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443783
540	NC_015408	A	6	6	27208	27213	100 %	0 %	0 %	0 %	330443784
541	NC_015408	TCA	2	6	27219	27224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443784
542	NC_015408	AATTG	2	10	27365	27374	40 %	40 %	20 %	0 %	330443784
543	NC_015408	CA	3	6	27381	27386	50 %	0 %	0 %	50 %	330443784
544	NC_015408	AAT	2	6	27529	27534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443784
545	NC_015408	TTCA	2	8	27610	27617	25 %	50 %	0 %	25 %	330443784
546	NC_015408	AAAT	2	8	27622	27629	75 %	25 %	0 %	0 %	330443784
547	NC_015408	GAAG	2	8	27898	27905	50 %	0 %	50 %	0 %	330443785
548	NC_015408	A	6	6	27914	27919	100 %	0 %	0 %	0 %	330443785
549	NC_015408	CAG	2	6	27948	27953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443785
550	NC_015408	TTG	2	6	28053	28058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443785
551	NC_015408	AGA	2	6	28064	28069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443785
552	NC_015408	GA	3	6	28103	28108	50 %	0 %	50 %	0 %	330443785
553	NC_015408	CAA	2	6	28200	28205	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443786
554	NC_015408	AGA	2	6	28219	28224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
555	NC_015408	AGG	2	6	28270	28275	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443786
556	NC_015408	TGT	3	9	28279	28287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443786
557	NC_015408	TG	4	8	28318	28325	0 %	50 %	50 %	0 %	330443786
558	NC_015408	TCC	2	6	28353	28358	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443786
559	NC_015408	TTA	2	6	28416	28421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443786
560	NC_015408	GGCC	2	8	28430	28437	0 %	0 %	50 %	50 %	330443786
561	NC_015408	AGAA	2	8	28443	28450	75 %	0 %	25 %	0 %	330443786
562	NC_015408	TCCT	2	8	28486	28493	0 %	50 %	0 %	50 %	330443786
563	NC_015408	ATG	2	6	28545	28550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443786
564	NC_015408	AGA	2	6	28777	28782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
565	NC_015408	GCA	2	6	28852	28857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443786
566	NC_015408	AGA	2	6	28872	28877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
567	NC_015408	AAG	2	6	28905	28910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
568	NC_015408	CCTT	2	8	28949	28956	0 %	50 %	0 %	50 %	330443786
569	NC_015408	GCAA	2	8	28971	28978	50 %	0 %	25 %	25 %	330443786
570	NC_015408	GGA	2	6	29005	29010	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443786
571	NC_015408	GAT	2	6	29036	29041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443786
572	NC_015408	AAC	2	6	29149	29154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443786
573	NC_015408	TTTA	2	8	29209	29216	25 %	75 %	0 %	0 %	330443786
574	NC_015408	GAG	2	6	29220	29225	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443786
575	NC_015408	CTGT	2	8	29241	29248	0 %	50 %	25 %	25 %	330443786
576	NC_015408	TCCC	2	8	29331	29338	0 %	25 %	0 %	75 %	330443786
577	NC_015408	GAA	2	6	29358	29363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
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579	NC_015408	TTC	3	9	29494	29502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443786
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587	NC_015408	CAGT	2	8	29967	29974	25 %	25 %	25 %	25 %	330443786
588	NC_015408	AGA	2	6	30012	30017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443786
589	NC_015408	TGAGGT	2	12	30037	30048	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	330443786
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593	NC_015408	AAC	2	6	30153	30158	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443786
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600	NC_015408	CTT	2	6	30416	30421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443787
601	NC_015408	CTT	2	6	30433	30438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443787
602	NC_015408	CT	3	6	30451	30456	0 %	50 %	0 %	50 %	330443787
603	NC_015408	TCT	3	9	30454	30462	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443787
604	NC_015408	TCTCT	2	10	30550	30559	0 %	60 %	0 %	40 %	330443787
605	NC_015408	CT	3	6	30563	30568	0 %	50 %	0 %	50 %	330443787
606	NC_015408	AAT	2	6	30569	30574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443787
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609	NC_015408	CATAC	2	10	30744	30753	40 %	20 %	0 %	40 %	330443787
610	NC_015408	TGT	2	6	30786	30791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443787
611	NC_015408	CCT	2	6	30820	30825	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443787
612	NC_015408	CAG	2	6	30826	30831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443787
613	NC_015408	T	6	6	30872	30877	0 %	100 %	0 %	0 %	330443787
614	NC_015408	ACA	2	6	30990	30995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443787
615	NC_015408	CATC	2	8	31039	31046	25 %	25 %	0 %	50 %	330443787
616	NC_015408	ACG	2	6	31055	31060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443787
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621	NC_015408	TAC	2	6	31195	31200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443787
622	NC_015408	TGCA	2	8	31247	31254	25 %	25 %	25 %	25 %	330443787
623	NC_015408	TCA	2	6	31294	31299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443787
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625	NC_015408	CCAT	2	8	31401	31408	25 %	25 %	0 %	50 %	330443787
626	NC_015408	TCA	2	6	31443	31448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443787
627	NC_015408	CCA	2	6	31455	31460	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443787
628	NC_015408	GAC	2	6	31477	31482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443787
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