MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 21283

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_015408	CT	3	6	239322	239327	0 %	50 %	0 %	50 %	330443959
4502	NC_015408	CTT	2	6	239372	239377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443959
4503	NC_015408	CT	3	6	239425	239430	0 %	50 %	0 %	50 %	330443959
4504	NC_015408	G	6	6	239444	239449	0 %	0 %	100 %	0 %	330443959
4505	NC_015408	GGA	2	6	239596	239601	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443959
4506	NC_015408	AGG	2	6	239603	239608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443959
4507	NC_015408	CTT	2	6	239657	239662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443959
4508	NC_015408	CAA	2	6	239780	239785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443959
4509	NC_015408	T	7	7	239820	239826	0 %	100 %	0 %	0 %	330443959
4510	NC_015408	GC	3	6	239881	239886	0 %	0 %	50 %	50 %	330443959
4511	NC_015408	A	6	6	239930	239935	100 %	0 %	0 %	0 %	330443959
4512	NC_015408	CTT	3	9	239999	240007	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443959
4513	NC_015408	CAAT	2	8	240011	240018	50 %	25 %	0 %	25 %	330443959
4514	NC_015408	TCC	2	6	240021	240026	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443959
4515	NC_015408	TCT	2	6	240061	240066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443959
4516	NC_015408	TGT	2	6	240112	240117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443959
4517	NC_015408	TCC	2	6	240148	240153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443960
4518	NC_015408	CGA	2	6	240176	240181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443960
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4520	NC_015408	AAG	2	6	240243	240248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443960
4521	NC_015408	CTT	2	6	240381	240386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443960
4522	NC_015408	GAT	2	6	240409	240414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443960
4523	NC_015408	AT	3	6	240470	240475	50 %	50 %	0 %	0 %	330443960
4524	NC_015408	AAGT	2	8	240513	240520	50 %	25 %	25 %	0 %	330443960
4525	NC_015408	TGC	2	6	240548	240553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443960
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4527	NC_015408	TCT	2	6	240626	240631	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443960
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4529	NC_015408	T	7	7	240704	240710	0 %	100 %	0 %	0 %	330443960
4530	NC_015408	GGAG	2	8	240734	240741	25 %	0 %	75 %	0 %	330443960
4531	NC_015408	C	6	6	240761	240766	0 %	0 %	0 %	100 %	330443960
4532	NC_015408	CTTC	2	8	240768	240775	0 %	50 %	0 %	50 %	330443960
4533	NC_015408	AG	3	6	240790	240795	50 %	0 %	50 %	0 %	330443960
4534	NC_015408	AAG	2	6	240846	240851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443960
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4537	NC_015408	T	6	6	240957	240962	0 %	100 %	0 %	0 %	330443960
4538	NC_015408	AATACA	2	12	241010	241021	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	330443960
4539	NC_015408	GCA	2	6	241038	241043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443960
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4541	NC_015408	A	6	6	241156	241161	100 %	0 %	0 %	0 %	330443960
4542	NC_015408	CAT	2	6	241182	241187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443960
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4544	NC_015408	TC	3	6	241221	241226	0 %	50 %	0 %	50 %	330443960
4545	NC_015408	CTT	2	6	241286	241291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443960
4546	NC_015408	CGC	2	6	241445	241450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330443960
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4549	NC_015408	CA	3	6	241492	241497	50 %	0 %	0 %	50 %	330443960
4550	NC_015408	CCCTCT	2	12	241505	241516	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443960
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4553	NC_015408	CCT	2	6	241715	241720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443960
4554	NC_015408	GCA	2	6	241814	241819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443960
4555	NC_015408	CTT	2	6	241859	241864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443960
4556	NC_015408	TAAC	2	8	241872	241879	50 %	25 %	0 %	25 %	330443960
4557	NC_015408	A	8	8	242157	242164	100 %	0 %	0 %	0 %	330443961
4558	NC_015408	A	6	6	242196	242201	100 %	0 %	0 %	0 %	330443961
4559	NC_015408	AGA	3	9	242243	242251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443961
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4562	NC_015408	TTG	2	6	242416	242421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443961
4563	NC_015408	TCC	2	6	242546	242551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443961
4564	NC_015408	TTA	2	6	242552	242557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443961
4565	NC_015408	TCT	2	6	242570	242575	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443961
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4570	NC_015408	A	7	7	242756	242762	100 %	0 %	0 %	0 %	330443961
4571	NC_015408	A	6	6	242808	242813	100 %	0 %	0 %	0 %	330443961
4572	NC_015408	A	8	8	242839	242846	100 %	0 %	0 %	0 %	330443962
4573	NC_015408	A	6	6	242859	242864	100 %	0 %	0 %	0 %	330443962
4574	NC_015408	AAG	2	6	242911	242916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443962
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4579	NC_015408	CTC	2	6	243122	243127	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443962
4580	NC_015408	TTC	2	6	243130	243135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443962
4581	NC_015408	A	6	6	243143	243148	100 %	0 %	0 %	0 %	330443962
4582	NC_015408	ACA	2	6	243169	243174	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443962
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4584	NC_015408	ACAA	2	8	243340	243347	75 %	0 %	0 %	25 %	330443963
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4588	NC_015408	CTA	2	6	243636	243641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443963
4589	NC_015408	TTTAA	2	10	243696	243705	40 %	60 %	0 %	0 %	330443963
4590	NC_015408	CTG	4	12	243805	243816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4591	NC_015408	CA	3	6	243833	243838	50 %	0 %	0 %	50 %	330443963
4592	NC_015408	CT	3	6	243852	243857	0 %	50 %	0 %	50 %	330443963
4593	NC_015408	A	6	6	243916	243921	100 %	0 %	0 %	0 %	330443963
4594	NC_015408	GCAT	2	8	243978	243985	25 %	25 %	25 %	25 %	330443963
4595	NC_015408	TGT	3	9	244016	244024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443963
4596	NC_015408	CAG	2	6	244069	244074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443963
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4598	NC_015408	TGC	3	9	244091	244099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4599	NC_015408	GCAG	2	8	244139	244146	25 %	0 %	50 %	25 %	330443963
4600	NC_015408	CTG	2	6	244165	244170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4601	NC_015408	TTG	2	6	244171	244176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443963
4602	NC_015408	CA	3	6	244196	244201	50 %	0 %	0 %	50 %	330443963
4603	NC_015408	AGC	2	6	244283	244288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4604	NC_015408	GGTA	2	8	244376	244383	25 %	25 %	50 %	0 %	330443963
4605	NC_015408	CAG	2	6	244402	244407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4606	NC_015408	CAA	2	6	244448	244453	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443963
4607	NC_015408	ACA	2	6	244454	244459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443963
4608	NC_015408	AGAA	2	8	244477	244484	75 %	0 %	25 %	0 %	330443963
4609	NC_015408	AAAC	2	8	244563	244570	75 %	0 %	0 %	25 %	330443963
4610	NC_015408	GAA	2	6	244581	244586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443963
4611	NC_015408	ACA	2	6	244592	244597	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443963
4612	NC_015408	TGC	2	6	244634	244639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443963
4613	NC_015408	CAT	2	6	244734	244739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443964
4614	NC_015408	GGA	2	6	244791	244796	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443964
4615	NC_015408	AAAG	2	8	244807	244814	75 %	0 %	25 %	0 %	330443964
4616	NC_015408	GAA	2	6	244823	244828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443964
4617	NC_015408	ACT	2	6	244862	244867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443964
4618	NC_015408	A	6	6	244880	244885	100 %	0 %	0 %	0 %	330443964
4619	NC_015408	A	6	6	244887	244892	100 %	0 %	0 %	0 %	330443964
4620	NC_015408	AGGGA	2	10	245092	245101	40 %	0 %	60 %	0 %	330443964
4621	NC_015408	CCT	2	6	245166	245171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443964
4622	NC_015408	CAA	3	9	245174	245182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443964
4623	NC_015408	AGC	2	6	245195	245200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443964
4624	NC_015408	GCT	2	6	245258	245263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443964
4625	NC_015408	GCT	2	6	245345	245350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443964
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4656	NC_015408	GAG	2	6	246223	246228	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443966
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4995	NC_015408	TCCC	2	8	262843	262850	0 %	25 %	0 %	75 %	330443978
4996	NC_015408	ATA	2	6	262852	262857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443978
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4998	NC_015408	CTG	2	6	263115	263120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443978
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5000	NC_015408	TC	3	6	263267	263272	0 %	50 %	0 %	50 %	330443978

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