MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Caldicellulosiruptor kristjanssonii 177R1B plasmid pCALKR01

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014719	AAG	2	6	154	159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
2	NC_014719	AGA	2	6	171	176	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
3	NC_014719	AAG	2	6	177	182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
4	NC_014719	TTA	2	6	267	272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281361
5	NC_014719	AAG	2	6	406	411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
6	NC_014719	AGA	2	6	431	436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
7	NC_014719	AAG	2	6	487	492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
8	NC_014719	ACA	2	6	497	502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281361
9	NC_014719	GTA	2	6	523	528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281361
10	NC_014719	GAT	2	6	624	629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281361
11	NC_014719	AGA	2	6	639	644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
12	NC_014719	AAG	2	6	665	670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
13	NC_014719	TGC	2	6	761	766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281361
14	NC_014719	ATC	2	6	799	804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281361
15	NC_014719	TAA	2	6	833	838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281361
16	NC_014719	ATA	2	6	901	906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281361
17	NC_014719	GTG	2	6	991	996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281361
18	NC_014719	GGT	2	6	1014	1019	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281361
19	NC_014719	AAG	2	6	1026	1031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
20	NC_014719	GAC	3	9	1081	1089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281361
21	NC_014719	GTT	2	6	1101	1106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281361
22	NC_014719	CAG	2	6	1177	1182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281362
23	NC_014719	CAA	2	6	1401	1406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281362
24	NC_014719	TGT	2	6	1423	1428	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281362
25	NC_014719	TAG	2	6	1458	1463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281362
26	NC_014719	ATC	2	6	1781	1786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281363
27	NC_014719	TGA	2	6	1915	1920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281363
28	NC_014719	GCT	2	6	1970	1975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281363
29	NC_014719	ATC	3	9	2055	2063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281363
30	NC_014719	CAG	2	6	2202	2207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281363
31	NC_014719	CAC	2	6	2238	2243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281363
32	NC_014719	CTG	2	6	2292	2297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281363
33	NC_014719	GAA	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281364
34	NC_014719	TTG	2	6	2915	2920	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281365
35	NC_014719	ATA	2	6	2921	2926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281365
36	NC_014719	TAC	2	6	3149	3154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281365
37	NC_014719	GAA	2	6	3203	3208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
38	NC_014719	GAA	2	6	3254	3259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
39	NC_014719	AAG	2	6	3312	3317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
40	NC_014719	GAA	2	6	3325	3330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
41	NC_014719	TGA	2	6	3504	3509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281365
42	NC_014719	AAG	2	6	4172	4177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281366
43	NC_014719	TAA	2	6	4220	4225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281366
44	NC_014719	TGT	2	6	4230	4235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281366
45	NC_014719	TAA	2	6	4347	4352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281367
46	NC_014719	CTA	2	6	4446	4451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281367
47	NC_014719	TCT	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281367
48	NC_014719	CCA	2	6	4567	4572	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281367
49	NC_014719	TAA	2	6	4643	4648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281367
50	NC_014719	TTG	2	6	4655	4660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281367
51	NC_014719	TCA	2	6	4783	4788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281367
52	NC_014719	GAA	2	6	4797	4802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281367
53	NC_014719	TGT	2	6	4842	4847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281367
54	NC_014719	GGT	2	6	4850	4855	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281367
55	NC_014719	CCA	2	6	4937	4942	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281367
56	NC_014719	AGA	2	6	4950	4955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281367
57	NC_014719	AGT	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281368
58	NC_014719	TGG	2	6	5141	5146	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281368
59	NC_014719	TTG	2	6	5251	5256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281368
60	NC_014719	AAT	2	6	5283	5288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281368
61	NC_014719	CAG	2	6	5311	5316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281368
62	NC_014719	ATT	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
63	NC_014719	AAC	2	6	5466	5471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281368
64	NC_014719	ATT	2	6	5670	5675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
65	NC_014719	TAC	2	6	5706	5711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
66	NC_014719	TAT	2	6	5724	5729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
67	NC_014719	AAG	2	6	5802	5807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281368
68	NC_014719	GGT	2	6	5844	5849	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281368
69	NC_014719	TAC	2	6	5914	5919	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
70	NC_014719	AGA	2	6	5930	5935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281368
71	NC_014719	TAC	2	6	5941	5946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
72	NC_014719	TAA	2	6	6110	6115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281369
73	NC_014719	CTT	2	6	6167	6172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
74	NC_014719	CTT	2	6	6233	6238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
75	NC_014719	TTA	2	6	6332	6337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
76	NC_014719	GAA	2	6	6384	6389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281369
77	NC_014719	TCC	2	6	6456	6461	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	312281369
78	NC_014719	TCT	2	6	6507	6512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
79	NC_014719	ATT	2	6	6559	6564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
80	NC_014719	ATT	2	6	6619	6624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
81	NC_014719	TCA	2	6	6674	6679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281369
82	NC_014719	CTT	2	6	6745	6750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
83	NC_014719	TCT	2	6	6769	6774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
84	NC_014719	AAT	3	9	6801	6809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281369
85	NC_014719	ACA	2	6	6829	6834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281369
86	NC_014719	ATT	2	6	6849	6854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
87	NC_014719	CTG	2	6	6875	6880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281369
88	NC_014719	TTA	2	6	6973	6978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
89	NC_014719	TAT	2	6	7061	7066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
90	NC_014719	TTG	2	6	7212	7217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281369
91	NC_014719	TCA	2	6	7385	7390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281370
92	NC_014719	TTC	2	6	7405	7410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281370
93	NC_014719	CTT	2	6	7428	7433	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281370
94	NC_014719	TTG	2	6	7438	7443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281370
95	NC_014719	CTC	2	6	7546	7551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	312281370
96	NC_014719	CAA	2	6	7584	7589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281370
97	NC_014719	ATA	2	6	7624	7629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281370
98	NC_014719	CTG	2	6	7630	7635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281370
99	NC_014719	ATC	2	6	7682	7687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281370
100	NC_014719	CTT	2	6	7728	7733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281370
101	NC_014719	TAT	2	6	7946	7951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281371
102	NC_014719	TGA	2	6	8063	8068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281371
103	NC_014719	AAC	2	6	8093	8098	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281371
104	NC_014719	CAA	2	6	8243	8248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281371
105	NC_014719	AGA	2	6	8255	8260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281371
106	NC_014719	TCT	2	6	8301	8306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281371
107	NC_014719	ACT	2	6	8426	8431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281371
108	NC_014719	ATG	2	6	8437	8442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281371
109	NC_014719	TAC	2	6	8588	8593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281371
110	NC_014719	TAA	2	6	8657	8662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281371
111	NC_014719	TGA	2	6	8705	8710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281371
112	NC_014719	AAC	2	6	8715	8720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281371
113	NC_014719	TAT	2	6	8836	8841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281371
114	NC_014719	AAG	2	6	8857	8862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281371
115	NC_014719	CAA	2	6	8874	8879	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281371
116	NC_014719	GAA	2	6	8946	8951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281371
117	NC_014719	GAT	2	6	9018	9023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281371
118	NC_014719	GAA	3	9	9030	9038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281371
119	NC_014719	GTT	2	6	9071	9076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281371
120	NC_014719	GCA	2	6	9326	9331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281372
121	NC_014719	CAG	2	6	9438	9443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281372
122	NC_014719	GAT	2	6	9700	9705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281372
123	NC_014719	ACA	2	6	9843	9848	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281372
124	NC_014719	TCA	2	6	9908	9913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281372
125	NC_014719	GCC	2	6	10129	10134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	312281372
126	NC_014719	CAG	2	6	10135	10140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281372
127	NC_014719	CAA	2	6	10143	10148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281372
128	NC_014719	GAA	2	6	10180	10185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281372
129	NC_014719	CTG	2	6	10269	10274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281372
130	NC_014719	AAC	2	6	10401	10406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281373
131	NC_014719	AAG	2	6	10515	10520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281373
132	NC_014719	AGA	2	6	10728	10733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281373
133	NC_014719	ACA	2	6	10754	10759	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281373
134	NC_014719	GAT	2	6	10811	10816	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281373
135	NC_014719	TTG	2	6	11004	11009	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281374
136	NC_014719	CTT	2	6	11021	11026	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
137	NC_014719	CTT	2	6	11035	11040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
138	NC_014719	CAG	2	6	11048	11053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281374
139	NC_014719	CTT	2	6	11098	11103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
140	NC_014719	TGA	2	6	11182	11187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281374
141	NC_014719	CTT	2	6	11374	11379	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
142	NC_014719	GCT	2	6	11409	11414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281374
143	NC_014719	TTC	2	6	11531	11536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
144	NC_014719	TCT	2	6	11563	11568	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
145	NC_014719	TTC	2	6	11618	11623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
146	NC_014719	TTC	2	6	11720	11725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281374
147	NC_014719	GTT	3	9	11778	11786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281374
148	NC_014719	ATG	2	6	13471	13476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281375
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150	NC_014719	AGA	4	12	14456	14467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281376
151	NC_014719	ACT	2	6	14555	14560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281376
152	NC_014719	TCG	2	6	14634	14639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281377
153	NC_014719	GCA	2	6	14761	14766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281377
154	NC_014719	TGA	2	6	14893	14898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281377
155	NC_014719	ACC	2	6	14983	14988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281377
156	NC_014719	GAC	2	6	15200	15205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281377
157	NC_014719	GTA	2	6	15263	15268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281377
158	NC_014719	AAT	2	6	15271	15276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281377

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.