MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 55074

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_014652	TCA	2	6	200032	200037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126409
4002	NC_014652	TCTT	2	8	200038	200045	0 %	75 %	0 %	25 %	312126409
4003	NC_014652	GTT	2	6	200167	200172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126409
4004	NC_014652	ATT	2	6	200211	200216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126409
4005	NC_014652	AAG	2	6	200219	200224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126409
4006	NC_014652	TCT	2	6	200375	200380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126409
4007	NC_014652	TAT	2	6	200381	200386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126409
4008	NC_014652	ACA	2	6	200436	200441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126409
4009	NC_014652	GCA	2	6	200463	200468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126409
4010	NC_014652	TCT	2	6	200586	200591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126409
4011	NC_014652	AAC	2	6	200684	200689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126409
4012	NC_014652	TTCT	2	8	200743	200750	0 %	75 %	0 %	25 %	312126409
4013	NC_014652	TCA	2	6	200826	200831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126409
4014	NC_014652	CTG	2	6	200866	200871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126409
4015	NC_014652	ACT	2	6	200910	200915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126409
4016	NC_014652	T	6	6	200981	200986	0 %	100 %	0 %	0 %	312126409
4017	NC_014652	TGA	2	6	201043	201048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126409
4018	NC_014652	GAT	2	6	201062	201067	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126409
4019	NC_014652	CTG	2	6	201076	201081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126409
4020	NC_014652	AAG	2	6	201089	201094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126409
4021	NC_014652	GCA	2	6	201111	201116	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126409
4022	NC_014652	T	6	6	201177	201182	0 %	100 %	0 %	0 %	312126409
4023	NC_014652	CTT	2	6	201184	201189	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126409
4024	NC_014652	T	6	6	201198	201203	0 %	100 %	0 %	0 %	312126409
4025	NC_014652	TCTT	2	8	201218	201225	0 %	75 %	0 %	25 %	312126409
4026	NC_014652	TTAT	2	8	201646	201653	25 %	75 %	0 %	0 %	312126410
4027	NC_014652	TTG	2	6	201712	201717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126410
4028	NC_014652	GTAT	2	8	201787	201794	25 %	50 %	25 %	0 %	312126410
4029	NC_014652	TCT	2	6	201801	201806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126410
4030	NC_014652	TCA	2	6	201846	201851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126410
4031	NC_014652	T	6	6	201890	201895	0 %	100 %	0 %	0 %	312126410
4032	NC_014652	GAA	2	6	201915	201920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126410
4033	NC_014652	TTC	2	6	201947	201952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126410
4034	NC_014652	AAGGG	2	10	202327	202336	40 %	0 %	60 %	0 %	312126411
4035	NC_014652	A	6	6	202382	202387	100 %	0 %	0 %	0 %	312126411
4036	NC_014652	CAT	2	6	202411	202416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126411
4037	NC_014652	CAT	2	6	202429	202434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126411
4038	NC_014652	GAAA	2	8	202435	202442	75 %	0 %	25 %	0 %	312126411
4039	NC_014652	TGG	3	9	202456	202464	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126411
4040	NC_014652	CAGA	2	8	202488	202495	50 %	0 %	25 %	25 %	312126411
4041	NC_014652	T	6	6	202520	202525	0 %	100 %	0 %	0 %	312126411
4042	NC_014652	GAT	2	6	202526	202531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126411
4043	NC_014652	CAA	2	6	202602	202607	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126411
4044	NC_014652	GA	3	6	202678	202683	50 %	0 %	50 %	0 %	312126411
4045	NC_014652	A	6	6	202689	202694	100 %	0 %	0 %	0 %	312126411
4046	NC_014652	AGA	2	6	202696	202701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126411
4047	NC_014652	TGT	2	6	202708	202713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126411
4048	NC_014652	TGA	2	6	202834	202839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126411
4049	NC_014652	AT	3	6	202849	202854	50 %	50 %	0 %	0 %	312126411
4050	NC_014652	CAA	2	6	202878	202883	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126411
4051	NC_014652	TGG	2	6	202895	202900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126411
4052	NC_014652	TCA	2	6	202958	202963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126411
4053	NC_014652	CTT	2	6	203051	203056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126411
4054	NC_014652	CAGG	2	8	203128	203135	25 %	0 %	50 %	25 %	312126411
4055	NC_014652	AAAG	2	8	203141	203148	75 %	0 %	25 %	0 %	312126411
4056	NC_014652	TTG	2	6	203271	203276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126411
4057	NC_014652	AGA	2	6	203311	203316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126411
4058	NC_014652	GCA	2	6	203318	203323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126411
4059	NC_014652	GT	4	8	203479	203486	0 %	50 %	50 %	0 %	312126412
4060	NC_014652	ATG	2	6	203516	203521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126412
4061	NC_014652	AGT	2	6	203535	203540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126412
4062	NC_014652	TCA	2	6	203548	203553	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126412
4063	NC_014652	GT	3	6	203556	203561	0 %	50 %	50 %	0 %	312126412
4064	NC_014652	TGT	2	6	203577	203582	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126412
4065	NC_014652	CAA	2	6	203591	203596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126412
4066	NC_014652	TA	3	6	203659	203664	50 %	50 %	0 %	0 %	312126412
4067	NC_014652	ACCAAT	2	12	203727	203738	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	312126412
4068	NC_014652	GA	3	6	203799	203804	50 %	0 %	50 %	0 %	312126412
4069	NC_014652	TAT	2	6	203913	203918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126412
4070	NC_014652	GCA	3	9	203971	203979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126412
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4072	NC_014652	TCA	2	6	204024	204029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126412
4073	NC_014652	AAAG	2	8	204046	204053	75 %	0 %	25 %	0 %	312126412
4074	NC_014652	GTTGAC	2	12	204088	204099	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312126412
4075	NC_014652	CAAGAA	2	12	204200	204211	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126412
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4077	NC_014652	GCA	2	6	204361	204366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126412
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4079	NC_014652	GCA	2	6	204490	204495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126412
4080	NC_014652	AG	3	6	204511	204516	50 %	0 %	50 %	0 %	312126412
4081	NC_014652	ATCA	2	8	204537	204544	50 %	25 %	0 %	25 %	312126412
4082	NC_014652	TTG	2	6	204545	204550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126412
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4087	NC_014652	AGAA	2	8	204872	204879	75 %	0 %	25 %	0 %	312126412
4088	NC_014652	AGA	2	6	204948	204953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126413
4089	NC_014652	TG	3	6	204988	204993	0 %	50 %	50 %	0 %	312126413
4090	NC_014652	A	6	6	205012	205017	100 %	0 %	0 %	0 %	312126413
4091	NC_014652	TA	3	6	205051	205056	50 %	50 %	0 %	0 %	312126413
4092	NC_014652	GAA	2	6	205096	205101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126413
4093	NC_014652	A	6	6	205100	205105	100 %	0 %	0 %	0 %	312126413
4094	NC_014652	TGCAG	2	10	205130	205139	20 %	20 %	40 %	20 %	312126413
4095	NC_014652	GAT	2	6	205147	205152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126413
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4097	NC_014652	GT	3	6	205213	205218	0 %	50 %	50 %	0 %	312126413
4098	NC_014652	GT	3	6	205230	205235	0 %	50 %	50 %	0 %	312126413
4099	NC_014652	A	6	6	205294	205299	100 %	0 %	0 %	0 %	312126413
4100	NC_014652	TGCG	2	8	205341	205348	0 %	25 %	50 %	25 %	312126413
4101	NC_014652	A	6	6	205391	205396	100 %	0 %	0 %	0 %	312126413
4102	NC_014652	TGC	2	6	205443	205448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126414
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4104	NC_014652	TAC	2	6	205549	205554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126414
4105	NC_014652	ACT	2	6	205601	205606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126414
4106	NC_014652	A	6	6	205639	205644	100 %	0 %	0 %	0 %	312126414
4107	NC_014652	AAG	2	6	205670	205675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126414
4108	NC_014652	CAA	2	6	205751	205756	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126414
4109	NC_014652	TGA	2	6	205797	205802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126414
4110	NC_014652	A	6	6	205839	205844	100 %	0 %	0 %	0 %	312126414
4111	NC_014652	AGT	2	6	205848	205853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126414
4112	NC_014652	TCA	2	6	205895	205900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126414
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4114	NC_014652	TGA	2	6	206034	206039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126414
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4116	NC_014652	T	6	6	206142	206147	0 %	100 %	0 %	0 %	312126414
4117	NC_014652	TTG	3	9	206180	206188	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126414
4118	NC_014652	GCA	2	6	206224	206229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126414
4119	NC_014652	AGC	2	6	206264	206269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126414
4120	NC_014652	CAG	2	6	206315	206320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126414
4121	NC_014652	T	6	6	206383	206388	0 %	100 %	0 %	0 %	312126414
4122	NC_014652	CAG	2	6	206405	206410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126414
4123	NC_014652	TTG	2	6	206414	206419	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126414
4124	NC_014652	TGA	2	6	206430	206435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126414
4125	NC_014652	A	7	7	206465	206471	100 %	0 %	0 %	0 %	312126414
4126	NC_014652	AT	3	6	206485	206490	50 %	50 %	0 %	0 %	312126414
4127	NC_014652	GTT	2	6	206506	206511	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126414
4128	NC_014652	AAG	2	6	206567	206572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126414
4129	NC_014652	CTT	2	6	206602	206607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126414
4130	NC_014652	AGA	2	6	206654	206659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126414
4131	NC_014652	GAT	2	6	206743	206748	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126415
4132	NC_014652	TGAA	2	8	206760	206767	50 %	25 %	25 %	0 %	312126415
4133	NC_014652	AGAT	2	8	206778	206785	50 %	25 %	25 %	0 %	312126415
4134	NC_014652	TAAACG	2	12	206790	206801	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126415
4135	NC_014652	ATA	2	6	206960	206965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126415
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4137	NC_014652	CAAGA	2	10	207071	207080	60 %	0 %	20 %	20 %	312126415
4138	NC_014652	TGG	2	6	207090	207095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126415
4139	NC_014652	TGG	2	6	207217	207222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126415
4140	NC_014652	GTT	2	6	207278	207283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126415
4141	NC_014652	GAA	2	6	207290	207295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126415
4142	NC_014652	TA	3	6	207362	207367	50 %	50 %	0 %	0 %	312126415
4143	NC_014652	ACA	2	6	207399	207404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126415
4144	NC_014652	TTA	2	6	207430	207435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126415
4145	NC_014652	GAT	2	6	207560	207565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126416
4146	NC_014652	ATG	2	6	207580	207585	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126416
4147	NC_014652	GAA	2	6	207589	207594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126416
4148	NC_014652	A	6	6	207660	207665	100 %	0 %	0 %	0 %	312126416
4149	NC_014652	GT	3	6	207714	207719	0 %	50 %	50 %	0 %	312126416
4150	NC_014652	GCA	2	6	207738	207743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126416
4151	NC_014652	CAT	2	6	207849	207854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126416
4152	NC_014652	AGAT	2	8	207865	207872	50 %	25 %	25 %	0 %	312126416
4153	NC_014652	TTG	2	6	207892	207897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126416
4154	NC_014652	AT	4	8	207916	207923	50 %	50 %	0 %	0 %	312126416
4155	NC_014652	GTA	2	6	208114	208119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126417
4156	NC_014652	ATTT	2	8	208123	208130	25 %	75 %	0 %	0 %	312126417
4157	NC_014652	TCT	2	6	208163	208168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126417
4158	NC_014652	A	6	6	208178	208183	100 %	0 %	0 %	0 %	312126417
4159	NC_014652	TGT	2	6	208262	208267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126417
4160	NC_014652	ATC	2	6	208274	208279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126417
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4163	NC_014652	ATT	2	6	208377	208382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126417
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4203	NC_014652	T	6	6	213033	213038	0 %	100 %	0 %	0 %	312126419
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4232	NC_014652	T	7	7	214449	214455	0 %	100 %	0 %	0 %	312126419
4233	NC_014652	CTTT	2	8	214669	214676	0 %	75 %	0 %	25 %	312126420
4234	NC_014652	CT	3	6	214709	214714	0 %	50 %	0 %	50 %	312126420
4235	NC_014652	TA	3	6	214768	214773	50 %	50 %	0 %	0 %	312126420
4236	NC_014652	CTT	3	9	214775	214783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126420
4237	NC_014652	CTA	2	6	214794	214799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126420
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4239	NC_014652	ACTCA	2	10	214908	214917	40 %	20 %	0 %	40 %	312126420
4240	NC_014652	CT	4	8	214970	214977	0 %	50 %	0 %	50 %	312126420
4241	NC_014652	ATA	2	6	215042	215047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126420
4242	NC_014652	TCCA	2	8	215050	215057	25 %	25 %	0 %	50 %	312126420
4243	NC_014652	TTC	2	6	215073	215078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126420
4244	NC_014652	AATCTT	2	12	215079	215090	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126420
4245	NC_014652	ACA	2	6	215095	215100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126420
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4249	NC_014652	TTC	2	6	215214	215219	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126420
4250	NC_014652	CTG	2	6	215280	215285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126420
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4357	NC_014652	GAA	2	6	221658	221663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126424
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4365	NC_014652	AAGAA	2	10	222251	222260	80 %	0 %	20 %	0 %	312126424
4366	NC_014652	AG	3	6	222304	222309	50 %	0 %	50 %	0 %	312126424
4367	NC_014652	AGA	2	6	222331	222336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126424
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4369	NC_014652	AAAG	2	8	222482	222489	75 %	0 %	25 %	0 %	312126424
4370	NC_014652	TATT	2	8	222659	222666	25 %	75 %	0 %	0 %	312126425
4371	NC_014652	TTTTC	2	10	222720	222729	0 %	80 %	0 %	20 %	312126425
4372	NC_014652	ATCTC	2	10	222743	222752	20 %	40 %	0 %	40 %	312126425
4373	NC_014652	CAT	2	6	222801	222806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4374	NC_014652	CTT	2	6	222824	222829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126425
4375	NC_014652	ATCA	2	8	222838	222845	50 %	25 %	0 %	25 %	312126425
4376	NC_014652	CCA	2	6	222848	222853	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126425
4377	NC_014652	TTA	2	6	222915	222920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126425
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4379	NC_014652	TAT	2	6	222982	222987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126425
4380	NC_014652	AG	3	6	223114	223119	50 %	0 %	50 %	0 %	312126425
4381	NC_014652	TCA	2	6	223130	223135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4382	NC_014652	TC	3	6	223165	223170	0 %	50 %	0 %	50 %	312126425
4383	NC_014652	TCA	2	6	223196	223201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4384	NC_014652	CAT	2	6	223242	223247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4385	NC_014652	GAT	2	6	223257	223262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126425
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4388	NC_014652	CAT	2	6	223287	223292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4389	NC_014652	TTG	2	6	223361	223366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126425
4390	NC_014652	CTG	2	6	223382	223387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126425
4391	NC_014652	TCA	2	6	223514	223519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
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4393	NC_014652	TCA	2	6	223604	223609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
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4395	NC_014652	TGCC	2	8	223835	223842	0 %	25 %	25 %	50 %	312126425
4396	NC_014652	T	7	7	223907	223913	0 %	100 %	0 %	0 %	312126425
4397	NC_014652	T	6	6	223931	223936	0 %	100 %	0 %	0 %	312126425
4398	NC_014652	AAT	2	6	223944	223949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126425
4399	NC_014652	TCA	2	6	223968	223973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126425
4400	NC_014652	TTG	2	6	224004	224009	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126425
4401	NC_014652	TGT	2	6	224067	224072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126425
4402	NC_014652	AATT	2	8	224083	224090	50 %	50 %	0 %	0 %	312126425
4403	NC_014652	TGC	2	6	224091	224096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126425
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4421	NC_014652	TTTG	2	8	225135	225142	0 %	75 %	25 %	0 %	312126426
4422	NC_014652	CATT	2	8	225236	225243	25 %	50 %	0 %	25 %	312126426
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4425	NC_014652	TTC	2	6	225379	225384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126426
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4430	NC_014652	TAAA	2	8	225549	225556	75 %	25 %	0 %	0 %	312126426
4431	NC_014652	AAT	2	6	225592	225597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126426
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4438	NC_014652	AGT	2	6	225961	225966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126427
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4475	NC_014652	T	6	6	227657	227662	0 %	100 %	0 %	0 %	312126429
4476	NC_014652	T	6	6	227695	227700	0 %	100 %	0 %	0 %	312126429
4477	NC_014652	TTC	2	6	227704	227709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126429
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4484	NC_014652	CGT	2	6	227939	227944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126429
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4490	NC_014652	ATG	2	6	228105	228110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126429
4491	NC_014652	ACA	2	6	228161	228166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126429
4492	NC_014652	ACC	2	6	228190	228195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126429
4493	NC_014652	TTG	2	6	228210	228215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126429
4494	NC_014652	TTG	3	9	228228	228236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126429
4495	NC_014652	TGC	2	6	228273	228278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126429
4496	NC_014652	T	6	6	228328	228333	0 %	100 %	0 %	0 %	312126429
4497	NC_014652	CTT	2	6	228374	228379	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126429
4498	NC_014652	GATT	2	8	228542	228549	25 %	50 %	25 %	0 %	312126430
4499	NC_014652	TATT	2	8	228570	228577	25 %	75 %	0 %	0 %	312126430
4500	NC_014652	A	7	7	228597	228603	100 %	0 %	0 %	0 %	312126430

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