MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA chromosome

Total Repeats: 213

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014109	TATTTT	2	12	4327	4338	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698244
2	NC_014109	GAAATT	2	12	5042	5053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698246
3	NC_014109	TTTTAG	2	12	9387	9398	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698250
4	NC_014109	AATTTC	2	12	12589	12600	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698253
5	NC_014109	AAAAAT	2	12	13303	13314	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698255
6	NC_014109	AAAAGA	2	12	23363	23374	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698267
7	NC_014109	TACTTC	2	12	29130	29141	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698272
8	NC_014109	TTTCTT	2	12	32333	32344	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698276
9	NC_014109	TCTTTG	2	12	42582	42593	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	295698283
10	NC_014109	TTGATA	2	12	44030	44041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698285
11	NC_014109	TAATTT	2	12	47213	47224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698287
12	NC_014109	ATCTAT	2	12	55612	55623	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698295
13	NC_014109	ATTCCT	2	12	62142	62153	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698299
14	NC_014109	TAGAAA	2	12	62791	62802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698299
15	NC_014109	GTAATT	2	12	65674	65685	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698301
16	NC_014109	ATTTTT	2	12	67188	67199	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698302
17	NC_014109	TTAGTT	2	12	69693	69704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698304
18	NC_014109	AATAAA	2	12	71088	71099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698306
19	NC_014109	ATTGGA	2	12	79492	79503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698312
20	NC_014109	TTTTTC	2	12	80618	80629	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698313
21	NC_014109	ATTTTT	2	12	80898	80909	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698313
22	NC_014109	ATTCTT	2	12	81641	81652	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698315
23	NC_014109	ATTTAA	2	12	82764	82775	50 %	50 %	0 %	0 %	295698316
24	NC_014109	TGAAAA	2	12	87609	87620	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698324
25	NC_014109	TATTTG	2	12	90286	90297	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698325
26	NC_014109	CTACAA	2	12	91814	91825	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698327
27	NC_014109	TATAGC	2	12	92091	92102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	295698327
28	NC_014109	TTTTTC	2	12	100082	100093	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698333
29	NC_014109	TTTTAA	2	12	102073	102084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698336
30	NC_014109	TTTTTC	2	12	105447	105458	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698338
31	NC_014109	GTCATA	2	12	108835	108846	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	295698339
32	NC_014109	TAAAAA	2	12	110109	110120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698340
33	NC_014109	ATCTTT	2	12	110769	110780	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698340
34	NC_014109	TTATTT	2	12	115095	115106	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698345
35	NC_014109	TGTTTC	2	12	118647	118658	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	295698347
36	NC_014109	AAAACA	2	12	118834	118845	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	295698347
37	NC_014109	ATATCA	2	12	120304	120315	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698348
38	NC_014109	AAAATA	2	12	120505	120516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698348
39	NC_014109	GCTACT	2	12	123711	123722	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295698350
40	NC_014109	TATAGA	2	12	130975	130986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698359
41	NC_014109	AATTCC	2	12	131377	131388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698359
42	NC_014109	ATTCAA	2	12	134062	134073	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698361
43	NC_014109	AAAAAT	2	12	137325	137336	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698365
44	NC_014109	TTTCTT	2	12	151127	151138	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698376
45	NC_014109	AATTTG	2	12	152953	152964	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698377
46	NC_014109	CTAATA	2	12	156197	156208	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698381
47	NC_014109	ATTTTC	2	12	159169	159180	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698384
48	NC_014109	ATTTTC	2	12	162566	162577	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698385
49	NC_014109	TCTTTT	2	12	170193	170204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698393
50	NC_014109	TCAATT	2	12	170256	170267	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698393
51	NC_014109	ATAATG	2	12	171303	171314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698394
52	NC_014109	ATTTTT	2	12	171330	171341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698394
53	NC_014109	TCAAAA	2	12	173087	173098	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	295698395
54	NC_014109	ATTGGG	2	12	181208	181219	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	295698405
55	NC_014109	ATGAAA	2	12	190397	190408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698409
56	NC_014109	ATCCAA	2	12	195265	195276	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698414
57	NC_014109	AAAATA	2	12	197069	197080	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698415
58	NC_014109	TTTTTG	2	12	197243	197254	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	295698415
59	NC_014109	TTATCC	2	12	198617	198628	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698416
60	NC_014109	TTAAAG	2	12	199819	199830	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698418
61	NC_014109	GATAAA	2	12	199842	199853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698418
62	NC_014109	AATCCA	2	12	202723	202734	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	295698422
63	NC_014109	TTCCAA	2	12	204300	204311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698423
64	NC_014109	TAAAGA	2	12	204346	204357	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698423
65	NC_014109	CTAATT	2	12	204995	205006	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698423
66	NC_014109	TTTATA	2	12	207691	207702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698426
67	NC_014109	AAAGTT	2	12	208402	208413	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	295698427
68	NC_014109	AATTAA	2	12	209160	209171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698427
69	NC_014109	TCCAAT	2	12	209555	209566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698428
70	NC_014109	CTCGAT	2	12	210890	210901	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	295698430
71	NC_014109	AAATCG	2	12	212151	212162	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295698431
72	NC_014109	AAAGAT	2	12	212232	212243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698431
73	NC_014109	AAATCG	2	12	212844	212855	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	295698432
74	NC_014109	ATTAAA	2	12	213282	213293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698433
75	NC_014109	TTTAGT	2	12	214382	214393	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	295698435
76	NC_014109	GAAAAA	2	12	214629	214640	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698435
77	NC_014109	AGAAAA	2	12	219225	219236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698439
78	NC_014109	GGTTCT	2	12	223914	223925	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	295698443
79	NC_014109	TAATTC	2	12	226132	226143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698444
80	NC_014109	GCTTCT	2	12	229149	229160	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	295698449
81	NC_014109	TATAAA	2	12	229292	229303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	295698449
82	NC_014109	AGAAAA	2	12	231558	231569	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698451
83	NC_014109	AAGGAC	2	12	233471	233482	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295698451
84	NC_014109	TGATAT	2	12	236627	236638	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698454
85	NC_014109	AGGAAA	2	12	236675	236686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	295698454
86	NC_014109	TGGTTT	2	12	240598	240609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	295698458
87	NC_014109	GCAGGT	2	12	243519	243530	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	295698460
88	NC_014109	TTTCTT	2	12	248742	248753	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698464
89	NC_014109	GAAAAT	2	12	257134	257145	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698473
90	NC_014109	TTGAGA	2	12	257877	257888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698474
91	NC_014109	AAAAGA	2	12	261577	261588	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698476
92	NC_014109	GAAGAC	2	12	263231	263242	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	295698476
93	NC_014109	AATTTG	2	12	263626	263637	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	295698477
94	NC_014109	TTTTCT	2	12	264236	264247	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698477
95	NC_014109	CGTTGC	2	12	270180	270191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	295698482
96	NC_014109	AATTCT	2	12	273252	273263	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698485
97	NC_014109	ATAAAA	2	12	282518	282529	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	295698498
98	NC_014109	CTCTTT	2	12	283915	283926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	295698501
99	NC_014109	AGAGTT	2	12	284138	284149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698501
100	NC_014109	ATCCAT	2	12	284385	284396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	295698501
101	NC_014109	ATTTTT	2	12	293135	293146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	295698510
102	NC_014109	TTTCAT	2	12	293728	293739	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698510
103	NC_014109	TAATCT	2	12	296015	296026	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	295698513
104	NC_014109	TTCAAA	2	12	297910	297921	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698515
105	NC_014109	TTTCCT	2	12	300420	300431	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	295698516
106	NC_014109	TTTTTC	2	12	304329	304340	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698519
107	NC_014109	TGATGT	2	12	307486	307497	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	295698521
108	NC_014109	TTTAAT	2	12	311973	311984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	295698526
109	NC_014109	AGAGAA	2	12	314050	314061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	295698528
110	NC_014109	ATCAAT	2	12	315571	315582	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	295698530
111	NC_014109	TAGGAA	2	12	318490	318501	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	295698532
112	NC_014109	ATCCAG	2	12	319165	319176	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	295698533
113	NC_014109	AAGAAA	2	12	319817	319828	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	295698533
114	NC_014109	CTTTAT	2	12	322106	322117	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	295698538
115	NC_014109	AAATTT	2	12	325119	325130	50 %	50 %	0 %	0 %	295698540
116	NC_014109	TTTCCA	2	12	325788	325799	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	295698541
117	NC_014109	GAAAAT	2	12	331561	331572	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	295698547
118	NC_014109	TGGAAT	2	12	340633	340644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	295698550
119	NC_014109	TCTTTT	2	12	346137	346148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	295698553
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.