MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA plasmid pPAN

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013962	GAA	3	9	119	127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
2	NC_013962	GAA	3	9	167	175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
3	NC_013962	TGC	2	6	188	193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493921
4	NC_013962	GGAA	3	12	232	243	50 %	0 %	50 %	0 %	292493921
5	NC_013962	T	6	6	398	403	0 %	100 %	0 %	0 %	292493921
6	NC_013962	AGG	2	6	473	478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493921
7	NC_013962	GTTG	2	8	481	488	0 %	50 %	50 %	0 %	292493921
8	NC_013962	GA	3	6	501	506	50 %	0 %	50 %	0 %	292493921
9	NC_013962	TTC	2	6	599	604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
10	NC_013962	GAA	2	6	613	618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
11	NC_013962	TCT	2	6	645	650	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
12	NC_013962	CGAA	2	8	682	689	50 %	0 %	25 %	25 %	292493921
13	NC_013962	GTTC	2	8	891	898	0 %	50 %	25 %	25 %	292493921
14	NC_013962	CAT	2	6	1035	1040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
15	NC_013962	CAA	2	6	1049	1054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292493922
16	NC_013962	GAT	2	6	1083	1088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
17	NC_013962	T	6	6	1119	1124	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
18	NC_013962	GA	4	8	1159	1166	50 %	0 %	50 %	0 %	292493922
19	NC_013962	AGA	3	9	1164	1172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
20	NC_013962	GATT	2	8	1194	1201	25 %	50 %	25 %	0 %	292493922
21	NC_013962	GTT	2	6	1231	1236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
22	NC_013962	T	8	8	1244	1251	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
23	NC_013962	GAA	2	6	1255	1260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
24	NC_013962	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
25	NC_013962	ATC	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
26	NC_013962	CTT	2	6	1400	1405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
27	NC_013962	TTA	2	6	1438	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292493922
28	NC_013962	AGT	2	6	1485	1490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
29	NC_013962	AAGG	2	8	1513	1520	50 %	0 %	50 %	0 %	292493922
30	NC_013962	TCT	2	6	1545	1550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
31	NC_013962	GAA	2	6	1558	1563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
32	NC_013962	GTT	2	6	1603	1608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
33	NC_013962	CCT	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493922
34	NC_013962	AGA	2	6	1666	1671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
35	NC_013962	TCG	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493922
36	NC_013962	T	6	6	1701	1706	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
37	NC_013962	TC	4	8	1717	1724	0 %	50 %	0 %	50 %	292493922
38	NC_013962	TTC	2	6	1737	1742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
39	NC_013962	T	7	7	1760	1766	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
40	NC_013962	TGAT	2	8	1796	1803	25 %	50 %	25 %	0 %	292493922
41	NC_013962	T	6	6	1841	1846	0 %	100 %	0 %	0 %	292493923
42	NC_013962	T	6	6	1848	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	292493923
43	NC_013962	A	6	6	1939	1944	100 %	0 %	0 %	0 %	292493923
44	NC_013962	CTT	2	6	2069	2074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
45	NC_013962	AGG	2	6	2138	2143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493924
46	NC_013962	TC	3	6	2153	2158	0 %	50 %	0 %	50 %	292493924
47	NC_013962	TGA	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493924
48	NC_013962	TTC	2	6	2196	2201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
49	NC_013962	GAA	2	6	2212	2217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
50	NC_013962	GAA	2	6	2220	2225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
51	NC_013962	CATT	2	8	2227	2234	25 %	50 %	0 %	25 %	292493924
52	NC_013962	ATCA	2	8	2305	2312	50 %	25 %	0 %	25 %	292493924
53	NC_013962	AGAAAA	2	12	2364	2375	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	292493924
54	NC_013962	AAG	2	6	2380	2385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
55	NC_013962	TCGA	2	8	2389	2396	25 %	25 %	25 %	25 %	292493924
56	NC_013962	CTTTT	2	10	2703	2712	0 %	80 %	0 %	20 %	292493925
57	NC_013962	CT	3	6	2756	2761	0 %	50 %	0 %	50 %	292493925
58	NC_013962	TC	3	6	2819	2824	0 %	50 %	0 %	50 %	292493925
59	NC_013962	TGT	2	6	2832	2837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
60	NC_013962	CAAG	2	8	2873	2880	50 %	0 %	25 %	25 %	292493925
61	NC_013962	T	8	8	2927	2934	0 %	100 %	0 %	0 %	292493925
62	NC_013962	CTT	2	6	2970	2975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
63	NC_013962	AC	3	6	3019	3024	50 %	0 %	0 %	50 %	292493925
64	NC_013962	TGT	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
65	NC_013962	T	6	6	3099	3104	0 %	100 %	0 %	0 %	292493925
66	NC_013962	GATC	2	8	3133	3140	25 %	25 %	25 %	25 %	292493925
67	NC_013962	CGA	2	6	3151	3156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493925
68	NC_013962	GAA	2	6	3275	3280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
69	NC_013962	CGTC	2	8	3302	3309	0 %	25 %	25 %	50 %	292493925
70	NC_013962	TCT	2	6	3313	3318	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
71	NC_013962	CTA	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
72	NC_013962	TCG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493925
73	NC_013962	TCC	2	6	3464	3469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493925
74	NC_013962	AGA	2	6	3478	3483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
75	NC_013962	TCA	2	6	3507	3512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
76	NC_013962	TGAT	2	8	3523	3530	25 %	50 %	25 %	0 %	292493925
77	NC_013962	AAG	2	6	3558	3563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
78	NC_013962	TCGA	2	8	3567	3574	25 %	25 %	25 %	25 %	292493926
79	NC_013962	GGAT	2	8	3609	3616	25 %	25 %	50 %	0 %	292493926
80	NC_013962	GAA	3	9	3620	3628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
81	NC_013962	TCCCT	2	10	3631	3640	0 %	40 %	0 %	60 %	292493926
82	NC_013962	CATC	2	8	3642	3649	25 %	25 %	0 %	50 %	292493926
83	NC_013962	C	6	6	3649	3654	0 %	0 %	0 %	100 %	292493926
84	NC_013962	CTC	3	9	3664	3672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493926
85	NC_013962	CTTTT	2	10	3881	3890	0 %	80 %	0 %	20 %	292493927
86	NC_013962	CT	3	6	3934	3939	0 %	50 %	0 %	50 %	292493927
87	NC_013962	TC	3	6	3997	4002	0 %	50 %	0 %	50 %	292493927
88	NC_013962	TGT	2	6	4010	4015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
89	NC_013962	CAAG	2	8	4051	4058	50 %	0 %	25 %	25 %	292493927
90	NC_013962	T	8	8	4105	4112	0 %	100 %	0 %	0 %	292493927
91	NC_013962	CTT	2	6	4148	4153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
92	NC_013962	AC	3	6	4197	4202	50 %	0 %	0 %	50 %	292493927
93	NC_013962	TGT	2	6	4205	4210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
94	NC_013962	T	6	6	4277	4282	0 %	100 %	0 %	0 %	292493927
95	NC_013962	GATC	2	8	4311	4318	25 %	25 %	25 %	25 %	292493927
96	NC_013962	CGA	2	6	4329	4334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493927
97	NC_013962	GAA	2	6	4453	4458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
98	NC_013962	CGTC	2	8	4480	4487	0 %	25 %	25 %	50 %	292493927
99	NC_013962	TCT	2	6	4491	4496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
100	NC_013962	CTA	2	6	4577	4582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
101	NC_013962	TCG	2	6	4596	4601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493927
102	NC_013962	TCC	2	6	4642	4647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493927
103	NC_013962	AGA	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
104	NC_013962	TCA	2	6	4685	4690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
105	NC_013962	TGAT	2	8	4701	4708	25 %	50 %	25 %	0 %	292493927
106	NC_013962	AAG	2	6	4736	4741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
107	NC_013962	TCGA	2	8	4745	4752	25 %	25 %	25 %	25 %	292493928
108	NC_013962	GGAT	2	8	4787	4794	25 %	25 %	50 %	0 %	292493928
109	NC_013962	GAA	3	9	4798	4806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
110	NC_013962	TCCCT	2	10	4809	4818	0 %	40 %	0 %	60 %	292493928
111	NC_013962	CATC	2	8	4820	4827	25 %	25 %	0 %	50 %	292493928
112	NC_013962	C	6	6	4827	4832	0 %	0 %	0 %	100 %	292493928
113	NC_013962	CTC	3	9	4842	4850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493928
114	NC_013962	CTTTT	2	10	5059	5068	0 %	80 %	0 %	20 %	292493929
115	NC_013962	T	7	7	5172	5178	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
116	NC_013962	GAG	2	6	5203	5208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493929
117	NC_013962	T	6	6	5212	5217	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
118	NC_013962	ATCG	2	8	5235	5242	25 %	25 %	25 %	25 %	292493929
119	NC_013962	CT	3	6	5283	5288	0 %	50 %	0 %	50 %	292493929
120	NC_013962	GAT	2	6	5299	5304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
121	NC_013962	CTT	2	6	5306	5311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
122	NC_013962	TTGAT	2	10	5323	5332	20 %	60 %	20 %	0 %	292493929
123	NC_013962	T	6	6	5412	5417	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
124	NC_013962	T	7	7	5496	5502	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
125	NC_013962	AGT	2	6	5583	5588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
126	NC_013962	GTT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493929
127	NC_013962	TTC	2	6	5628	5633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
128	NC_013962	CCATT	2	10	5642	5651	20 %	40 %	0 %	40 %	292493929
129	NC_013962	AGA	2	6	5743	5748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493929
130	NC_013962	TTG	2	6	5773	5778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493929
131	NC_013962	ATG	2	6	5793	5798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
132	NC_013962	TTC	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
133	NC_013962	GATTT	2	10	5815	5824	20 %	60 %	20 %	0 %	292493929
134	NC_013962	T	6	6	5846	5851	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
135	NC_013962	GAT	2	6	5893	5898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
136	NC_013962	T	7	7	5969	5975	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
137	NC_013962	T	7	7	6069	6075	0 %	100 %	0 %	0 %	292493930
138	NC_013962	A	6	6	6083	6088	100 %	0 %	0 %	0 %	292493930
139	NC_013962	TTTTC	2	10	6114	6123	0 %	80 %	0 %	20 %	292493930
140	NC_013962	T	7	7	6135	6141	0 %	100 %	0 %	0 %	292493930
141	NC_013962	TTG	2	6	6161	6166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493930
142	NC_013962	T	6	6	6689	6694	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
143	NC_013962	T	7	7	6710	6716	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
144	NC_013962	A	7	7	6719	6725	100 %	0 %	0 %	0 %	292493931
145	NC_013962	T	7	7	6726	6732	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
146	NC_013962	T	6	6	6738	6743	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
147	NC_013962	A	8	8	6745	6752	100 %	0 %	0 %	0 %	292493931
148	NC_013962	T	6	6	6762	6767	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
149	NC_013962	A	6	6	6780	6785	100 %	0 %	0 %	0 %	292493931
150	NC_013962	T	6	6	6801	6806	0 %	100 %	0 %	0 %	292493931
151	NC_013962	A	7	7	6808	6814	100 %	0 %	0 %	0 %	292493931
152	NC_013962	TAA	2	6	6846	6851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292493931
153	NC_013962	TCATT	2	10	6863	6872	20 %	60 %	0 %	20 %	292493931
154	NC_013962	TTA	2	6	7279	7284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292493932
155	NC_013962	ATTA	2	8	7288	7295	50 %	50 %	0 %	0 %	292493932
156	NC_013962	T	7	7	7332	7338	0 %	100 %	0 %	0 %	292493932
157	NC_013962	CAATTT	2	12	7374	7385	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	292493932
158	NC_013962	T	7	7	7383	7389	0 %	100 %	0 %	0 %	292493932
159	NC_013962	T	6	6	7391	7396	0 %	100 %	0 %	0 %	292493932
160	NC_013962	A	8	8	7428	7435	100 %	0 %	0 %	0 %	292493932
161	NC_013962	A	8	8	7450	7457	100 %	0 %	0 %	0 %	292493932
162	NC_013962	TTGT	2	8	7483	7490	0 %	75 %	25 %	0 %	292493932
163	NC_013962	A	7	7	7509	7515	100 %	0 %	0 %	0 %	292493932

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.