MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1

Total Repeats: 863

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_013717	TGG	2	6	30064	30069	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777773
502	NC_013717	TTC	2	6	30080	30085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777773
503	NC_013717	GACT	2	8	30119	30126	25 %	25 %	25 %	25 %	283777773
504	NC_013717	TGA	2	6	30301	30306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777773
505	NC_013717	ACCGTT	2	12	30326	30337	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	283777773
506	NC_013717	CAG	2	6	30362	30367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777773
507	NC_013717	TAA	2	6	30410	30415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	283777773
508	NC_013717	TGC	2	6	30449	30454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777773
509	NC_013717	ACC	2	6	30468	30473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	283777773
510	NC_013717	AT	3	6	30574	30579	50 %	50 %	0 %	0 %	283777774
511	NC_013717	TGA	2	6	30751	30756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777774
512	NC_013717	GACT	2	8	30795	30802	25 %	25 %	25 %	25 %	283777774
513	NC_013717	CAAAA	2	10	30857	30866	80 %	0 %	0 %	20 %	283777774
514	NC_013717	CAA	2	6	30907	30912	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	283777774
515	NC_013717	AACA	2	8	30948	30955	75 %	0 %	0 %	25 %	283777774
516	NC_013717	AAT	2	6	31505	31510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	283777775
517	NC_013717	TGGC	2	8	31745	31752	0 %	25 %	50 %	25 %	283777775
518	NC_013717	AGA	2	6	31791	31796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	283777775
519	NC_013717	AT	3	6	31835	31840	50 %	50 %	0 %	0 %	283777775
520	NC_013717	GGA	2	6	31871	31876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	283777775
521	NC_013717	TGG	2	6	31883	31888	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777775
522	NC_013717	AAC	2	6	31915	31920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	283777775
523	NC_013717	CTG	2	6	31938	31943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777775
524	NC_013717	A	6	6	32055	32060	100 %	0 %	0 %	0 %	283777775
525	NC_013717	ACT	2	6	32072	32077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	283777775
526	NC_013717	A	7	7	32130	32136	100 %	0 %	0 %	0 %	283777775
527	NC_013717	AGT	2	6	32157	32162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777775
528	NC_013717	CCTG	2	8	32231	32238	0 %	25 %	25 %	50 %	283777775
529	NC_013717	ATA	2	6	32282	32287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	283777775
530	NC_013717	ATT	2	6	33079	33084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	283777776
531	NC_013717	TA	3	6	33087	33092	50 %	50 %	0 %	0 %	283777776
532	NC_013717	TAA	2	6	33169	33174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	283777776
533	NC_013717	CAC	2	6	33284	33289	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	283777776
534	NC_013717	TGG	2	6	33334	33339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777776
535	NC_013717	A	6	6	33345	33350	100 %	0 %	0 %	0 %	283777776
536	NC_013717	GAC	2	6	33352	33357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777776
537	NC_013717	CT	3	6	33570	33575	0 %	50 %	0 %	50 %	283777777
538	NC_013717	ATT	2	6	33579	33584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	283777777
539	NC_013717	GCA	2	6	33665	33670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777777
540	NC_013717	GCG	2	6	33700	33705	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	283777777
541	NC_013717	GCA	2	6	33845	33850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777777
542	NC_013717	GCT	2	6	33884	33889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777777
543	NC_013717	ATG	2	6	33895	33900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777777
544	NC_013717	TTC	2	6	33934	33939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777777
545	NC_013717	CGAA	2	8	34018	34025	50 %	0 %	25 %	25 %	283777778
546	NC_013717	GGACG	2	10	34039	34048	20 %	0 %	60 %	20 %	283777778
547	NC_013717	ATG	2	6	34053	34058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777778
548	NC_013717	GTT	2	6	34133	34138	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	283777778
549	NC_013717	TCC	2	6	34174	34179	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	283777779
550	NC_013717	CCGA	2	8	34183	34190	25 %	0 %	25 %	50 %	283777779
551	NC_013717	AT	3	6	34243	34248	50 %	50 %	0 %	0 %	283777779
552	NC_013717	TCT	2	6	34287	34292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777779
553	NC_013717	A	6	6	34314	34319	100 %	0 %	0 %	0 %	283777779
554	NC_013717	CG	3	6	34349	34354	0 %	0 %	50 %	50 %	283777779
555	NC_013717	GCA	2	6	34357	34362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777779
556	NC_013717	TCAG	2	8	34385	34392	25 %	25 %	25 %	25 %	283777779
557	NC_013717	CTG	2	6	34393	34398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777779
558	NC_013717	TGT	2	6	34410	34415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	283777779
559	NC_013717	CTT	2	6	34468	34473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777779
560	NC_013717	A	6	6	34496	34501	100 %	0 %	0 %	0 %	283777779
561	NC_013717	GGC	2	6	34532	34537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	283777779
562	NC_013717	AGC	2	6	34841	34846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777780
563	NC_013717	TGACAG	2	12	34863	34874	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	283777780
564	NC_013717	ACG	2	6	34895	34900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777780
565	NC_013717	AT	3	6	34904	34909	50 %	50 %	0 %	0 %	283777780
566	NC_013717	CCG	2	6	34944	34949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777780
567	NC_013717	AGG	2	6	34970	34975	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	283777780
568	NC_013717	AG	4	8	35084	35091	50 %	0 %	50 %	0 %	283777781
569	NC_013717	CTG	2	6	35177	35182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777781
570	NC_013717	CGA	2	6	35227	35232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777781
571	NC_013717	TGA	2	6	35244	35249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777781
572	NC_013717	G	6	6	35405	35410	0 %	0 %	100 %	0 %	283777782
573	NC_013717	GGT	2	6	35540	35545	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777782
574	NC_013717	GAA	2	6	35568	35573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	283777782
575	NC_013717	CGG	2	6	35603	35608	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	283777782
576	NC_013717	ACC	2	6	35727	35732	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	283777783
577	NC_013717	CTG	2	6	35818	35823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777783
578	NC_013717	TGC	2	6	35876	35881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777783
579	NC_013717	G	6	6	35936	35941	0 %	0 %	100 %	0 %	283777783
580	NC_013717	GCC	2	6	35955	35960	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777783
581	NC_013717	AAC	2	6	35990	35995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	283777783
582	NC_013717	GTCA	2	8	36082	36089	25 %	25 %	25 %	25 %	283777783
583	NC_013717	GAT	2	6	36096	36101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777783
584	NC_013717	GCG	2	6	36129	36134	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	283777783
585	NC_013717	CAA	2	6	36135	36140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	283777783
586	NC_013717	ACCG	2	8	36181	36188	25 %	0 %	25 %	50 %	283777783
587	NC_013717	GCT	2	6	36226	36231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777783
588	NC_013717	CGC	2	6	36263	36268	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777783
589	NC_013717	TGC	2	6	36326	36331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777783
590	NC_013717	CGC	2	6	36399	36404	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777783
591	NC_013717	TG	3	6	36465	36470	0 %	50 %	50 %	0 %	283777783
592	NC_013717	TGT	2	6	36716	36721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	283777784
593	NC_013717	ACA	2	6	36752	36757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	283777784
594	NC_013717	CTG	2	6	36760	36765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777784
595	NC_013717	CAG	2	6	36828	36833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777784
596	NC_013717	TTC	2	6	36943	36948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777784
597	NC_013717	TCC	2	6	37039	37044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	283777784
598	NC_013717	GGT	2	6	37049	37054	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777784
599	NC_013717	AT	3	6	37153	37158	50 %	50 %	0 %	0 %	283777784
600	NC_013717	CCG	2	6	37213	37218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777784
601	NC_013717	GCT	2	6	37260	37265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777784
602	NC_013717	T	6	6	37320	37325	0 %	100 %	0 %	0 %	283777784
603	NC_013717	CCG	2	6	37366	37371	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777784
604	NC_013717	CTG	2	6	37373	37378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777784
605	NC_013717	CGC	2	6	37515	37520	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777784
606	NC_013717	CCT	2	6	37573	37578	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	283777784
607	NC_013717	CCGG	2	8	37660	37667	0 %	0 %	50 %	50 %	283777784
608	NC_013717	TTC	2	6	37711	37716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777784
609	NC_013717	TTC	2	6	37863	37868	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777784
610	NC_013717	GTT	2	6	37899	37904	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	283777784
611	NC_013717	CCG	2	6	37963	37968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	283777784
612	NC_013717	GTA	2	6	37980	37985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	283777784
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614	NC_013717	AGA	2	6	38034	38039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	283777784
615	NC_013717	TGG	2	6	38075	38080	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	283777784
616	NC_013717	CTG	2	6	38118	38123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	283777784
617	NC_013717	ATGT	2	8	38173	38180	25 %	50 %	25 %	0 %	283777784
618	NC_013717	TTC	2	6	38245	38250	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777784
619	NC_013717	ACC	2	6	38301	38306	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	283777784
620	NC_013717	AG	3	6	38316	38321	50 %	0 %	50 %	0 %	283777784
621	NC_013717	GCA	2	6	38351	38356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	283777784
622	NC_013717	GGTGA	2	10	38365	38374	20 %	20 %	60 %	0 %	283777784
623	NC_013717	CTT	2	6	38495	38500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	283777784
624	NC_013717	TGT	2	6	38573	38578	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	283777784
625	NC_013717	C	6	6	38755	38760	0 %	0 %	0 %	100 %	283777784
626	NC_013717	CCAT	2	8	38797	38804	25 %	25 %	0 %	50 %	283777784
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.