MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 3079

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	TTAAA	2	10	2322	2331	60 %	40 %	0 %	0 %	260681771
2	NC_013315	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	260681772
3	NC_013315	TTGTT	2	10	4891	4900	0 %	80 %	20 %	0 %	260681774
4	NC_013315	AAGAA	2	10	5992	6001	80 %	0 %	20 %	0 %	260681774
5	NC_013315	ATATT	2	10	6204	6213	40 %	60 %	0 %	0 %	260681775
6	NC_013315	AGTGT	2	10	6667	6676	20 %	40 %	40 %	0 %	260681775
7	NC_013315	AAAGA	2	10	6903	6912	80 %	0 %	20 %	0 %	260681775
8	NC_013315	AGATA	2	10	7370	7379	60 %	20 %	20 %	0 %	260681775
9	NC_013315	TAAAT	2	10	7757	7766	60 %	40 %	0 %	0 %	260681775
10	NC_013315	AAGAA	2	10	8665	8674	80 %	0 %	20 %	0 %	260681776
11	NC_013315	GCTCT	2	10	8900	8909	0 %	40 %	20 %	40 %	260681777
12	NC_013315	ATTTA	2	10	9910	9919	40 %	60 %	0 %	0 %	260681780
13	NC_013315	CTAGA	2	10	10572	10581	40 %	20 %	20 %	20 %	260681780
14	NC_013315	AGATA	2	10	18050	18059	60 %	20 %	20 %	0 %	260681783
15	NC_013315	TTTGT	2	10	20447	20456	0 %	80 %	20 %	0 %	260681785
16	NC_013315	AATAA	2	10	20520	20529	80 %	20 %	0 %	0 %	260681785
17	NC_013315	TTAAT	2	10	20932	20941	40 %	60 %	0 %	0 %	260681785
18	NC_013315	AAATA	2	10	21928	21937	80 %	20 %	0 %	0 %	260681785
19	NC_013315	AAATT	2	10	23439	23448	60 %	40 %	0 %	0 %	260681788
20	NC_013315	GAAAT	2	10	34044	34053	60 %	20 %	20 %	0 %	260681789
21	NC_013315	ATATT	2	10	35345	35354	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
22	NC_013315	GTTCA	2	10	35447	35456	20 %	40 %	20 %	20 %	260681790
23	NC_013315	AGTTA	2	10	35538	35547	40 %	40 %	20 %	0 %	260681790
24	NC_013315	ATATT	2	10	36816	36825	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
25	NC_013315	AGGTA	2	10	37806	37815	40 %	20 %	40 %	0 %	260681790
26	NC_013315	AATGG	2	10	37885	37894	40 %	20 %	40 %	0 %	260681790
27	NC_013315	TAATT	2	10	38179	38188	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
28	NC_013315	TACAT	2	10	39577	39586	40 %	40 %	0 %	20 %	260681791
29	NC_013315	AAAAT	2	10	39657	39666	80 %	20 %	0 %	0 %	260681791
30	NC_013315	TTGAA	2	10	39690	39699	40 %	40 %	20 %	0 %	260681791
31	NC_013315	TGGAA	2	10	40159	40168	40 %	20 %	40 %	0 %	260681791
32	NC_013315	AAGGT	2	10	41209	41218	40 %	20 %	40 %	0 %	260681792
33	NC_013315	AGATG	2	10	43645	43654	40 %	20 %	40 %	0 %	260681795
34	NC_013315	TTTTG	2	10	48558	48567	0 %	80 %	20 %	0 %	260681798
35	NC_013315	TAGAT	2	10	49889	49898	40 %	40 %	20 %	0 %	260681799
36	NC_013315	GAGTG	2	10	54137	54146	20 %	20 %	60 %	0 %	260681802
37	NC_013315	ATGTT	2	10	56502	56511	20 %	60 %	20 %	0 %	260681803
38	NC_013315	CAAAT	2	10	57816	57825	60 %	20 %	0 %	20 %	260681804
39	NC_013315	AAATA	2	10	60341	60350	80 %	20 %	0 %	0 %	260681807
40	NC_013315	TAAAA	2	10	61253	61262	80 %	20 %	0 %	0 %	260681807
41	NC_013315	ATTCA	2	10	62466	62475	40 %	40 %	0 %	20 %	260681808
42	NC_013315	GAAGA	2	10	63782	63791	60 %	0 %	40 %	0 %	260681809
43	NC_013315	AGAAA	2	10	64953	64962	80 %	0 %	20 %	0 %	260681809
44	NC_013315	ATATA	2	10	65391	65400	60 %	40 %	0 %	0 %	260681809
45	NC_013315	AAAAG	2	10	65847	65856	80 %	0 %	20 %	0 %	260681809
46	NC_013315	CAAAT	2	10	66179	66188	60 %	20 %	0 %	20 %	260681809
47	NC_013315	ACTCT	2	10	66535	66544	20 %	40 %	0 %	40 %	260681809
48	NC_013315	AATTT	2	10	66647	66656	40 %	60 %	0 %	0 %	260681810
49	NC_013315	GAATA	2	10	68880	68889	60 %	20 %	20 %	0 %	260681812
50	NC_013315	AAGAA	2	10	69622	69631	80 %	0 %	20 %	0 %	260681814
51	NC_013315	AAAAT	2	10	71612	71621	80 %	20 %	0 %	0 %	260681816
52	NC_013315	ACAGA	2	10	73489	73498	60 %	0 %	20 %	20 %	260681818
53	NC_013315	GTTAG	2	10	74898	74907	20 %	40 %	40 %	0 %	260681818
54	NC_013315	TACAT	2	10	75534	75543	40 %	40 %	0 %	20 %	260681819
55	NC_013315	CCATA	2	10	75808	75817	40 %	20 %	0 %	40 %	260681819
56	NC_013315	TGTGG	2	10	76325	76334	0 %	40 %	60 %	0 %	260681819
57	NC_013315	AGAAA	2	10	77680	77689	80 %	0 %	20 %	0 %	260681820
58	NC_013315	AAATT	2	10	77888	77897	60 %	40 %	0 %	0 %	260681820
59	NC_013315	AATAG	2	10	78365	78374	60 %	20 %	20 %	0 %	260681820
60	NC_013315	AAATG	2	10	81670	81679	60 %	20 %	20 %	0 %	260681823
61	NC_013315	TAAAC	2	10	82851	82860	60 %	20 %	0 %	20 %	260681825
62	NC_013315	TTACT	2	10	83501	83510	20 %	60 %	0 %	20 %	260681825
63	NC_013315	AAAAC	2	10	83763	83772	80 %	0 %	0 %	20 %	260681825
64	NC_013315	AGAAT	2	10	84358	84367	60 %	20 %	20 %	0 %	260681826
65	NC_013315	GTTTA	2	10	89233	89242	20 %	60 %	20 %	0 %	260681832
66	NC_013315	GAAAA	2	10	89599	89608	80 %	0 %	20 %	0 %	260681833
67	NC_013315	AAAAT	2	10	90498	90507	80 %	20 %	0 %	0 %	260681835
68	NC_013315	TTCTA	2	10	93427	93436	20 %	60 %	0 %	20 %	260681838
69	NC_013315	AATTA	2	10	93535	93544	60 %	40 %	0 %	0 %	260681838
70	NC_013315	AGTAG	2	10	95885	95894	40 %	20 %	40 %	0 %	260681839
71	NC_013315	GGTAA	2	10	96575	96584	40 %	20 %	40 %	0 %	260681839
72	NC_013315	TAATA	2	10	97588	97597	60 %	40 %	0 %	0 %	260681839
73	NC_013315	GGTAT	2	10	99304	99313	20 %	40 %	40 %	0 %	260681840
74	NC_013315	TGAGA	2	10	108867	108876	40 %	20 %	40 %	0 %	260681849
75	NC_013315	AATTA	2	10	109476	109485	60 %	40 %	0 %	0 %	260681850
76	NC_013315	AAAGA	2	10	109998	110007	80 %	0 %	20 %	0 %	260681852
77	NC_013315	TAATG	2	10	112247	112256	40 %	40 %	20 %	0 %	260681857
78	NC_013315	AGAAA	2	10	113517	113526	80 %	0 %	20 %	0 %	260681860
79	NC_013315	CCAAA	2	10	113970	113979	60 %	0 %	0 %	40 %	260681861
80	NC_013315	TAAGA	2	10	114032	114041	60 %	20 %	20 %	0 %	260681861
81	NC_013315	TAAAA	2	10	117049	117058	80 %	20 %	0 %	0 %	260681866
82	NC_013315	TTATG	2	10	122019	122028	20 %	60 %	20 %	0 %	260681876
83	NC_013315	TAGTA	2	10	122159	122168	40 %	40 %	20 %	0 %	260681876
84	NC_013315	ATATC	2	10	125180	125189	40 %	40 %	0 %	20 %	260681880
85	NC_013315	AGAAA	2	10	127359	127368	80 %	0 %	20 %	0 %	260681883
86	NC_013315	TAAAT	2	10	143279	143288	60 %	40 %	0 %	0 %	260681885
87	NC_013315	AATAT	2	10	152061	152070	60 %	40 %	0 %	0 %	260681887
88	NC_013315	CAACT	2	10	152197	152206	40 %	20 %	0 %	40 %	260681887
89	NC_013315	AATTA	2	10	153748	153757	60 %	40 %	0 %	0 %	260681888
90	NC_013315	ATAAA	2	10	153969	153978	80 %	20 %	0 %	0 %	260681888
91	NC_013315	TTATA	2	10	154143	154152	40 %	60 %	0 %	0 %	260681889
92	NC_013315	AGAAA	2	10	154454	154463	80 %	0 %	20 %	0 %	260681890
93	NC_013315	ACTAA	2	10	155198	155207	60 %	20 %	0 %	20 %	260681890
94	NC_013315	AGAAA	2	10	156497	156506	80 %	0 %	20 %	0 %	260681892
95	NC_013315	TTAAT	2	10	157271	157280	40 %	60 %	0 %	0 %	260681893
96	NC_013315	TAATG	2	10	157608	157617	40 %	40 %	20 %	0 %	260681894
97	NC_013315	TGATA	2	10	157743	157752	40 %	40 %	20 %	0 %	260681894
98	NC_013315	AGAAA	2	10	159612	159621	80 %	0 %	20 %	0 %	260681896
99	NC_013315	GATGT	2	10	160064	160073	20 %	40 %	40 %	0 %	260681897
100	NC_013315	TGTGG	2	10	160138	160147	0 %	40 %	60 %	0 %	260681897
101	NC_013315	ATTGA	2	10	160228	160237	40 %	40 %	20 %	0 %	260681897
102	NC_013315	AAGAA	2	10	160922	160931	80 %	0 %	20 %	0 %	260681897
103	NC_013315	TAACT	2	10	164389	164398	40 %	40 %	0 %	20 %	260681899
104	NC_013315	CAAAA	2	10	168974	168983	80 %	0 %	0 %	20 %	260681903
105	NC_013315	AAATT	2	10	169030	169039	60 %	40 %	0 %	0 %	260681903
106	NC_013315	AGATA	2	10	170234	170243	60 %	20 %	20 %	0 %	260681905
107	NC_013315	GAACT	2	10	172006	172015	40 %	20 %	20 %	20 %	260681907
108	NC_013315	TTAAA	2	10	176782	176791	60 %	40 %	0 %	0 %	260681910
109	NC_013315	ATTTA	2	10	178072	178081	40 %	60 %	0 %	0 %	260681911
110	NC_013315	ATTAT	2	10	178353	178362	40 %	60 %	0 %	0 %	260681911
111	NC_013315	AAGAA	2	10	181036	181045	80 %	0 %	20 %	0 %	260681913
112	NC_013315	TAAAA	2	10	181056	181065	80 %	20 %	0 %	0 %	260681913
113	NC_013315	GAAAA	2	10	181090	181099	80 %	0 %	20 %	0 %	260681914
114	NC_013315	GCAAA	2	10	181726	181735	60 %	0 %	20 %	20 %	260681915
115	NC_013315	AAGTT	2	10	183685	183694	40 %	40 %	20 %	0 %	260681917
116	NC_013315	ATAGA	2	10	185535	185544	60 %	20 %	20 %	0 %	260681919
117	NC_013315	AAACT	2	10	186762	186771	60 %	20 %	0 %	20 %	260681920
118	NC_013315	TGAAA	2	10	190407	190416	60 %	20 %	20 %	0 %	260681922
119	NC_013315	AAATC	2	10	191333	191342	60 %	20 %	0 %	20 %	260681923
120	NC_013315	AATAC	2	10	191409	191418	60 %	20 %	0 %	20 %	260681923
121	NC_013315	AGAAA	2	10	191436	191445	80 %	0 %	20 %	0 %	260681923
122	NC_013315	AAAAG	2	10	191641	191650	80 %	0 %	20 %	0 %	260681923
123	NC_013315	AATTT	2	10	194335	194344	40 %	60 %	0 %	0 %	260681924
124	NC_013315	CTAAT	2	10	197514	197523	40 %	40 %	0 %	20 %	260681927
125	NC_013315	AAATA	2	10	198706	198715	80 %	20 %	0 %	0 %	260681929
126	NC_013315	AAGAA	2	10	198760	198769	80 %	0 %	20 %	0 %	260681929
127	NC_013315	TGGAA	2	10	203782	203791	40 %	20 %	40 %	0 %	260681933
128	NC_013315	TTAAT	2	10	206421	206430	40 %	60 %	0 %	0 %	260681935
129	NC_013315	AAGTT	2	10	207727	207736	40 %	40 %	20 %	0 %	260681936
130	NC_013315	TACTA	2	10	210584	210593	40 %	40 %	0 %	20 %	260681938
131	NC_013315	AGGAA	2	10	210731	210740	60 %	0 %	40 %	0 %	260681938
132	NC_013315	TTTGA	2	10	212445	212454	20 %	60 %	20 %	0 %	260681939
133	NC_013315	AAGGA	2	10	212491	212500	60 %	0 %	40 %	0 %	260681939
134	NC_013315	TAGAT	2	10	220348	220357	40 %	40 %	20 %	0 %	260681946
135	NC_013315	AAGCT	2	10	222465	222474	40 %	20 %	20 %	20 %	260681948
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