MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 1073

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_012752	TAG	2	6	31019	31024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899368
502	NC_012752	ATC	2	6	31131	31136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899368
503	NC_012752	TCA	2	6	31160	31165	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899368
504	NC_012752	CA	3	6	31164	31169	50 %	0 %	0 %	50 %	238899368
505	NC_012752	ATT	2	6	31185	31190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899368
506	NC_012752	GCCA	2	8	31195	31202	25 %	0 %	25 %	50 %	238899368
507	NC_012752	GA	3	6	31243	31248	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
508	NC_012752	T	6	6	31267	31272	0 %	100 %	0 %	0 %	238899368
509	NC_012752	GCT	2	6	31395	31400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899368
510	NC_012752	CTT	2	6	31445	31450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
511	NC_012752	TAAG	2	8	31470	31477	50 %	25 %	25 %	0 %	238899368
512	NC_012752	TCG	2	6	31498	31503	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899368
513	NC_012752	AG	3	6	31544	31549	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
514	NC_012752	TTC	2	6	31584	31589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
515	NC_012752	CCGT	2	8	31645	31652	0 %	25 %	25 %	50 %	238899368
516	NC_012752	AGG	2	6	31678	31683	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238899368
517	NC_012752	CAT	2	6	31685	31690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899368
518	NC_012752	CG	3	6	31741	31746	0 %	0 %	50 %	50 %	238899368
519	NC_012752	GTT	2	6	31778	31783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899368
520	NC_012752	CTT	2	6	31787	31792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
521	NC_012752	ACC	2	6	31831	31836	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238899368
522	NC_012752	T	6	6	31880	31885	0 %	100 %	0 %	0 %	238899368
523	NC_012752	G	6	6	31937	31942	0 %	0 %	100 %	0 %	238899368
524	NC_012752	TTC	2	6	31959	31964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
525	NC_012752	TGTA	2	8	32040	32047	25 %	50 %	25 %	0 %	238899368
526	NC_012752	TCT	2	6	32080	32085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
527	NC_012752	TG	3	6	32169	32174	0 %	50 %	50 %	0 %	238899368
528	NC_012752	TCT	3	9	32221	32229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899368
529	NC_012752	GA	3	6	32291	32296	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
530	NC_012752	CGG	2	6	32297	32302	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	238899368
531	NC_012752	TG	3	6	32320	32325	0 %	50 %	50 %	0 %	238899368
532	NC_012752	T	6	6	32330	32335	0 %	100 %	0 %	0 %	238899368
533	NC_012752	ATA	2	6	32362	32367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899368
534	NC_012752	TA	3	6	32401	32406	50 %	50 %	0 %	0 %	238899369
535	NC_012752	GGC	2	6	32624	32629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	238899369
536	NC_012752	ATG	2	6	32703	32708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899370
537	NC_012752	ATC	2	6	32713	32718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899370
538	NC_012752	TTA	2	6	32751	32756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899370
539	NC_012752	GAC	2	6	32807	32812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899370
540	NC_012752	TCAA	2	8	32933	32940	50 %	25 %	0 %	25 %	238899370
541	NC_012752	T	6	6	33130	33135	0 %	100 %	0 %	0 %	238899371
542	NC_012752	G	6	6	33136	33141	0 %	0 %	100 %	0 %	238899371
543	NC_012752	GC	3	6	33180	33185	0 %	0 %	50 %	50 %	238899371
544	NC_012752	GTT	2	6	33186	33191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899371
545	NC_012752	T	6	6	33262	33267	0 %	100 %	0 %	0 %	238899371
546	NC_012752	GCCA	2	8	33275	33282	25 %	0 %	25 %	50 %	238899371
547	NC_012752	TCA	2	6	33285	33290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899371
548	NC_012752	TGCC	2	8	33297	33304	0 %	25 %	25 %	50 %	238899371
549	NC_012752	A	7	7	33337	33343	100 %	0 %	0 %	0 %	238899371
550	NC_012752	GCC	2	6	33510	33515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899371
551	NC_012752	ATT	2	6	33517	33522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899371
552	NC_012752	T	6	6	33521	33526	0 %	100 %	0 %	0 %	238899371
553	NC_012752	A	6	6	33541	33546	100 %	0 %	0 %	0 %	238899371
554	NC_012752	T	6	6	33579	33584	0 %	100 %	0 %	0 %	238899371
555	NC_012752	G	6	6	33590	33595	0 %	0 %	100 %	0 %	238899371
556	NC_012752	A	6	6	33618	33623	100 %	0 %	0 %	0 %	238899371
557	NC_012752	TGA	2	6	33707	33712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899372
558	NC_012752	GCCAAT	2	12	33738	33749	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	238899372
559	NC_012752	T	7	7	33788	33794	0 %	100 %	0 %	0 %	238899372
560	NC_012752	A	7	7	33805	33811	100 %	0 %	0 %	0 %	238899372
561	NC_012752	GCAC	2	8	33821	33828	25 %	0 %	25 %	50 %	238899372
562	NC_012752	GCC	2	6	33847	33852	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899372
563	NC_012752	TCA	2	6	33854	33859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899372
564	NC_012752	TG	3	6	33886	33891	0 %	50 %	50 %	0 %	238899372
565	NC_012752	TCA	2	6	33919	33924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899372
566	NC_012752	CA	4	8	33942	33949	50 %	0 %	0 %	50 %	238899372
567	NC_012752	T	6	6	33980	33985	0 %	100 %	0 %	0 %	238899372
568	NC_012752	AG	3	6	34004	34009	50 %	0 %	50 %	0 %	238899372
569	NC_012752	A	7	7	34022	34028	100 %	0 %	0 %	0 %	238899372
570	NC_012752	CAG	2	6	34160	34165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899373
571	NC_012752	GA	3	6	34195	34200	50 %	0 %	50 %	0 %	238899373
572	NC_012752	TCT	2	6	34203	34208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899373
573	NC_012752	A	7	7	34272	34278	100 %	0 %	0 %	0 %	238899373
574	NC_012752	ATGAG	2	10	34426	34435	40 %	20 %	40 %	0 %	238899373
575	NC_012752	TCC	2	6	34436	34441	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238899373
576	NC_012752	CAT	2	6	34445	34450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899373
577	NC_012752	GGGC	2	8	34506	34513	0 %	0 %	75 %	25 %	238899373
578	NC_012752	CA	3	6	34520	34525	50 %	0 %	0 %	50 %	238899373
579	NC_012752	CAC	2	6	34553	34558	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238899373
580	NC_012752	AG	3	6	34559	34564	50 %	0 %	50 %	0 %	238899373
581	NC_012752	TTAT	2	8	34652	34659	25 %	75 %	0 %	0 %	238899374
582	NC_012752	TGA	2	6	34708	34713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899374
583	NC_012752	ATTTTT	2	12	34714	34725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238899374
584	NC_012752	TGC	2	6	34757	34762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899374
585	NC_012752	GTT	2	6	34816	34821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899374
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587	NC_012752	T	7	7	34865	34871	0 %	100 %	0 %	0 %	238899374
588	NC_012752	GTT	2	6	34928	34933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899374
589	NC_012752	GCT	2	6	34940	34945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899374
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593	NC_012752	T	6	6	35136	35141	0 %	100 %	0 %	0 %	238899374
594	NC_012752	A	7	7	35142	35148	100 %	0 %	0 %	0 %	238899374
595	NC_012752	CG	3	6	35185	35190	0 %	0 %	50 %	50 %	238899374
596	NC_012752	A	6	6	35219	35224	100 %	0 %	0 %	0 %	238899374
597	NC_012752	A	6	6	35288	35293	100 %	0 %	0 %	0 %	238899374
598	NC_012752	TCT	2	6	35294	35299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899374
599	NC_012752	T	6	6	35299	35304	0 %	100 %	0 %	0 %	238899374
600	NC_012752	G	8	8	35317	35324	0 %	0 %	100 %	0 %	238899374
601	NC_012752	AG	3	6	35337	35342	50 %	0 %	50 %	0 %	238899374
602	NC_012752	ATG	2	6	35355	35360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899374
603	NC_012752	TCA	2	6	35374	35379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899374
604	NC_012752	T	6	6	35413	35418	0 %	100 %	0 %	0 %	238899374
605	NC_012752	CGC	2	6	35481	35486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899374
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608	NC_012752	CAT	2	6	35553	35558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899374
609	NC_012752	C	6	6	35590	35595	0 %	0 %	0 %	100 %	238899375
610	NC_012752	AAT	2	6	35740	35745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899375
611	NC_012752	GAT	2	6	35760	35765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899375
612	NC_012752	T	6	6	35796	35801	0 %	100 %	0 %	0 %	238899375
613	NC_012752	CAA	2	6	36015	36020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238899375
614	NC_012752	TTG	2	6	36070	36075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899375
615	NC_012752	CTGT	2	8	36083	36090	0 %	50 %	25 %	25 %	238899375
616	NC_012752	TCC	2	6	36115	36120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238899375
617	NC_012752	TTC	2	6	36198	36203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899375
618	NC_012752	AGG	2	6	36259	36264	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238899375
619	NC_012752	AG	3	6	36290	36295	50 %	0 %	50 %	0 %	238899375
620	NC_012752	TCT	2	6	36317	36322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899375
621	NC_012752	TCCCT	2	10	36324	36333	0 %	40 %	0 %	60 %	238899375
622	NC_012752	TGT	2	6	36387	36392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899375
623	NC_012752	CTTT	2	8	36422	36429	0 %	75 %	0 %	25 %	238899375
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