MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742401

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011738	TTATCT	2	12	717	728	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	218442612
2	NC_011738	ATGGTA	2	12	7238	7249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442616
3	NC_011738	CAAATT	2	12	7560	7571	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	218442617
4	NC_011738	ACTAAT	2	12	19754	19765	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	218442626
5	NC_011738	ATTAAT	2	12	20201	20212	50 %	50 %	0 %	0 %	218442626
6	NC_011738	TCTTAT	2	12	22155	22166	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	218442627
7	NC_011738	AGCCTG	2	12	24048	24059	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218442628
8	NC_011738	AGCTTG	2	12	24717	24728	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218442628
9	NC_011738	ATGGTA	2	12	35048	35059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442633
10	NC_011738	TGAAGA	2	12	38064	38075	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442636
11	NC_011738	TCGCTT	2	12	39779	39790	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	218442638
12	NC_011738	TGAAAG	2	12	42996	43007	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442640
13	NC_011738	CTTTAA	2	12	47985	47996	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	218442642
14	NC_011738	TGAAAG	2	12	52661	52672	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442647
15	NC_011738	ATACCA	2	12	57992	58003	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	218442653
16	NC_011738	GAAGCC	2	12	59739	59750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442655
17	NC_011738	TTGGCT	2	12	64182	64193	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	218442658
18	NC_011738	ACTCGA	2	12	72318	72329	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	218442667
19	NC_011738	TGACCC	2	12	74873	74884	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218442669
20	NC_011738	TAACTC	2	12	75482	75493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442669
21	NC_011738	TTCATC	2	12	85249	85260	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	218442677
22	NC_011738	AGGAAG	2	12	93431	93442	50 %	0 %	50 %	0 %	218442685
23	NC_011738	TTTTGA	2	12	101841	101852	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	218442695
24	NC_011738	CCTGCA	2	12	104814	104825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218442700
25	NC_011738	GGATCT	2	12	109571	109582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218442706
26	NC_011738	GAACAA	2	12	113613	113624	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	218442710
27	NC_011738	GGAGTC	2	12	118337	118348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	218442713
28	NC_011738	TGAGGG	2	12	119542	119553	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	218442714
29	NC_011738	CGATGA	2	12	120064	120075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218442714
30	NC_011738	TTTACT	2	12	123629	123640	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	218442716
31	NC_011738	CACTAA	2	12	125659	125670	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	218442716
32	NC_011738	AGAAAA	2	12	126257	126268	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	218442716
33	NC_011738	TTTCTC	2	12	127555	127566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442716
34	NC_011738	ATAATT	2	12	128016	128027	50 %	50 %	0 %	0 %	218442717
35	NC_011738	TTTCCC	2	12	128726	128737	0 %	50 %	0 %	50 %	218442717
36	NC_011738	GAAATG	2	12	131927	131938	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442720
37	NC_011738	TTAAAT	2	12	133819	133830	50 %	50 %	0 %	0 %	218442721
38	NC_011738	AAGTTA	2	12	133855	133866	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	218442721
39	NC_011738	CCATAG	2	12	135321	135332	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	218442723
40	NC_011738	TGACTT	2	12	139680	139691	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	218442725
41	NC_011738	AACCGG	2	12	139885	139896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442725
42	NC_011738	AATTAA	2	12	141898	141909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442725
43	NC_011738	GTTGCT	2	12	141975	141986	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	218442725
44	NC_011738	ACGCAA	2	12	143527	143538	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	218442726
45	NC_011738	GTTAAG	2	12	145751	145762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442726
46	NC_011738	TTACGG	2	12	146015	146026	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218442726
47	NC_011738	TTAAAA	2	12	146463	146474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442726
48	NC_011738	TAAGCT	2	12	146629	146640	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218442726
49	NC_011738	TTAAAT	2	12	146742	146753	50 %	50 %	0 %	0 %	218442726
50	NC_011738	TACTGA	2	12	149285	149296	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218442727
51	NC_011738	TCTTGC	2	12	151109	151120	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	218442728
52	NC_011738	GTCTGG	2	12	151505	151516	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	218442728
53	NC_011738	TTTTAT	2	12	154890	154901	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	218442729
54	NC_011738	TCCAAA	2	12	155130	155141	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	218442729
55	NC_011738	AAGGTT	2	12	158081	158092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442731
56	NC_011738	CTTAAG	2	12	167842	167853	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218442732
57	NC_011738	ATTTAA	2	12	171519	171530	50 %	50 %	0 %	0 %	218442732
58	NC_011738	TTTTAA	2	12	175279	175290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442733
59	NC_011738	ATGTTG	2	12	177969	177980	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	218442735
60	NC_011738	TGAAAA	2	12	180449	180460	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442737
61	NC_011738	ATTTTA	2	12	181047	181058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442737
62	NC_011738	GCAGAA	2	12	191971	191982	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	218442742
63	NC_011738	AGAAAT	2	12	192123	192134	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442742
64	NC_011738	TGAAAC	2	12	195312	195323	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	218442744
65	NC_011738	GGCCAA	2	12	199947	199958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442749
66	NC_011738	ACTAAA	2	12	204315	204326	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	218442752
67	NC_011738	CTCAAC	2	12	207934	207945	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	218442756
68	NC_011738	ACTTAT	2	12	208826	208837	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	218442757
69	NC_011738	TAGTTT	2	12	209815	209826	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	218442758
70	NC_011738	TTTTTG	2	12	210126	210137	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	218442758
71	NC_011738	TAAAAA	2	12	215685	215696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	218442763
72	NC_011738	ATTCAA	2	12	217365	217376	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	218442764
73	NC_011738	AAATGA	2	12	218555	218566	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442765
74	NC_011738	CTAATG	2	12	218681	218692	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218442765
75	NC_011738	GGAAAA	2	12	224957	224968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442771
76	NC_011738	AAGAAA	2	12	225089	225100	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	218442771
77	NC_011738	AGATAA	2	12	226320	226331	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442772
78	NC_011738	CTCAAT	2	12	231201	231212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442775
79	NC_011738	TTGCCA	2	12	231615	231626	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	218442775
80	NC_011738	AATTGG	2	12	234553	234564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442777
81	NC_011738	GATAAG	2	12	239403	239414	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442783
82	NC_011738	TTTTCC	2	12	239653	239664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442783
83	NC_011738	AAAGTA	2	12	240398	240409	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442784
84	NC_011738	AAACTA	2	12	242605	242616	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	218442785
85	NC_011738	ATCAGT	2	12	250741	250752	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218442791
86	NC_011738	ATGGTA	2	12	257007	257018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442800
87	NC_011738	TTTTTA	2	12	261317	261328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	218442804
88	NC_011738	TTGTTT	2	12	263988	263999	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	218442807
89	NC_011738	GATCCT	2	12	264161	264172	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	218442807
90	NC_011738	ATATCT	2	12	273725	273736	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	218442814
91	NC_011738	ACTTCA	2	12	274727	274738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442815
92	NC_011738	TCTTCA	2	12	278739	278750	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	218442817
93	NC_011738	TCTTCA	2	12	283180	283191	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	218442819
94	NC_011738	CTAAAA	2	12	284603	284614	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	218442820
95	NC_011738	TAGAGA	2	12	287699	287710	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442822
96	NC_011738	TCAACC	2	12	287990	288001	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	218442823
97	NC_011738	ATAAAA	2	12	291392	291403	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	218442826
98	NC_011738	TTGGGG	2	12	292023	292034	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442826
99	NC_011738	TAAACT	2	12	294434	294445	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	218442828
100	NC_011738	CGCCCA	2	12	297230	297241	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	218442829
101	NC_011738	GTCAAG	2	12	300291	300302	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218442829
102	NC_011738	GAACAA	2	12	302346	302357	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	218442830
103	NC_011738	TCGCCC	2	12	305492	305503	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	218442831
104	NC_011738	GCTCAA	2	12	306759	306770	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	218442831
105	NC_011738	TGAAGA	2	12	310270	310281	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442833
106	NC_011738	TATTTT	2	12	312260	312271	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	218442834
107	NC_011738	TGAAGA	2	12	312635	312646	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	218442835
108	NC_011738	GAAAAA	2	12	315508	315519	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	218442837
109	NC_011738	TTGATA	2	12	319697	319708	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	218442838
110	NC_011738	CGCAAG	2	12	323625	323636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442844
111	NC_011738	GAAAAG	2	12	323916	323927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442844
112	NC_011738	GATAAA	2	12	324878	324889	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	218442844
113	NC_011738	TTTTCT	2	12	325976	325987	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	218442845

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.