MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	GAACC	2	10	4585	4594	40 %	0 %	20 %	40 %	189016701
2	NC_010408	CGAGG	2	10	9239	9248	20 %	0 %	60 %	20 %	189016707
3	NC_010408	TCGGG	2	10	15555	15564	0 %	20 %	60 %	20 %	189016710
4	NC_010408	GCGCG	2	10	19639	19648	0 %	0 %	60 %	40 %	189016718
5	NC_010408	GCCAG	2	10	21334	21343	20 %	0 %	40 %	40 %	189016721
6	NC_010408	CCGCA	2	10	22176	22185	20 %	0 %	20 %	60 %	189016722
7	NC_010408	CCGCG	2	10	27595	27604	0 %	0 %	40 %	60 %	189016730
8	NC_010408	AACGC	2	10	29801	29810	40 %	0 %	20 %	40 %	189016734
9	NC_010408	TGGGG	2	10	30845	30854	0 %	20 %	80 %	0 %	189016737
10	NC_010408	CGGTG	2	10	30951	30960	0 %	20 %	60 %	20 %	189016737
11	NC_010408	TCCCG	2	10	35284	35293	0 %	20 %	20 %	60 %	189016742
12	NC_010408	TGCTG	2	10	35485	35494	0 %	40 %	40 %	20 %	189016742
13	NC_010408	GCGTC	2	10	36956	36965	0 %	20 %	40 %	40 %	189016744
14	NC_010408	GCTCG	2	10	39480	39489	0 %	20 %	40 %	40 %	189016748
15	NC_010408	GCGGG	3	15	41013	41027	0 %	0 %	80 %	20 %	189016751
16	NC_010408	GCCTC	2	10	42065	42074	0 %	20 %	20 %	60 %	189016752
17	NC_010408	TGATC	2	10	43382	43391	20 %	40 %	20 %	20 %	189016754
18	NC_010408	TCCAC	2	10	47392	47401	20 %	20 %	0 %	60 %	189016757
19	NC_010408	CGCGG	2	10	48349	48358	0 %	0 %	60 %	40 %	189016759
20	NC_010408	GGTCC	2	10	48615	48624	0 %	20 %	40 %	40 %	189016759
21	NC_010408	GAGCT	2	10	49343	49352	20 %	20 %	40 %	20 %	189016759
22	NC_010408	CGGCG	2	10	50344	50353	0 %	0 %	60 %	40 %	189016759
23	NC_010408	GCCGC	2	10	50495	50504	0 %	0 %	40 %	60 %	189016759
24	NC_010408	GCGGG	2	10	51646	51655	0 %	0 %	80 %	20 %	189016760
25	NC_010408	GAGGT	2	10	53909	53918	20 %	20 %	60 %	0 %	189016764
26	NC_010408	ATCGC	2	10	54098	54107	20 %	20 %	20 %	40 %	189016764
27	NC_010408	CGAGC	2	10	54154	54163	20 %	0 %	40 %	40 %	189016764
28	NC_010408	GTGCT	2	10	57798	57807	0 %	40 %	40 %	20 %	189016769
29	NC_010408	ATGGA	2	10	61359	61368	40 %	20 %	40 %	0 %	189016772
30	NC_010408	GCAGA	2	10	62079	62088	40 %	0 %	40 %	20 %	189016773
31	NC_010408	CGGCA	2	10	64868	64877	20 %	0 %	40 %	40 %	189016778
32	NC_010408	GGCGT	2	10	65716	65725	0 %	20 %	60 %	20 %	189016778
33	NC_010408	ACCGC	2	10	67402	67411	20 %	0 %	20 %	60 %	189016780
34	NC_010408	CCGCG	2	10	68749	68758	0 %	0 %	40 %	60 %	189016780
35	NC_010408	CACGG	2	10	69248	69257	20 %	0 %	40 %	40 %	189016780
36	NC_010408	AGCGG	2	10	69449	69458	20 %	0 %	60 %	20 %	189016781
37	NC_010408	CGTGG	2	10	70306	70315	0 %	20 %	60 %	20 %	189016781
38	NC_010408	CCGGC	2	10	70974	70983	0 %	0 %	40 %	60 %	189016782
39	NC_010408	GCTCC	2	10	72578	72587	0 %	20 %	20 %	60 %	189016784
40	NC_010408	CGGGT	2	10	75098	75107	0 %	20 %	60 %	20 %	189016786
41	NC_010408	CAGAG	2	10	78086	78095	40 %	0 %	40 %	20 %	189016789
42	NC_010408	CGCTG	2	10	78528	78537	0 %	20 %	40 %	40 %	189016790
43	NC_010408	AGCGC	2	10	78630	78639	20 %	0 %	40 %	40 %	189016790
44	NC_010408	GGTGC	2	10	79177	79186	0 %	20 %	60 %	20 %	189016790
45	NC_010408	CCCCG	2	10	79450	79459	0 %	0 %	20 %	80 %	189016790
46	NC_010408	GCAGA	2	10	82769	82778	40 %	0 %	40 %	20 %	189016796
47	NC_010408	CGTCC	2	10	83092	83101	0 %	20 %	20 %	60 %	189016797
48	NC_010408	CGACC	2	10	83127	83136	20 %	0 %	20 %	60 %	189016797
49	NC_010408	CTGGT	2	10	88072	88081	0 %	40 %	40 %	20 %	189016805
50	NC_010408	TGCTC	2	10	88333	88342	0 %	40 %	20 %	40 %	189016806
51	NC_010408	ATCCC	2	10	89898	89907	20 %	20 %	0 %	60 %	189016807
52	NC_010408	GGCGG	2	10	90821	90830	0 %	0 %	80 %	20 %	189016810

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.