MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis 434/Bu chromosome

Total Repeats: 278

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010287	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166153975
2	NC_010287	TATTGA	2	12	17200	17211	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166153984
3	NC_010287	TGTGAT	2	12	25499	25510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166153991
4	NC_010287	GGGAAG	2	12	38456	38467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154004
5	NC_010287	GGAAGA	2	12	42114	42125	50 %	0 %	50 %	0 %	166154006
6	NC_010287	ATGCAA	2	12	44426	44437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154010
7	NC_010287	GAGAAA	2	12	44655	44666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154010
8	NC_010287	TATATT	2	12	50095	50106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154015
9	NC_010287	TTTCCA	2	12	56918	56929	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166154021
10	NC_010287	ATGAAG	2	12	63531	63542	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	166154024
11	NC_010287	ATTAGG	2	12	69315	69326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154029
12	NC_010287	CCCTGA	2	12	72311	72322	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154032
13	NC_010287	AGAATT	2	12	75244	75255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154035
14	NC_010287	AAGCTC	2	12	75483	75494	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154035
15	NC_010287	TTTCTT	2	12	78346	78357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154037
16	NC_010287	AGAAAT	2	12	81536	81547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154040
17	NC_010287	GAAATT	2	12	83150	83161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154042
18	NC_010287	TAGCCT	2	12	86779	86790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154043
19	NC_010287	CACCTA	2	12	101341	101352	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166154053
20	NC_010287	AAGAGG	2	12	107221	107232	50 %	0 %	50 %	0 %	166154057
21	NC_010287	GAAAGG	2	12	112098	112109	50 %	0 %	50 %	0 %	166154062
22	NC_010287	AGCTTC	2	12	113552	113563	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154063
23	NC_010287	ATCACA	2	12	117656	117667	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166154068
24	NC_010287	GATCCG	2	12	122265	122276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154072
25	NC_010287	TTATGC	2	12	129203	129214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154078
26	NC_010287	ATGGGG	2	12	132237	132248	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166154081
27	NC_010287	AAAGAA	2	12	132716	132727	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154081
28	NC_010287	GGCTAG	2	12	133099	133110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166154081
29	NC_010287	GAGAAA	2	12	133146	133157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154081
30	NC_010287	CTTTTT	2	12	141046	141057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154083
31	NC_010287	GACCTG	2	12	146008	146019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154087
32	NC_010287	GAAGAG	2	12	166473	166484	50 %	0 %	50 %	0 %	166154097
33	NC_010287	TTTTCT	2	12	168863	168874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154098
34	NC_010287	CTGTTC	2	12	169176	169187	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154098
35	NC_010287	GTTTTT	2	12	169830	169841	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	166154099
36	NC_010287	GTGTAT	2	12	170742	170753	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154100
37	NC_010287	TATTGG	2	12	174821	174832	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154104
38	NC_010287	CCAACG	2	12	177149	177160	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	166154104
39	NC_010287	TCCAGA	2	12	179787	179798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154108
40	NC_010287	TTTTGG	2	12	184984	184995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154112
41	NC_010287	CAATTT	2	12	185651	185662	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	166154114
42	NC_010287	ATCGCC	2	12	185922	185933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154114
43	NC_010287	GACATA	2	12	198402	198413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154124
44	NC_010287	GACGGC	2	12	200901	200912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	166154127
45	NC_010287	CTTCTC	2	12	201810	201821	0 %	50 %	0 %	50 %	166154129
46	NC_010287	GAGCAA	2	12	204413	204424	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166154133
47	NC_010287	ATAGGG	2	12	225163	225174	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	166154148
48	NC_010287	CGGAGG	2	12	225485	225496	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166154149
49	NC_010287	GGATTA	2	12	235353	235364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154156
50	NC_010287	GAAAAA	2	12	235899	235910	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154156
51	NC_010287	TTAAAA	2	12	239787	239798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154160
52	NC_010287	GCTATT	2	12	247408	247419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154167
53	NC_010287	CAAATG	2	12	249942	249953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154168
54	NC_010287	GGCTGG	2	12	261052	261063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166154176
55	NC_010287	ACAGGA	2	12	261164	261175	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166154176
56	NC_010287	TTAAGC	2	12	262213	262224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154177
57	NC_010287	CCAGAA	2	12	265814	265825	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	166154181
58	NC_010287	CAGGGA	2	12	271185	271196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	166154185
59	NC_010287	CTCCAT	2	12	273710	273721	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	166154186
60	NC_010287	TCAGTA	2	12	274898	274909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154187
61	NC_010287	CAGAAT	2	12	276171	276182	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154190
62	NC_010287	TACTAG	2	12	276684	276695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154190
63	NC_010287	AGAATA	2	12	283663	283674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154199
64	NC_010287	AATTAA	2	12	286409	286420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154200
65	NC_010287	GCAATA	2	12	287355	287366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154200
66	NC_010287	CTTTAT	2	12	290743	290754	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166154204
67	NC_010287	AGCTGG	2	12	291171	291182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166154204
68	NC_010287	TTGTAA	2	12	294040	294051	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166154207
69	NC_010287	CGTTGA	2	12	303349	303360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154213
70	NC_010287	TTTCTT	2	12	308918	308929	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154216
71	NC_010287	TTTGCG	2	12	311138	311149	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166154216
72	NC_010287	GCGGAG	2	12	315336	315347	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166154218
73	NC_010287	ACCATC	2	12	315967	315978	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166154218
74	NC_010287	GAAGGA	2	12	323005	323016	50 %	0 %	50 %	0 %	166154221
75	NC_010287	AAAGCT	2	12	327186	327197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154225
76	NC_010287	TAGCAA	2	12	333076	333087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154231
77	NC_010287	AAAGCT	2	12	333207	333218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154231
78	NC_010287	TAGTGA	2	12	334353	334364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154232
79	NC_010287	ATATAC	2	12	338220	338231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	166154235
80	NC_010287	GTTCCT	2	12	341638	341649	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154238
81	NC_010287	CTTTTT	2	12	343792	343803	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154240
82	NC_010287	GTGAGG	2	12	347721	347732	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166154241
83	NC_010287	GGATTT	2	12	358198	358209	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154253
84	NC_010287	AATTAG	2	12	359618	359629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154254
85	NC_010287	TTCCTG	2	12	359917	359928	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154254
86	NC_010287	TTTTGA	2	12	367154	367165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	166154261
87	NC_010287	TGAACG	2	12	374566	374577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166154268
88	NC_010287	GTGATT	2	12	374585	374596	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154268
89	NC_010287	GGTTCA	2	12	377355	377366	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154270
90	NC_010287	GAAAAG	2	12	378611	378622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154271
91	NC_010287	AGTTGT	2	12	379807	379818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154272
92	NC_010287	AGTTGT	2	12	379951	379962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154272
93	NC_010287	CTTGTT	2	12	380864	380875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154272
94	NC_010287	TCCTAA	2	12	381675	381686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154273
95	NC_010287	GTTCTT	2	12	385589	385600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154275
96	NC_010287	CTATTT	2	12	393899	393910	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166154282
97	NC_010287	ACTCTT	2	12	395028	395039	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166154283
98	NC_010287	TTTCTG	2	12	395578	395589	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154284
99	NC_010287	GATCAT	2	12	395708	395719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154284
100	NC_010287	TAGTAC	2	12	398702	398713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166154285
101	NC_010287	GGTTTA	2	12	402355	402366	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154288
102	NC_010287	GTCTGT	2	12	405399	405410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166154291
103	NC_010287	TTCTGA	2	12	411013	411024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154295
104	NC_010287	AAAAGA	2	12	416077	416088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154301
105	NC_010287	AGCTGT	2	12	418170	418181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154303
106	NC_010287	TCTTTT	2	12	418835	418846	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154305
107	NC_010287	GGGGCT	2	12	419783	419794	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166154305
108	NC_010287	TTTGAG	2	12	421982	421993	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154307
109	NC_010287	TCAGAA	2	12	428623	428634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154312
110	NC_010287	CATAAC	2	12	431667	431678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166154315
111	NC_010287	TGTTCT	2	12	434434	434445	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166154317
112	NC_010287	ACTTCG	2	12	437727	437738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154319
113	NC_010287	TTGCCA	2	12	441268	441279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154324
114	NC_010287	TTGGTA	2	12	442882	442893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154326
115	NC_010287	AGGATC	2	12	443261	443272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166154326
116	NC_010287	AAGGGT	2	12	445068	445079	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	166154327
117	NC_010287	GGGTTT	2	12	446031	446042	0 %	50 %	50 %	0 %	166154328
118	NC_010287	TTGCAT	2	12	446313	446324	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154328
119	NC_010287	AAGAGA	2	12	446682	446693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154328
120	NC_010287	TTAAAA	2	12	455617	455628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154334
121	NC_010287	AGGTTG	2	12	456859	456870	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	166154335
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140	NC_010287	CTGGAT	2	12	533244	533255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166154400
141	NC_010287	GAAATA	2	12	533567	533578	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154400
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151	NC_010287	CCTGCA	2	12	573989	574000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154440
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219	NC_010287	GGTTGT	2	12	829123	829134	0 %	50 %	50 %	0 %	166154654
220	NC_010287	GCTGTT	2	12	831481	831492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166154656
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229	NC_010287	AGCCAC	2	12	849751	849762	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	166154670
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232	NC_010287	AGGGAA	2	12	857983	857994	50 %	0 %	50 %	0 %	166154677
233	NC_010287	CTTCCT	2	12	860489	860500	0 %	50 %	0 %	50 %	166154681
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.