MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154850
2	NC_010280	TATTGA	2	12	17198	17209	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166154859
3	NC_010280	TGTGAT	2	12	25497	25508	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154866
4	NC_010280	GGGAAG	2	12	38454	38465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154879
5	NC_010280	GGAAGA	2	12	42119	42130	50 %	0 %	50 %	0 %	166154881
6	NC_010280	ATGCAA	2	12	44431	44442	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154885
7	NC_010280	GAGAAA	2	12	44660	44671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154885
8	NC_010280	TATATT	2	12	50100	50111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154890
9	NC_010280	TTTCCA	2	12	56923	56934	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166154896
10	NC_010280	ATGAAG	2	12	63537	63548	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	166154899
11	NC_010280	ATTAGG	2	12	69321	69332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154904
12	NC_010280	CCCTGA	2	12	72317	72328	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154907
13	NC_010280	AGAATT	2	12	75239	75250	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154910
14	NC_010280	AAGCTC	2	12	75478	75489	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154910
15	NC_010280	TTTCTT	2	12	78341	78352	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154912
16	NC_010280	AGAAAT	2	12	81531	81542	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166154915
17	NC_010280	GAAATT	2	12	83145	83156	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166154917
18	NC_010280	TAGCCT	2	12	86774	86785	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154918
19	NC_010280	CACCTA	2	12	101336	101347	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166154928
20	NC_010280	AAGAGG	2	12	107216	107227	50 %	0 %	50 %	0 %	166154932
21	NC_010280	GAAAGG	2	12	112093	112104	50 %	0 %	50 %	0 %	166154937
22	NC_010280	AGCTTC	2	12	113547	113558	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166154938
23	NC_010280	ATCACA	2	12	117651	117662	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166154943
24	NC_010280	GATCCG	2	12	122260	122271	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154947
25	NC_010280	TTATGC	2	12	129210	129221	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166154953
26	NC_010280	ATGGGG	2	12	132244	132255	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166154956
27	NC_010280	AAAGAA	2	12	132723	132734	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166154956
28	NC_010280	GGCTAG	2	12	133106	133117	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166154956
29	NC_010280	GAGAAA	2	12	133153	133164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154956
30	NC_010280	CTTTTT	2	12	141052	141063	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154958
31	NC_010280	GACCTG	2	12	146014	146025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	166154962
32	NC_010280	GAAGAG	2	12	166479	166490	50 %	0 %	50 %	0 %	166154972
33	NC_010280	TTTTCT	2	12	168869	168880	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166154973
34	NC_010280	CTGTTC	2	12	169182	169193	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166154973
35	NC_010280	GTTTTT	2	12	169836	169847	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	166154974
36	NC_010280	GTGTAT	2	12	170748	170759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154975
37	NC_010280	TATTGG	2	12	174827	174838	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166154979
38	NC_010280	CCAACG	2	12	177155	177166	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	166154979
39	NC_010280	TCCAGA	2	12	179793	179804	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	166154983
40	NC_010280	TTTTGG	2	12	184990	185001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154987
41	NC_010280	CAATTT	2	12	185657	185668	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	166154989
42	NC_010280	ATCGCC	2	12	185928	185939	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	166154989
43	NC_010280	GACATA	2	12	198408	198419	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166154999
44	NC_010280	GACGGC	2	12	200907	200918	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	166155002
45	NC_010280	CTTCTC	2	12	201816	201827	0 %	50 %	0 %	50 %	166155004
46	NC_010280	GAGCAA	2	12	204419	204430	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166155008
47	NC_010280	ATAGGG	2	12	225169	225180	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	166155023
48	NC_010280	CGGAGG	2	12	225491	225502	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166155024
49	NC_010280	GGATTA	2	12	235359	235370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166155031
50	NC_010280	GAAAAA	2	12	235905	235916	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166155031
51	NC_010280	TTAAAA	2	12	239793	239804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166155035
52	NC_010280	GCTATT	2	12	247415	247426	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166155042
53	NC_010280	CAAATG	2	12	249949	249960	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155043
54	NC_010280	GGCTGG	2	12	261059	261070	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166155051
55	NC_010280	ACAGGA	2	12	261171	261182	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166155051
56	NC_010280	TTAAGC	2	12	262220	262231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155052
57	NC_010280	CCAGAA	2	12	265821	265832	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	166155056
58	NC_010280	CAGGGA	2	12	271192	271203	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	166155060
59	NC_010280	CTCCAT	2	12	273717	273728	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	166155061
60	NC_010280	TCAGTA	2	12	274905	274916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155062
61	NC_010280	CAGAAT	2	12	276178	276189	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155065
62	NC_010280	TACTAG	2	12	276691	276702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155065
63	NC_010280	AGAATA	2	12	283670	283681	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166155074
64	NC_010280	AATTAA	2	12	286416	286427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166155075
65	NC_010280	GCAATA	2	12	287362	287373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155075
66	NC_010280	CTTTAT	2	12	290750	290761	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166155079
67	NC_010280	AGCTGG	2	12	291178	291189	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	166155079
68	NC_010280	TTGTAA	2	12	294047	294058	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166155082
69	NC_010280	CGTTGA	2	12	303357	303368	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166155088
70	NC_010280	TTTCTT	2	12	308936	308947	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166155091
71	NC_010280	TTTGCG	2	12	311156	311167	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166155091
72	NC_010280	GCGGAG	2	12	315357	315368	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	166155093
73	NC_010280	ACCATC	2	12	315988	315999	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	166155093
74	NC_010280	GAAGGA	2	12	323035	323046	50 %	0 %	50 %	0 %	166155096
75	NC_010280	AAAGCT	2	12	327216	327227	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155100
76	NC_010280	TAGCAA	2	12	333106	333117	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155106
77	NC_010280	AAAGCT	2	12	333237	333248	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155106
78	NC_010280	TAGTGA	2	12	334383	334394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166155107
79	NC_010280	ATATAC	2	12	338250	338261	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	166155110
80	NC_010280	GTTCCT	2	12	341668	341679	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166155113
81	NC_010280	CTTTTT	2	12	343822	343833	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166155115
82	NC_010280	GTGAGG	2	12	347752	347763	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	166155116
83	NC_010280	GGATTT	2	12	358229	358240	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155128
84	NC_010280	AATTAG	2	12	359649	359660	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	166155129
85	NC_010280	TTCCTG	2	12	359948	359959	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	166155129
86	NC_010280	TTTTGA	2	12	367185	367196	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	166155136
87	NC_010280	TGAACG	2	12	374595	374606	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166155143
88	NC_010280	GTGATT	2	12	374614	374625	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155143
89	NC_010280	GGTTCA	2	12	377384	377395	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166155145
90	NC_010280	GAAAAG	2	12	378640	378651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166155146
91	NC_010280	AGTTGT	2	12	379845	379856	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155147
92	NC_010280	AGTTGT	2	12	379989	380000	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155147
93	NC_010280	TCTTGT	2	12	380898	380909	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166155147
94	NC_010280	TCCTAA	2	12	381711	381722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166155148
95	NC_010280	GTTCTT	2	12	385625	385636	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166155150
96	NC_010280	CTATTT	2	12	393935	393946	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	166155157
97	NC_010280	ACTCTT	2	12	395064	395075	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166155158
98	NC_010280	TTTCTG	2	12	395614	395625	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166155159
99	NC_010280	GATCAT	2	12	395744	395755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155159
100	NC_010280	TAGTAC	2	12	398738	398749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155160
101	NC_010280	GGTTTA	2	12	402391	402402	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155163
102	NC_010280	GTCTGT	2	12	405435	405446	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166155166
103	NC_010280	TTCTGA	2	12	411049	411060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166155170
104	NC_010280	AAAAGA	2	12	416113	416124	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	166155176
105	NC_010280	AGCTGT	2	12	418206	418217	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166155178
106	NC_010280	TCTTTT	2	12	418871	418882	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	166155180
107	NC_010280	GGGGCT	2	12	419819	419830	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	166155180
108	NC_010280	TTTGAG	2	12	422019	422030	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155182
109	NC_010280	TCAGAA	2	12	428660	428671	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	166155187
110	NC_010280	CATAAC	2	12	431704	431715	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166155190
111	NC_010280	TGTTCT	2	12	434471	434482	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	166155192
112	NC_010280	ACTTCG	2	12	437764	437775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166155194
113	NC_010280	TTGCCA	2	12	441305	441316	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	166155199
114	NC_010280	TTGGTA	2	12	442919	442930	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	166155201
115	NC_010280	AGGATC	2	12	443298	443309	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166155201
116	NC_010280	AAGGGT	2	12	445105	445116	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	166155202
117	NC_010280	GGGTTT	2	12	446068	446079	0 %	50 %	50 %	0 %	166155203
118	NC_010280	TTGCAT	2	12	446350	446361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	166155203
119	NC_010280	AAGAGA	2	12	446719	446730	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166155203
120	NC_010280	TTAAAA	2	12	455654	455665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166155209
121	NC_010280	AGGTTG	2	12	456896	456907	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	166155210
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140	NC_010280	CTGGAT	2	12	533279	533290	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	166155275
141	NC_010280	GAAATA	2	12	533602	533613	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	166155275
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219	NC_010280	AGTTTT	2	12	827029	827040	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	394894522
220	NC_010280	GGTTGT	2	12	829157	829168	0 %	50 %	50 %	0 %	166155529
221	NC_010280	GCTGTT	2	12	831515	831526	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	166155531
222	NC_010280	CTCTAT	2	12	835008	835019	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	166155535
223	NC_010280	TGAACT	2	12	835515	835526	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155535
224	NC_010280	TAATTC	2	12	836837	836848	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	166155536
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227	NC_010280	CAGGAA	2	12	844965	844976	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	166155541
228	NC_010280	ACTGTA	2	12	849752	849763	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155545
229	NC_010280	AGCCAC	2	12	849787	849798	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	166155545
230	NC_010280	ATGTCA	2	12	851466	851477	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155545
231	NC_010280	CAAATC	2	12	853566	853577	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	166155547
232	NC_010280	AGGGAA	2	12	858007	858018	50 %	0 %	50 %	0 %	166155552
233	NC_010280	CTTCCT	2	12	860513	860524	0 %	50 %	0 %	50 %	166155556
234	NC_010280	ACAAGA	2	12	862016	862027	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	166155557
235	NC_010280	TAATTG	2	12	864061	864072	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	166155560
236	NC_010280	ATTACA	2	12	869120	869131	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	166155564
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239	NC_010280	GCATAG	2	12	878109	878120	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	166155571
240	NC_010280	TTTCAA	2	12	879281	879292	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	166155573
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255	NC_010280	ACTGTA	2	12	937763	937774	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	166155639
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.