MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 640

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	GCGTA	2	10	1071	1080	20 %	20 %	40 %	20 %	166154850
2	NC_010280	TATGG	2	10	1436	1445	20 %	40 %	40 %	0 %	166154850
3	NC_010280	TTTCG	2	10	1720	1729	0 %	60 %	20 %	20 %	166154850
4	NC_010280	GAGAA	2	10	3215	3224	60 %	0 %	40 %	0 %	166154852
5	NC_010280	TGCTT	2	10	3396	3405	0 %	60 %	20 %	20 %	166154852
6	NC_010280	ACTGT	2	10	5098	5107	20 %	40 %	20 %	20 %	166154852
7	NC_010280	ATTCT	2	10	5382	5391	20 %	60 %	0 %	20 %	166154853
8	NC_010280	TTGAA	2	10	6264	6273	40 %	40 %	20 %	0 %	166154853
9	NC_010280	ATGGA	2	10	9092	9101	40 %	20 %	40 %	0 %	166154855
10	NC_010280	TAAGA	2	10	10093	10102	60 %	20 %	20 %	0 %	166154855
11	NC_010280	TTCAT	2	10	10276	10285	20 %	60 %	0 %	20 %	166154855
12	NC_010280	CTTCT	2	10	14934	14943	0 %	60 %	0 %	40 %	166154857
13	NC_010280	CTGAA	2	10	15308	15317	40 %	20 %	20 %	20 %	166154857
14	NC_010280	GAAGG	2	10	17241	17250	40 %	0 %	60 %	0 %	166154859
15	NC_010280	CGGAA	2	10	20261	20270	40 %	0 %	40 %	20 %	166154860
16	NC_010280	GATAC	2	10	20842	20851	40 %	20 %	20 %	20 %	166154861
17	NC_010280	TTTTG	2	10	26709	26718	0 %	80 %	20 %	0 %	166154867
18	NC_010280	TGCTC	2	10	28646	28655	0 %	40 %	20 %	40 %	166154868
19	NC_010280	ATGTC	2	10	29548	29557	20 %	40 %	20 %	20 %	166154868
20	NC_010280	AATAA	2	10	31087	31096	80 %	20 %	0 %	0 %	166154871
21	NC_010280	GTTTT	2	10	34288	34297	0 %	80 %	20 %	0 %	166154875
22	NC_010280	TTTCT	2	10	34961	34970	0 %	80 %	0 %	20 %	166154877
23	NC_010280	GAATC	2	10	35470	35479	40 %	20 %	20 %	20 %	166154877
24	NC_010280	TTTGG	2	10	37135	37144	0 %	60 %	40 %	0 %	166154878
25	NC_010280	AGAGA	2	10	42131	42140	60 %	0 %	40 %	0 %	166154881
26	NC_010280	GCTCT	2	10	42198	42207	0 %	40 %	20 %	40 %	166154881
27	NC_010280	GGATC	2	10	46001	46010	20 %	20 %	40 %	20 %	166154886
28	NC_010280	TAAAT	2	10	46042	46051	60 %	40 %	0 %	0 %	166154886
29	NC_010280	CAGAG	2	10	46205	46214	40 %	0 %	40 %	20 %	166154887
30	NC_010280	GCGAT	2	10	46357	46366	20 %	20 %	40 %	20 %	166154887
31	NC_010280	AGATG	2	10	46592	46601	40 %	20 %	40 %	0 %	166154887
32	NC_010280	TTTTC	2	10	47610	47619	0 %	80 %	0 %	20 %	166154889
33	NC_010280	GAGCA	2	10	49301	49310	40 %	0 %	40 %	20 %	166154890
34	NC_010280	CAATT	2	10	51692	51701	40 %	40 %	0 %	20 %	166154891
35	NC_010280	GGCGT	2	10	54328	54337	0 %	20 %	60 %	20 %	166154892
36	NC_010280	GGATA	2	10	54621	54630	40 %	20 %	40 %	0 %	166154893
37	NC_010280	CCATT	2	10	56288	56297	20 %	40 %	0 %	40 %	166154895
38	NC_010280	CAATT	2	10	57893	57902	40 %	40 %	0 %	20 %	166154897
39	NC_010280	GAAAA	2	10	60436	60445	80 %	0 %	20 %	0 %	166154899
40	NC_010280	GAGGT	2	10	61404	61413	20 %	20 %	60 %	0 %	166154899
41	NC_010280	ATTTT	2	10	61746	61755	20 %	80 %	0 %	0 %	166154899
42	NC_010280	TTTGG	2	10	63925	63934	0 %	60 %	40 %	0 %	166154900
43	NC_010280	GTTAT	2	10	64399	64408	20 %	60 %	20 %	0 %	166154900
44	NC_010280	CGTTT	2	10	65255	65264	0 %	60 %	20 %	20 %	166154901
45	NC_010280	TTCTA	2	10	66079	66088	20 %	60 %	0 %	20 %	166154901
46	NC_010280	TTAGT	2	10	66428	66437	20 %	60 %	20 %	0 %	166154901
47	NC_010280	TAGGT	2	10	67169	67178	20 %	40 %	40 %	0 %	166154902
48	NC_010280	AGGGA	2	10	67799	67808	40 %	0 %	60 %	0 %	166154903
49	NC_010280	CTTAA	2	10	70671	70680	40 %	40 %	0 %	20 %	166154905
50	NC_010280	ACAAA	2	10	71770	71779	80 %	0 %	0 %	20 %	166154907
51	NC_010280	TCCGG	2	10	81547	81556	0 %	20 %	40 %	40 %	166154915
52	NC_010280	TGGCT	2	10	83897	83906	0 %	40 %	40 %	20 %	166154917
53	NC_010280	AAGAA	2	10	85068	85077	80 %	0 %	20 %	0 %	166154918
54	NC_010280	ATAGG	2	10	90203	90212	40 %	20 %	40 %	0 %	166154921
55	NC_010280	AAAGC	2	10	90361	90370	60 %	0 %	20 %	20 %	166154921
56	NC_010280	ACAAT	2	10	91221	91230	60 %	20 %	0 %	20 %	166154922
57	NC_010280	ACACA	2	10	94199	94208	60 %	0 %	0 %	40 %	166154924
58	NC_010280	TGTTT	2	10	95142	95151	0 %	80 %	20 %	0 %	166154925
59	NC_010280	CTTTG	2	10	95561	95570	0 %	60 %	20 %	20 %	166154925
60	NC_010280	GCATC	2	10	96210	96219	20 %	20 %	20 %	40 %	166154925
61	NC_010280	AAAGT	2	10	101705	101714	60 %	20 %	20 %	0 %	166154928
62	NC_010280	CGATG	2	10	101781	101790	20 %	20 %	40 %	20 %	166154928
63	NC_010280	CGAAG	2	10	102621	102630	40 %	0 %	40 %	20 %	166154928
64	NC_010280	GGAAG	2	10	104402	104411	40 %	0 %	60 %	0 %	166154929
65	NC_010280	ACTCC	2	10	104978	104987	20 %	20 %	0 %	60 %	166154930
66	NC_010280	TGTCT	2	10	110015	110024	0 %	60 %	20 %	20 %	166154935
67	NC_010280	GGAAA	2	10	112767	112776	60 %	0 %	40 %	0 %	166154938
68	NC_010280	TGGCA	2	10	114637	114646	20 %	20 %	40 %	20 %	166154940
69	NC_010280	TTAGA	2	10	115363	115372	40 %	40 %	20 %	0 %	166154940
70	NC_010280	CGTGG	2	10	118343	118352	0 %	20 %	60 %	20 %	166154944
71	NC_010280	AACGT	2	10	118470	118479	40 %	20 %	20 %	20 %	166154944
72	NC_010280	AAGAG	2	10	120123	120132	60 %	0 %	40 %	0 %	166154945
73	NC_010280	ATGGC	2	10	124194	124203	20 %	20 %	40 %	20 %	166154948
74	NC_010280	ATGCA	2	10	125900	125909	40 %	20 %	20 %	20 %	166154950
75	NC_010280	GCTGA	2	10	127301	127310	20 %	20 %	40 %	20 %	166154951
76	NC_010280	CTCAC	2	10	128890	128899	20 %	20 %	0 %	60 %	166154953
77	NC_010280	AGAAA	2	10	130019	130028	80 %	0 %	20 %	0 %	166154955
78	NC_010280	GATAA	2	10	132647	132656	60 %	20 %	20 %	0 %	166154956
79	NC_010280	AGAAA	2	10	132948	132957	80 %	0 %	20 %	0 %	166154956
80	NC_010280	GGTCG	2	10	139994	140003	0 %	20 %	60 %	20 %	166154957
81	NC_010280	TGGGA	2	10	142404	142413	20 %	20 %	60 %	0 %	166154959
82	NC_010280	GCTTT	2	10	142906	142915	0 %	60 %	20 %	20 %	166154960
83	NC_010280	TCCCA	2	10	146612	146621	20 %	20 %	0 %	60 %	166154962
84	NC_010280	AAAAC	2	10	147054	147063	80 %	0 %	0 %	20 %	166154962
85	NC_010280	CAGCC	2	10	150942	150951	20 %	0 %	20 %	60 %	166154965
86	NC_010280	AGACA	2	10	153002	153011	60 %	0 %	20 %	20 %	166154966
87	NC_010280	GAAAT	2	10	153045	153054	60 %	20 %	20 %	0 %	166154966
88	NC_010280	GTATC	2	10	154068	154077	20 %	40 %	20 %	20 %	166154966
89	NC_010280	CGATT	2	10	162607	162616	20 %	40 %	20 %	20 %	166154967
90	NC_010280	CTTTT	2	10	165067	165076	0 %	80 %	0 %	20 %	166154970
91	NC_010280	GAAGA	2	10	165554	165563	60 %	0 %	40 %	0 %	166154971
92	NC_010280	CTATT	2	10	169915	169924	20 %	60 %	0 %	20 %	166154974
93	NC_010280	TGGAT	2	10	170198	170207	20 %	40 %	40 %	0 %	166154974
94	NC_010280	ATCCT	2	10	171163	171172	20 %	40 %	0 %	40 %	166154975
95	NC_010280	CAAGC	2	10	171248	171257	40 %	0 %	20 %	40 %	166154975
96	NC_010280	ATTGT	2	10	171818	171827	20 %	60 %	20 %	0 %	166154975
97	NC_010280	CATTG	2	10	172548	172557	20 %	40 %	20 %	20 %	166154976
98	NC_010280	GTCGT	2	10	176981	176990	0 %	40 %	40 %	20 %	166154979
99	NC_010280	ATGGA	2	10	178786	178795	40 %	20 %	40 %	0 %	166154982
100	NC_010280	TGCAG	2	10	179439	179448	20 %	20 %	40 %	20 %	166154983
101	NC_010280	AAGGG	2	10	181647	181656	40 %	0 %	60 %	0 %	166154985
102	NC_010280	AAGAA	2	10	182109	182118	80 %	0 %	20 %	0 %	166154985
103	NC_010280	AGCAG	2	10	182505	182514	40 %	0 %	40 %	20 %	166154985
104	NC_010280	AATCA	2	10	182680	182689	60 %	20 %	0 %	20 %	166154985
105	NC_010280	GTTTT	2	10	184482	184491	0 %	80 %	20 %	0 %	166154987
106	NC_010280	TCTGT	2	10	191662	191671	0 %	60 %	20 %	20 %	166154994
107	NC_010280	AAAGA	2	10	194770	194779	80 %	0 %	20 %	0 %	166154996
108	NC_010280	CCCTA	2	10	195707	195716	20 %	20 %	0 %	60 %	166154997
109	NC_010280	TCTTT	2	10	196457	196466	0 %	80 %	0 %	20 %	166154998
110	NC_010280	ATCCA	2	10	200375	200384	40 %	20 %	0 %	40 %	166155000
111	NC_010280	TGTAT	2	10	203442	203451	20 %	60 %	20 %	0 %	166155007
112	NC_010280	GTTTT	2	10	203813	203822	0 %	80 %	20 %	0 %	166155008
113	NC_010280	TTAAA	2	10	204338	204347	60 %	40 %	0 %	0 %	166155008
114	NC_010280	TTTCA	2	10	204957	204966	20 %	60 %	0 %	20 %	166155008
115	NC_010280	CTGTC	2	10	206995	207004	0 %	40 %	20 %	40 %	166155009
116	NC_010280	CGATA	2	10	208738	208747	40 %	20 %	20 %	20 %	166155010
117	NC_010280	AGAGG	2	10	209360	209369	40 %	0 %	60 %	0 %	166155010
118	NC_010280	CTTTC	2	10	209375	209384	0 %	60 %	0 %	40 %	166155010
119	NC_010280	TGGGG	2	10	210364	210373	0 %	20 %	80 %	0 %	166155011
120	NC_010280	TCTAT	2	10	211854	211863	20 %	60 %	0 %	20 %	166155013
121	NC_010280	CACAT	2	10	213621	213630	40 %	20 %	0 %	40 %	166155013
122	NC_010280	TGTCG	2	10	215921	215930	0 %	40 %	40 %	20 %	166155015
123	NC_010280	CAATC	2	10	218175	218184	40 %	20 %	0 %	40 %	166155017
124	NC_010280	ATGAT	2	10	219396	219405	40 %	40 %	20 %	0 %	166155020
125	NC_010280	TAATT	2	10	220933	220942	40 %	60 %	0 %	0 %	166155022
126	NC_010280	GGTAG	2	10	223815	223824	20 %	20 %	60 %	0 %	166155023
127	NC_010280	AGATA	2	10	223826	223835	60 %	20 %	20 %	0 %	166155023
128	NC_010280	GATCC	2	10	225833	225842	20 %	20 %	20 %	40 %	166155024
129	NC_010280	TAGCT	2	10	226388	226397	20 %	40 %	20 %	20 %	166155025
130	NC_010280	AGAGA	2	10	227179	227188	60 %	0 %	40 %	0 %	166155025
131	NC_010280	ATCAA	2	10	227763	227772	60 %	20 %	0 %	20 %	166155025
132	NC_010280	TGATT	2	10	228606	228615	20 %	60 %	20 %	0 %	166155026
133	NC_010280	CGTTC	2	10	229348	229357	0 %	40 %	20 %	40 %	166155029
134	NC_010280	TGCAG	2	10	232130	232139	20 %	20 %	40 %	20 %	166155030
135	NC_010280	AAAGT	2	10	233327	233336	60 %	20 %	20 %	0 %	166155030
136	NC_010280	TGTCT	2	10	234033	234042	0 %	60 %	20 %	20 %	166155030
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261	NC_010280	TTTTC	2	10	413256	413265	0 %	80 %	0 %	20 %	166155172
262	NC_010280	GGATG	2	10	413516	413525	20 %	20 %	60 %	0 %	166155173
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264	NC_010280	ACAGC	2	10	416100	416109	40 %	0 %	20 %	40 %	166155176
265	NC_010280	CTTTT	2	10	416474	416483	0 %	80 %	0 %	20 %	166155177
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279	NC_010280	CTTCT	2	10	425489	425498	0 %	60 %	0 %	40 %	166155185
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283	NC_010280	GCATT	2	10	432235	432244	20 %	40 %	20 %	20 %	166155191
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392	NC_010280	CAATT	2	10	620968	620977	40 %	40 %	0 %	20 %	166155356
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