MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009479	CGTC	2	8	1988	1995	0 %	25 %	25 %	50 %	148271112
2	NC_009479	CGAG	2	8	4726	4733	25 %	0 %	50 %	25 %	148271115
3	NC_009479	CGGC	2	8	5324	5331	0 %	0 %	50 %	50 %	148271117
4	NC_009479	ACGC	2	8	5518	5525	25 %	0 %	25 %	50 %	148271117
5	NC_009479	CGAC	2	8	5828	5835	25 %	0 %	25 %	50 %	148271117
6	NC_009479	CTCC	2	8	5905	5912	0 %	25 %	0 %	75 %	148271117
7	NC_009479	CGTC	2	8	6646	6653	0 %	25 %	25 %	50 %	148271118
8	NC_009479	CGGC	2	8	6937	6944	0 %	0 %	50 %	50 %	148271118
9	NC_009479	CGAA	2	8	6952	6959	50 %	0 %	25 %	25 %	148271118
10	NC_009479	GCAC	2	8	7545	7552	25 %	0 %	25 %	50 %	148271119
11	NC_009479	CCGC	2	8	8007	8014	0 %	0 %	25 %	75 %	148271120
12	NC_009479	TCGC	2	8	8145	8152	0 %	25 %	25 %	50 %	148271120
13	NC_009479	CGGC	2	8	8339	8346	0 %	0 %	50 %	50 %	148271121
14	NC_009479	TCCT	2	8	8473	8480	0 %	50 %	0 %	50 %	148271121
15	NC_009479	CTCG	2	8	8495	8502	0 %	25 %	25 %	50 %	148271121
16	NC_009479	ATGA	2	8	8543	8550	50 %	25 %	25 %	0 %	148271121
17	NC_009479	GCCG	2	8	8660	8667	0 %	0 %	50 %	50 %	148271122
18	NC_009479	GTCC	2	8	8789	8796	0 %	25 %	25 %	50 %	148271122
19	NC_009479	CGCC	2	8	8897	8904	0 %	0 %	25 %	75 %	148271122
20	NC_009479	CGAG	2	8	9377	9384	25 %	0 %	50 %	25 %	148271123
21	NC_009479	CCCG	2	8	9447	9454	0 %	0 %	25 %	75 %	148271123
22	NC_009479	GCCG	2	8	10537	10544	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
23	NC_009479	ACTC	2	8	10788	10795	25 %	25 %	0 %	50 %	148271123
24	NC_009479	CGGA	2	8	10835	10842	25 %	0 %	50 %	25 %	148271123
25	NC_009479	CGCT	2	8	11638	11645	0 %	25 %	25 %	50 %	148271123
26	NC_009479	TCGG	2	8	11733	11740	0 %	25 %	50 %	25 %	148271123
27	NC_009479	CCGC	2	8	12938	12945	0 %	0 %	25 %	75 %	148271123
28	NC_009479	CGGC	2	8	12969	12976	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
29	NC_009479	CGGG	2	8	15779	15786	0 %	0 %	75 %	25 %	148271125
30	NC_009479	CATG	2	8	15908	15915	25 %	25 %	25 %	25 %	148271125
31	NC_009479	GGTG	2	8	17180	17187	0 %	25 %	75 %	0 %	148271126
32	NC_009479	CACC	2	8	17516	17523	25 %	0 %	0 %	75 %	148271126
33	NC_009479	GCCC	2	8	17779	17786	0 %	0 %	25 %	75 %	148271128
34	NC_009479	CACG	2	8	17854	17861	25 %	0 %	25 %	50 %	148271128
35	NC_009479	CAGC	2	8	18440	18447	25 %	0 %	25 %	50 %	148271127
36	NC_009479	CGGC	2	8	19554	19561	0 %	0 %	50 %	50 %	148271130
37	NC_009479	GCGA	2	8	20204	20211	25 %	0 %	50 %	25 %	148271130
38	NC_009479	GCCC	2	8	20554	20561	0 %	0 %	25 %	75 %	148271130
39	NC_009479	CGGT	2	8	20698	20705	0 %	25 %	50 %	25 %	148271130
40	NC_009479	CTCG	2	8	21610	21617	0 %	25 %	25 %	50 %	148271131
41	NC_009479	TTCC	2	8	21721	21728	0 %	50 %	0 %	50 %	148271131
42	NC_009479	GCGA	2	8	21875	21882	25 %	0 %	50 %	25 %	148271131
43	NC_009479	TCAC	2	8	22478	22485	25 %	25 %	0 %	50 %	148271131
44	NC_009479	TTCC	2	8	22492	22499	0 %	50 %	0 %	50 %	148271132
45	NC_009479	TCCG	2	8	22631	22638	0 %	25 %	25 %	50 %	148271132
46	NC_009479	ACCG	2	8	22697	22704	25 %	0 %	25 %	50 %	148271132
47	NC_009479	CGGC	2	8	22933	22940	0 %	0 %	50 %	50 %	148271132
48	NC_009479	AAGG	2	8	23084	23091	50 %	0 %	50 %	0 %	148271132
49	NC_009479	CCAA	2	8	23241	23248	50 %	0 %	0 %	50 %	148271132
50	NC_009479	GCCA	2	8	24754	24761	25 %	0 %	25 %	50 %	148271134
51	NC_009479	GGCA	2	8	24799	24806	25 %	0 %	50 %	25 %	148271134
52	NC_009479	TCGG	2	8	25212	25219	0 %	25 %	50 %	25 %	148271135
53	NC_009479	GAGG	2	8	26292	26299	25 %	0 %	75 %	0 %	148271136
54	NC_009479	GCTT	2	8	26389	26396	0 %	50 %	25 %	25 %	148271136
55	NC_009479	TTCG	2	8	26616	26623	0 %	50 %	25 %	25 %	148271136
56	NC_009479	GGCC	2	8	27301	27308	0 %	0 %	50 %	50 %	148271137
57	NC_009479	GAAC	2	8	27376	27383	50 %	0 %	25 %	25 %	148271137
58	NC_009479	TGAG	2	8	27412	27419	25 %	25 %	50 %	0 %	148271137
59	NC_009479	AGCT	2	8	28419	28426	25 %	25 %	25 %	25 %	148271138
60	NC_009479	ATCC	2	8	28437	28444	25 %	25 %	0 %	50 %	148271138
61	NC_009479	GTGA	2	8	28836	28843	25 %	25 %	50 %	0 %	148271138
62	NC_009479	CGGC	2	8	29812	29819	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
63	NC_009479	GCCG	2	8	29903	29910	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
64	NC_009479	CGCA	2	8	30383	30390	25 %	0 %	25 %	50 %	148271140
65	NC_009479	CCGG	2	8	30759	30766	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
66	NC_009479	ACCT	2	8	30818	30825	25 %	25 %	0 %	50 %	148271140
67	NC_009479	GGCC	2	8	30883	30890	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
68	NC_009479	TGCA	3	12	31930	31941	25 %	25 %	25 %	25 %	148271141
69	NC_009479	CGTC	2	8	33369	33376	0 %	25 %	25 %	50 %	148271142
70	NC_009479	AGCG	2	8	33400	33407	25 %	0 %	50 %	25 %	148271142
71	NC_009479	GGGT	2	8	33626	33633	0 %	25 %	75 %	0 %	148271142
72	NC_009479	TCCT	2	8	34010	34017	0 %	50 %	0 %	50 %	148271143
73	NC_009479	GTCC	2	8	34372	34379	0 %	25 %	25 %	50 %	148271143
74	NC_009479	AGCC	2	8	34921	34928	25 %	0 %	25 %	50 %	148271143
75	NC_009479	CTTC	2	8	35002	35009	0 %	50 %	0 %	50 %	148271143
76	NC_009479	TGGG	2	8	35112	35119	0 %	25 %	75 %	0 %	148271143
77	NC_009479	GCTG	2	8	35269	35276	0 %	25 %	50 %	25 %	148271143
78	NC_009479	GCGA	2	8	35382	35389	25 %	0 %	50 %	25 %	148271143
79	NC_009479	GCCG	2	8	35834	35841	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
80	NC_009479	GCCG	2	8	35930	35937	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
81	NC_009479	GTCG	2	8	36050	36057	0 %	25 %	50 %	25 %	148271143
82	NC_009479	GCCG	2	8	36698	36705	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
83	NC_009479	GCCG	2	8	37268	37275	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
84	NC_009479	GCTC	2	8	39106	39113	0 %	25 %	25 %	50 %	148271144
85	NC_009479	TTGC	2	8	39928	39935	0 %	50 %	25 %	25 %	148271145
86	NC_009479	CGGC	2	8	40110	40117	0 %	0 %	50 %	50 %	148271145
87	NC_009479	ACCG	2	8	40118	40125	25 %	0 %	25 %	50 %	148271145
88	NC_009479	CACG	2	8	40140	40147	25 %	0 %	25 %	50 %	148271145
89	NC_009479	GCGG	2	8	40393	40400	0 %	0 %	75 %	25 %	148271146
90	NC_009479	TGCC	2	8	41124	41131	0 %	25 %	25 %	50 %	148271146
91	NC_009479	GTGG	2	8	41795	41802	0 %	25 %	75 %	0 %	148271147
92	NC_009479	CGCT	2	8	42026	42033	0 %	25 %	25 %	50 %	148271147
93	NC_009479	CTGG	2	8	43365	43372	0 %	25 %	50 %	25 %	148271149
94	NC_009479	CACT	2	8	43492	43499	25 %	25 %	0 %	50 %	148271149
95	NC_009479	CAGT	2	8	43739	43746	25 %	25 %	25 %	25 %	148271149
96	NC_009479	CGGG	2	8	44862	44869	0 %	0 %	75 %	25 %	148271150
97	NC_009479	CCCG	2	8	45112	45119	0 %	0 %	25 %	75 %	148271150
98	NC_009479	GCAC	2	8	46618	46625	25 %	0 %	25 %	50 %	148271152
99	NC_009479	GACC	2	8	47851	47858	25 %	0 %	25 %	50 %	148271155
100	NC_009479	AGCA	2	8	50091	50098	50 %	0 %	25 %	25 %	148271157
101	NC_009479	CGGG	2	8	53588	53595	0 %	0 %	75 %	25 %	148271161
102	NC_009479	CGGC	2	8	53880	53887	0 %	0 %	50 %	50 %	148271161
103	NC_009479	AGTC	2	8	55415	55422	25 %	25 %	25 %	25 %	148271162
104	NC_009479	CGGG	2	8	55503	55510	0 %	0 %	75 %	25 %	148271162
105	NC_009479	CGGC	2	8	55795	55802	0 %	0 %	50 %	50 %	148271162
106	NC_009479	CGGC	2	8	60850	60857	0 %	0 %	50 %	50 %	148271163
107	NC_009479	TCCC	2	8	61272	61279	0 %	25 %	0 %	75 %	148271163
108	NC_009479	CGAC	2	8	61594	61601	25 %	0 %	25 %	50 %	148271164
109	NC_009479	TCCG	2	8	61627	61634	0 %	25 %	25 %	50 %	148271164
110	NC_009479	GGCC	2	8	61860	61867	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
111	NC_009479	CGGC	2	8	61879	61886	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
112	NC_009479	CGAG	2	8	66175	66182	25 %	0 %	50 %	25 %	148271169
113	NC_009479	GCGG	2	8	66460	66467	0 %	0 %	75 %	25 %	148271170
114	NC_009479	CGGC	2	8	67195	67202	0 %	0 %	50 %	50 %	148271172
115	NC_009479	GCCC	2	8	68027	68034	0 %	0 %	25 %	75 %	148271174
116	NC_009479	GCCG	2	8	68106	68113	0 %	0 %	50 %	50 %	148271174
117	NC_009479	GGCC	2	8	68357	68364	0 %	0 %	50 %	50 %	148271174
118	NC_009479	ACCG	2	8	68433	68440	25 %	0 %	25 %	50 %	148271174
119	NC_009479	GTCG	2	8	68898	68905	0 %	25 %	50 %	25 %	148271175
120	NC_009479	CGTC	2	8	69242	69249	0 %	25 %	25 %	50 %	148271176

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.