MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM1

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009478	CGA	2	6	1354	1359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245184
2	NC_009478	AGG	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148245184
3	NC_009478	TGA	2	6	1460	1465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148245184
4	NC_009478	ACG	2	6	1478	1483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245185
5	NC_009478	TGG	2	6	1507	1512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245185
6	NC_009478	GAG	2	6	1573	1578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148245185
7	NC_009478	CAT	2	6	1587	1592	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148245185
8	NC_009478	CGC	2	6	1725	1730	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245185
9	NC_009478	AGC	2	6	1754	1759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245185
10	NC_009478	CAG	2	6	1809	1814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245185
11	NC_009478	TCG	2	6	2066	2071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245186
12	NC_009478	GCA	2	6	2079	2084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245186
13	NC_009478	ACC	2	6	2104	2109	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148245186
14	NC_009478	CGA	2	6	2250	2255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245186
15	NC_009478	GCA	2	6	2287	2292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245186
16	NC_009478	ATC	2	6	2308	2313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148245186
17	NC_009478	CTG	2	6	2482	2487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245186
18	NC_009478	GCA	2	6	2511	2516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245186
19	NC_009478	CGA	2	6	2547	2552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245186
20	NC_009478	CGT	2	6	2592	2597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245186
21	NC_009478	GCG	2	6	2621	2626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245186
22	NC_009478	TCC	2	6	2680	2685	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148245186
23	NC_009478	CAA	2	6	2762	2767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148245187
24	NC_009478	GAA	2	6	2802	2807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148245187
25	NC_009478	CTG	2	6	2848	2853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245187
26	NC_009478	ATC	2	6	2968	2973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148245187
27	NC_009478	GTC	2	6	3096	3101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
28	NC_009478	TCG	2	6	3173	3178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
29	NC_009478	AGT	2	6	3190	3195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148245188
30	NC_009478	TCA	2	6	3200	3205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148245188
31	NC_009478	GTG	2	6	3234	3239	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245188
32	NC_009478	TCG	2	6	3251	3256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
33	NC_009478	CTG	2	6	3313	3318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
34	NC_009478	GCT	2	6	3399	3404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
35	NC_009478	CGC	2	6	3435	3440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
36	NC_009478	CGA	2	6	3448	3453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
37	NC_009478	GCC	2	6	3476	3481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
38	NC_009478	AGG	2	6	3500	3505	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148245188
39	NC_009478	CGG	2	6	3542	3547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245188
40	NC_009478	TCG	2	6	3590	3595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
41	NC_009478	GCC	2	6	3616	3621	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
42	NC_009478	CCG	2	6	3693	3698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
43	NC_009478	CTT	2	6	3831	3836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148245188
44	NC_009478	TGC	3	9	3869	3877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
45	NC_009478	TGC	2	6	3905	3910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
46	NC_009478	TGA	3	9	3935	3943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148245188
47	NC_009478	GGT	2	6	3951	3956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245188
48	NC_009478	CGG	2	6	4012	4017	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245188
49	NC_009478	CGG	2	6	4038	4043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245188
50	NC_009478	CGA	2	6	4137	4142	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
51	NC_009478	CCT	2	6	4161	4166	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148245188
52	NC_009478	GGT	2	6	4229	4234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245188
53	NC_009478	GCG	3	9	4303	4311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245188
54	NC_009478	CGA	2	6	4371	4376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
55	NC_009478	TGT	2	6	4499	4504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148245188
56	NC_009478	CGA	2	6	4512	4517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
57	NC_009478	ACC	3	9	4537	4545	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148245188
58	NC_009478	CGC	2	6	4560	4565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
59	NC_009478	CGC	2	6	4611	4616	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245188
60	NC_009478	CAG	2	6	4665	4670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
61	NC_009478	GTC	2	6	4684	4689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
62	NC_009478	GGC	2	6	4713	4718	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245188
63	NC_009478	CGA	2	6	4965	4970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
64	NC_009478	AGC	2	6	4976	4981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
65	NC_009478	CGA	3	9	5091	5099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
66	NC_009478	ACG	2	6	5128	5133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245188
67	NC_009478	GTG	2	6	5163	5168	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245188
68	NC_009478	TCC	2	6	5170	5175	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148245188
69	NC_009478	CGT	2	6	5253	5258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245188
70	NC_009478	GGT	2	6	5942	5947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148245189
71	NC_009478	AGC	2	6	6001	6006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245189
72	NC_009478	CAA	2	6	6207	6212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148245190
73	NC_009478	TTG	2	6	6219	6224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148245190
74	NC_009478	ATC	2	6	6279	6284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148245190
75	NC_009478	GCA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245191
76	NC_009478	GCG	2	6	6549	6554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245191
77	NC_009478	ACG	2	6	6557	6562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245191
78	NC_009478	CGT	2	6	6569	6574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245191
79	NC_009478	CAG	2	6	6648	6653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245191
80	NC_009478	TCG	2	6	6655	6660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245191
81	NC_009478	GCA	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245191
82	NC_009478	CGA	2	6	7077	7082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245192
83	NC_009478	CGG	2	6	7120	7125	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245192
84	NC_009478	CCG	2	6	7127	7132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
85	NC_009478	CGT	2	6	7136	7141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
86	NC_009478	AGC	2	6	7160	7165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245192
87	NC_009478	GCC	2	6	7239	7244	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
88	NC_009478	GCG	2	6	7379	7384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245192
89	NC_009478	CGC	2	6	7461	7466	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
90	NC_009478	CGG	3	9	7527	7535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245192
91	NC_009478	ACC	2	6	7546	7551	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148245192
92	NC_009478	GCT	3	9	7557	7565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
93	NC_009478	CGG	2	6	7590	7595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245192
94	NC_009478	TCG	2	6	7598	7603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
95	NC_009478	ACG	2	6	7865	7870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245192
96	NC_009478	CCG	2	6	7877	7882	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
97	NC_009478	GCC	2	6	7903	7908	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
98	NC_009478	GCC	2	6	7936	7941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
99	NC_009478	TCG	2	6	7967	7972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
100	NC_009478	TCG	2	6	8066	8071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
101	NC_009478	CGA	2	6	8079	8084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245192
102	NC_009478	GCC	2	6	8108	8113	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
103	NC_009478	GCC	2	6	8168	8173	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
104	NC_009478	GCC	2	6	8209	8214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245192
105	NC_009478	CGT	2	6	8238	8243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245192
106	NC_009478	CCG	2	6	8341	8346	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245193
107	NC_009478	CGC	2	6	8348	8353	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245193
108	NC_009478	ACA	2	6	8422	8427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148245193
109	NC_009478	AGA	2	6	8476	8481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148245193
110	NC_009478	GGC	2	6	8604	8609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245193
111	NC_009478	TCG	2	6	8659	8664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245193
112	NC_009478	CTT	2	6	8675	8680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148245193
113	NC_009478	GCG	2	6	8762	8767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245194
114	NC_009478	CGG	2	6	8776	8781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245194
115	NC_009478	CGT	2	6	8782	8787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245194
116	NC_009478	TCG	2	6	8834	8839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245194
117	NC_009478	ACG	2	6	8889	8894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245194
118	NC_009478	CGG	2	6	8923	8928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245194
119	NC_009478	AGG	2	6	8967	8972	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148245194
120	NC_009478	ACG	2	6	8981	8986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245194
121	NC_009478	CAG	2	6	9085	9090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245194
122	NC_009478	CGG	2	6	9093	9098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148245194
123	NC_009478	CGT	4	12	9099	9110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245194
124	NC_009478	GTT	2	6	9161	9166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148245194
125	NC_009478	CGA	2	6	9291	9296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245194
126	NC_009478	TGT	2	6	9346	9351	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148245194
127	NC_009478	GCT	2	6	9361	9366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245194
128	NC_009478	GCT	2	6	9411	9416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148245194
129	NC_009478	CCG	2	6	9437	9442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245195
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252	NC_009478	CTC	2	6	15025	15030	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148245198
253	NC_009478	ACC	2	6	15143	15148	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148245198
254	NC_009478	CGA	2	6	15174	15179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148245198
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270	NC_009478	CCG	2	6	15888	15893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148245200
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.