MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 65849

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_009012	A	6	6	25764	25769	100 %	0 %	0 %	0 %	125972542
502	NC_009012	AGC	2	6	25836	25841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972542
503	NC_009012	ATA	2	6	25851	25856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972542
504	NC_009012	AAG	2	6	26003	26008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972543
505	NC_009012	GAG	2	6	26117	26122	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972543
506	NC_009012	A	6	6	26123	26128	100 %	0 %	0 %	0 %	125972543
507	NC_009012	GAG	2	6	26177	26182	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972543
508	NC_009012	TGT	2	6	26230	26235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972543
509	NC_009012	TTG	2	6	26307	26312	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972544
510	NC_009012	TA	3	6	26345	26350	50 %	50 %	0 %	0 %	125972544
511	NC_009012	TAAT	2	8	26379	26386	50 %	50 %	0 %	0 %	125972544
512	NC_009012	AAG	2	6	26445	26450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972544
513	NC_009012	ACTG	2	8	26455	26462	25 %	25 %	25 %	25 %	125972544
514	NC_009012	TTTAC	2	10	26546	26555	20 %	60 %	0 %	20 %	125972544
515	NC_009012	T	6	6	26802	26807	0 %	100 %	0 %	0 %	125972545
516	NC_009012	AAAT	2	8	26820	26827	75 %	25 %	0 %	0 %	125972545
517	NC_009012	GAT	2	6	26841	26846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972545
518	NC_009012	GGA	2	6	26980	26985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972545
519	NC_009012	TTGACG	2	12	27056	27067	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125972545
520	NC_009012	AAGG	2	8	27097	27104	50 %	0 %	50 %	0 %	125972545
521	NC_009012	AT	3	6	27175	27180	50 %	50 %	0 %	0 %	125972545
522	NC_009012	GCGG	2	8	27243	27250	0 %	0 %	75 %	25 %	125972545
523	NC_009012	AAG	2	6	27260	27265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972545
524	NC_009012	ACC	2	6	27281	27286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125972545
525	NC_009012	ATA	2	6	27287	27292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972545
526	NC_009012	CATA	2	8	27334	27341	50 %	25 %	0 %	25 %	125972545
527	NC_009012	GAC	2	6	27343	27348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972545
528	NC_009012	TGC	2	6	27394	27399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972545
529	NC_009012	AAT	2	6	27405	27410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972545
530	NC_009012	CAAT	2	8	27485	27492	50 %	25 %	0 %	25 %	125972545
531	NC_009012	GGAG	2	8	27613	27620	25 %	0 %	75 %	0 %	125972545
532	NC_009012	TGG	2	6	27677	27682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972545
533	NC_009012	GAC	2	6	27718	27723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972545
534	NC_009012	AT	4	8	27774	27781	50 %	50 %	0 %	0 %	125972546
535	NC_009012	TATT	2	8	27834	27841	25 %	75 %	0 %	0 %	125972546
536	NC_009012	CTG	2	6	27860	27865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972546
537	NC_009012	GCG	2	6	27886	27891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972546
538	NC_009012	ATG	2	6	27922	27927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972546
539	NC_009012	AAG	2	6	27940	27945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972546
540	NC_009012	GAT	2	6	27963	27968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972546
541	NC_009012	GAT	2	6	27971	27976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972546
542	NC_009012	ATC	2	6	28053	28058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972546
543	NC_009012	AT	3	6	28148	28153	50 %	50 %	0 %	0 %	125972546
544	NC_009012	CT	3	6	28240	28245	0 %	50 %	0 %	50 %	125972546
545	NC_009012	AAT	2	6	28280	28285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972546
546	NC_009012	TCGGA	2	10	28299	28308	20 %	20 %	40 %	20 %	125972546
547	NC_009012	GTT	2	6	28368	28373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972546
548	NC_009012	A	6	6	28450	28455	100 %	0 %	0 %	0 %	125972546
549	NC_009012	AATA	2	8	28457	28464	75 %	25 %	0 %	0 %	125972546
550	NC_009012	AGA	2	6	28466	28471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972546
551	NC_009012	GTT	2	6	28472	28477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972546
552	NC_009012	A	6	6	28515	28520	100 %	0 %	0 %	0 %	125972547
553	NC_009012	TGC	2	6	28554	28559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972547
554	NC_009012	GAA	2	6	28586	28591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972547
555	NC_009012	ATG	2	6	28600	28605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972547
556	NC_009012	TCA	2	6	28606	28611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972547
557	NC_009012	AAT	2	6	28612	28617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972547
558	NC_009012	TG	3	6	28628	28633	0 %	50 %	50 %	0 %	125972547
559	NC_009012	GGA	2	6	28740	28745	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972547
560	NC_009012	GGA	2	6	28938	28943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972547
561	NC_009012	A	6	6	29056	29061	100 %	0 %	0 %	0 %	125972547
562	NC_009012	TGG	2	6	29078	29083	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972547
563	NC_009012	ATG	2	6	29084	29089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972547
564	NC_009012	AAGGG	2	10	29116	29125	40 %	0 %	60 %	0 %	125972547
565	NC_009012	TTG	2	6	29210	29215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972547
566	NC_009012	TTG	2	6	29231	29236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972547
567	NC_009012	T	6	6	29238	29243	0 %	100 %	0 %	0 %	125972547
568	NC_009012	TTTA	2	8	29263	29270	25 %	75 %	0 %	0 %	125972547
569	NC_009012	CCG	2	6	29281	29286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125972547
570	NC_009012	ATA	2	6	29291	29296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972547
571	NC_009012	GCG	2	6	29302	29307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972547
572	NC_009012	ATA	2	6	29431	29436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972547
573	NC_009012	TGG	2	6	29444	29449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972547
574	NC_009012	TGC	2	6	29480	29485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972547
575	NC_009012	AT	4	8	29500	29507	50 %	50 %	0 %	0 %	125972547
576	NC_009012	GCC	2	6	29520	29525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125972547
577	NC_009012	GGAA	2	8	29623	29630	50 %	0 %	50 %	0 %	125972547
578	NC_009012	ATA	2	6	29638	29643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972547
579	NC_009012	GGA	2	6	29660	29665	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972548
580	NC_009012	ATG	2	6	29694	29699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972548
581	NC_009012	TTC	2	6	29717	29722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972548
582	NC_009012	CGT	2	6	29735	29740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972548
583	NC_009012	T	6	6	29770	29775	0 %	100 %	0 %	0 %	125972548
584	NC_009012	ATGGC	2	10	29780	29789	20 %	20 %	40 %	20 %	125972548
585	NC_009012	TCT	2	6	29858	29863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972548
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587	NC_009012	AAG	2	6	30012	30017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972548
588	NC_009012	A	6	6	30046	30051	100 %	0 %	0 %	0 %	125972548
589	NC_009012	TTC	2	6	30068	30073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972548
590	NC_009012	TTC	2	6	30080	30085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972548
591	NC_009012	TCGATA	2	12	30127	30138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125972548
592	NC_009012	GCT	2	6	30189	30194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972548
593	NC_009012	TCAT	2	8	30238	30245	25 %	50 %	0 %	25 %	125972548
594	NC_009012	AAG	2	6	30271	30276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972548
595	NC_009012	GGA	2	6	30365	30370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972548
596	NC_009012	GATT	2	8	30379	30386	25 %	50 %	25 %	0 %	125972548
597	NC_009012	GATA	2	8	30417	30424	50 %	25 %	25 %	0 %	125972548
598	NC_009012	TTC	2	6	30431	30436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972549
599	NC_009012	CTG	2	6	30508	30513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972549
600	NC_009012	TGCC	2	8	30693	30700	0 %	25 %	25 %	50 %	125972549
601	NC_009012	GAA	2	6	30709	30714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972549
602	NC_009012	AGG	2	6	30780	30785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972549
603	NC_009012	GAA	2	6	30913	30918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972549
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607	NC_009012	AACA	2	8	31099	31106	75 %	0 %	0 %	25 %	125972549
608	NC_009012	GAAA	2	8	31131	31138	75 %	0 %	25 %	0 %	125972549
609	NC_009012	GAG	2	6	31153	31158	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972549
610	NC_009012	AAGA	2	8	31215	31222	75 %	0 %	25 %	0 %	125972549
611	NC_009012	AAG	2	6	31239	31244	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972549
612	NC_009012	AAAGA	2	10	31272	31281	80 %	0 %	20 %	0 %	125972550
613	NC_009012	AT	3	6	31288	31293	50 %	50 %	0 %	0 %	125972550
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615	NC_009012	TGG	2	6	31415	31420	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972550
616	NC_009012	CAA	2	6	31441	31446	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972550
617	NC_009012	ATG	2	6	31455	31460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972550
618	NC_009012	T	6	6	31580	31585	0 %	100 %	0 %	0 %	125972550
619	NC_009012	TTC	2	6	31597	31602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972550
620	NC_009012	GAAAA	2	10	31661	31670	80 %	0 %	20 %	0 %	125972550
621	NC_009012	A	6	6	31667	31672	100 %	0 %	0 %	0 %	125972550
622	NC_009012	TTG	2	6	31674	31679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972550
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625	NC_009012	GAA	2	6	31874	31879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972550
626	NC_009012	TAA	2	6	31902	31907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972550
627	NC_009012	GCG	2	6	31925	31930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972550
628	NC_009012	AT	3	6	31943	31948	50 %	50 %	0 %	0 %	125972550
629	NC_009012	TTA	2	6	31962	31967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972550
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