MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13 plasmid pCTA

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007430	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789624
2	NC_007430	TGT	2	6	1215	1220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789625
3	NC_007430	AGA	2	6	1221	1226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
4	NC_007430	AGG	2	6	1237	1242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	76789625
5	NC_007430	ATG	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789625
6	NC_007430	TTC	2	6	1305	1310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
7	NC_007430	AGA	2	6	1565	1570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
8	NC_007430	GTT	2	6	1608	1613	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789625
9	NC_007430	GAG	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	76789625
10	NC_007430	AAG	2	6	1670	1675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
11	NC_007430	TCT	2	6	1734	1739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
12	NC_007430	TTC	2	6	1748	1753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
13	NC_007430	AAT	2	6	1782	1787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789625
14	NC_007430	TCT	2	6	1852	1857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
15	NC_007430	CTT	2	6	1906	1911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
16	NC_007430	TCT	2	6	2003	2008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
17	NC_007430	TCT	2	6	2045	2050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
18	NC_007430	AAG	2	6	2053	2058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789626
19	NC_007430	CGA	2	6	2081	2086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789626
20	NC_007430	ATC	2	6	2161	2166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789626
21	NC_007430	TTC	3	9	2197	2205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
22	NC_007430	CAA	2	6	2301	2306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789626
23	NC_007430	CTT	2	6	2310	2315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
24	NC_007430	TAT	2	6	2347	2352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789626
25	NC_007430	GTT	2	6	2401	2406	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789626
26	NC_007430	ATG	2	6	2454	2459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789626
27	NC_007430	AGA	2	6	2578	2583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789626
28	NC_007430	AAT	2	6	2855	2860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789627
29	NC_007430	TTG	2	6	2878	2883	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789627
30	NC_007430	TAA	2	6	3018	3023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789627
31	NC_007430	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
32	NC_007430	TGA	2	6	3322	3327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789628
33	NC_007430	AAC	2	6	3382	3387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
34	NC_007430	GCC	2	6	3388	3393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	76789628
35	NC_007430	AAT	2	6	3409	3414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789628
36	NC_007430	CTG	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789628
37	NC_007430	TCC	2	6	3481	3486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	76789628
38	NC_007430	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789628
39	NC_007430	TTA	2	6	3536	3541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
40	NC_007430	GTT	2	6	3553	3558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
41	NC_007430	CAA	2	6	3568	3573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
42	NC_007430	TAT	2	6	3621	3626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
43	NC_007430	CAA	2	6	3627	3632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
44	NC_007430	TGA	2	6	3733	3738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789628
45	NC_007430	ATT	2	6	3739	3744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
46	NC_007430	TGT	2	6	3802	3807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
47	NC_007430	ATT	2	6	3815	3820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
48	NC_007430	TTC	2	6	4037	4042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
49	NC_007430	AGA	2	6	4088	4093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789629
50	NC_007430	TCT	2	6	4115	4120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
51	NC_007430	TAA	2	6	4250	4255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789629
52	NC_007430	GCT	2	6	4308	4313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789629
53	NC_007430	TTC	2	6	4514	4519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
54	NC_007430	CTA	2	6	4582	4587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789629
55	NC_007430	CTT	2	6	4678	4683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
56	NC_007430	GCT	2	6	4872	4877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789629
57	NC_007430	TCT	2	6	4973	4978	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
58	NC_007430	TGA	2	6	5014	5019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789629
59	NC_007430	AGA	2	6	5146	5151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789630
60	NC_007430	TCT	2	6	5414	5419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
61	NC_007430	CTT	2	6	5514	5519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
62	NC_007430	AAT	2	6	5528	5533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789630
63	NC_007430	TCT	2	6	5534	5539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
64	NC_007430	AAT	2	6	5593	5598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789630
65	NC_007430	CAA	2	6	5604	5609	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789630
66	NC_007430	GCT	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789630
67	NC_007430	ATC	2	6	5764	5769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
68	NC_007430	GCT	2	6	5828	5833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789630
69	NC_007430	TTC	2	6	6043	6048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
70	NC_007430	ATC	2	6	6067	6072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
71	NC_007430	CAT	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
72	NC_007430	ACG	2	6	6166	6171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789630
73	NC_007430	ATG	2	6	6256	6261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789630
74	NC_007430	AAC	2	6	6338	6343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789630
75	NC_007430	GCA	2	6	6515	6520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789631
76	NC_007430	TTA	2	6	6622	6627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789631
77	NC_007430	CAA	2	6	6647	6652	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789631
78	NC_007430	CTT	2	6	6796	6801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789631
79	NC_007430	AGC	2	6	6827	6832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789631
80	NC_007430	AGG	2	6	7046	7051	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	76789631
81	NC_007430	CTC	2	6	7058	7063	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	76789631
82	NC_007430	CAA	2	6	7101	7106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789631
83	NC_007430	ATT	2	6	7155	7160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789631
84	NC_007430	TGG	2	6	7249	7254	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	76789631
85	NC_007430	GAT	2	6	7418	7423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789631
86	NC_007430	AGA	2	6	7465	7470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789631

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.