MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	TA	3	6	1853	1858	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
2	NC_003042	AG	3	6	2138	2143	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
3	NC_003042	GA	3	6	2291	2296	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
4	NC_003042	GA	3	6	3429	3434	50 %	0 %	50 %	0 %	15081482
5	NC_003042	AT	3	6	3493	3498	50 %	50 %	0 %	0 %	15081482
6	NC_003042	TA	3	6	3797	3802	50 %	50 %	0 %	0 %	15081484
7	NC_003042	TA	3	6	4592	4597	50 %	50 %	0 %	0 %	15081486
8	NC_003042	CT	3	6	5363	5368	0 %	50 %	0 %	50 %	15081487
9	NC_003042	AT	4	8	5391	5398	50 %	50 %	0 %	0 %	15081487
10	NC_003042	TG	3	6	5478	5483	0 %	50 %	50 %	0 %	15081487
11	NC_003042	TC	4	8	6670	6677	0 %	50 %	0 %	50 %	15081488
12	NC_003042	AT	3	6	6678	6683	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
13	NC_003042	AT	3	6	7059	7064	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
14	NC_003042	TA	4	8	7105	7112	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
15	NC_003042	TA	3	6	7700	7705	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
16	NC_003042	AG	3	6	9148	9153	50 %	0 %	50 %	0 %	15081491
17	NC_003042	TA	5	10	10450	10459	50 %	50 %	0 %	0 %	15081494
18	NC_003042	TA	3	6	10707	10712	50 %	50 %	0 %	0 %	15081494
19	NC_003042	AT	3	6	11017	11022	50 %	50 %	0 %	0 %	15081494
20	NC_003042	AT	4	8	11408	11415	50 %	50 %	0 %	0 %	15081495
21	NC_003042	TA	3	6	11789	11794	50 %	50 %	0 %	0 %	15081495
22	NC_003042	TA	3	6	11852	11857	50 %	50 %	0 %	0 %	15081495
23	NC_003042	AT	3	6	12790	12795	50 %	50 %	0 %	0 %	15081496
24	NC_003042	TA	3	6	12946	12951	50 %	50 %	0 %	0 %	15081496
25	NC_003042	TA	3	6	13360	13365	50 %	50 %	0 %	0 %	15081496
26	NC_003042	AT	3	6	14079	14084	50 %	50 %	0 %	0 %	15081497
27	NC_003042	AT	3	6	14198	14203	50 %	50 %	0 %	0 %	15081497
28	NC_003042	TA	4	8	14351	14358	50 %	50 %	0 %	0 %	15081497
29	NC_003042	CA	3	6	14833	14838	50 %	0 %	0 %	50 %	15081498
30	NC_003042	TA	3	6	14856	14861	50 %	50 %	0 %	0 %	15081498
31	NC_003042	AT	3	6	15075	15080	50 %	50 %	0 %	0 %	15081498
32	NC_003042	TC	3	6	15437	15442	0 %	50 %	0 %	50 %	15081499
33	NC_003042	AT	3	6	16202	16207	50 %	50 %	0 %	0 %	15081500
34	NC_003042	AG	3	6	16449	16454	50 %	0 %	50 %	0 %	15081501
35	NC_003042	AT	3	6	16939	16944	50 %	50 %	0 %	0 %	15081502
36	NC_003042	TA	3	6	17097	17102	50 %	50 %	0 %	0 %	15081502
37	NC_003042	TA	3	6	17379	17384	50 %	50 %	0 %	0 %	15081503
38	NC_003042	TA	3	6	17774	17779	50 %	50 %	0 %	0 %	15081504
39	NC_003042	TA	3	6	17795	17800	50 %	50 %	0 %	0 %	15081504
40	NC_003042	GA	3	6	18264	18269	50 %	0 %	50 %	0 %	15081505
41	NC_003042	AT	3	6	18612	18617	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
42	NC_003042	AT	3	6	18627	18632	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
43	NC_003042	AT	3	6	18938	18943	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
44	NC_003042	TA	3	6	19011	19016	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
45	NC_003042	TA	3	6	19028	19033	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
46	NC_003042	AT	4	8	19432	19439	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
47	NC_003042	AT	3	6	19635	19640	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
48	NC_003042	AT	3	6	20771	20776	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
49	NC_003042	TA	3	6	21310	21315	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
50	NC_003042	TA	3	6	21352	21357	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
51	NC_003042	TA	3	6	21401	21406	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
52	NC_003042	GT	3	6	21661	21666	0 %	50 %	50 %	0 %	15081510
53	NC_003042	TA	6	12	21776	21787	50 %	50 %	0 %	0 %	15081510
54	NC_003042	AT	5	10	22186	22195	50 %	50 %	0 %	0 %	15081510
55	NC_003042	TA	3	6	22570	22575	50 %	50 %	0 %	0 %	15081510
56	NC_003042	TA	3	6	22886	22891	50 %	50 %	0 %	0 %	15081511
57	NC_003042	AT	4	8	22911	22918	50 %	50 %	0 %	0 %	15081511
58	NC_003042	AT	3	6	22973	22978	50 %	50 %	0 %	0 %	15081511
59	NC_003042	AT	3	6	23048	23053	50 %	50 %	0 %	0 %	15081511
60	NC_003042	AG	3	6	23609	23614	50 %	0 %	50 %	0 %	15081513
61	NC_003042	AT	3	6	24810	24815	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
62	NC_003042	TA	3	6	24996	25001	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
63	NC_003042	TA	3	6	25053	25058	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
64	NC_003042	TC	3	6	25123	25128	0 %	50 %	0 %	50 %	15081515
65	NC_003042	TA	3	6	25158	25163	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
66	NC_003042	AT	3	6	25356	25361	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
67	NC_003042	TA	4	8	25428	25435	50 %	50 %	0 %	0 %	15081515
68	NC_003042	TA	3	6	26012	26017	50 %	50 %	0 %	0 %	15081516
69	NC_003042	CT	3	6	26048	26053	0 %	50 %	0 %	50 %	15081516
70	NC_003042	TA	3	6	26188	26193	50 %	50 %	0 %	0 %	15081516
71	NC_003042	AT	3	6	26213	26218	50 %	50 %	0 %	0 %	15081516
72	NC_003042	TC	3	6	27055	27060	0 %	50 %	0 %	50 %	15081516
73	NC_003042	TA	3	6	27533	27538	50 %	50 %	0 %	0 %	15081517
74	NC_003042	AT	4	8	27669	27676	50 %	50 %	0 %	0 %	15081517
75	NC_003042	TA	3	6	28216	28221	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
76	NC_003042	TA	3	6	28352	28357	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
77	NC_003042	TA	3	6	28600	28605	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
78	NC_003042	TA	3	6	29042	29047	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
79	NC_003042	AT	3	6	29223	29228	50 %	50 %	0 %	0 %	15081520
80	NC_003042	CT	3	6	29407	29412	0 %	50 %	0 %	50 %	15081520
81	NC_003042	CA	3	6	29980	29985	50 %	0 %	0 %	50 %	15081522
82	NC_003042	AT	3	6	30589	30594	50 %	50 %	0 %	0 %	15081523
83	NC_003042	CT	3	6	30751	30756	0 %	50 %	0 %	50 %	15081523
84	NC_003042	AT	3	6	32478	32483	50 %	50 %	0 %	0 %	15081525
85	NC_003042	TA	3	6	32825	32830	50 %	50 %	0 %	0 %	15081525
86	NC_003042	TA	3	6	33041	33046	50 %	50 %	0 %	0 %	15081525
87	NC_003042	TC	3	6	33137	33142	0 %	50 %	0 %	50 %	15081526
88	NC_003042	AT	3	6	33927	33932	50 %	50 %	0 %	0 %	15081526
89	NC_003042	AT	4	8	35282	35289	50 %	50 %	0 %	0 %	15081527
90	NC_003042	TA	3	6	35431	35436	50 %	50 %	0 %	0 %	15081527
91	NC_003042	AT	4	8	35560	35567	50 %	50 %	0 %	0 %	15081527
92	NC_003042	TC	4	8	36501	36508	0 %	50 %	0 %	50 %	15081527
93	NC_003042	AT	3	6	36509	36514	50 %	50 %	0 %	0 %	15081527
94	NC_003042	AT	3	6	37265	37270	50 %	50 %	0 %	0 %	15081528
95	NC_003042	AT	3	6	37408	37413	50 %	50 %	0 %	0 %	15081528
96	NC_003042	TA	6	12	37538	37549	50 %	50 %	0 %	0 %	15081528
97	NC_003042	TC	3	6	37971	37976	0 %	50 %	0 %	50 %	15081529
98	NC_003042	AT	3	6	38065	38070	50 %	50 %	0 %	0 %	15081529
99	NC_003042	CA	3	6	39628	39633	50 %	0 %	0 %	50 %	15081530
100	NC_003042	TA	3	6	40206	40211	50 %	50 %	0 %	0 %	15081530
101	NC_003042	TA	3	6	40436	40441	50 %	50 %	0 %	0 %	15081531
102	NC_003042	TA	3	6	40716	40721	50 %	50 %	0 %	0 %	15081531
103	NC_003042	TC	3	6	41033	41038	0 %	50 %	0 %	50 %	15081531
104	NC_003042	TA	3	6	41478	41483	50 %	50 %	0 %	0 %	15081531
105	NC_003042	AT	3	6	41734	41739	50 %	50 %	0 %	0 %	15081531
106	NC_003042	TA	3	6	41993	41998	50 %	50 %	0 %	0 %	15081531
107	NC_003042	TA	3	6	43182	43187	50 %	50 %	0 %	0 %	15081532
108	NC_003042	TA	3	6	43433	43438	50 %	50 %	0 %	0 %	15081533
109	NC_003042	CT	3	6	43779	43784	0 %	50 %	0 %	50 %	15081534
110	NC_003042	CT	3	6	43917	43922	0 %	50 %	0 %	50 %	15081535
111	NC_003042	TA	3	6	44048	44053	50 %	50 %	0 %	0 %	15081535
112	NC_003042	TC	3	6	44440	44445	0 %	50 %	0 %	50 %	15081536
113	NC_003042	AT	3	6	44490	44495	50 %	50 %	0 %	0 %	15081536
114	NC_003042	TA	3	6	44607	44612	50 %	50 %	0 %	0 %	15081536
115	NC_003042	TA	3	6	44944	44949	50 %	50 %	0 %	0 %	15081536
116	NC_003042	AT	3	6	47122	47127	50 %	50 %	0 %	0 %	15081537
117	NC_003042	AT	3	6	48556	48561	50 %	50 %	0 %	0 %	15081537
118	NC_003042	AT	3	6	48634	48639	50 %	50 %	0 %	0 %	15081537
119	NC_003042	CT	3	6	49249	49254	0 %	50 %	0 %	50 %	15081537
120	NC_003042	TA	4	8	49598	49605	50 %	50 %	0 %	0 %	15081538
121	NC_003042	TA	3	6	50027	50032	50 %	50 %	0 %	0 %	15081539
122	NC_003042	TA	3	6	51521	51526	50 %	50 %	0 %	0 %	15081540
123	NC_003042	AT	3	6	52042	52047	50 %	50 %	0 %	0 %	15081541
124	NC_003042	AT	3	6	52875	52880	50 %	50 %	0 %	0 %	15081541
125	NC_003042	TA	3	6	53173	53178	50 %	50 %	0 %	0 %	15081542
126	NC_003042	TG	3	6	53644	53649	0 %	50 %	50 %	0 %	15081543
127	NC_003042	AT	3	6	53811	53816	50 %	50 %	0 %	0 %	15081543

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.