MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 chromosome

Total Repeats: 576

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002971	ATGGCC	2	12	1316	1327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	29653365
2	NC_002971	TGAGCG	2	12	4129	4140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	215918859
3	NC_002971	CCGACG	2	12	5626	5637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	215918859
4	NC_002971	GTTATG	2	12	10050	10061	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29653373
5	NC_002971	ACGCCT	2	12	13356	13367	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	29653378
6	NC_002971	AAGCCA	2	12	14106	14117	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	29653378
7	NC_002971	TATAAT	2	12	17084	17095	50 %	50 %	0 %	0 %	29653382
8	NC_002971	CATACG	2	12	17806	17817	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	215918865
9	NC_002971	AAAAGC	2	12	19237	19248	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	29653385
10	NC_002971	GACGGT	2	12	22594	22605	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	29653388
11	NC_002971	CTAATG	2	12	27191	27202	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29653393
12	NC_002971	CCAAAG	2	12	30945	30956	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	29653398
13	NC_002971	TGTGAT	2	12	31873	31884	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29653398
14	NC_002971	TGGCTT	2	12	38273	38284	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	29653404
15	NC_002971	TTCATT	2	12	40062	40073	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29653404
16	NC_002971	GAATAA	2	12	49130	49141	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	215918874
17	NC_002971	GCGGGA	2	12	49713	49724	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	29653414
18	NC_002971	GGAAGT	2	12	60663	60674	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	215918876
19	NC_002971	AAAGAT	2	12	66222	66233	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	29653433
20	NC_002971	AGATGA	2	12	66303	66314	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29653433
21	NC_002971	ATCGGT	2	12	67545	67556	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	215918879
22	NC_002971	GTTGAA	2	12	68204	68215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215918879
23	NC_002971	AAATGC	2	12	72213	72224	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29653438
24	NC_002971	TTAATA	2	12	76097	76108	50 %	50 %	0 %	0 %	29653445
25	NC_002971	CAAAAT	2	12	81911	81922	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	215918883
26	NC_002971	AAATTA	2	12	85144	85155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215918886
27	NC_002971	TTTAGC	2	12	105256	105267	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29653470
28	NC_002971	CTGGAG	2	12	105729	105740	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	29653471
29	NC_002971	TGGGCT	2	12	105808	105819	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	29653471
30	NC_002971	ATTTAA	2	12	109114	109125	50 %	50 %	0 %	0 %	215918896
31	NC_002971	TTTGGT	2	12	109575	109586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	215918896
32	NC_002971	ATCTTG	2	12	110293	110304	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	215918897
33	NC_002971	AAAAAT	2	12	113404	113415	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	29653481
34	NC_002971	GCCAAA	2	12	114168	114179	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	29653482
35	NC_002971	CAATGC	2	12	114839	114850	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29653482
36	NC_002971	AATTAA	2	12	118820	118831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29653489
37	NC_002971	TGCTTC	2	12	119453	119464	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	29653490
38	NC_002971	TTTTAG	2	12	122629	122640	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29653493
39	NC_002971	AAAGAT	2	12	122774	122785	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	29653493
40	NC_002971	AACGGA	2	12	123008	123019	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29653493
41	NC_002971	AAATTA	2	12	125633	125644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29653496
42	NC_002971	TCGCGA	2	12	127320	127331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	215918899
43	NC_002971	CATCGG	2	12	128325	128336	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	215918900
44	NC_002971	GGCGTT	2	12	129640	129651	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	29653500
45	NC_002971	GCGTTG	2	12	129851	129862	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	29653500
46	NC_002971	AAATGG	2	12	130910	130921	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29653501
47	NC_002971	TGACGT	2	12	137811	137822	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29653509
48	NC_002971	CAATAT	2	12	144732	144743	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	215918905
49	NC_002971	TTAATG	2	12	156811	156822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29653529
50	NC_002971	AATAAA	2	12	159718	159729	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	215918906
51	NC_002971	AAAGAT	2	12	160317	160328	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	215918906
52	NC_002971	TTTCAT	2	12	162331	162342	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	215918907
53	NC_002971	AGAAGG	2	12	170500	170511	50 %	0 %	50 %	0 %	29653536
54	NC_002971	TAAATT	2	12	172834	172845	50 %	50 %	0 %	0 %	29653538
55	NC_002971	GCTTTA	2	12	182117	182128	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29653549
56	NC_002971	GTTATA	2	12	182178	182189	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29653549
57	NC_002971	ACCGTA	2	12	183539	183550	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29653551
58	NC_002971	ATCTTG	2	12	186528	186539	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29653552
59	NC_002971	CGCAAG	2	12	188415	188426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29653553
60	NC_002971	TTGAAT	2	12	202400	202411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29653571
61	NC_002971	GGATTT	2	12	204926	204937	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29653572
62	NC_002971	GAAAAA	2	12	208368	208379	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	215918918
63	NC_002971	CCAAAC	2	12	208539	208550	50 %	0 %	0 %	50 %	215918918
64	NC_002971	GCGAAA	2	12	209390	209401	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29653579
65	NC_002971	TAGAAA	2	12	214233	214244	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	215918919
66	NC_002971	TACATG	2	12	215114	215125	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	215918919
67	NC_002971	GTGAAC	2	12	218695	218706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29653584
68	NC_002971	GCTGTC	2	12	221615	221626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29653587
69	NC_002971	CTATTC	2	12	221787	221798	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29653587
70	NC_002971	AAGTGG	2	12	223125	223136	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	29653587
71	NC_002971	AAGGTA	2	12	229127	229138	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29653597
72	NC_002971	CAATTA	2	12	230031	230042	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29653600
73	NC_002971	CAAAAG	2	12	238140	238151	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	29653616
74	NC_002971	TGGTTT	2	12	242286	242297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29653622
75	NC_002971	CAGTAA	2	12	244045	244056	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29653624
76	NC_002971	CCGGCG	2	12	247060	247071	0 %	0 %	50 %	50 %	29653626
77	NC_002971	GTTTTA	2	12	247561	247572	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29653626
78	NC_002971	GCAATG	2	12	251356	251367	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29653630
79	NC_002971	TTAAAC	2	12	263930	263941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29653648
80	NC_002971	GCCGCG	2	12	264531	264542	0 %	0 %	50 %	50 %	29653648
81	NC_002971	AATAGT	2	12	266164	266175	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	215918932
82	NC_002971	GTTGAC	2	12	268416	268427	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29653653
83	NC_002971	CAGTGG	2	12	268692	268703	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	29653654
84	NC_002971	CTAAAC	2	12	272046	272057	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29653656
85	NC_002971	TCATTG	2	12	272370	272381	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29653656
86	NC_002971	GCTTAG	2	12	272901	272912	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29653656
87	NC_002971	CACCAT	2	12	274977	274988	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	215918934
88	NC_002971	GGTAAC	2	12	278374	278385	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29653663
89	NC_002971	ATTCTG	2	12	278444	278455	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29653663
90	NC_002971	GATACC	2	12	290207	290218	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	215918941
91	NC_002971	AACGCA	2	12	292306	292317	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	215918942
92	NC_002971	AATGAA	2	12	298219	298230	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	215918943
93	NC_002971	AGCCGA	2	12	302060	302071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29653685
94	NC_002971	CCAATA	2	12	311137	311148	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29653693
95	NC_002971	TTTCTT	2	12	319949	319960	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	29653702
96	NC_002971	TTATTG	2	12	321904	321915	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	215918949
97	NC_002971	AAAATG	2	12	324179	324190	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	29653706
98	NC_002971	CAAGTC	2	12	330965	330976	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29653714
99	NC_002971	ATTTTT	2	12	334398	334409	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	29653719
100	NC_002971	ATGGGT	2	12	347178	347189	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	29653733
101	NC_002971	TCGCCG	2	12	353804	353815	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	29653737
102	NC_002971	AATGGC	2	12	353942	353953	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29653737
103	NC_002971	CATTCC	2	12	360254	360265	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	29653743
104	NC_002971	TTATCA	2	12	362526	362537	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29653745
105	NC_002971	TCGCCT	2	12	362809	362820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	29653747
106	NC_002971	CAGGAT	2	12	363161	363172	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29653747
107	NC_002971	AAATAA	2	12	365222	365233	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	29653754
108	NC_002971	AATAAA	2	12	365881	365892	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	29653755
109	NC_002971	AAAAGC	2	12	367251	367262	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	29653756
110	NC_002971	ATTGGT	2	12	375863	375874	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29653769
111	NC_002971	AATTGT	2	12	375988	375999	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29653769
112	NC_002971	CGATGA	2	12	379081	379092	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	215918965
113	NC_002971	AAATTA	2	12	382644	382655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29653775
114	NC_002971	AAAACA	2	12	382962	382973	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	29653775
115	NC_002971	ATTGGG	2	12	385775	385786	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	29653777
116	NC_002971	CGTTCT	2	12	391677	391688	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	29653789
117	NC_002971	ATCGCT	2	12	397604	397615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29653796
118	NC_002971	TTATTT	2	12	398826	398837	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	215918969
119	NC_002971	GATTGA	2	12	399680	399691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29653798
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232	NC_002971	ATTAAT	2	12	802103	802114	50 %	50 %	0 %	0 %	29654175
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241	NC_002971	GTCTGG	2	12	836900	836911	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	29654209
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340	NC_002971	ATGGCA	2	12	1232739	1232750	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29654582
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349	NC_002971	CATGAT	2	12	1263504	1263515	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29654611
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