MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	TGGGAG	2	12	2775	2786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834628
2	NC_002620	AGGAAA	2	12	8834	8845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532164369
3	NC_002620	GTAGGG	2	12	14803	14814	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834634
4	NC_002620	GTGCTT	2	12	15589	15600	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834634
5	NC_002620	TTGGTT	2	12	17145	17156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834636
6	NC_002620	TTTCTC	2	12	18463	18474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834637
7	NC_002620	GATGAG	2	12	18690	18701	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834637
8	NC_002620	TTAATA	2	12	28163	28174	50 %	50 %	0 %	0 %	15834645
9	NC_002620	AATGCC	2	12	30473	30484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15834648
10	NC_002620	GGGAAG	2	12	38545	38556	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834658
11	NC_002620	AGAGGA	2	12	42144	42155	50 %	0 %	50 %	0 %	15834660
12	NC_002620	CATTAA	2	12	43951	43962	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15834663
13	NC_002620	GGAGAA	2	12	44697	44708	50 %	0 %	50 %	0 %	15834664
14	NC_002620	GATCAG	2	12	47267	47278	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834667
15	NC_002620	AACAGT	2	12	55710	55721	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15834673
16	NC_002620	TTCTCT	2	12	56792	56803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834675
17	NC_002620	AGGAAG	2	12	57502	57513	50 %	0 %	50 %	0 %	15834676
18	NC_002620	CTGTGT	2	12	59252	59263	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834677
19	NC_002620	AGATGC	2	12	64433	64444	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834680
20	NC_002620	TTGTCT	2	12	66566	66577	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15834682
21	NC_002620	CTAAAG	2	12	71324	71335	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15834686
22	NC_002620	ATCCTT	2	12	73878	73889	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834689
23	NC_002620	GACAGT	2	12	76227	76238	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834691
24	NC_002620	TAGAAA	2	12	81516	81527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834695
25	NC_002620	GCTGGA	2	12	86273	86284	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834699
26	NC_002620	ATGGAT	2	12	87077	87088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834699
27	NC_002620	GGAGTT	2	12	91995	92006	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15834703
28	NC_002620	ATTCAT	2	12	97501	97512	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15834706
29	NC_002620	TTTTTG	2	12	106017	106028	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15834712
30	NC_002620	CTTCTG	2	12	113511	113522	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834719
31	NC_002620	AACCGC	2	12	116735	116746	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15834724
32	NC_002620	GCTTGT	2	12	118304	118315	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834725
33	NC_002620	GTTTAG	2	12	118914	118925	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834725
34	NC_002620	CTATGC	2	12	129074	129085	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15834734
35	NC_002620	GAGAAA	2	12	132999	133010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834737
36	NC_002620	CTTTTT	2	12	140842	140853	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834742
37	NC_002620	AAGGAG	2	12	143870	143881	50 %	0 %	50 %	0 %	15834744
38	NC_002620	TTTTAT	2	12	146653	146664	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15834745
39	NC_002620	AAAGAA	2	12	147173	147184	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834746
40	NC_002620	CTTGTA	2	12	148742	148753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834747
41	NC_002620	GTGTTG	2	12	149367	149378	0 %	50 %	50 %	0 %	15834748
42	NC_002620	TTATCT	2	12	154693	154704	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15834749
43	NC_002620	TCTGTT	2	12	165012	165023	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15834755
44	NC_002620	TTGTAT	2	12	166899	166910	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15834756
45	NC_002620	TTTTCT	2	12	168614	168625	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834757
46	NC_002620	TAGCTT	2	12	168762	168773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834757
47	NC_002620	ATTGGT	2	12	174534	174545	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834763
48	NC_002620	CCAACG	2	12	176861	176872	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15834763
49	NC_002620	GTATGC	2	12	181620	181631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834769
50	NC_002620	CGGGAT	2	12	184163	184174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834771
51	NC_002620	GGATGT	2	12	184657	184668	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15834771
52	NC_002620	GTTGAT	2	12	196786	196797	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834783
53	NC_002620	GGAATA	2	12	197206	197217	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15834783
54	NC_002620	GAGCAA	2	12	204031	204042	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15834793
55	NC_002620	TTCCTA	2	12	210010	210021	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834796
56	NC_002620	AGGGAG	2	12	213005	213016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834798
57	NC_002620	AGAGAA	2	12	214927	214938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834801
58	NC_002620	GCAAAA	2	12	235941	235952	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15834821
59	NC_002620	ATAAAA	2	12	236019	236030	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15834821
60	NC_002620	TTGCTC	2	12	239280	239291	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834823
61	NC_002620	TGGTTA	2	12	241122	241133	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834825
62	NC_002620	CTGAAG	2	12	243988	243999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834828
63	NC_002620	TAGCGG	2	12	246893	246904	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834830
64	NC_002620	TGTTTT	2	12	249508	249519	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15834831
65	NC_002620	CGAAAA	2	12	252176	252187	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15834833
66	NC_002620	TGGGAA	2	12	258830	258841	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834837
67	NC_002620	TGCTGG	2	12	263184	263195	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15834844
68	NC_002620	ATCTTA	2	12	269316	269327	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15834849
69	NC_002620	CAGGAA	2	12	270438	270449	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15834849
70	NC_002620	TCTCTA	2	12	273232	273243	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834850
71	NC_002620	TCAGTA	2	12	274090	274101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15834851
72	NC_002620	AGAATA	2	12	275366	275377	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834854
73	NC_002620	GTTTTG	3	18	277359	277376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834857
74	NC_002620	AGGAAA	2	12	278199	278210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834859
75	NC_002620	CGCATG	2	12	278729	278740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15834859
76	NC_002620	TGAATG	2	12	283794	283805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834864
77	NC_002620	TGATTG	2	12	292363	292374	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834870
78	NC_002620	GCTTTG	2	12	292791	292802	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834870
79	NC_002620	TTTTTC	2	12	295965	295976	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834873
80	NC_002620	GATAAG	2	12	305104	305115	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15834880
81	NC_002620	GGAAAA	2	12	308937	308948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834882
82	NC_002620	AGATAA	2	12	312461	312472	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834883
83	NC_002620	ATGGAG	2	12	312475	312486	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834883
84	NC_002620	GTTTGT	2	12	320197	320208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834887
85	NC_002620	ATTGGA	2	12	324081	324092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834890
86	NC_002620	GTTTTG	2	12	336460	336471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834901
87	NC_002620	CATTCC	2	12	336621	336632	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15834901
88	NC_002620	GCTTTC	2	12	336846	336857	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834901
89	NC_002620	AGAGGA	2	12	340311	340322	50 %	0 %	50 %	0 %	15834904
90	NC_002620	CTTTTT	2	12	343699	343710	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834908
91	NC_002620	AGCTTG	2	12	348423	348434	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834909
92	NC_002620	AAAAAG	2	12	349947	349958	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834911
93	NC_002620	CTTTGA	2	12	356298	356309	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834919
94	NC_002620	TTTGGT	2	12	360351	360362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834922
95	NC_002620	AATCCT	2	12	361232	361243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834923
96	NC_002620	GTATTT	2	12	368953	368964	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15834932
97	NC_002620	ACTCCT	2	12	370166	370177	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15834933
98	NC_002620	TAACTA	2	12	372111	372122	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15834935
99	NC_002620	TCAGGA	2	12	376780	376791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834939
100	NC_002620	GCGTTA	2	12	377377	377388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834940
101	NC_002620	TAATTT	2	12	378529	378540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834940
102	NC_002620	TCCGCC	2	12	378851	378862	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	15834941
103	NC_002620	TTTTAA	2	12	378979	378990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834941
104	NC_002620	AGGGAC	2	12	384091	384102	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	15834944
105	NC_002620	TTCCTA	2	12	387627	387638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834947
106	NC_002620	GAAAAA	2	12	394255	394266	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834952
107	NC_002620	CTGTCT	2	12	394380	394391	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834953
108	NC_002620	GATTAT	2	12	394507	394518	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15834953
109	NC_002620	AACCCA	2	12	396583	396594	50 %	0 %	0 %	50 %	15834954
110	NC_002620	GTTTTT	2	12	400358	400369	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15834957
111	NC_002620	AAAAGA	2	12	414816	414827	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834972
112	NC_002620	CAAGAT	2	12	416993	417004	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15834974
113	NC_002620	TTAAGG	2	12	417862	417873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834976
114	NC_002620	TTATGA	2	12	421275	421286	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15834981
115	NC_002620	CTTTCT	2	12	428400	428411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834986
116	NC_002620	AGCAAG	2	12	429008	429019	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15834987
117	NC_002620	TAAGAT	2	12	429244	429255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15834987
118	NC_002620	TTCTCT	2	12	432520	432531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834990
119	NC_002620	GCGATC	2	12	432870	432881	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15834990
120	NC_002620	GTATCA	2	12	439569	439580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15834998
121	NC_002620	TGGTAT	2	12	442309	442320	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15835000
122	NC_002620	TGTGGT	2	12	442466	442477	0 %	50 %	50 %	0 %	15835000
123	NC_002620	AGCGAA	2	12	443177	443188	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835000
124	NC_002620	TAAAAC	2	12	453994	454005	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835008
125	NC_002620	AGAAAG	2	12	457256	457267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15835013
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127	NC_002620	CAGTCA	2	12	464059	464070	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835023
128	NC_002620	TCTCTA	2	12	466809	466820	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835026
129	NC_002620	TTTGCA	2	12	468294	468305	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835026
130	NC_002620	TACAGA	2	12	469189	469200	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835026
131	NC_002620	GTTGCA	2	12	472351	472362	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15835029
132	NC_002620	TCCTTG	2	12	478789	478800	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15835036
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139	NC_002620	CTAAAG	2	12	504137	504148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835053
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143	NC_002620	AGTTTA	2	12	513458	513469	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15835055
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145	NC_002620	CGAGAT	2	12	520512	520523	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835056
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147	NC_002620	CTGGAA	2	12	524827	524838	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835056
148	NC_002620	CAAATT	2	12	525317	525328	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835056
149	NC_002620	ATTTTT	2	12	525351	525362	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15835056
150	NC_002620	TGTCAT	2	12	526070	526081	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835056
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154	NC_002620	AAGAGG	2	12	534775	534786	50 %	0 %	50 %	0 %	15835057
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219	NC_002620	AACGGG	2	12	787963	787974	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	15835274
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221	NC_002620	TCTATG	2	12	798820	798831	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835284
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229	NC_002620	AACAGC	2	12	833798	833809	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15835310
230	NC_002620	GTAATG	2	12	834220	834231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15835310
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233	NC_002620	TAAGTT	2	12	841124	841135	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15835314
234	NC_002620	GAAAGC	2	12	845793	845804	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835321
235	NC_002620	AGAAAA	2	12	846334	846345	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835322
236	NC_002620	CTGAAG	2	12	847791	847802	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835323
237	NC_002620	CTTACT	2	12	850979	850990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835327
238	NC_002620	CGAAAA	2	12	851068	851079	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835327
239	NC_002620	CATCTC	2	12	851251	851262	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15835328
240	NC_002620	TGCTCC	2	12	860005	860016	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	15835336
241	NC_002620	AGTTTT	2	12	860991	861002	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15835338
242	NC_002620	TGCTGT	2	12	865486	865497	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835342
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252	NC_002620	ATTACA	2	12	902963	902974	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835374
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254	NC_002620	TCCATC	2	12	908496	908507	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15835379
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269	NC_002620	CTTCTC	2	12	959195	959206	0 %	50 %	0 %	50 %	15835442
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273	NC_002620	TAGAAC	2	12	968752	968763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835447
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289	NC_002620	TACCGA	2	12	1031489	1031500	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835501
290	NC_002620	TTGTTT	2	12	1032632	1032643	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15835502
291	NC_002620	TCTCCT	2	12	1035189	1035200	0 %	50 %	0 %	50 %	15835506
292	NC_002620	AGCTGG	3	18	1040242	1040259	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15835512
293	NC_002620	GCATCA	2	12	1042084	1042095	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835512
294	NC_002620	TGACAA	2	12	1043493	1043504	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835514
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299	NC_002620	TCTTTC	2	12	1058344	1058355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15835525
300	NC_002620	TATTCG	2	12	1068049	1068060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835529

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.