MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae J138 chromosome

Total Repeats: 363

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002491	GAAGGA	2	12	1744	1755	50 %	0 %	50 %	0 %	15835538
2	NC_002491	TGTGGA	2	12	1764	1775	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15835538
3	NC_002491	TGATAT	2	12	4816	4827	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15835540
4	NC_002491	TATTTC	2	12	7859	7870	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15835542
5	NC_002491	GTGCTT	2	12	8065	8076	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835542
6	NC_002491	GCTAAA	2	12	11599	11610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835544
7	NC_002491	CAAAAA	2	12	25829	25840	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15835553
8	NC_002491	TTTTTC	2	12	32267	32278	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15835557
9	NC_002491	CTAAGT	2	12	34864	34875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835560
10	NC_002491	TTTCCC	2	12	36698	36709	0 %	50 %	0 %	50 %	15835561
11	NC_002491	TGGCAA	2	12	43794	43805	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835567
12	NC_002491	ACCTAG	2	12	50175	50186	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835572
13	NC_002491	ATAAGA	2	12	61524	61535	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15835582
14	NC_002491	TGTAAA	2	12	69643	69654	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15835590
15	NC_002491	GCAACT	2	12	71300	71311	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835592
16	NC_002491	AATTTG	2	12	73232	73243	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15835593
17	NC_002491	GATACC	2	12	73573	73584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835594
18	NC_002491	GGAAAA	2	12	82970	82981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15835603
19	NC_002491	TTTTGG	2	12	90930	90941	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15835610
20	NC_002491	ACTTTT	2	12	91878	91889	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15835612
21	NC_002491	ATCTTA	2	12	92827	92838	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15835613
22	NC_002491	GTTGCT	2	12	93525	93536	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835615
23	NC_002491	CTATAT	2	12	97338	97349	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15835616
24	NC_002491	TCGGTA	2	12	103258	103269	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15835619
25	NC_002491	AAAAAC	2	12	109168	109179	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15835625
26	NC_002491	AGGTGT	2	12	110596	110607	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15835626
27	NC_002491	TCGTTA	2	12	111178	111189	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835626
28	NC_002491	TTTGTA	2	12	119130	119141	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15835631
29	NC_002491	GGAATG	2	12	122220	122231	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15835631
30	NC_002491	TAAATT	2	12	128073	128084	50 %	50 %	0 %	0 %	15835636
31	NC_002491	GAAGTT	2	12	140666	140677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15835645
32	NC_002491	AAGAAA	2	12	144793	144804	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835648
33	NC_002491	TAAGAA	2	12	147361	147372	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15835651
34	NC_002491	AGAACA	2	12	149836	149847	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835654
35	NC_002491	GCTGTT	2	12	151211	151222	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835656
36	NC_002491	AGAACA	2	12	152165	152176	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835658
37	NC_002491	TTCCAG	2	12	154615	154626	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15835659
38	NC_002491	AAAGCA	2	12	158059	158070	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835661
39	NC_002491	CAAAGG	2	12	158134	158145	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835661
40	NC_002491	TTGTTT	2	12	164438	164449	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15835666
41	NC_002491	ATTTTT	2	12	164901	164912	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15835666
42	NC_002491	CTTCGT	2	12	167495	167506	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15835669
43	NC_002491	TTTGAG	2	12	173398	173409	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15835673
44	NC_002491	ATGAAG	2	12	175490	175501	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15835676
45	NC_002491	TCTTCC	2	12	178891	178902	0 %	50 %	0 %	50 %	15835679
46	NC_002491	TTTTTA	2	12	179474	179485	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15835679
47	NC_002491	GGTATG	2	12	185217	185228	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15835683
48	NC_002491	GGACCA	2	12	192646	192657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15835686
49	NC_002491	AAAGAA	2	12	196665	196676	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835688
50	NC_002491	ATAAAA	2	12	197047	197058	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15835688
51	NC_002491	CAAAAT	2	12	201070	201081	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835693
52	NC_002491	TTCTCT	2	12	217430	217441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15835713
53	NC_002491	CATTTA	2	12	217966	217977	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15835714
54	NC_002491	ATAGCT	2	12	219117	219128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835717
55	NC_002491	CGGCTT	2	12	219751	219762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15835717
56	NC_002491	TCAAAT	2	12	226770	226781	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835724
57	NC_002491	ACGATT	2	12	234507	234518	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835730
58	NC_002491	TCAATA	2	12	234685	234696	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835730
59	NC_002491	ATCTTA	2	12	234934	234945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15835730
60	NC_002491	AAAATC	2	12	239996	240007	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835733
61	NC_002491	AGATAT	2	12	242691	242702	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15835736
62	NC_002491	ATACCT	2	12	244627	244638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15835738
63	NC_002491	ACGAAG	2	12	244918	244929	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835738
64	NC_002491	ATAAAA	2	12	245417	245428	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15835738
65	NC_002491	TAATCC	2	12	245497	245508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15835739
66	NC_002491	TCTACT	2	12	247928	247939	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835742
67	NC_002491	TCATCC	2	12	249481	249492	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15835743
68	NC_002491	CATCTT	2	12	251831	251842	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835745
69	NC_002491	GCTTTA	2	12	255712	255723	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835750
70	NC_002491	CCTAAA	2	12	258370	258381	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15835753
71	NC_002491	CTTAGG	2	12	262868	262879	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15835758
72	NC_002491	TAAGAA	2	12	269717	269728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15835767
73	NC_002491	ATTCTT	2	12	270278	270289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15835769
74	NC_002491	AAAGTT	2	12	272569	272580	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15835771
75	NC_002491	AGAAAA	2	12	282101	282112	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835780
76	NC_002491	AATAAG	2	12	284351	284362	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15835784
77	NC_002491	TAATCG	2	12	284424	284435	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835784
78	NC_002491	CCTTCC	2	12	285410	285421	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15835784
79	NC_002491	TGATAT	2	12	287853	287864	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15835788
80	NC_002491	ATGGAA	2	12	288101	288112	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15835789
81	NC_002491	ATTAGG	2	12	289068	289079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15835790
82	NC_002491	AAAATC	2	12	289419	289430	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835790
83	NC_002491	AAATTT	2	12	293545	293556	50 %	50 %	0 %	0 %	15835795
84	NC_002491	AGAAAA	3	18	297917	297934	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835800
85	NC_002491	GCTCCG	2	12	299359	299370	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	15835801
86	NC_002491	CTCAAT	2	12	303619	303630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15835806
87	NC_002491	ATGATA	2	12	308883	308894	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15835810
88	NC_002491	ACTAAA	2	12	313587	313598	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835815
89	NC_002491	TGGCAA	2	12	313720	313731	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835815
90	NC_002491	GCTAAA	2	12	315068	315079	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835816
91	NC_002491	AAGAAA	2	12	325918	325929	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15835824
92	NC_002491	AATTGC	2	12	328615	328626	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835826
93	NC_002491	ATGACC	2	12	330190	330201	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835828
94	NC_002491	AAGCAC	2	12	332026	332037	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15835828
95	NC_002491	CTACAA	2	12	338048	338059	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15835835
96	NC_002491	CAAGTA	2	12	341135	341146	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835837
97	NC_002491	CAGTCA	2	12	343428	343439	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835839
98	NC_002491	TGGAAT	2	12	343976	343987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15835840
99	NC_002491	CCGTAG	2	12	348166	348177	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15835842
100	NC_002491	ACAACC	2	12	348888	348899	50 %	0 %	0 %	50 %	15835843
101	NC_002491	CGAAGA	2	12	356910	356921	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835850
102	NC_002491	ATTGAA	2	12	357562	357573	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15835850
103	NC_002491	CCTGAG	2	12	360042	360053	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15835852
104	NC_002491	AGTTCA	2	12	363246	363257	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15835854
105	NC_002491	GCTGTT	2	12	366147	366158	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835857
106	NC_002491	CCGATT	2	12	367411	367422	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15835858
107	NC_002491	AGCTGC	2	12	369179	369190	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15835859
108	NC_002491	AGGAAG	2	12	371741	371752	50 %	0 %	50 %	0 %	15835861
109	NC_002491	CTTAAA	2	12	377506	377517	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835866
110	NC_002491	GTTTAC	2	12	381409	381420	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835872
111	NC_002491	CTTTTT	2	12	382859	382870	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15835873
112	NC_002491	CTTTAG	2	12	395466	395477	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835885
113	NC_002491	TAAAAA	2	12	396795	396806	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15835886
114	NC_002491	TTAGGA	2	12	397049	397060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15835887
115	NC_002491	TTGGTG	2	12	399339	399350	0 %	50 %	50 %	0 %	15835888
116	NC_002491	AGACAG	2	12	404977	404988	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15835893
117	NC_002491	TCTCCC	2	12	414381	414392	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15835902
118	NC_002491	TCCCGA	2	12	414437	414448	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15835902
119	NC_002491	AAAATC	2	12	416557	416568	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15835903
120	NC_002491	GCAGAT	2	12	419757	419768	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15835906
121	NC_002491	CATAAT	2	12	423462	423473	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835911
122	NC_002491	CAGAAA	2	12	426299	426310	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835912
123	NC_002491	CTTAGG	2	12	427243	427254	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15835913
124	NC_002491	CGACTC	2	12	427406	427417	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15835913
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232	NC_002491	ACTATC	2	12	751857	751868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15836201
233	NC_002491	GACTTT	2	12	751942	751953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15836201
234	NC_002491	ATCAGG	2	12	764437	764448	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15836214
235	NC_002491	TTTCTG	2	12	764499	764510	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15836214
236	NC_002491	CGTGCT	2	12	764983	764994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15836214
237	NC_002491	GCCTCT	2	12	770846	770857	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	15836222
238	NC_002491	CAACCT	2	12	773304	773315	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	15836224
239	NC_002491	TTTCAT	2	12	775823	775834	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15836226
240	NC_002491	GTATCC	2	12	776639	776650	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15836226
241	NC_002491	TGTTCA	2	12	778788	778799	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15836226
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248	NC_002491	GTTCCT	2	12	787475	787486	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15836234
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255	NC_002491	TTCTCC	2	12	833521	833532	0 %	50 %	0 %	50 %	15836271
256	NC_002491	ATAGTA	2	12	836084	836095	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15836273
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258	NC_002491	TATGCA	2	12	837257	837268	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15836273
259	NC_002491	CAATCT	2	12	844761	844772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15836282
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265	NC_002491	TCAGGG	2	12	866804	866815	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15836302
266	NC_002491	TTTAGG	2	12	868167	868178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15836303
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329	NC_002491	AGCTGC	3	18	1084473	1084490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15836481
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332	NC_002491	TGATAT	2	12	1098928	1098939	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15836496
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334	NC_002491	CTCTTC	2	12	1101288	1101299	0 %	50 %	0 %	50 %	15836496
335	NC_002491	TGAGAA	2	12	1106101	1106112	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15836499
336	NC_002491	CTCAAA	2	12	1110696	1110707	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15836501
337	NC_002491	ATTGCT	2	12	1110876	1110887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15836501
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339	NC_002491	GCAATT	2	12	1120958	1120969	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15836510
340	NC_002491	AGTGGT	2	12	1121156	1121167	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15836510
341	NC_002491	AGGAAA	2	12	1135356	1135367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15836519
342	NC_002491	TTAAGC	2	12	1136551	1136562	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15836521
343	NC_002491	GCGGGA	2	12	1138263	1138274	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	15836524
344	NC_002491	GCATAA	2	12	1140831	1140842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15836525
345	NC_002491	CAGGAA	2	12	1145666	1145677	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15836529
346	NC_002491	CAACTT	2	12	1147390	1147401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15836530
347	NC_002491	TGAATG	2	12	1158952	1158963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15836544
348	NC_002491	AATCAA	2	12	1160741	1160752	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15836545
349	NC_002491	TATCAT	2	12	1162396	1162407	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15836546
350	NC_002491	TAGGTT	2	12	1162716	1162727	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15836546
351	NC_002491	TATTGA	2	12	1165681	1165692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15836548
352	NC_002491	ATCCTG	2	12	1169417	1169428	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15836551
353	NC_002491	GCTTCG	2	12	1170995	1171006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15836553
354	NC_002491	CCTCTA	2	12	1174495	1174506	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15836556
355	NC_002491	TGTATT	2	12	1176804	1176815	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15836558
356	NC_002491	TTTTGC	2	12	1180779	1180790	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15836562
357	NC_002491	TGATGT	2	12	1182043	1182054	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15836563
358	NC_002491	TCCAAT	2	12	1187227	1187238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15836567
359	NC_002491	ATTCGC	2	12	1197354	1197365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15836578
360	NC_002491	AGGCTT	2	12	1213024	1213035	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15836591
361	NC_002491	AAGGAC	2	12	1220790	1220801	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15836601
362	NC_002491	ACAATT	2	12	1221816	1221827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15836601
363	NC_002491	AAAGAA	2	12	1224396	1224407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15836603

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.