MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 20291

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_000117	AAG	2	6	28868	28873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604741
502	NC_000117	TA	3	6	28982	28987	50 %	50 %	0 %	0 %	15604741
503	NC_000117	GAA	2	6	29071	29076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604741
504	NC_000117	TGT	2	6	29103	29108	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604742
505	NC_000117	TCT	2	6	29171	29176	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604742
506	NC_000117	ACA	2	6	29399	29404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604742
507	NC_000117	ATG	2	6	29409	29414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604742
508	NC_000117	CTTT	2	8	29551	29558	0 %	75 %	0 %	25 %	15604742
509	NC_000117	TTTG	2	8	29566	29573	0 %	75 %	25 %	0 %	15604742
510	NC_000117	TTGT	2	8	29601	29608	0 %	75 %	25 %	0 %	15604742
511	NC_000117	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	15604742
512	NC_000117	T	6	6	29636	29641	0 %	100 %	0 %	0 %	15604742
513	NC_000117	ATC	2	6	29715	29720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604742
514	NC_000117	TGGC	2	8	29764	29771	0 %	25 %	50 %	25 %	15604742
515	NC_000117	T	8	8	29870	29877	0 %	100 %	0 %	0 %	15604742
516	NC_000117	ATG	2	6	29895	29900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604742
517	NC_000117	GA	3	6	29933	29938	50 %	0 %	50 %	0 %	15604742
518	NC_000117	AG	3	6	30031	30036	50 %	0 %	50 %	0 %	15604743
519	NC_000117	GTT	2	6	30112	30117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604743
520	NC_000117	GAA	2	6	30121	30126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604743
521	NC_000117	TC	3	6	30140	30145	0 %	50 %	0 %	50 %	15604743
522	NC_000117	TCT	2	6	30187	30192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604743
523	NC_000117	ACT	2	6	30277	30282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604743
524	NC_000117	TTC	2	6	30305	30310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604743
525	NC_000117	AAAG	2	8	30324	30331	75 %	0 %	25 %	0 %	15604743
526	NC_000117	CCT	2	6	30341	30346	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15604743
527	NC_000117	AAAC	2	8	30394	30401	75 %	0 %	0 %	25 %	15604743
528	NC_000117	T	6	6	30411	30416	0 %	100 %	0 %	0 %	15604743
529	NC_000117	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	15604743
530	NC_000117	GGC	2	6	30447	30452	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15604743
531	NC_000117	GAT	2	6	30526	30531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604743
532	NC_000117	GATG	2	8	30537	30544	25 %	25 %	50 %	0 %	15604743
533	NC_000117	TAG	2	6	30548	30553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604743
534	NC_000117	GTT	2	6	30622	30627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604743
535	NC_000117	TAA	2	6	30732	30737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604743
536	NC_000117	GA	3	6	30761	30766	50 %	0 %	50 %	0 %	15604743
537	NC_000117	GAA	2	6	30871	30876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604743
538	NC_000117	AGA	2	6	30891	30896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604743
539	NC_000117	TCG	2	6	30954	30959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604743
540	NC_000117	ATG	2	6	30988	30993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604743
541	NC_000117	TGG	2	6	31002	31007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604743
542	NC_000117	GAA	2	6	31033	31038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604743
543	NC_000117	ATT	2	6	31069	31074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604743
544	NC_000117	ATG	2	6	31192	31197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604743
545	NC_000117	AAG	2	6	31204	31209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604743
546	NC_000117	T	6	6	31210	31215	0 %	100 %	0 %	0 %	15604743
547	NC_000117	GA	3	6	31229	31234	50 %	0 %	50 %	0 %	15604743
548	NC_000117	A	7	7	31252	31258	100 %	0 %	0 %	0 %	15604743
549	NC_000117	ACA	2	6	31298	31303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604744
550	NC_000117	TGT	2	6	31319	31324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604744
551	NC_000117	AT	3	6	31370	31375	50 %	50 %	0 %	0 %	15604744
552	NC_000117	T	6	6	31438	31443	0 %	100 %	0 %	0 %	15604744
553	NC_000117	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	15604744
554	NC_000117	A	6	6	31533	31538	100 %	0 %	0 %	0 %	15604744
555	NC_000117	A	6	6	31564	31569	100 %	0 %	0 %	0 %	15604744
556	NC_000117	TGC	2	6	31592	31597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604744
557	NC_000117	AGC	2	6	31610	31615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604744
558	NC_000117	GATA	2	8	31646	31653	50 %	25 %	25 %	0 %	15604745
559	NC_000117	TC	3	6	31655	31660	0 %	50 %	0 %	50 %	15604745
560	NC_000117	AAG	2	6	31859	31864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604745
561	NC_000117	AAG	2	6	31866	31871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604745
562	NC_000117	CTT	2	6	31905	31910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604745
563	NC_000117	CGT	2	6	31936	31941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604745
564	NC_000117	TGA	2	6	31982	31987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604745
565	NC_000117	GAG	2	6	32013	32018	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604745
566	NC_000117	GCG	2	6	32055	32060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15604745
567	NC_000117	GC	3	6	32085	32090	0 %	0 %	50 %	50 %	15604745
568	NC_000117	CT	3	6	32135	32140	0 %	50 %	0 %	50 %	15604745
569	NC_000117	AGA	2	6	32233	32238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604745
570	NC_000117	AG	3	6	32267	32272	50 %	0 %	50 %	0 %	15604745
571	NC_000117	AAG	2	6	32421	32426	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604745
572	NC_000117	ATT	2	6	32471	32476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604745
573	NC_000117	T	6	6	32576	32581	0 %	100 %	0 %	0 %	15604745
574	NC_000117	AGG	2	6	32826	32831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604746
575	NC_000117	GGT	2	6	32881	32886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604746
576	NC_000117	GCT	2	6	33043	33048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604746
577	NC_000117	GCT	2	6	33076	33081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604746
578	NC_000117	GAA	2	6	33187	33192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604747
579	NC_000117	A	6	6	33191	33196	100 %	0 %	0 %	0 %	15604747
580	NC_000117	TGT	2	6	33282	33287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604747
581	NC_000117	TGA	2	6	33333	33338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604747
582	NC_000117	AGG	2	6	33470	33475	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604747
583	NC_000117	CTT	2	6	33494	33499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604747
584	NC_000117	T	6	6	33516	33521	0 %	100 %	0 %	0 %	15604747
585	NC_000117	GTT	2	6	33534	33539	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604747
586	NC_000117	CAG	2	6	33704	33709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604747
587	NC_000117	TC	3	6	33764	33769	0 %	50 %	0 %	50 %	15604747
588	NC_000117	AG	3	6	33777	33782	50 %	0 %	50 %	0 %	15604747
589	NC_000117	CTG	2	6	33874	33879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604748
590	NC_000117	ACA	2	6	33891	33896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604748
591	NC_000117	AG	3	6	33915	33920	50 %	0 %	50 %	0 %	15604748
592	NC_000117	GTC	2	6	33947	33952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604748
593	NC_000117	ATT	2	6	33994	33999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604748
594	NC_000117	T	6	6	34046	34051	0 %	100 %	0 %	0 %	15604748
595	NC_000117	TTA	2	6	34076	34081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604748
596	NC_000117	TGAT	2	8	34141	34148	25 %	50 %	25 %	0 %	15604748
597	NC_000117	GAA	2	6	34169	34174	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604748
598	NC_000117	AAG	2	6	34216	34221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604748
599	NC_000117	AGA	2	6	34267	34272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604748
600	NC_000117	AAGA	3	12	34269	34280	75 %	0 %	25 %	0 %	15604748
601	NC_000117	TGC	2	6	34304	34309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604748
602	NC_000117	TGT	2	6	34328	34333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604748
603	NC_000117	ATG	2	6	34339	34344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604748
604	NC_000117	AAG	2	6	34370	34375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604748
605	NC_000117	GAA	2	6	34389	34394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604748
606	NC_000117	AAGC	2	8	34489	34496	50 %	0 %	25 %	25 %	15604749
607	NC_000117	GTTC	2	8	34522	34529	0 %	50 %	25 %	25 %	15604749
608	NC_000117	GAT	2	6	34600	34605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604749
609	NC_000117	GA	4	8	34607	34614	50 %	0 %	50 %	0 %	15604749
610	NC_000117	GA	4	8	34631	34638	50 %	0 %	50 %	0 %	15604749
611	NC_000117	AGA	2	6	34666	34671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604749
612	NC_000117	TTA	2	6	34729	34734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604750
613	NC_000117	TGA	2	6	34862	34867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604750
614	NC_000117	GGCA	2	8	34901	34908	25 %	0 %	50 %	25 %	15604750
615	NC_000117	ATC	2	6	35011	35016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604750
616	NC_000117	GAA	2	6	35100	35105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604750
617	NC_000117	TGT	2	6	35129	35134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604750
618	NC_000117	TCGA	2	8	35158	35165	25 %	25 %	25 %	25 %	15604750
619	NC_000117	GAG	2	6	35170	35175	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604750
620	NC_000117	CAG	2	6	35184	35189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604750
621	NC_000117	AGA	2	6	35303	35308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604750
622	NC_000117	TGCT	2	8	35311	35318	0 %	50 %	25 %	25 %	15604750
623	NC_000117	TATG	2	8	35454	35461	25 %	50 %	25 %	0 %	15604750
624	NC_000117	GCA	2	6	35505	35510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604750
625	NC_000117	GAA	2	6	35534	35539	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604750
626	NC_000117	TTGG	2	8	35543	35550	0 %	50 %	50 %	0 %	15604750
627	NC_000117	ATA	2	6	35587	35592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604750
628	NC_000117	CTT	2	6	35593	35598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604750
629	NC_000117	TCT	2	6	35928	35933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604750
630	NC_000117	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15604750
631	NC_000117	GCT	2	6	36054	36059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604750
632	NC_000117	ATG	2	6	36079	36084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604750
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750	NC_000117	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	15604755
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754	NC_000117	T	8	8	42483	42490	0 %	100 %	0 %	0 %	15604755
755	NC_000117	ACC	2	6	42535	42540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15604755
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757	NC_000117	GA	5	10	42592	42601	50 %	0 %	50 %	0 %	15604755
758	NC_000117	A	7	7	42631	42637	100 %	0 %	0 %	0 %	15604755
759	NC_000117	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	15604755
760	NC_000117	A	7	7	42652	42658	100 %	0 %	0 %	0 %	15604755
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