MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia pecorum W73

Total Repeats: 802

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022440	GAAGG	2	10	1878	1887	40 %	0 %	60 %	0 %	545631678
2	NC_022440	CAGGG	2	10	5223	5232	20 %	0 %	60 %	20 %	545631680
3	NC_022440	TTTAA	2	10	6532	6541	40 %	60 %	0 %	0 %	545631681
4	NC_022440	TTTTA	2	10	7537	7546	20 %	80 %	0 %	0 %	545631682
5	NC_022440	CTTTT	2	10	7755	7764	0 %	80 %	0 %	20 %	545631683
6	NC_022440	AAAGA	2	10	7910	7919	80 %	0 %	20 %	0 %	545631683
7	NC_022440	GAAAA	2	10	7988	7997	80 %	0 %	20 %	0 %	545631683
8	NC_022440	AAGAT	2	10	8764	8773	60 %	20 %	20 %	0 %	545631683
9	NC_022440	TTGAG	2	10	8805	8814	20 %	40 %	40 %	0 %	545631683
10	NC_022440	AAGGA	2	10	8866	8875	60 %	0 %	40 %	0 %	545631683
11	NC_022440	GAGAG	2	10	9264	9273	40 %	0 %	60 %	0 %	545631683
12	NC_022440	AAGAT	2	10	9727	9736	60 %	20 %	20 %	0 %	545631683
13	NC_022440	GGGAT	2	10	10542	10551	20 %	20 %	60 %	0 %	545631683
14	NC_022440	GAGAA	2	10	12523	12532	60 %	0 %	40 %	0 %	545631684
15	NC_022440	GAAGA	2	10	13137	13146	60 %	0 %	40 %	0 %	545631684
16	NC_022440	GGAAT	2	10	15329	15338	40 %	20 %	40 %	0 %	545631685
17	NC_022440	AGGGG	2	10	17785	17794	20 %	0 %	80 %	0 %	545631688
18	NC_022440	TCGGG	2	10	17966	17975	0 %	20 %	60 %	20 %	545631688
19	NC_022440	GTTGG	2	10	18770	18779	0 %	40 %	60 %	0 %	545631689
20	NC_022440	GATTG	2	10	18853	18862	20 %	40 %	40 %	0 %	545631689
21	NC_022440	TTGCT	2	10	22469	22478	0 %	60 %	20 %	20 %	545631691
22	NC_022440	AATCC	2	10	23738	23747	40 %	20 %	0 %	40 %	545631692
23	NC_022440	CTTTT	2	10	24994	25003	0 %	80 %	0 %	20 %	545631692
24	NC_022440	GCAGA	2	10	26543	26552	40 %	0 %	40 %	20 %	545631693
25	NC_022440	GAGCA	2	10	30151	30160	40 %	0 %	40 %	20 %	545631696
26	NC_022440	AGACG	2	10	32182	32191	40 %	0 %	40 %	20 %	545631699
27	NC_022440	AAAGA	2	10	35602	35611	80 %	0 %	20 %	0 %	545631703
28	NC_022440	AATTC	2	10	38207	38216	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022440	GGAGC	2	10	39462	39471	20 %	0 %	60 %	20 %	545631706
30	NC_022440	CAAGC	2	10	39672	39681	40 %	0 %	20 %	40 %	545631706
31	NC_022440	GGTGA	2	10	41060	41069	20 %	20 %	60 %	0 %	545631706
32	NC_022440	AGAGC	2	10	42309	42318	40 %	0 %	40 %	20 %	545631709
33	NC_022440	CCTAT	2	10	43528	43537	20 %	40 %	0 %	40 %	545631711
34	NC_022440	GCGAT	2	10	44693	44702	20 %	20 %	40 %	20 %	545631712
35	NC_022440	AGATG	2	10	44928	44937	40 %	20 %	40 %	0 %	545631712
36	NC_022440	CCTTG	2	10	46945	46954	0 %	40 %	20 %	40 %	545631714
37	NC_022440	TTTGG	2	10	47474	47483	0 %	60 %	40 %	0 %	545631715
38	NC_022440	AGACA	2	10	50844	50853	60 %	0 %	20 %	20 %	545631716
39	NC_022440	GCAAG	2	10	51595	51604	40 %	0 %	40 %	20 %	545631717
40	NC_022440	AAGAT	2	10	51862	51871	60 %	20 %	20 %	0 %	545631717
41	NC_022440	TTTTG	2	10	53468	53477	0 %	80 %	20 %	0 %	545631719
42	NC_022440	AAACA	2	10	54683	54692	80 %	0 %	0 %	20 %	545631720
43	NC_022440	CTTGA	2	10	56461	56470	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_022440	CTTTT	2	10	58159	58168	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_022440	TGAAG	2	10	66357	66366	40 %	20 %	40 %	0 %	545631728
46	NC_022440	AAGGC	2	10	71663	71672	40 %	0 %	40 %	20 %	545631734
47	NC_022440	CATTA	2	10	74454	74463	40 %	40 %	0 %	20 %	545631736
48	NC_022440	AACGT	2	10	75342	75351	40 %	20 %	20 %	20 %	545631737
49	NC_022440	TCTTT	2	10	77520	77529	0 %	80 %	0 %	20 %	545631739
50	NC_022440	GATAC	2	10	78464	78473	40 %	20 %	20 %	20 %	545631740
51	NC_022440	GTTGT	2	10	80995	81004	0 %	60 %	40 %	0 %	545631742
52	NC_022440	TGTAG	2	10	81491	81500	20 %	40 %	40 %	0 %	545631742
53	NC_022440	CCTAA	2	10	83552	83561	40 %	20 %	0 %	40 %	545631745
54	NC_022440	CAGAG	2	10	85228	85237	40 %	0 %	40 %	20 %	545631747
55	NC_022440	CTTTT	2	10	86333	86342	0 %	80 %	0 %	20 %	545631748
56	NC_022440	AAAGA	2	10	86424	86433	80 %	0 %	20 %	0 %	545631748
57	NC_022440	TCTTT	2	10	86461	86470	0 %	80 %	0 %	20 %	545631748
58	NC_022440	TAAAA	2	10	88489	88498	80 %	20 %	0 %	0 %	545631748
59	NC_022440	TTTGC	2	10	88546	88555	0 %	60 %	20 %	20 %	545631748
60	NC_022440	GAAAA	2	10	89582	89591	80 %	0 %	20 %	0 %	545631749
61	NC_022440	AAGAG	2	10	89908	89917	60 %	0 %	40 %	0 %	545631749
62	NC_022440	CTGCT	2	10	89939	89948	0 %	40 %	20 %	40 %	545631749
63	NC_022440	CTGCA	2	10	92292	92301	20 %	20 %	20 %	40 %	545631750
64	NC_022440	CTTTT	2	10	93362	93371	0 %	80 %	0 %	20 %	545631751
65	NC_022440	CAATG	2	10	93572	93581	40 %	20 %	20 %	20 %	545631751
66	NC_022440	GCAAA	2	10	93923	93932	60 %	0 %	20 %	20 %	545631751
67	NC_022440	TACAA	2	10	94642	94651	60 %	20 %	0 %	20 %	545631752
68	NC_022440	GATTT	2	10	97552	97561	20 %	60 %	20 %	0 %	545631757
69	NC_022440	CTTTG	2	10	98951	98960	0 %	60 %	20 %	20 %	545631759
70	NC_022440	GGGCA	2	10	99095	99104	20 %	0 %	60 %	20 %	545631759
71	NC_022440	TCCTT	2	10	103995	104004	0 %	60 %	0 %	40 %	545631764
72	NC_022440	ATTTT	2	10	104400	104409	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022440	CTTTT	2	10	104595	104604	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022440	CAAAG	2	10	104905	104914	60 %	0 %	20 %	20 %	545631765
75	NC_022440	AAGGG	2	10	105069	105078	40 %	0 %	60 %	0 %	545631765
76	NC_022440	TGTTA	2	10	108633	108642	20 %	60 %	20 %	0 %	545631772
77	NC_022440	TGCTT	2	10	113239	113248	0 %	60 %	20 %	20 %	545631783
78	NC_022440	GTAGG	2	10	113256	113265	20 %	20 %	60 %	0 %	545631783
79	NC_022440	TGAAA	2	10	114241	114250	60 %	20 %	20 %	0 %	545631783
80	NC_022440	TTTAC	2	10	115440	115449	20 %	60 %	0 %	20 %	545631786
81	NC_022440	AAAAG	2	10	116487	116496	80 %	0 %	20 %	0 %	545631786
82	NC_022440	AAGAG	2	10	119781	119790	60 %	0 %	40 %	0 %	545631790
83	NC_022440	AAGAG	2	10	119865	119874	60 %	0 %	40 %	0 %	545631790
84	NC_022440	CTTGT	2	10	125847	125856	0 %	60 %	20 %	20 %	545631796
85	NC_022440	TAGGT	2	10	126088	126097	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022440	TATGT	2	10	127771	127780	20 %	60 %	20 %	0 %	545631798
87	NC_022440	CTTTT	2	10	129020	129029	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022440	TTTGA	2	10	133731	133740	20 %	60 %	20 %	0 %	545631802
89	NC_022440	TACAG	2	10	134282	134291	40 %	20 %	20 %	20 %	545631802
90	NC_022440	GATGC	2	10	134637	134646	20 %	20 %	40 %	20 %	545631802
91	NC_022440	ACGAG	2	10	137245	137254	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022440	TTGAT	2	10	138320	138329	20 %	60 %	20 %	0 %	545631807
93	NC_022440	AAGGA	2	10	139462	139471	60 %	0 %	40 %	0 %	545631809
94	NC_022440	AAAGA	2	10	141425	141434	80 %	0 %	20 %	0 %	545631810
95	NC_022440	GAATA	2	10	141472	141481	60 %	20 %	20 %	0 %	545631810
96	NC_022440	TTTTC	2	10	142237	142246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_022440	TTGTT	2	10	143277	143286	0 %	80 %	20 %	0 %	545631812
98	NC_022440	TCTCT	2	10	144360	144369	0 %	60 %	0 %	40 %	545631812
99	NC_022440	TGTTT	2	10	151769	151778	0 %	80 %	20 %	0 %	545631818
100	NC_022440	TTATT	2	10	151785	151794	20 %	80 %	0 %	0 %	545631818
101	NC_022440	GTTTT	2	10	151948	151957	0 %	80 %	20 %	0 %	545631818
102	NC_022440	TCTTT	2	10	153797	153806	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_022440	TAAAT	2	10	154172	154181	60 %	40 %	0 %	0 %	545631821
104	NC_022440	GCTTT	2	10	155094	155103	0 %	60 %	20 %	20 %	545631822
105	NC_022440	TGTGT	2	10	160556	160565	0 %	60 %	40 %	0 %	545631826
106	NC_022440	AAGTT	2	10	160702	160711	40 %	40 %	20 %	0 %	545631826
107	NC_022440	AAGAG	3	15	161384	161398	60 %	0 %	40 %	0 %	545631827
108	NC_022440	GATTT	2	10	162012	162021	20 %	60 %	20 %	0 %	545631827
109	NC_022440	GGTTG	2	10	165654	165663	0 %	40 %	60 %	0 %	545631833
110	NC_022440	GTTCG	2	10	166248	166257	0 %	40 %	40 %	20 %	545631833
111	NC_022440	TTTAC	2	10	166413	166422	20 %	60 %	0 %	20 %	545631834
112	NC_022440	CAGAA	2	10	169325	169334	60 %	0 %	20 %	20 %	545631838
113	NC_022440	TGCTT	2	10	171929	171938	0 %	60 %	20 %	20 %	545631839
114	NC_022440	AAAAT	2	10	172453	172462	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022440	GGAGA	2	10	175303	175312	40 %	0 %	60 %	0 %	545631841
116	NC_022440	GAGAG	2	10	175657	175666	40 %	0 %	60 %	0 %	545631841
117	NC_022440	AATTA	2	10	179002	179011	60 %	40 %	0 %	0 %	545631846
118	NC_022440	TTCTT	2	10	179343	179352	0 %	80 %	0 %	20 %	545631846
119	NC_022440	GGGGA	2	10	180111	180120	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022440	TCTTT	2	10	180269	180278	0 %	80 %	0 %	20 %	545631847
121	NC_022440	GCTGC	2	10	183079	183088	0 %	20 %	40 %	40 %	545631847
122	NC_022440	TACAG	2	10	183603	183612	40 %	20 %	20 %	20 %	545631847
123	NC_022440	TAGCT	2	10	185414	185423	20 %	40 %	20 %	20 %	545631848
124	NC_022440	TATTG	2	10	185603	185612	20 %	60 %	20 %	0 %	545631848
125	NC_022440	TTTAT	2	10	188884	188893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022440	AGAGG	2	10	190472	190481	40 %	0 %	60 %	0 %	545631852
127	NC_022440	TGGAT	2	10	190788	190797	20 %	40 %	40 %	0 %	545631852
128	NC_022440	AAGAA	2	10	191527	191536	80 %	0 %	20 %	0 %	545631853
129	NC_022440	TTTAG	2	10	191669	191678	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022440	GAAGA	2	10	192621	192630	60 %	0 %	40 %	0 %	545631855
131	NC_022440	AAAGT	2	10	193222	193231	60 %	20 %	20 %	0 %	545631855
132	NC_022440	TAAGA	2	10	196587	196596	60 %	20 %	20 %	0 %	545631857
133	NC_022440	CCTAA	2	10	197218	197227	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_022440	TAAAA	2	10	197279	197288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022440	GTTGG	2	10	199239	199248	0 %	40 %	60 %	0 %	545631861
136	NC_022440	GTATT	2	10	201100	201109	20 %	60 %	20 %	0 %	545631862
137	NC_022440	AACGA	2	10	201618	201627	60 %	0 %	20 %	20 %	545631863
138	NC_022440	ATTGC	2	10	203203	203212	20 %	40 %	20 %	20 %	545631865
139	NC_022440	CCCTT	2	10	204518	204527	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
140	NC_022440	TTTTG	2	10	204584	204593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022440	TGGGT	2	10	205300	205309	0 %	40 %	60 %	0 %	545631868
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144	NC_022440	TGCTG	2	10	210601	210610	0 %	40 %	40 %	20 %	545631872
145	NC_022440	CTTTG	2	10	210949	210958	0 %	60 %	20 %	20 %	545631872
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147	NC_022440	TTTCT	2	10	214948	214957	0 %	80 %	0 %	20 %	545631873
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150	NC_022440	TTTCT	2	10	217325	217334	0 %	80 %	0 %	20 %	545631876
151	NC_022440	AGCAA	2	10	218867	218876	60 %	0 %	20 %	20 %	545631877
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153	NC_022440	AGGAA	2	10	221356	221365	60 %	0 %	40 %	0 %	545631881
154	NC_022440	TGCCT	2	10	221623	221632	0 %	40 %	20 %	40 %	545631881
155	NC_022440	GTCAT	2	10	221921	221930	20 %	40 %	20 %	20 %	545631882
156	NC_022440	AGGGA	2	10	222719	222728	40 %	0 %	60 %	0 %	545631883
157	NC_022440	ACGGC	2	10	224628	224637	20 %	0 %	40 %	40 %	545631884
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161	NC_022440	TCTCA	2	10	233268	233277	20 %	40 %	0 %	40 %	545631893
162	NC_022440	TTTAG	2	10	235013	235022	20 %	60 %	20 %	0 %	545631895
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165	NC_022440	AAAGA	2	10	239021	239030	80 %	0 %	20 %	0 %	545631898
166	NC_022440	TAGCA	2	10	239993	240002	40 %	20 %	20 %	20 %	545631899
167	NC_022440	TAACA	2	10	241481	241490	60 %	20 %	0 %	20 %	545631899
168	NC_022440	CGCTG	2	10	243349	243358	0 %	20 %	40 %	40 %	545631902
169	NC_022440	AATAG	2	10	243656	243665	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_022440	TAAGA	2	10	244836	244845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_022440	GCGTA	2	10	245005	245014	20 %	20 %	40 %	20 %	545631906
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178	NC_022440	AGTTT	2	10	254690	254699	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_022440	TAATG	2	10	256696	256705	40 %	40 %	20 %	0 %	545631915
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245	NC_022440	TTTTG	2	10	357355	357364	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_022440	AGAGA	2	10	363244	363253	60 %	0 %	40 %	0 %	545631985
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260	NC_022440	GCACG	2	10	373726	373735	20 %	0 %	40 %	40 %	545631996
261	NC_022440	CTATG	2	10	374571	374580	20 %	40 %	20 %	20 %	545631996
262	NC_022440	CAGGG	2	10	375202	375211	20 %	0 %	60 %	20 %	545631997
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264	NC_022440	GCTTT	2	10	378341	378350	0 %	60 %	20 %	20 %	545632002
265	NC_022440	AAGAG	2	10	380796	380805	60 %	0 %	40 %	0 %	545632003
266	NC_022440	ATGGG	2	10	381360	381369	20 %	20 %	60 %	0 %	545632004
267	NC_022440	ATTTT	2	10	382475	382484	20 %	80 %	0 %	0 %	545632004
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392	NC_022440	GAGAA	2	10	529312	529321	60 %	0 %	40 %	0 %	545632137
393	NC_022440	AAATA	2	10	529746	529755	80 %	20 %	0 %	0 %	545632137
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396	NC_022440	ATTTT	2	10	531649	531658	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
397	NC_022440	AAAAG	2	10	533149	533158	80 %	0 %	20 %	0 %	545632139
398	NC_022440	AGGGA	2	10	533510	533519	40 %	0 %	60 %	0 %	545632139
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400	NC_022440	ACTAA	2	10	535801	535810	60 %	20 %	0 %	20 %	545632141
401	NC_022440	TAATT	2	10	539609	539618	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_022440	TATGT	2	10	540561	540570	20 %	60 %	20 %	0 %	545632144
403	NC_022440	ACCAC	2	10	543874	543883	40 %	0 %	0 %	60 %	545632147
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406	NC_022440	TATTT	3	15	555324	555338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
407	NC_022440	TTTGT	2	10	555554	555563	0 %	80 %	20 %	0 %	545632159
408	NC_022440	TAGAA	2	10	556468	556477	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
409	NC_022440	TGAAA	2	10	556621	556630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
410	NC_022440	TAACT	2	10	556951	556960	40 %	40 %	0 %	20 %	545632160
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431	NC_022440	GTTTT	2	10	577801	577810	0 %	80 %	20 %	0 %	545632183
432	NC_022440	TGTTT	2	10	579264	579273	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
433	NC_022440	GTTTC	2	10	579287	579296	0 %	60 %	20 %	20 %	545632185
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435	NC_022440	CTTAG	2	10	581178	581187	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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437	NC_022440	CTAAA	2	10	586274	586283	60 %	20 %	0 %	20 %	545632192
438	NC_022440	TTCTC	2	10	589129	589138	0 %	60 %	0 %	40 %	545632195
439	NC_022440	AGGGG	2	10	595334	595343	20 %	0 %	80 %	0 %	545632201
440	NC_022440	GGGGA	2	10	596154	596163	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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442	NC_022440	AATTT	2	10	599613	599622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_022440	AAATT	2	10	600759	600768	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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