MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 14273

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	CCA	2	6	63	68	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_022439	AGA	3	9	76	84	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022439	AGA	2	6	178	183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
4	NC_022439	GCA	2	6	196	201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630755
5	NC_022439	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
6	NC_022439	TTC	2	6	432	437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
7	NC_022439	TAC	2	6	531	536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630755
8	NC_022439	ATG	2	6	545	550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630755
9	NC_022439	ATG	2	6	661	666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630755
10	NC_022439	GAA	2	6	671	676	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
11	NC_022439	CTT	3	9	752	760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
12	NC_022439	ATC	2	6	764	769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630755
13	NC_022439	TCT	2	6	787	792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
14	NC_022439	GAA	2	6	1129	1134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630755
15	NC_022439	TTC	2	6	1141	1146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630755
16	NC_022439	CTT	2	6	1201	1206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630756
17	NC_022439	TCT	2	6	1263	1268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630756
18	NC_022439	TGA	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630756
19	NC_022439	GAA	2	6	1451	1456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
20	NC_022439	GTT	2	6	1535	1540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
21	NC_022439	GAT	2	6	1579	1584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630756
22	NC_022439	TGT	2	6	1685	1690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
23	NC_022439	GAA	2	6	1772	1777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
24	NC_022439	GCT	2	6	2152	2157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630756
25	NC_022439	AAG	2	6	2230	2235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630756
26	NC_022439	TTG	2	6	2266	2271	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630756
27	NC_022439	TTA	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630756
28	NC_022439	GGA	2	6	2476	2481	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630756
29	NC_022439	CCT	2	6	2677	2682	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630757
30	NC_022439	AGG	2	6	2719	2724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
31	NC_022439	TTA	2	6	2775	2780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630757
32	NC_022439	AGG	2	6	2877	2882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
33	NC_022439	AGG	2	6	2926	2931	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630757
34	NC_022439	TAT	2	6	2978	2983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630757
35	NC_022439	TAT	2	6	3047	3052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022439	AGC	2	6	3160	3165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630758
37	NC_022439	TGA	2	6	3221	3226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
38	NC_022439	TTC	2	6	3346	3351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
39	NC_022439	TCA	2	6	3551	3556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630758
40	NC_022439	AGA	2	6	3604	3609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
41	NC_022439	ATG	2	6	3633	3638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
42	NC_022439	CTT	2	6	3698	3703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
43	NC_022439	GAG	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630758
44	NC_022439	TGG	2	6	3864	3869	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
45	NC_022439	ATA	2	6	4003	4008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630758
46	NC_022439	TTG	2	6	4255	4260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
47	NC_022439	GAA	2	6	4289	4294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
48	NC_022439	TCT	2	6	4318	4323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
49	NC_022439	CCT	2	6	4342	4347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630758
50	NC_022439	ATG	2	6	4446	4451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
51	NC_022439	GAT	2	6	4655	4660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
52	NC_022439	TCT	2	6	4725	4730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
53	NC_022439	TTC	2	6	4744	4749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630758
54	NC_022439	GGT	2	6	4763	4768	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
55	NC_022439	GAA	2	6	4789	4794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
56	NC_022439	GAA	2	6	4806	4811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
57	NC_022439	TTG	2	6	4870	4875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
58	NC_022439	TGG	2	6	4885	4890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630758
59	NC_022439	AGG	2	6	4984	4989	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630758
60	NC_022439	AGA	2	6	5006	5011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630758
61	NC_022439	TGT	2	6	5185	5190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630758
62	NC_022439	TGA	2	6	5264	5269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630758
63	NC_022439	CAA	2	6	5305	5310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_022439	TTG	2	6	5316	5321	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022439	AGA	2	6	5487	5492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
66	NC_022439	TAT	2	6	5517	5522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630759
67	NC_022439	GAA	2	6	5596	5601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
68	NC_022439	CAA	2	6	5607	5612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630759
69	NC_022439	TGG	2	6	5696	5701	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630759
70	NC_022439	TGT	2	6	5841	5846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
71	NC_022439	TTG	2	6	5946	5951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
72	NC_022439	TTC	2	6	6008	6013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630759
73	NC_022439	CTG	2	6	6110	6115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630759
74	NC_022439	TTG	2	6	6128	6133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630759
75	NC_022439	GAA	2	6	6208	6213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630759
76	NC_022439	TCT	2	6	6226	6231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630759
77	NC_022439	AGG	2	6	6345	6350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630759
78	NC_022439	ACA	2	6	6514	6519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630759
79	NC_022439	TCA	2	6	6564	6569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630759
80	NC_022439	TGT	2	6	6650	6655	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630760
81	NC_022439	TTA	2	6	6794	6799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630760
82	NC_022439	ACC	2	6	6812	6817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	545630760
83	NC_022439	AGG	2	6	6840	6845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630760
84	NC_022439	CAG	2	6	6851	6856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630760
85	NC_022439	CCT	2	6	6860	6865	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630760
86	NC_022439	AGA	2	6	6987	6992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630760
87	NC_022439	TGG	2	6	7127	7132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630760
88	NC_022439	ACA	2	6	7135	7140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630760
89	NC_022439	GAG	2	6	7338	7343	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630760
90	NC_022439	GAA	2	6	7358	7363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630760
91	NC_022439	TCC	2	6	7420	7425	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630760
92	NC_022439	ATT	2	6	7591	7596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630760
93	NC_022439	GAA	2	6	7658	7663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
94	NC_022439	TGG	2	6	7687	7692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630761
95	NC_022439	AGC	2	6	7719	7724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
96	NC_022439	TAA	2	6	7843	7848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630761
97	NC_022439	CTT	3	9	7895	7903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630761
98	NC_022439	CCT	2	6	7922	7927	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630761
99	NC_022439	AGC	2	6	8008	8013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
100	NC_022439	GAT	2	6	8067	8072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630761
101	NC_022439	AGA	2	6	8187	8192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
102	NC_022439	GGA	2	6	8206	8211	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
103	NC_022439	TAG	2	6	8223	8228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630761
104	NC_022439	GGA	2	6	8290	8295	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
105	NC_022439	TTC	2	6	8385	8390	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630761
106	NC_022439	TGC	2	6	8443	8448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630761
107	NC_022439	GTG	2	6	8605	8610	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630761
108	NC_022439	CTT	2	6	8657	8662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630761
109	NC_022439	GAA	2	6	8682	8687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
110	NC_022439	GCA	2	6	8696	8701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
111	NC_022439	GAA	2	6	8719	8724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
112	NC_022439	AGG	2	6	8791	8796	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
113	NC_022439	CAA	2	6	8835	8840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630761
114	NC_022439	TGT	2	6	8880	8885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630761
115	NC_022439	GCT	2	6	8934	8939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630761
116	NC_022439	AGA	2	6	8980	8985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
117	NC_022439	GAA	2	6	9029	9034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
118	NC_022439	TAA	2	6	9077	9082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	545630761
119	NC_022439	TGG	2	6	9139	9144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	545630761
120	NC_022439	AGA	2	6	9168	9173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
121	NC_022439	GAA	2	6	9232	9237	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
122	NC_022439	AGA	2	6	9405	9410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
123	NC_022439	AGA	2	6	9524	9529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
124	NC_022439	GGA	2	6	9624	9629	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
125	NC_022439	TCA	2	6	9658	9663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630761
126	NC_022439	AAG	2	6	9770	9775	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
127	NC_022439	AAG	2	6	9864	9869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630761
128	NC_022439	CGA	2	6	10011	10016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
129	NC_022439	GAG	2	6	10068	10073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
130	NC_022439	AGC	2	6	10102	10107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
131	NC_022439	TCA	2	6	10181	10186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630761
132	NC_022439	TTG	2	6	10293	10298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630761
133	NC_022439	AGC	2	6	10381	10386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630761
134	NC_022439	GGA	2	6	10401	10406	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
135	NC_022439	CTT	2	6	10465	10470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630761
136	NC_022439	GTT	2	6	10487	10492	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630761
137	NC_022439	TGC	2	6	10506	10511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630761
138	NC_022439	GGA	2	6	10574	10579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630761
139	NC_022439	GAT	2	6	10758	10763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	545630762
140	NC_022439	TTA	2	6	10847	10852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630762
141	NC_022439	GCA	2	6	10868	10873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	545630762
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143	NC_022439	GGA	2	6	11219	11224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630762
144	NC_022439	TTC	2	6	11410	11415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
145	NC_022439	TAT	2	6	11430	11435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630762
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149	NC_022439	GAA	2	6	11689	11694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630762
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151	NC_022439	GAA	2	6	11879	11884	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630762
152	NC_022439	GCT	3	9	12040	12048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630762
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154	NC_022439	CTT	2	6	12330	12335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
155	NC_022439	TGT	2	6	12384	12389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630762
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157	NC_022439	CTT	2	6	12720	12725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
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159	NC_022439	TTC	2	6	12787	12792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630762
160	NC_022439	AGG	2	6	12840	12845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630762
161	NC_022439	GAA	2	6	12861	12866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630762
162	NC_022439	AGA	2	6	12916	12921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630762
163	NC_022439	GAA	2	6	13303	13308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630762
164	NC_022439	GTT	2	6	13329	13334	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630762
165	NC_022439	CGT	2	6	13579	13584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630762
166	NC_022439	CAA	2	6	13593	13598	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630762
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168	NC_022439	GAG	2	6	13631	13636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	545630762
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177	NC_022439	ATT	2	6	14388	14393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630763
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179	NC_022439	TTG	2	6	14520	14525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	545630763
180	NC_022439	CTC	2	6	14595	14600	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	545630763
181	NC_022439	TGC	2	6	14602	14607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	545630763
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241	NC_022439	TTC	2	6	18524	18529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
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249	NC_022439	ATC	2	6	19396	19401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630767
250	NC_022439	ATT	2	6	19407	19412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	545630767
251	NC_022439	CAT	2	6	19692	19697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	545630767
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253	NC_022439	CTT	2	6	19834	19839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	545630767
254	NC_022439	AGA	2	6	19845	19850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	545630767
255	NC_022439	CAA	2	6	20073	20078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	545630768
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382	NC_022439	TGG	2	6	28879	28884	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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