MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/31-98

Total Repeats: 23001

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022121	GTT	2	6	47419	47424	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431213
1002	NC_022121	GGT	2	6	47428	47433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532431213
1003	NC_022121	T	6	6	47437	47442	0 %	100 %	0 %	0 %	532431213
1004	NC_022121	ATA	2	6	47445	47450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532431213
1005	NC_022121	AGA	2	6	47797	47802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431213
1006	NC_022121	CTG	2	6	47854	47859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431213
1007	NC_022121	GAA	2	6	47867	47872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431213
1008	NC_022121	GAAC	2	8	47936	47943	50 %	0 %	25 %	25 %	532431213
1009	NC_022121	AAGT	2	8	47971	47978	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_022121	TAA	2	6	47980	47985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1011	NC_022121	A	6	6	47984	47989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_022121	GAA	2	6	47997	48002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_022121	GAAGA	2	10	48005	48014	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_022121	G	7	7	48015	48021	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1015	NC_022121	AG	3	6	48037	48042	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_022121	TGT	2	6	48056	48061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_022121	CTG	2	6	48091	48096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431214
1018	NC_022121	GAG	2	6	48097	48102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532431214
1019	NC_022121	TCC	2	6	48110	48115	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532431214
1020	NC_022121	AACA	2	8	48181	48188	75 %	0 %	0 %	25 %	532431214
1021	NC_022121	TAG	2	6	48298	48303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431214
1022	NC_022121	CCA	2	6	48318	48323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532431214
1023	NC_022121	AAC	2	6	48354	48359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431214
1024	NC_022121	CTTT	2	8	48377	48384	0 %	75 %	0 %	25 %	532431214
1025	NC_022121	AAG	2	6	48407	48412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431214
1026	NC_022121	TTC	2	6	48443	48448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431214
1027	NC_022121	CAA	2	6	48478	48483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431214
1028	NC_022121	TAT	2	6	48496	48501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431214
1029	NC_022121	T	6	6	48546	48551	0 %	100 %	0 %	0 %	532431214
1030	NC_022121	T	8	8	48602	48609	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_022121	GGT	2	6	48658	48663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_022121	GTC	2	6	48734	48739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1033	NC_022121	AAG	2	6	48756	48761	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_022121	TAT	2	6	48785	48790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1035	NC_022121	T	8	8	48879	48886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_022121	A	6	6	48930	48935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_022121	T	6	6	49040	49045	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_022121	TGT	2	6	49047	49052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431215
1039	NC_022121	GAA	2	6	49088	49093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431215
1040	NC_022121	GTT	3	9	49118	49126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431215
1041	NC_022121	GTG	2	6	49174	49179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532431215
1042	NC_022121	AAC	2	6	49196	49201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431215
1043	NC_022121	GAA	2	6	49228	49233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431215
1044	NC_022121	TTC	2	6	49237	49242	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431215
1045	NC_022121	TTG	2	6	49248	49253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431215
1046	NC_022121	CTTT	2	8	49262	49269	0 %	75 %	0 %	25 %	532431215
1047	NC_022121	GTAG	2	8	49280	49287	25 %	25 %	50 %	0 %	532431215
1048	NC_022121	TCT	2	6	49349	49354	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431215
1049	NC_022121	GTC	2	6	49383	49388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431215
1050	NC_022121	AG	3	6	49389	49394	50 %	0 %	50 %	0 %	532431215
1051	NC_022121	TAT	2	6	49493	49498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431215
1052	NC_022121	ATCA	2	8	49507	49514	50 %	25 %	0 %	25 %	532431215
1053	NC_022121	AGA	2	6	49578	49583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431215
1054	NC_022121	CTATT	2	10	49607	49616	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
1055	NC_022121	AAG	2	6	49640	49645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_022121	TCT	2	6	49654	49659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_022121	ACT	2	6	49695	49700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1058	NC_022121	T	7	7	49715	49721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_022121	AAT	2	6	49730	49735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_022121	TGT	2	6	49752	49757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_022121	GCC	2	6	49799	49804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1062	NC_022121	ATT	2	6	49848	49853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_022121	CAA	2	6	49867	49872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1064	NC_022121	TTC	2	6	49941	49946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431216
1065	NC_022121	GAA	2	6	49957	49962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431216
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1067	NC_022121	GTT	2	6	49985	49990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431216
1068	NC_022121	GAA	2	6	50041	50046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431216
1069	NC_022121	CTTTT	2	10	50058	50067	0 %	80 %	0 %	20 %	532431216
1070	NC_022121	CA	3	6	50078	50083	50 %	0 %	0 %	50 %	532431216
1071	NC_022121	A	6	6	50091	50096	100 %	0 %	0 %	0 %	532431216
1072	NC_022121	TTC	2	6	50100	50105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431216
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1074	NC_022121	AAC	2	6	50137	50142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431216
1075	NC_022121	CTA	2	6	50166	50171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431216
1076	NC_022121	CAA	2	6	50217	50222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431216
1077	NC_022121	AGA	2	6	50245	50250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431216
1078	NC_022121	GCA	2	6	50267	50272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1079	NC_022121	AGA	2	6	50395	50400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431216
1080	NC_022121	TGC	2	6	50476	50481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1081	NC_022121	A	6	6	50556	50561	100 %	0 %	0 %	0 %	532431216
1082	NC_022121	TTG	2	6	50567	50572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431216
1083	NC_022121	GCT	2	6	50573	50578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1084	NC_022121	GCT	2	6	50591	50596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1085	NC_022121	GGA	2	6	50690	50695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532431216
1086	NC_022121	GAAG	2	8	50731	50738	50 %	0 %	50 %	0 %	532431216
1087	NC_022121	T	6	6	50769	50774	0 %	100 %	0 %	0 %	532431216
1088	NC_022121	GCA	2	6	50907	50912	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1089	NC_022121	CAT	2	6	50983	50988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431216
1090	NC_022121	GTT	2	6	51017	51022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431216
1091	NC_022121	T	6	6	51047	51052	0 %	100 %	0 %	0 %	532431216
1092	NC_022121	ACG	2	6	51060	51065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1093	NC_022121	TCA	2	6	51092	51097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431216
1094	NC_022121	TTCA	2	8	51153	51160	25 %	50 %	0 %	25 %	532431216
1095	NC_022121	GCA	2	6	51186	51191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431216
1096	NC_022121	AGA	2	6	51298	51303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431216
1097	NC_022121	GTT	2	6	51342	51347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431216
1098	NC_022121	TG	4	8	51408	51415	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1099	NC_022121	TAA	2	6	51425	51430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_022121	T	6	6	51449	51454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1101	NC_022121	AGT	3	9	51493	51501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1102	NC_022121	GCA	2	6	51549	51554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1103	NC_022121	CTG	2	6	51564	51569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1104	NC_022121	GTA	2	6	51581	51586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431217
1105	NC_022121	AAG	2	6	51602	51607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431217
1106	NC_022121	A	6	6	51617	51622	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1107	NC_022121	AAG	2	6	51647	51652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431217
1108	NC_022121	A	7	7	51677	51683	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1109	NC_022121	AGC	2	6	51688	51693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1110	NC_022121	A	6	6	51725	51730	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1111	NC_022121	AAG	2	6	51755	51760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431217
1112	NC_022121	A	7	7	51785	51791	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1113	NC_022121	AGC	2	6	51796	51801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1114	NC_022121	AAG	2	6	51863	51868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431217
1115	NC_022121	A	7	7	51893	51899	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1116	NC_022121	AGC	2	6	51904	51909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1117	NC_022121	CAA	2	6	51939	51944	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431217
1118	NC_022121	A	7	7	51943	51949	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1119	NC_022121	A	6	6	51983	51988	100 %	0 %	0 %	0 %	532431217
1120	NC_022121	GCT	2	6	52019	52024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431217
1121	NC_022121	CAA	2	6	52103	52108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431217
1122	NC_022121	GAT	2	6	52146	52151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1123	NC_022121	T	6	6	52190	52195	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_022121	TATT	2	8	52197	52204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_022121	AAG	2	6	52224	52229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_022121	AAT	2	6	52251	52256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_022121	ATT	2	6	52263	52268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_022121	GGAT	2	8	52278	52285	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_022121	CTA	2	6	52321	52326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431218
1130	NC_022121	TGAACG	2	12	52346	52357	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	532431218
1131	NC_022121	GTGATT	2	12	52365	52376	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532431218
1132	NC_022121	GGAA	2	8	52428	52435	50 %	0 %	50 %	0 %	532431218
1133	NC_022121	T	6	6	52440	52445	0 %	100 %	0 %	0 %	532431218
1134	NC_022121	CAA	2	6	52464	52469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431218
1135	NC_022121	TAT	2	6	52568	52573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431218
1136	NC_022121	GTT	2	6	52607	52612	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532431218
1137	NC_022121	TCT	2	6	52641	52646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431218
1138	NC_022121	A	6	6	52908	52913	100 %	0 %	0 %	0 %	532431218
1139	NC_022121	TC	3	6	52921	52926	0 %	50 %	0 %	50 %	532431218
1140	NC_022121	CTT	2	6	52947	52952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431218
1141	NC_022121	CA	3	6	52972	52977	50 %	0 %	0 %	50 %	532431218
1142	NC_022121	TGA	2	6	52981	52986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431218
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1144	NC_022121	TGC	2	6	53111	53116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532431218
1145	NC_022121	TTAA	2	8	53169	53176	50 %	50 %	0 %	0 %	532431218
1146	NC_022121	T	6	6	53249	53254	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1147	NC_022121	T	6	6	53264	53269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1148	NC_022121	TCT	2	6	53337	53342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431219
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1151	NC_022121	GA	3	6	53393	53398	50 %	0 %	50 %	0 %	532431219
1152	NC_022121	TAG	2	6	53426	53431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431219
1153	NC_022121	GTG	2	6	53441	53446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532431219
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1159	NC_022121	AAAG	2	8	53767	53774	75 %	0 %	25 %	0 %	532431219
1160	NC_022121	CCGTA	2	10	53833	53842	20 %	20 %	20 %	40 %	532431219
1161	NC_022121	TTA	2	6	53863	53868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431219
1162	NC_022121	GATT	2	8	53904	53911	25 %	50 %	25 %	0 %	532431219
1163	NC_022121	AATC	2	8	53959	53966	50 %	25 %	0 %	25 %	532431219
1164	NC_022121	A	6	6	53998	54003	100 %	0 %	0 %	0 %	532431219
1165	NC_022121	CTT	2	6	54029	54034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431219
1166	NC_022121	GTTT	2	8	54057	54064	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1167	NC_022121	TGTT	2	8	54065	54072	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1168	NC_022121	AATTT	2	10	54073	54082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
1169	NC_022121	T	6	6	54080	54085	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1170	NC_022121	TAAT	2	8	54110	54117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1171	NC_022121	A	7	7	54137	54143	100 %	0 %	0 %	0 %	532431220
1172	NC_022121	TTC	2	6	54160	54165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431220
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1175	NC_022121	CAA	2	6	54356	54361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532431220
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1178	NC_022121	TCGA	2	8	54442	54449	25 %	25 %	25 %	25 %	532431220
1179	NC_022121	GGA	2	6	54476	54481	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532431220
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1186	NC_022121	GTA	2	6	54672	54677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431220
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1192	NC_022121	GGAA	2	8	54991	54998	50 %	0 %	50 %	0 %	532431220
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1199	NC_022121	TGAGT	2	10	55273	55282	20 %	40 %	40 %	0 %	532431220
1200	NC_022121	TCA	3	9	55286	55294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431220
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1203	NC_022121	GAG	2	6	55353	55358	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532431220
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1207	NC_022121	GA	3	6	55634	55639	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1208	NC_022121	TGG	2	6	55788	55793	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532432012
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1237	NC_022121	TTTG	2	8	56838	56845	0 %	75 %	25 %	0 %	532432012
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1242	NC_022121	TG	3	6	57289	57294	0 %	50 %	50 %	0 %	532432012
1243	NC_022121	GGTT	2	8	57298	57305	0 %	50 %	50 %	0 %	532432012
1244	NC_022121	TAA	2	6	57354	57359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532432012
1245	NC_022121	ACT	2	6	57370	57375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532432012
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1249	NC_022121	T	6	6	57409	57414	0 %	100 %	0 %	0 %	532432012
1250	NC_022121	ATT	2	6	57424	57429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532432012
1251	NC_022121	T	6	6	57433	57438	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1252	NC_022121	CTT	2	6	57449	57454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1253	NC_022121	TCC	2	6	57509	57514	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1254	NC_022121	TGA	2	6	57565	57570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532432013
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1256	NC_022121	GGA	2	6	57602	57607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532432013
1257	NC_022121	GTT	2	6	57608	57613	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532432013
1258	NC_022121	GCT	2	6	57647	57652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532432013
1259	NC_022121	GAT	2	6	57665	57670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532432013
1260	NC_022121	TGA	2	6	57682	57687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532432013
1261	NC_022121	TCC	2	6	57697	57702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532432013
1262	NC_022121	AGTTGT	2	12	57761	57772	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532432013
1263	NC_022121	AGA	2	6	57832	57837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532432013
1264	NC_022121	CTA	2	6	57848	57853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532432013
1265	NC_022121	TGA	2	6	58018	58023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532432013
1266	NC_022121	TGT	2	6	58090	58095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532432013
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1269	NC_022121	GTT	2	6	58179	58184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532432013
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1271	NC_022121	CAC	2	6	58312	58317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532432013
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1275	NC_022121	T	6	6	58507	58512	0 %	100 %	0 %	0 %	532432013
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1288	NC_022121	TGT	2	6	58997	59002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532432013
1289	NC_022121	T	8	8	59060	59067	0 %	100 %	0 %	0 %	532432013
1290	NC_022121	T	6	6	59080	59085	0 %	100 %	0 %	0 %	532432013
1291	NC_022121	T	6	6	59091	59096	0 %	100 %	0 %	0 %	532432013
1292	NC_022121	T	6	6	59115	59120	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1338	NC_022121	A	9	9	60957	60965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1339	NC_022121	T	7	7	60977	60983	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1340	NC_022121	AAAAAT	2	12	60985	60996	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1341	NC_022121	TCA	2	6	61079	61084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532431223
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1383	NC_022121	AG	3	6	63264	63269	50 %	0 %	50 %	0 %	532431223
1384	NC_022121	CT	4	8	63272	63279	0 %	50 %	0 %	50 %	532431223
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1386	NC_022121	GTTCTT	2	12	63410	63421	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	532431223
1387	NC_022121	TTA	2	6	63436	63441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431223
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1391	NC_022121	AAG	2	6	63582	63587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532431223
1392	NC_022121	AGT	2	6	63677	63682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532431223
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1395	NC_022121	ATT	2	6	63989	63994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532431224
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1496	NC_022121	A	6	6	69171	69176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1497	NC_022121	TA	3	6	69206	69211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1498	NC_022121	TTC	2	6	69246	69251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431229
1499	NC_022121	CTT	3	9	69255	69263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532431229
1500	NC_022121	AT	3	6	69268	69273	50 %	50 %	0 %	0 %	532431229

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