MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 2363

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022120	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022120	TC	3	6	1666	1671	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_022120	AG	3	6	2149	2154	50 %	0 %	50 %	0 %	532427124
5	NC_022120	GA	3	6	2817	2822	50 %	0 %	50 %	0 %	532427124
6	NC_022120	AT	3	6	4510	4515	50 %	50 %	0 %	0 %	532427125
7	NC_022120	TC	3	6	5260	5265	0 %	50 %	0 %	50 %	532427126
8	NC_022120	GA	3	6	5271	5276	50 %	0 %	50 %	0 %	532427126
9	NC_022120	AT	3	6	5375	5380	50 %	50 %	0 %	0 %	532427126
10	NC_022120	TG	3	6	5528	5533	0 %	50 %	50 %	0 %	532427126
11	NC_022120	AG	3	6	5936	5941	50 %	0 %	50 %	0 %	532427126
12	NC_022120	GA	3	6	6994	6999	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022120	AC	3	6	7644	7649	50 %	0 %	0 %	50 %	532427128
14	NC_022120	AG	3	6	8387	8392	50 %	0 %	50 %	0 %	532427129
15	NC_022120	CT	4	8	8506	8513	0 %	50 %	0 %	50 %	532427129
16	NC_022120	GT	3	6	8588	8593	0 %	50 %	50 %	0 %	532427129
17	NC_022120	GA	3	6	9862	9867	50 %	0 %	50 %	0 %	532427131
18	NC_022120	AG	3	6	10079	10084	50 %	0 %	50 %	0 %	532427131
19	NC_022120	TA	3	6	11244	11249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022120	AG	3	6	11305	11310	50 %	0 %	50 %	0 %	532427132
21	NC_022120	TA	3	6	11865	11870	50 %	50 %	0 %	0 %	532427132
22	NC_022120	TG	3	6	12768	12773	0 %	50 %	50 %	0 %	532427133
23	NC_022120	AG	3	6	12917	12922	50 %	0 %	50 %	0 %	532427133
24	NC_022120	AG	4	8	13073	13080	50 %	0 %	50 %	0 %	532427133
25	NC_022120	TA	3	6	13335	13340	50 %	50 %	0 %	0 %	532427133
26	NC_022120	TA	4	8	13558	13565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022120	AC	3	6	14401	14406	50 %	0 %	0 %	50 %	532427134
28	NC_022120	AG	3	6	15740	15745	50 %	0 %	50 %	0 %	532427135
29	NC_022120	TC	3	6	15780	15785	0 %	50 %	0 %	50 %	532427135
30	NC_022120	GA	3	6	16309	16314	50 %	0 %	50 %	0 %	532427136
31	NC_022120	AG	3	6	16380	16385	50 %	0 %	50 %	0 %	532427136
32	NC_022120	GA	3	6	17163	17168	50 %	0 %	50 %	0 %	532427136
33	NC_022120	AG	3	6	17509	17514	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022120	GA	3	6	17522	17527	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022120	GA	3	6	17766	17771	50 %	0 %	50 %	0 %	532427137
36	NC_022120	TC	3	6	18216	18221	0 %	50 %	0 %	50 %	532427137
37	NC_022120	CT	3	6	18444	18449	0 %	50 %	0 %	50 %	532427138
38	NC_022120	TC	3	6	18644	18649	0 %	50 %	0 %	50 %	532427138
39	NC_022120	GA	3	6	18659	18664	50 %	0 %	50 %	0 %	532427138
40	NC_022120	GA	3	6	18758	18763	50 %	0 %	50 %	0 %	532427138
41	NC_022120	AG	3	6	19224	19229	50 %	0 %	50 %	0 %	532427138
42	NC_022120	AG	4	8	19510	19517	50 %	0 %	50 %	0 %	532427138
43	NC_022120	GT	3	6	19773	19778	0 %	50 %	50 %	0 %	532427138
44	NC_022120	AG	3	6	20001	20006	50 %	0 %	50 %	0 %	532427139
45	NC_022120	TG	3	6	20114	20119	0 %	50 %	50 %	0 %	532427139
46	NC_022120	AG	3	6	20510	20515	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022120	GA	3	6	20668	20673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022120	AG	3	6	21185	21190	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022120	CT	3	6	21254	21259	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_022120	CT	4	8	21911	21918	0 %	50 %	0 %	50 %	532427140
51	NC_022120	AT	3	6	22181	22186	50 %	50 %	0 %	0 %	532427140
52	NC_022120	AT	3	6	22505	22510	50 %	50 %	0 %	0 %	532427140
53	NC_022120	GA	3	6	23824	23829	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
54	NC_022120	GA	3	6	23916	23921	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
55	NC_022120	AG	3	6	24297	24302	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
56	NC_022120	GA	3	6	25714	25719	50 %	0 %	50 %	0 %	532427141
57	NC_022120	GT	3	6	25734	25739	0 %	50 %	50 %	0 %	532427141
58	NC_022120	TA	3	6	25936	25941	50 %	50 %	0 %	0 %	532427141
59	NC_022120	GA	3	6	26382	26387	50 %	0 %	50 %	0 %	532427141
60	NC_022120	GA	3	6	26506	26511	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022120	CT	3	6	26513	26518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_022120	AT	3	6	26799	26804	50 %	50 %	0 %	0 %	532427142
63	NC_022120	GA	3	6	27013	27018	50 %	0 %	50 %	0 %	532427142
64	NC_022120	TC	3	6	27881	27886	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022120	AG	3	6	27964	27969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022120	TG	3	6	28387	28392	0 %	50 %	50 %	0 %	532427144
67	NC_022120	TC	3	6	28440	28445	0 %	50 %	0 %	50 %	532427144
68	NC_022120	GC	4	8	28854	28861	0 %	0 %	50 %	50 %	532427144
69	NC_022120	TA	3	6	28976	28981	50 %	50 %	0 %	0 %	532427144
70	NC_022120	GA	3	6	29927	29932	50 %	0 %	50 %	0 %	532427145
71	NC_022120	AG	3	6	30025	30030	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
72	NC_022120	TC	3	6	30134	30139	0 %	50 %	0 %	50 %	532427146
73	NC_022120	GA	3	6	30755	30760	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
74	NC_022120	GA	3	6	31223	31228	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
75	NC_022120	AT	3	6	31364	31369	50 %	50 %	0 %	0 %	532427147
76	NC_022120	TC	3	6	31649	31654	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
77	NC_022120	GC	3	6	32079	32084	0 %	0 %	50 %	50 %	532427148
78	NC_022120	CT	3	6	32129	32134	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
79	NC_022120	AG	3	6	32261	32266	50 %	0 %	50 %	0 %	532427148
80	NC_022120	TC	3	6	33758	33763	0 %	50 %	0 %	50 %	532427150
81	NC_022120	AG	3	6	33771	33776	50 %	0 %	50 %	0 %	532427150
82	NC_022120	AG	3	6	33909	33914	50 %	0 %	50 %	0 %	532427151
83	NC_022120	GA	4	8	34601	34608	50 %	0 %	50 %	0 %	532427152
84	NC_022120	GA	4	8	34625	34632	50 %	0 %	50 %	0 %	532427152
85	NC_022120	GA	3	6	36378	36383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022120	AT	3	6	36479	36484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022120	GA	3	6	36527	36532	50 %	0 %	50 %	0 %	532427154
88	NC_022120	CT	3	6	37011	37016	0 %	50 %	0 %	50 %	532427154
89	NC_022120	AG	3	6	37522	37527	50 %	0 %	50 %	0 %	532427154
90	NC_022120	AG	3	6	38067	38072	50 %	0 %	50 %	0 %	532427154
91	NC_022120	AG	3	6	38594	38599	50 %	0 %	50 %	0 %	532427154
92	NC_022120	CT	3	6	38745	38750	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022120	GA	3	6	39378	39383	50 %	0 %	50 %	0 %	532427155
94	NC_022120	AG	3	6	39515	39520	50 %	0 %	50 %	0 %	532427155
95	NC_022120	AG	3	6	39615	39620	50 %	0 %	50 %	0 %	532427155
96	NC_022120	CT	3	6	40116	40121	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_022120	GC	3	6	40571	40576	0 %	0 %	50 %	50 %	532427156
98	NC_022120	AG	3	6	40592	40597	50 %	0 %	50 %	0 %	532427156
99	NC_022120	GC	3	6	40641	40646	0 %	0 %	50 %	50 %	532427156
100	NC_022120	GA	3	6	40806	40811	50 %	0 %	50 %	0 %	532427156
101	NC_022120	TC	3	6	40815	40820	0 %	50 %	0 %	50 %	532427156
102	NC_022120	GC	3	6	40880	40885	0 %	0 %	50 %	50 %	532427156
103	NC_022120	GA	3	6	41020	41025	50 %	0 %	50 %	0 %	532427156
104	NC_022120	GT	3	6	41458	41463	0 %	50 %	50 %	0 %	532427157
105	NC_022120	GA	3	6	41996	42001	50 %	0 %	50 %	0 %	532427157
106	NC_022120	GA	4	8	42006	42013	50 %	0 %	50 %	0 %	532427157
107	NC_022120	AG	3	6	42242	42247	50 %	0 %	50 %	0 %	532427157
108	NC_022120	CT	3	6	42308	42313	0 %	50 %	0 %	50 %	532427961
109	NC_022120	GA	5	10	42584	42593	50 %	0 %	50 %	0 %	532427961
110	NC_022120	AC	3	6	43463	43468	50 %	0 %	0 %	50 %	532427159
111	NC_022120	TC	3	6	43632	43637	0 %	50 %	0 %	50 %	532427159
112	NC_022120	TC	3	6	43797	43802	0 %	50 %	0 %	50 %	532427159
113	NC_022120	TA	3	6	43949	43954	50 %	50 %	0 %	0 %	532427160
114	NC_022120	TC	3	6	44861	44866	0 %	50 %	0 %	50 %	532427161
115	NC_022120	GA	3	6	45344	45349	50 %	0 %	50 %	0 %	532427162
116	NC_022120	TG	3	6	45562	45567	0 %	50 %	50 %	0 %	532427162
117	NC_022120	AG	3	6	45573	45578	50 %	0 %	50 %	0 %	532427162
118	NC_022120	AG	4	8	46014	46021	50 %	0 %	50 %	0 %	532427163
119	NC_022120	CT	3	6	46205	46210	0 %	50 %	0 %	50 %	532427163
120	NC_022120	TG	3	6	46406	46411	0 %	50 %	50 %	0 %	532427163
121	NC_022120	AG	3	6	46459	46464	50 %	0 %	50 %	0 %	532427163
122	NC_022120	AG	3	6	48032	48037	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022120	AG	3	6	49384	49389	50 %	0 %	50 %	0 %	532427165
124	NC_022120	CA	3	6	50050	50055	50 %	0 %	0 %	50 %	532427166
125	NC_022120	TG	4	8	51380	51387	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022120	TC	3	6	52893	52898	0 %	50 %	0 %	50 %	532427168
127	NC_022120	CA	3	6	52944	52949	50 %	0 %	0 %	50 %	532427168
128	NC_022120	GA	3	6	53365	53370	50 %	0 %	50 %	0 %	532427169
129	NC_022120	CT	3	6	53682	53687	0 %	50 %	0 %	50 %	532427169
130	NC_022120	CT	3	6	54379	54384	0 %	50 %	0 %	50 %	532427170
131	NC_022120	AT	3	6	55569	55574	50 %	50 %	0 %	0 %	532427170
132	NC_022120	GA	3	6	55606	55611	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022120	CT	3	6	56504	56509	0 %	50 %	0 %	50 %	532427962
134	NC_022120	GT	3	6	56554	56559	0 %	50 %	50 %	0 %	532427962
135	NC_022120	TG	3	6	57261	57266	0 %	50 %	50 %	0 %	532427962
136	NC_022120	CT	3	6	58142	58147	0 %	50 %	0 %	50 %	532427963
137	NC_022120	GA	3	6	59708	59713	50 %	0 %	50 %	0 %	532427171
138	NC_022120	GT	3	6	59846	59851	0 %	50 %	50 %	0 %	532427171
139	NC_022120	TC	3	6	60594	60599	0 %	50 %	0 %	50 %	532427172
140	NC_022120	GA	3	6	60822	60827	50 %	0 %	50 %	0 %	532427964
141	NC_022120	CA	3	6	61220	61225	50 %	0 %	0 %	50 %	532427173
142	NC_022120	AT	3	6	61470	61475	50 %	50 %	0 %	0 %	532427173
143	NC_022120	GA	3	6	61493	61498	50 %	0 %	50 %	0 %	532427173
144	NC_022120	GA	3	6	61619	61624	50 %	0 %	50 %	0 %	532427173
145	NC_022120	GA	3	6	62434	62439	50 %	0 %	50 %	0 %	532427173
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