MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 23002

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_022120	AGA	2	6	158577	158582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427253
3502	NC_022120	CAT	2	6	158586	158591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427253
3503	NC_022120	TTC	2	6	158681	158686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427253
3504	NC_022120	AGA	3	9	158691	158699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427253
3505	NC_022120	T	6	6	158750	158755	0 %	100 %	0 %	0 %	532427253
3506	NC_022120	ATA	2	6	158782	158787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3507	NC_022120	T	7	7	158874	158880	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3508	NC_022120	ATT	2	6	158993	158998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3509	NC_022120	T	7	7	159023	159029	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3510	NC_022120	A	7	7	159057	159063	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3511	NC_022120	TAAT	2	8	159081	159088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3512	NC_022120	ATT	2	6	159148	159153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427254
3513	NC_022120	CAT	2	6	159300	159305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427254
3514	NC_022120	TCAA	2	8	159361	159368	50 %	25 %	0 %	25 %	532427254
3515	NC_022120	TGA	2	6	159558	159563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427254
3516	NC_022120	GAA	2	6	159586	159591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427254
3517	NC_022120	TC	3	6	159621	159626	0 %	50 %	0 %	50 %	532427254
3518	NC_022120	GT	3	6	159659	159664	0 %	50 %	50 %	0 %	532427254
3519	NC_022120	AAT	2	6	159703	159708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427254
3520	NC_022120	GGA	2	6	159715	159720	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427254
3521	NC_022120	AGGAA	2	10	159744	159753	60 %	0 %	40 %	0 %	532427254
3522	NC_022120	TAG	2	6	159774	159779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427254
3523	NC_022120	AGG	2	6	159780	159785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427254
3524	NC_022120	CTG	2	6	159800	159805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427254
3525	NC_022120	AG	3	6	159831	159836	50 %	0 %	50 %	0 %	532427254
3526	NC_022120	TCT	2	6	159859	159864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427254
3527	NC_022120	AGG	2	6	159978	159983	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427254
3528	NC_022120	GAA	2	6	159991	159996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427254
3529	NC_022120	AGA	2	6	160039	160044	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427255
3530	NC_022120	ATAC	2	8	160163	160170	50 %	25 %	0 %	25 %	532427255
3531	NC_022120	AGG	2	6	160189	160194	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427255
3532	NC_022120	AGG	2	6	160204	160209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427255
3533	NC_022120	CT	3	6	160302	160307	0 %	50 %	0 %	50 %	532427255
3534	NC_022120	GA	3	6	160312	160317	50 %	0 %	50 %	0 %	532427255
3535	NC_022120	ATT	2	6	160332	160337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427255
3536	NC_022120	ATA	2	6	160428	160433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427255
3537	NC_022120	AC	3	6	160452	160457	50 %	0 %	0 %	50 %	532427255
3538	NC_022120	A	8	8	160497	160504	100 %	0 %	0 %	0 %	532427255
3539	NC_022120	ATG	2	6	160578	160583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427255
3540	NC_022120	TCT	2	6	160593	160598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427255
3541	NC_022120	TTC	2	6	160807	160812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427255
3542	NC_022120	AGG	2	6	160818	160823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427255
3543	NC_022120	ACA	2	6	160834	160839	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427255
3544	NC_022120	ATA	3	9	160844	160852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427256
3545	NC_022120	TTTC	2	8	160862	160869	0 %	75 %	0 %	25 %	532427256
3546	NC_022120	AACAGC	2	12	160947	160958	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532427256
3547	NC_022120	AGT	2	6	160990	160995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427256
3548	NC_022120	TGG	2	6	161076	161081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427256
3549	NC_022120	AG	3	6	161306	161311	50 %	0 %	50 %	0 %	532427256
3550	NC_022120	AGA	2	6	161319	161324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427256
3551	NC_022120	TC	3	6	161403	161408	0 %	50 %	0 %	50 %	532427256
3552	NC_022120	A	6	6	161421	161426	100 %	0 %	0 %	0 %	532427256
3553	NC_022120	CTG	2	6	161489	161494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427256
3554	NC_022120	GCG	2	6	161505	161510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427256
3555	NC_022120	ACA	2	6	161551	161556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427256
3556	NC_022120	GCA	2	6	161575	161580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427256
3557	NC_022120	CTT	2	6	161594	161599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427256
3558	NC_022120	ATTG	2	8	161613	161620	25 %	50 %	25 %	0 %	532427256
3559	NC_022120	TCT	2	6	161644	161649	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427256
3560	NC_022120	CT	4	8	161648	161655	0 %	50 %	0 %	50 %	532427256
3561	NC_022120	TGT	2	6	161676	161681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427256
3562	NC_022120	GCTT	2	8	161717	161724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3563	NC_022120	CAAAA	2	10	161747	161756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3564	NC_022120	TGT	2	6	161769	161774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3565	NC_022120	GAG	2	6	161868	161873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3566	NC_022120	TGG	2	6	162091	162096	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427257
3567	NC_022120	TGT	2	6	162134	162139	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427257
3568	NC_022120	GAA	2	6	162144	162149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427257
3569	NC_022120	GGAA	2	8	162186	162193	50 %	0 %	50 %	0 %	532427257
3570	NC_022120	GAA	3	9	162201	162209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427257
3571	NC_022120	TTTC	2	8	162304	162311	0 %	75 %	0 %	25 %	532427257
3572	NC_022120	ATCT	2	8	162330	162337	25 %	50 %	0 %	25 %	532427257
3573	NC_022120	CTT	2	6	162355	162360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427257
3574	NC_022120	CCA	2	6	162382	162387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532427257
3575	NC_022120	GA	3	6	162409	162414	50 %	0 %	50 %	0 %	532427257
3576	NC_022120	TTG	2	6	162435	162440	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427257
3577	NC_022120	GAA	2	6	162456	162461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427257
3578	NC_022120	TTA	2	6	162511	162516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427257
3579	NC_022120	TAG	2	6	162522	162527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427257
3580	NC_022120	GTT	2	6	162609	162614	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427257
3581	NC_022120	ACA	3	9	162616	162624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427257
3582	NC_022120	AGA	2	6	162736	162741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427257
3583	NC_022120	TG	3	6	162795	162800	0 %	50 %	50 %	0 %	532427257
3584	NC_022120	AGC	2	6	162813	162818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427257
3585	NC_022120	TAG	2	6	162831	162836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427257
3586	NC_022120	TCGA	2	8	162845	162852	25 %	25 %	25 %	25 %	532427257
3587	NC_022120	AGAGA	2	10	162974	162983	60 %	0 %	40 %	0 %	532427257
3588	NC_022120	ATT	2	6	162997	163002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427257
3589	NC_022120	GAGG	2	8	163022	163029	25 %	0 %	75 %	0 %	532427257
3590	NC_022120	TC	3	6	163035	163040	0 %	50 %	0 %	50 %	532427257
3591	NC_022120	TGT	2	6	163267	163272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427257
3592	NC_022120	CTT	3	9	163293	163301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427257
3593	NC_022120	TTG	2	6	163306	163311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427257
3594	NC_022120	AGC	2	6	163351	163356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427257
3595	NC_022120	AGG	2	6	163360	163365	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427257
3596	NC_022120	GAA	2	6	163394	163399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427257
3597	NC_022120	AGCAA	2	10	163409	163418	60 %	0 %	20 %	20 %	532427257
3598	NC_022120	TAC	2	6	163435	163440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427257
3599	NC_022120	TGGC	2	8	163485	163492	0 %	25 %	50 %	25 %	532427257
3600	NC_022120	CCT	2	6	163574	163579	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427257
3601	NC_022120	GT	3	6	163593	163598	0 %	50 %	50 %	0 %	532427257
3602	NC_022120	GAG	2	6	163602	163607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427257
3603	NC_022120	GAT	2	6	163628	163633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427257
3604	NC_022120	AAT	2	6	163658	163663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427257
3605	NC_022120	GAT	2	6	163746	163751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427258
3606	NC_022120	TAT	2	6	163794	163799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427258
3607	NC_022120	TCAA	2	8	163804	163811	50 %	25 %	0 %	25 %	532427258
3608	NC_022120	CGA	2	6	163813	163818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427258
3609	NC_022120	ATG	2	6	163834	163839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427258
3610	NC_022120	TGT	2	6	163966	163971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427258
3611	NC_022120	T	7	7	164010	164016	0 %	100 %	0 %	0 %	532427258
3612	NC_022120	ATT	2	6	164030	164035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427258
3613	NC_022120	GAG	2	6	164233	164238	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427258
3614	NC_022120	TTTC	2	8	164244	164251	0 %	75 %	0 %	25 %	532427258
3615	NC_022120	GGA	2	6	164331	164336	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427258
3616	NC_022120	TCT	2	6	164352	164357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427258
3617	NC_022120	GCT	2	6	164364	164369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427258
3618	NC_022120	A	8	8	164413	164420	100 %	0 %	0 %	0 %	532427258
3619	NC_022120	GGT	2	6	164507	164512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427258
3620	NC_022120	GA	3	6	164524	164529	50 %	0 %	50 %	0 %	532427258
3621	NC_022120	GTC	2	6	164571	164576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427258
3622	NC_022120	GGA	2	6	164684	164689	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427258
3623	NC_022120	T	7	7	164749	164755	0 %	100 %	0 %	0 %	532427258
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3625	NC_022120	AGG	2	6	164849	164854	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427258
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3750	NC_022120	GAA	2	6	170800	170805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427260
3751	NC_022120	T	6	6	170811	170816	0 %	100 %	0 %	0 %	532427260
3752	NC_022120	ATT	2	6	170898	170903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427260
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3755	NC_022120	AGA	2	6	171030	171035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427260
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3867	NC_022120	GTA	2	6	176042	176047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427265
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3869	NC_022120	T	6	6	176125	176130	0 %	100 %	0 %	0 %	532427265
3870	NC_022120	T	6	6	176176	176181	0 %	100 %	0 %	0 %	532427265
3871	NC_022120	ATT	2	6	176195	176200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427265
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3873	NC_022120	GAA	2	6	176343	176348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427265
3874	NC_022120	GTA	2	6	176373	176378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427265
3875	NC_022120	TTG	2	6	176429	176434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427265
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3877	NC_022120	GCA	2	6	176463	176468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427265
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3995	NC_022120	G	7	7	182353	182359	0 %	0 %	100 %	0 %	532427267
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3997	NC_022120	AGA	2	6	182418	182423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427267
3998	NC_022120	GAA	2	6	182431	182436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427267
3999	NC_022120	AGA	3	9	182475	182483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427267
4000	NC_022120	AAAG	2	8	182520	182527	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding

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