MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 23002

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022120	GGTT	2	8	23088	23095	0 %	50 %	50 %	0 %	532427140
502	NC_022120	TGC	2	6	23114	23119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427140
503	NC_022120	ATT	2	6	23166	23171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427140
504	NC_022120	AAT	2	6	23208	23213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427140
505	NC_022120	TTG	2	6	23271	23276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427140
506	NC_022120	TTCT	2	8	23458	23465	0 %	75 %	0 %	25 %	532427140
507	NC_022120	TGC	2	6	23522	23527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427140
508	NC_022120	TAAC	2	8	23560	23567	50 %	25 %	0 %	25 %	532427140
509	NC_022120	GCA	2	6	23628	23633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427140
510	NC_022120	CATT	2	8	23683	23690	25 %	50 %	0 %	25 %	532427140
511	NC_022120	AGA	2	6	23702	23707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427140
512	NC_022120	GAG	2	6	23725	23730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427140
513	NC_022120	TTC	2	6	23788	23793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427140
514	NC_022120	GGAAA	2	10	23801	23810	60 %	0 %	40 %	0 %	532427140
515	NC_022120	GA	3	6	23824	23829	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
516	NC_022120	GA	3	6	23916	23921	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
517	NC_022120	GAA	2	6	24047	24052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427140
518	NC_022120	GGTA	2	8	24053	24060	25 %	25 %	50 %	0 %	532427140
519	NC_022120	GTT	2	6	24141	24146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427140
520	NC_022120	CTT	2	6	24235	24240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427140
521	NC_022120	AG	3	6	24297	24302	50 %	0 %	50 %	0 %	532427140
522	NC_022120	TAA	2	6	24308	24313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427140
523	NC_022120	GAA	2	6	24328	24333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427140
524	NC_022120	AAG	2	6	24469	24474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427140
525	NC_022120	A	7	7	24554	24560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
526	NC_022120	TTA	2	6	24567	24572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
527	NC_022120	T	9	9	24582	24590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_022120	T	6	6	24614	24619	0 %	100 %	0 %	0 %	532427141
529	NC_022120	AGA	2	6	24741	24746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427141
530	NC_022120	TAA	2	6	24873	24878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427141
531	NC_022120	GGA	3	9	24905	24913	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427141
532	NC_022120	GAT	2	6	24950	24955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427141
533	NC_022120	TTCG	2	8	25193	25200	0 %	50 %	25 %	25 %	532427141
534	NC_022120	TAGG	2	8	25272	25279	25 %	25 %	50 %	0 %	532427141
535	NC_022120	TTA	2	6	25373	25378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427141
536	NC_022120	TTCC	2	8	25396	25403	0 %	50 %	0 %	50 %	532427141
537	NC_022120	TAG	2	6	25434	25439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427141
538	NC_022120	GTGAGG	2	12	25468	25479	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	532427141
539	NC_022120	TAGG	2	8	25510	25517	25 %	25 %	50 %	0 %	532427141
540	NC_022120	AGAGG	2	10	25526	25535	40 %	0 %	60 %	0 %	532427141
541	NC_022120	AGC	2	6	25552	25557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427141
542	NC_022120	T	6	6	25592	25597	0 %	100 %	0 %	0 %	532427141
543	NC_022120	AAG	2	6	25698	25703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427141
544	NC_022120	GA	3	6	25714	25719	50 %	0 %	50 %	0 %	532427141
545	NC_022120	GT	3	6	25734	25739	0 %	50 %	50 %	0 %	532427141
546	NC_022120	TA	3	6	25936	25941	50 %	50 %	0 %	0 %	532427141
547	NC_022120	T	6	6	25945	25950	0 %	100 %	0 %	0 %	532427141
548	NC_022120	GAT	2	6	25957	25962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427141
549	NC_022120	TGT	2	6	26092	26097	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427141
550	NC_022120	TAG	2	6	26130	26135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427141
551	NC_022120	A	6	6	26189	26194	100 %	0 %	0 %	0 %	532427141
552	NC_022120	GCA	2	6	26204	26209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427141
553	NC_022120	T	6	6	26265	26270	0 %	100 %	0 %	0 %	532427141
554	NC_022120	GCTT	2	8	26282	26289	0 %	50 %	25 %	25 %	532427141
555	NC_022120	CTT	2	6	26352	26357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427141
556	NC_022120	GA	3	6	26382	26387	50 %	0 %	50 %	0 %	532427141
557	NC_022120	GAA	2	6	26417	26422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427141
558	NC_022120	GAA	2	6	26424	26429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427141
559	NC_022120	CGA	2	6	26432	26437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427141
560	NC_022120	GA	3	6	26506	26511	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
561	NC_022120	CT	3	6	26513	26518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
562	NC_022120	ACT	2	6	26521	26526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
563	NC_022120	A	6	6	26537	26542	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
564	NC_022120	T	7	7	26549	26555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_022120	AGG	3	9	26690	26698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427142
566	NC_022120	TAA	2	6	26726	26731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427142
567	NC_022120	AT	3	6	26799	26804	50 %	50 %	0 %	0 %	532427142
568	NC_022120	T	7	7	26812	26818	0 %	100 %	0 %	0 %	532427142
569	NC_022120	GAA	2	6	26830	26835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427142
570	NC_022120	GGAA	2	8	26865	26872	50 %	0 %	50 %	0 %	532427142
571	NC_022120	TTAA	2	8	26938	26945	50 %	50 %	0 %	0 %	532427142
572	NC_022120	AAAG	2	8	26988	26995	75 %	0 %	25 %	0 %	532427142
573	NC_022120	GA	3	6	27013	27018	50 %	0 %	50 %	0 %	532427142
574	NC_022120	T	7	7	27087	27093	0 %	100 %	0 %	0 %	532427142
575	NC_022120	TTC	2	6	27118	27123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427142
576	NC_022120	CTA	2	6	27137	27142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427142
577	NC_022120	T	8	8	27144	27151	0 %	100 %	0 %	0 %	532427142
578	NC_022120	GAA	2	6	27202	27207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427142
579	NC_022120	GGGC	2	8	27268	27275	0 %	0 %	75 %	25 %	532427142
580	NC_022120	T	6	6	27284	27289	0 %	100 %	0 %	0 %	532427142
581	NC_022120	TGA	2	6	27297	27302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427142
582	NC_022120	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	532427142
583	NC_022120	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	532427142
584	NC_022120	A	7	7	27355	27361	100 %	0 %	0 %	0 %	532427142
585	NC_022120	AAG	2	6	27372	27377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427142
586	NC_022120	T	6	6	27392	27397	0 %	100 %	0 %	0 %	532427142
587	NC_022120	A	8	8	27489	27496	100 %	0 %	0 %	0 %	532427143
588	NC_022120	TTC	2	6	27533	27538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427143
589	NC_022120	GTTT	2	8	27551	27558	0 %	75 %	25 %	0 %	532427143
590	NC_022120	CAGA	2	8	27573	27580	50 %	0 %	25 %	25 %	532427143
591	NC_022120	TTC	2	6	27651	27656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427143
592	NC_022120	AAG	2	6	27666	27671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427143
593	NC_022120	TTC	2	6	27766	27771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427143
594	NC_022120	AAG	2	6	27780	27785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427143
595	NC_022120	AAG	2	6	27798	27803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427143
596	NC_022120	A	6	6	27804	27809	100 %	0 %	0 %	0 %	532427143
597	NC_022120	T	7	7	27863	27869	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
598	NC_022120	TAA	2	6	27874	27879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
599	NC_022120	TC	3	6	27881	27886	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
600	NC_022120	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
601	NC_022120	AG	3	6	27964	27969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
602	NC_022120	AGA	2	6	27986	27991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
603	NC_022120	GAA	2	6	28036	28041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
604	NC_022120	ATCCG	2	10	28056	28065	20 %	20 %	20 %	40 %	532427144
605	NC_022120	TTC	2	6	28169	28174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427144
606	NC_022120	TAG	2	6	28217	28222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427144
607	NC_022120	AGA	2	6	28230	28235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
608	NC_022120	GAT	3	9	28312	28320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427144
609	NC_022120	GAG	2	6	28355	28360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427144
610	NC_022120	TG	3	6	28387	28392	0 %	50 %	50 %	0 %	532427144
611	NC_022120	GCA	2	6	28411	28416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427144
612	NC_022120	TC	3	6	28440	28445	0 %	50 %	0 %	50 %	532427144
613	NC_022120	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532427144
614	NC_022120	TTC	2	6	28610	28615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427144
615	NC_022120	CAG	2	6	28622	28627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427144
616	NC_022120	GAA	2	6	28636	28641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
617	NC_022120	TGA	2	6	28650	28655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427144
618	NC_022120	TTC	2	6	28683	28688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427144
619	NC_022120	GC	4	8	28854	28861	0 %	0 %	50 %	50 %	532427144
620	NC_022120	AAG	2	6	28862	28867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
621	NC_022120	TA	3	6	28976	28981	50 %	50 %	0 %	0 %	532427144
622	NC_022120	GAA	2	6	29065	29070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
623	NC_022120	TGT	2	6	29097	29102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427145
624	NC_022120	TCT	2	6	29165	29170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427145
625	NC_022120	ACA	2	6	29393	29398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427145
626	NC_022120	ATG	2	6	29403	29408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427145
627	NC_022120	CTTT	2	8	29545	29552	0 %	75 %	0 %	25 %	532427145
628	NC_022120	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
629	NC_022120	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
630	NC_022120	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532427145
631	NC_022120	T	6	6	29630	29635	0 %	100 %	0 %	0 %	532427145
632	NC_022120	ATC	2	6	29709	29714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427145
633	NC_022120	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532427145
634	NC_022120	T	8	8	29864	29871	0 %	100 %	0 %	0 %	532427145
635	NC_022120	ATG	2	6	29889	29894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427145
636	NC_022120	GA	3	6	29927	29932	50 %	0 %	50 %	0 %	532427145
637	NC_022120	AG	3	6	30025	30030	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
638	NC_022120	GTT	2	6	30106	30111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427146
639	NC_022120	GAA	2	6	30115	30120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
640	NC_022120	TC	3	6	30134	30139	0 %	50 %	0 %	50 %	532427146
641	NC_022120	TCT	2	6	30181	30186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427146
642	NC_022120	ACT	2	6	30271	30276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427146
643	NC_022120	TTC	2	6	30299	30304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427146
644	NC_022120	AAAG	2	8	30318	30325	75 %	0 %	25 %	0 %	532427146
645	NC_022120	CCT	2	6	30335	30340	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427146
646	NC_022120	AAAC	2	8	30388	30395	75 %	0 %	0 %	25 %	532427146
647	NC_022120	T	6	6	30405	30410	0 %	100 %	0 %	0 %	532427146
648	NC_022120	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532427146
649	NC_022120	GGC	2	6	30441	30446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427146
650	NC_022120	GAT	2	6	30520	30525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
651	NC_022120	GATG	2	8	30531	30538	25 %	25 %	50 %	0 %	532427146
652	NC_022120	TAG	2	6	30542	30547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
653	NC_022120	GTT	2	6	30616	30621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427146
654	NC_022120	TAA	2	6	30726	30731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427146
655	NC_022120	GA	3	6	30755	30760	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
656	NC_022120	GAA	2	6	30865	30870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
657	NC_022120	AGA	2	6	30885	30890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
658	NC_022120	TCG	2	6	30948	30953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427146
659	NC_022120	ATG	2	6	30982	30987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
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661	NC_022120	GAA	2	6	31027	31032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
662	NC_022120	ATT	2	6	31063	31068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427146
663	NC_022120	ATG	2	6	31186	31191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
664	NC_022120	AAG	2	6	31198	31203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
665	NC_022120	T	6	6	31204	31209	0 %	100 %	0 %	0 %	532427146
666	NC_022120	GA	3	6	31223	31228	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
667	NC_022120	A	7	7	31246	31252	100 %	0 %	0 %	0 %	532427146
668	NC_022120	ACA	2	6	31292	31297	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427147
669	NC_022120	TGT	2	6	31313	31318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427147
670	NC_022120	AT	3	6	31364	31369	50 %	50 %	0 %	0 %	532427147
671	NC_022120	T	6	6	31432	31437	0 %	100 %	0 %	0 %	532427147
672	NC_022120	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532427147
673	NC_022120	A	6	6	31527	31532	100 %	0 %	0 %	0 %	532427147
674	NC_022120	A	6	6	31558	31563	100 %	0 %	0 %	0 %	532427147
675	NC_022120	TGC	2	6	31586	31591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427147
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678	NC_022120	TC	3	6	31649	31654	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
679	NC_022120	AAG	2	6	31853	31858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
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681	NC_022120	CTT	2	6	31899	31904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427148
682	NC_022120	CGT	2	6	31930	31935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427148
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687	NC_022120	CT	3	6	32129	32134	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
688	NC_022120	AGA	2	6	32227	32232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
689	NC_022120	AG	3	6	32261	32266	50 %	0 %	50 %	0 %	532427148
690	NC_022120	AAG	2	6	32415	32420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
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692	NC_022120	T	6	6	32570	32575	0 %	100 %	0 %	0 %	532427148
693	NC_022120	AGG	2	6	32820	32825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427149
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695	NC_022120	GCT	2	6	33037	33042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427149
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698	NC_022120	CTG	2	6	33115	33120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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704	NC_022120	CTT	2	6	33488	33493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427150
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706	NC_022120	GTT	2	6	33528	33533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427150
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709	NC_022120	AG	3	6	33771	33776	50 %	0 %	50 %	0 %	532427150
710	NC_022120	CTG	2	6	33868	33873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427151
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722	NC_022120	TGC	2	6	34298	34303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427151
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732	NC_022120	AGA	2	6	34660	34665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427152
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744	NC_022120	TATG	2	8	35448	35455	25 %	50 %	25 %	0 %	532427153
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748	NC_022120	ATA	2	6	35581	35586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427153
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750	NC_022120	TCT	2	6	35922	35927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427153
751	NC_022120	GGATTT	2	12	35945	35956	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532427153
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753	NC_022120	ATG	2	6	36073	36078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427153
754	NC_022120	CTATT	2	10	36127	36136	20 %	60 %	0 %	20 %	532427153
755	NC_022120	TCCTA	2	10	36174	36183	20 %	40 %	0 %	40 %	532427153
756	NC_022120	AGAT	2	8	36257	36264	50 %	25 %	25 %	0 %	532427153
757	NC_022120	T	6	6	36288	36293	0 %	100 %	0 %	0 %	532427153
758	NC_022120	ATT	2	6	36332	36337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427153
759	NC_022120	GA	3	6	36378	36383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
760	NC_022120	T	8	8	36412	36419	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
761	NC_022120	CTT	2	6	36471	36476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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