MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 22973

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_022110	A	7	7	158911	158917	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3502	NC_022110	TAAT	2	8	158935	158942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3503	NC_022110	ATT	2	6	159002	159007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3504	NC_022110	CAT	2	6	159154	159159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353337
3505	NC_022110	TCAA	2	8	159215	159222	50 %	25 %	0 %	25 %	532353337
3506	NC_022110	TGA	2	6	159412	159417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353337
3507	NC_022110	GAA	2	6	159440	159445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353337
3508	NC_022110	TC	3	6	159475	159480	0 %	50 %	0 %	50 %	532353337
3509	NC_022110	GT	3	6	159513	159518	0 %	50 %	50 %	0 %	532353337
3510	NC_022110	AAT	2	6	159557	159562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353337
3511	NC_022110	GGA	2	6	159569	159574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353337
3512	NC_022110	AGGAA	2	10	159598	159607	60 %	0 %	40 %	0 %	532353337
3513	NC_022110	TAG	2	6	159628	159633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353337
3514	NC_022110	AGG	2	6	159634	159639	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353337
3515	NC_022110	CTG	2	6	159654	159659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353337
3516	NC_022110	AG	3	6	159685	159690	50 %	0 %	50 %	0 %	532353337
3517	NC_022110	TCT	2	6	159713	159718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353337
3518	NC_022110	AGG	2	6	159832	159837	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353337
3519	NC_022110	GAA	2	6	159845	159850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353337
3520	NC_022110	AGA	2	6	159893	159898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353337
3521	NC_022110	ATAC	2	8	160017	160024	50 %	25 %	0 %	25 %	532353338
3522	NC_022110	AGG	2	6	160043	160048	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353338
3523	NC_022110	AGG	2	6	160058	160063	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353338
3524	NC_022110	CT	3	6	160156	160161	0 %	50 %	0 %	50 %	532353338
3525	NC_022110	GA	3	6	160166	160171	50 %	0 %	50 %	0 %	532353338
3526	NC_022110	ATT	2	6	160186	160191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353338
3527	NC_022110	ATA	2	6	160282	160287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353338
3528	NC_022110	AC	3	6	160306	160311	50 %	0 %	0 %	50 %	532353338
3529	NC_022110	A	8	8	160351	160358	100 %	0 %	0 %	0 %	532353338
3530	NC_022110	ATG	2	6	160432	160437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353338
3531	NC_022110	TCT	2	6	160447	160452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353338
3532	NC_022110	TTC	2	6	160661	160666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353338
3533	NC_022110	AGG	2	6	160672	160677	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353338
3534	NC_022110	ACA	2	6	160688	160693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353338
3535	NC_022110	ATA	3	9	160698	160706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353338
3536	NC_022110	TTTC	2	8	160716	160723	0 %	75 %	0 %	25 %	532353338
3537	NC_022110	AACAGC	2	12	160801	160812	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532353339
3538	NC_022110	AGT	2	6	160844	160849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353339
3539	NC_022110	TGG	2	6	160930	160935	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353339
3540	NC_022110	TC	3	6	161257	161262	0 %	50 %	0 %	50 %	532353339
3541	NC_022110	A	6	6	161275	161280	100 %	0 %	0 %	0 %	532353339
3542	NC_022110	CTG	2	6	161343	161348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353339
3543	NC_022110	TTA	2	6	161366	161371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353339
3544	NC_022110	ACA	2	6	161405	161410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353339
3545	NC_022110	GCA	2	6	161429	161434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353339
3546	NC_022110	CTT	2	6	161448	161453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353339
3547	NC_022110	ATTG	2	8	161467	161474	25 %	50 %	25 %	0 %	532353339
3548	NC_022110	TCT	2	6	161498	161503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353339
3549	NC_022110	CT	4	8	161502	161509	0 %	50 %	0 %	50 %	532353339
3550	NC_022110	TGT	2	6	161530	161535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353339
3551	NC_022110	GCTT	2	8	161571	161578	0 %	50 %	25 %	25 %	532353339
3552	NC_022110	CAAAA	2	10	161601	161610	80 %	0 %	0 %	20 %	532353339
3553	NC_022110	TGT	2	6	161623	161628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3554	NC_022110	CAA	2	6	161703	161708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3555	NC_022110	GAG	2	6	161722	161727	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3556	NC_022110	TGG	2	6	161945	161950	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353340
3557	NC_022110	TGT	2	6	161988	161993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353340
3558	NC_022110	GAA	2	6	161998	162003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353340
3559	NC_022110	GGAA	2	8	162040	162047	50 %	0 %	50 %	0 %	532353340
3560	NC_022110	GAA	3	9	162055	162063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353340
3561	NC_022110	TTTC	2	8	162158	162165	0 %	75 %	0 %	25 %	532353340
3562	NC_022110	ATCT	2	8	162184	162191	25 %	50 %	0 %	25 %	532353340
3563	NC_022110	CTT	2	6	162209	162214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353340
3564	NC_022110	GA	3	6	162263	162268	50 %	0 %	50 %	0 %	532353340
3565	NC_022110	TTG	2	6	162289	162294	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353340
3566	NC_022110	GAA	2	6	162310	162315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353340
3567	NC_022110	TTA	2	6	162366	162371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353340
3568	NC_022110	TAG	2	6	162377	162382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353340
3569	NC_022110	GTT	2	6	162464	162469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353340
3570	NC_022110	ACA	3	9	162471	162479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353340
3571	NC_022110	AGA	2	6	162591	162596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353340
3572	NC_022110	TG	3	6	162650	162655	0 %	50 %	50 %	0 %	532353340
3573	NC_022110	AGC	2	6	162668	162673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353340
3574	NC_022110	TAG	2	6	162686	162691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353340
3575	NC_022110	TCGA	2	8	162700	162707	25 %	25 %	25 %	25 %	532353340
3576	NC_022110	AGAGA	2	10	162829	162838	60 %	0 %	40 %	0 %	532353340
3577	NC_022110	ATT	2	6	162852	162857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353340
3578	NC_022110	GAGG	2	8	162877	162884	25 %	0 %	75 %	0 %	532353340
3579	NC_022110	TC	3	6	162890	162895	0 %	50 %	0 %	50 %	532353340
3580	NC_022110	TGT	2	6	163122	163127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353340
3581	NC_022110	CTT	3	9	163148	163156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353340
3582	NC_022110	TTG	2	6	163161	163166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353340
3583	NC_022110	AGC	2	6	163206	163211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353340
3584	NC_022110	AGG	2	6	163215	163220	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353340
3585	NC_022110	GAA	2	6	163249	163254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353340
3586	NC_022110	AGCAA	2	10	163264	163273	60 %	0 %	20 %	20 %	532353340
3587	NC_022110	TAC	2	6	163290	163295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353340
3588	NC_022110	TGGC	2	8	163340	163347	0 %	25 %	50 %	25 %	532353340
3589	NC_022110	CCT	2	6	163429	163434	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353340
3590	NC_022110	GT	3	6	163448	163453	0 %	50 %	50 %	0 %	532353340
3591	NC_022110	GAG	2	6	163457	163462	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353340
3592	NC_022110	GAT	2	6	163483	163488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353340
3593	NC_022110	AAT	2	6	163513	163518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353340
3594	NC_022110	GAT	2	6	163601	163606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353340
3595	NC_022110	TAT	2	6	163649	163654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3596	NC_022110	TCAA	2	8	163659	163666	50 %	25 %	0 %	25 %	532353341
3597	NC_022110	CGA	2	6	163668	163673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353341
3598	NC_022110	ATG	2	6	163689	163694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353341
3599	NC_022110	TGT	2	6	163821	163826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353341
3600	NC_022110	T	7	7	163865	163871	0 %	100 %	0 %	0 %	532353341
3601	NC_022110	ATT	2	6	163885	163890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353341
3602	NC_022110	GAG	2	6	164088	164093	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353341
3603	NC_022110	TTTC	2	8	164099	164106	0 %	75 %	0 %	25 %	532353341
3604	NC_022110	GGA	2	6	164186	164191	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353341
3605	NC_022110	TCT	2	6	164207	164212	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353341
3606	NC_022110	GCT	2	6	164219	164224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353341
3607	NC_022110	A	8	8	164268	164275	100 %	0 %	0 %	0 %	532353341
3608	NC_022110	GGT	2	6	164362	164367	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353341
3609	NC_022110	GA	3	6	164379	164384	50 %	0 %	50 %	0 %	532353341
3610	NC_022110	GC	3	6	164395	164400	0 %	0 %	50 %	50 %	532353341
3611	NC_022110	GTC	2	6	164426	164431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353341
3612	NC_022110	GGA	2	6	164539	164544	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353341
3613	NC_022110	T	7	7	164604	164610	0 %	100 %	0 %	0 %	532353341
3614	NC_022110	A	8	8	164661	164668	100 %	0 %	0 %	0 %	532353341
3615	NC_022110	AGG	2	6	164704	164709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353341
3616	NC_022110	TTG	2	6	164727	164732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353341
3617	NC_022110	AG	3	6	164758	164763	50 %	0 %	50 %	0 %	532353341
3618	NC_022110	TGT	2	6	164809	164814	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353341
3619	NC_022110	G	6	6	164858	164863	0 %	0 %	100 %	0 %	532353341
3620	NC_022110	GA	3	6	164922	164927	50 %	0 %	50 %	0 %	532353341
3621	NC_022110	ATT	2	6	164941	164946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353341
3622	NC_022110	AT	3	6	164976	164981	50 %	50 %	0 %	0 %	532353341
3623	NC_022110	AGA	3	9	164992	165000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353341
3624	NC_022110	CTT	2	6	165180	165185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353341
3625	NC_022110	ATCG	2	8	165232	165239	25 %	25 %	25 %	25 %	532353341
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3732	NC_022110	A	8	8	170020	170027	100 %	0 %	0 %	0 %	532353342
3733	NC_022110	G	6	6	170028	170033	0 %	0 %	100 %	0 %	532353342
3734	NC_022110	TTAG	2	8	170051	170058	25 %	50 %	25 %	0 %	532353342
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3742	NC_022110	GCA	2	6	170500	170505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353343
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3874	NC_022110	GAA	2	6	176487	176492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353348
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3885	NC_022110	GGC	2	6	176900	176905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532353348
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3887	NC_022110	TGATT	2	10	177041	177050	20 %	60 %	20 %	0 %	532353348
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3964	NC_022110	TTGAA	2	10	180775	180784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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3972	NC_022110	GA	3	6	181068	181073	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3973	NC_022110	GAT	2	6	181123	181128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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3975	NC_022110	CA	3	6	181381	181386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3976	NC_022110	ACA	2	6	181439	181444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3977	NC_022110	AAT	2	6	181483	181488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3978	NC_022110	ATT	2	6	181523	181528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3979	NC_022110	GTTT	2	8	181579	181586	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3980	NC_022110	CTT	2	6	181667	181672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3981	NC_022110	AGA	2	6	181747	181752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3982	NC_022110	TG	3	6	181780	181785	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3983	NC_022110	N	47	47	181795	181841	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3984	NC_022110	AGA	2	6	181852	181857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3985	NC_022110	GAA	2	6	181865	181870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3986	NC_022110	AGA	3	9	181909	181917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3987	NC_022110	AGAAA	2	10	181951	181960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3988	NC_022110	T	8	8	181996	182003	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3989	NC_022110	AGAAAA	2	12	182014	182025	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3990	NC_022110	A	7	7	182022	182028	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3991	NC_022110	TCG	2	6	182063	182068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3992	NC_022110	TGT	2	6	182075	182080	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3993	NC_022110	T	6	6	182093	182098	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3994	NC_022110	T	7	7	182100	182106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3995	NC_022110	AAG	2	6	182153	182158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3996	NC_022110	GATG	2	8	182184	182191	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3997	NC_022110	TCT	2	6	182201	182206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3998	NC_022110	AGG	2	6	182255	182260	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354044
3999	NC_022110	GGA	2	6	182288	182293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354044
4000	NC_022110	TTGAG	2	10	182334	182343	20 %	40 %	40 %	0 %	532354044

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