MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 22973

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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2002	NC_022110	TGT	2	6	91235	91240	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353278
2003	NC_022110	TCG	2	6	91271	91276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353278
2004	NC_022110	GAA	2	6	91298	91303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353278
2005	NC_022110	TGA	2	6	91317	91322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353278
2006	NC_022110	TCC	2	6	91374	91379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353278
2007	NC_022110	GTA	2	6	91389	91394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353278
2008	NC_022110	GTTT	2	8	91714	91721	0 %	75 %	25 %	0 %	532353278
2009	NC_022110	ATT	2	6	91764	91769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353278
2010	NC_022110	TTG	2	6	91818	91823	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353278
2011	NC_022110	AGT	2	6	91893	91898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353278
2012	NC_022110	GGA	2	6	91922	91927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353278
2013	NC_022110	AGG	2	6	91945	91950	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353278
2014	NC_022110	A	6	6	91959	91964	100 %	0 %	0 %	0 %	532353278
2015	NC_022110	CCA	2	6	92013	92018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353278
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2017	NC_022110	T	6	6	92140	92145	0 %	100 %	0 %	0 %	532353279
2018	NC_022110	ATC	2	6	92151	92156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353279
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2021	NC_022110	GCT	2	6	92295	92300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353279
2022	NC_022110	AAC	2	6	92336	92341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353279
2023	NC_022110	ATA	2	6	92366	92371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353279
2024	NC_022110	CAG	2	6	92392	92397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353279
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2030	NC_022110	TTG	2	6	92761	92766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353279
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2035	NC_022110	TGA	2	6	92889	92894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2037	NC_022110	GAG	2	6	92932	92937	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2038	NC_022110	AGA	2	6	92958	92963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2039	NC_022110	CCA	2	6	92989	92994	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353280
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2044	NC_022110	TGA	2	6	93109	93114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353280
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2052	NC_022110	TAA	2	6	93541	93546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2053	NC_022110	TTTAA	2	10	93591	93600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2054	NC_022110	AAAT	2	8	93618	93625	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2055	NC_022110	A	7	7	93646	93652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2056	NC_022110	AGCT	2	8	93665	93672	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2057	NC_022110	AAGA	2	8	93730	93737	75 %	0 %	25 %	0 %	532353281
2058	NC_022110	CAT	2	6	93745	93750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353281
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2060	NC_022110	AAAAGA	2	12	93765	93776	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	532353281
2061	NC_022110	TTA	2	6	93823	93828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353281
2062	NC_022110	A	6	6	93956	93961	100 %	0 %	0 %	0 %	532353281
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2064	NC_022110	TA	3	6	94009	94014	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2065	NC_022110	TAA	2	6	94036	94041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2066	NC_022110	CTTTT	2	10	94126	94135	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2067	NC_022110	T	6	6	94148	94153	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2068	NC_022110	T	7	7	94156	94162	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2069	NC_022110	T	9	9	94184	94192	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2071	NC_022110	CATT	2	8	94266	94273	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2072	NC_022110	T	6	6	94276	94281	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2073	NC_022110	T	6	6	94283	94288	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2074	NC_022110	A	6	6	94292	94297	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2075	NC_022110	CATC	2	8	94352	94359	25 %	25 %	0 %	50 %	532353282
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2096	NC_022110	CT	3	6	95179	95184	0 %	50 %	0 %	50 %	532353282
2097	NC_022110	ATG	2	6	95212	95217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353282
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2099	NC_022110	CAT	2	6	95326	95331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353282
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2101	NC_022110	GA	3	6	95406	95411	50 %	0 %	50 %	0 %	532353282
2102	NC_022110	AAT	2	6	95413	95418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353282
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2112	NC_022110	TCT	2	6	95827	95832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353282
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2124	NC_022110	A	6	6	96180	96185	100 %	0 %	0 %	0 %	532353283
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2129	NC_022110	CAATC	2	10	96464	96473	40 %	20 %	0 %	40 %	532353283
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2163	NC_022110	T	7	7	97548	97554	0 %	100 %	0 %	0 %	532353284
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2253	NC_022110	GA	3	6	101223	101228	50 %	0 %	50 %	0 %	532353287
2254	NC_022110	TGC	2	6	101231	101236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353287
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2257	NC_022110	GAA	2	6	101373	101378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353287
2258	NC_022110	GA	3	6	101470	101475	50 %	0 %	50 %	0 %	532353287
2259	NC_022110	TATC	2	8	101511	101518	25 %	50 %	0 %	25 %	532353287
2260	NC_022110	GAT	2	6	101551	101556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353287
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2264	NC_022110	AGC	2	6	101812	101817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353288
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2272	NC_022110	GAG	2	6	102130	102135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353289
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2280	NC_022110	AT	3	6	102546	102551	50 %	50 %	0 %	0 %	532353289
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2300	NC_022110	CTT	2	6	103396	103401	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2352	NC_022110	T	6	6	106320	106325	0 %	100 %	0 %	0 %	532353291
2353	NC_022110	ATA	2	6	106328	106333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353291
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2357	NC_022110	TA	3	6	106601	106606	50 %	50 %	0 %	0 %	532353291
2358	NC_022110	AAGA	2	8	106619	106626	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2359	NC_022110	T	8	8	106689	106696	0 %	100 %	0 %	0 %	532354035
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2362	NC_022110	TAG	2	6	106837	106842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2363	NC_022110	ATT	2	6	106868	106873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353292
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2368	NC_022110	GA	3	6	107101	107106	50 %	0 %	50 %	0 %	532353292
2369	NC_022110	TGT	2	6	107123	107128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353292
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2372	NC_022110	TCT	2	6	107229	107234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353292
2373	NC_022110	GA	3	6	107248	107253	50 %	0 %	50 %	0 %	532353292
2374	NC_022110	A	6	6	107277	107282	100 %	0 %	0 %	0 %	532353292
2375	NC_022110	CTTT	2	8	107361	107368	0 %	75 %	0 %	25 %	532353292
2376	NC_022110	TGA	2	6	107438	107443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353292
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2379	NC_022110	T	6	6	107582	107587	0 %	100 %	0 %	0 %	532353292
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2497	NC_022110	TTC	2	6	113471	113476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354037
2498	NC_022110	TC	4	8	113487	113494	0 %	50 %	0 %	50 %	532354037
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