MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 22973

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_022110	TCTT	2	8	251439	251446	0 %	75 %	0 %	25 %	532353405
5502	NC_022110	AGA	2	6	251467	251472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353405
5503	NC_022110	CTT	2	6	251483	251488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353405
5504	NC_022110	ACA	2	6	251499	251504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353405
5505	NC_022110	TC	3	6	251541	251546	0 %	50 %	0 %	50 %	532353405
5506	NC_022110	TTG	2	6	251598	251603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353405
5507	NC_022110	TCT	2	6	251620	251625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353405
5508	NC_022110	TCGC	2	8	251643	251650	0 %	25 %	25 %	50 %	532353405
5509	NC_022110	CAA	2	6	251677	251682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353405
5510	NC_022110	AGA	3	9	251750	251758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353405
5511	NC_022110	GGC	2	6	251761	251766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532353405
5512	NC_022110	ACA	2	6	251791	251796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353405
5513	NC_022110	CAC	2	6	251798	251803	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353405
5514	NC_022110	CAG	2	6	251804	251809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353405
5515	NC_022110	T	8	8	251873	251880	0 %	100 %	0 %	0 %	532353405
5516	NC_022110	TCC	2	6	251964	251969	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353405
5517	NC_022110	GAAA	2	8	251985	251992	75 %	0 %	25 %	0 %	532353405
5518	NC_022110	T	7	7	252006	252012	0 %	100 %	0 %	0 %	532353405
5519	NC_022110	GCAG	2	8	252034	252041	25 %	0 %	50 %	25 %	532353405
5520	NC_022110	AG	3	6	252109	252114	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5521	NC_022110	TAT	2	6	252132	252137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5522	NC_022110	ACA	2	6	252173	252178	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5523	NC_022110	A	6	6	252222	252227	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5524	NC_022110	A	6	6	252264	252269	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5525	NC_022110	TTG	2	6	252402	252407	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5526	NC_022110	TCT	2	6	252424	252429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5527	NC_022110	TC	3	6	252471	252476	0 %	50 %	0 %	50 %	532353406
5528	NC_022110	T	7	7	252507	252513	0 %	100 %	0 %	0 %	532353406
5529	NC_022110	CCA	2	6	252520	252525	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353406
5530	NC_022110	AAC	2	6	252573	252578	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353406
5531	NC_022110	AATA	2	8	252627	252634	75 %	25 %	0 %	0 %	532353406
5532	NC_022110	GCT	2	6	252637	252642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353406
5533	NC_022110	ACA	2	6	252702	252707	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353406
5534	NC_022110	CCA	2	6	252734	252739	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353406
5535	NC_022110	CAA	2	6	252782	252787	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353406
5536	NC_022110	CCCA	2	8	252890	252897	25 %	0 %	0 %	75 %	532353406
5537	NC_022110	CTT	2	6	253019	253024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5538	NC_022110	AAT	2	6	253098	253103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5539	NC_022110	CTC	2	6	253109	253114	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5540	NC_022110	ACT	2	6	253117	253122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5541	NC_022110	GAA	2	6	253135	253140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5542	NC_022110	CTC	2	6	253166	253171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5543	NC_022110	GCAA	2	8	253180	253187	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5544	NC_022110	AAC	2	6	253197	253202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5545	NC_022110	GTT	2	6	253242	253247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5546	NC_022110	AAC	2	6	253281	253286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5547	NC_022110	A	6	6	253295	253300	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5548	NC_022110	TAA	2	6	253346	253351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5549	NC_022110	TTC	2	6	253364	253369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5550	NC_022110	GCT	2	6	253396	253401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5551	NC_022110	T	7	7	253405	253411	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5552	NC_022110	AGCA	2	8	253442	253449	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5553	NC_022110	CTT	2	6	253459	253464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353407
5554	NC_022110	TCT	3	9	253470	253478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353407
5555	NC_022110	GATAA	2	10	253498	253507	60 %	20 %	20 %	0 %	532353407
5556	NC_022110	TCG	2	6	253564	253569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353407
5557	NC_022110	CATA	2	8	253585	253592	50 %	25 %	0 %	25 %	532353407
5558	NC_022110	TCC	2	6	253604	253609	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353407
5559	NC_022110	TAA	2	6	253637	253642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353407
5560	NC_022110	AG	3	6	253662	253667	50 %	0 %	50 %	0 %	532353407
5561	NC_022110	A	6	6	253681	253686	100 %	0 %	0 %	0 %	532353407
5562	NC_022110	AGA	2	6	253692	253697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353407
5563	NC_022110	CAC	2	6	253699	253704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353407
5564	NC_022110	CAA	2	6	253745	253750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353407
5565	NC_022110	GTA	2	6	253767	253772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353407
5566	NC_022110	ACA	2	6	253826	253831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353407
5567	NC_022110	A	8	8	253866	253873	100 %	0 %	0 %	0 %	532353407
5568	NC_022110	TA	3	6	253915	253920	50 %	50 %	0 %	0 %	532353407
5569	NC_022110	CCAA	2	8	253950	253957	50 %	0 %	0 %	50 %	532353407
5570	NC_022110	A	7	7	253974	253980	100 %	0 %	0 %	0 %	532353407
5571	NC_022110	TAT	2	6	253993	253998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5572	NC_022110	TTCA	2	8	254025	254032	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5573	NC_022110	AGA	2	6	254061	254066	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5574	NC_022110	TGTT	2	8	254099	254106	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5575	NC_022110	CGA	2	6	254220	254225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353408
5576	NC_022110	GCAAA	2	10	254232	254241	60 %	0 %	20 %	20 %	532353408
5577	NC_022110	AATA	2	8	254318	254325	75 %	25 %	0 %	0 %	532353408
5578	NC_022110	A	6	6	254384	254389	100 %	0 %	0 %	0 %	532353408
5579	NC_022110	A	7	7	254415	254421	100 %	0 %	0 %	0 %	532353408
5580	NC_022110	ATA	2	6	254428	254433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353408
5581	NC_022110	AACCCT	2	12	254474	254485	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	532353408
5582	NC_022110	AAAC	2	8	254557	254564	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5583	NC_022110	AAG	2	6	254681	254686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5584	NC_022110	AGC	2	6	254715	254720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5585	NC_022110	CAAT	2	8	254821	254828	50 %	25 %	0 %	25 %	532353409
5586	NC_022110	TTA	2	6	254893	254898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353409
5587	NC_022110	CTTCT	2	10	254925	254934	0 %	60 %	0 %	40 %	532353409
5588	NC_022110	T	6	6	254968	254973	0 %	100 %	0 %	0 %	532353409
5589	NC_022110	CA	3	6	255027	255032	50 %	0 %	0 %	50 %	532353409
5590	NC_022110	AAT	2	6	255042	255047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353409
5591	NC_022110	GCA	2	6	255052	255057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353409
5592	NC_022110	ACA	2	6	255118	255123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353409
5593	NC_022110	TTG	2	6	255182	255187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353409
5594	NC_022110	AGA	2	6	255237	255242	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353409
5595	NC_022110	TAG	2	6	255257	255262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353409
5596	NC_022110	TTTTTA	2	12	255279	255290	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	532353409
5597	NC_022110	GAG	2	6	255406	255411	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5598	NC_022110	ATT	2	6	255418	255423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5599	NC_022110	T	6	6	255422	255427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5600	NC_022110	ACG	2	6	255428	255433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5601	NC_022110	CCTGCA	2	12	255439	255450	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5602	NC_022110	CTG	2	6	255496	255501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5603	NC_022110	TTG	2	6	255527	255532	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353410
5604	NC_022110	TCTG	2	8	255552	255559	0 %	50 %	25 %	25 %	532353410
5605	NC_022110	T	6	6	255634	255639	0 %	100 %	0 %	0 %	532353410
5606	NC_022110	CTTA	2	8	255659	255666	25 %	50 %	0 %	25 %	532353410
5607	NC_022110	CGA	2	6	255672	255677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353410
5608	NC_022110	TTC	2	6	255719	255724	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353410
5609	NC_022110	ACG	2	6	255779	255784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353410
5610	NC_022110	AACC	2	8	255823	255830	50 %	0 %	0 %	50 %	532353410
5611	NC_022110	CAG	2	6	255847	255852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353410
5612	NC_022110	AAG	2	6	255856	255861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353410
5613	NC_022110	CTG	2	6	255880	255885	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353410
5614	NC_022110	GCT	2	6	256008	256013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353410
5615	NC_022110	ATTT	2	8	256065	256072	25 %	75 %	0 %	0 %	532353410
5616	NC_022110	N	57	57	256101	256157	0 %	0 %	0 %	0 %	532353410
5617	NC_022110	AG	3	6	256205	256210	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5618	NC_022110	A	8	8	256223	256230	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5619	NC_022110	TC	3	6	256231	256236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5620	NC_022110	TC	3	6	256317	256322	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5621	NC_022110	A	6	6	256326	256331	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5622	NC_022110	ATG	2	6	256337	256342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5623	NC_022110	ATCT	2	8	256386	256393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5624	NC_022110	T	7	7	256428	256434	0 %	100 %	0 %	0 %	532353411
5625	NC_022110	GCT	2	6	256438	256443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353411
5626	NC_022110	CTT	2	6	256448	256453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353411
5627	NC_022110	T	6	6	256469	256474	0 %	100 %	0 %	0 %	532353411
5628	NC_022110	CT	4	8	256537	256544	0 %	50 %	0 %	50 %	532353411
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5752	NC_022110	AAG	2	6	262153	262158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353415
5753	NC_022110	TAT	2	6	262174	262179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353415
5754	NC_022110	CTT	2	6	262186	262191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353415
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5756	NC_022110	GTTC	2	8	262375	262382	0 %	50 %	25 %	25 %	532353415
5757	NC_022110	CT	3	6	262438	262443	0 %	50 %	0 %	50 %	532353415
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5782	NC_022110	TCT	2	6	263745	263750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353417
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5786	NC_022110	A	8	8	263945	263952	100 %	0 %	0 %	0 %	532353417
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5790	NC_022110	AGA	2	6	264150	264155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5791	NC_022110	A	6	6	264166	264171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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5861	NC_022110	GTT	2	6	267761	267766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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5863	NC_022110	TTC	2	6	267790	267795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5867	NC_022110	TTCT	2	8	268057	268064	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5868	NC_022110	GA	3	6	268119	268124	50 %	0 %	50 %	0 %	532353422
5869	NC_022110	TAAAA	2	10	268150	268159	80 %	20 %	0 %	0 %	532353422
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5877	NC_022110	AAG	2	6	268527	268532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353422
5878	NC_022110	A	7	7	268549	268555	100 %	0 %	0 %	0 %	532353422
5879	NC_022110	CAA	2	6	268629	268634	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353422
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