MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	TGTGA	2	10	3280	3289	20 %	40 %	40 %	0 %	532352290
2	NC_022109	TTGAA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	20 %	0 %	532352291
3	NC_022109	GAGAA	2	10	3930	3939	60 %	0 %	40 %	0 %	532352291
4	NC_022109	GAAAA	2	10	4367	4376	80 %	0 %	20 %	0 %	532352291
5	NC_022109	TTACA	2	10	4522	4531	40 %	40 %	0 %	20 %	532352291
6	NC_022109	GTCTT	2	10	5218	5227	0 %	60 %	20 %	20 %	532352292
7	NC_022109	TATTT	2	10	7033	7042	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022109	TGGTA	2	10	7689	7698	20 %	40 %	40 %	0 %	532352294
9	NC_022109	CGAAA	2	10	9097	9106	60 %	0 %	20 %	20 %	532352295
10	NC_022109	GGCTG	2	10	9731	9740	0 %	20 %	60 %	20 %	532352296
11	NC_022109	CCTCT	2	10	10523	10532	0 %	40 %	0 %	60 %	532352297
12	NC_022109	AAAGG	2	10	10682	10691	60 %	0 %	40 %	0 %	532352297
13	NC_022109	AAGAA	2	10	11802	11811	80 %	0 %	20 %	0 %	532352298
14	NC_022109	AAAGA	2	10	13200	13209	80 %	0 %	20 %	0 %	532352299
15	NC_022109	GGTGT	2	10	13304	13313	0 %	40 %	60 %	0 %	532352299
16	NC_022109	GATTT	2	10	15047	15056	20 %	60 %	20 %	0 %	532352301
17	NC_022109	CGTTC	2	10	16158	16167	0 %	40 %	20 %	40 %	532352302
18	NC_022109	GCTTC	2	10	16531	16540	0 %	40 %	20 %	40 %	532352302
19	NC_022109	GAAGG	2	10	16902	16911	40 %	0 %	60 %	0 %	532352302
20	NC_022109	GTTGT	2	10	20328	20337	0 %	60 %	40 %	0 %	532352305
21	NC_022109	AAGAT	2	10	21440	21449	60 %	20 %	20 %	0 %	532352306
22	NC_022109	TTTGC	2	10	22051	22060	0 %	60 %	20 %	20 %	532352306
23	NC_022109	GGAAA	2	10	23805	23814	60 %	0 %	40 %	0 %	532352306
24	NC_022109	AGAGG	2	10	25530	25539	40 %	0 %	60 %	0 %	532352307
25	NC_022109	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022109	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022109	ATCCG	2	10	28056	28065	20 %	20 %	20 %	40 %	532352309
28	NC_022109	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532352309
29	NC_022109	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532352310
30	NC_022109	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532352311
31	NC_022109	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532352312
32	NC_022109	AAAGA	2	10	33086	33095	80 %	0 %	20 %	0 %	532352314
33	NC_022109	CTATT	2	10	36127	36136	20 %	60 %	0 %	20 %	532352318
34	NC_022109	TCCTA	2	10	36174	36183	20 %	40 %	0 %	40 %	532352318
35	NC_022109	ACGAT	2	10	38090	38099	40 %	20 %	20 %	20 %	532352319
36	NC_022109	TTTGA	2	10	38455	38464	20 %	60 %	20 %	0 %	532352319
37	NC_022109	AGCAA	2	10	42106	42115	60 %	0 %	20 %	20 %	532352322
38	NC_022109	CGATG	2	10	42163	42172	20 %	20 %	40 %	20 %	532352322
39	NC_022109	TGCAA	2	10	42321	42330	40 %	20 %	20 %	20 %	532353120
40	NC_022109	CAAAA	2	10	42640	42649	80 %	0 %	0 %	20 %	532353120
41	NC_022109	TTTAT	2	10	44235	44244	20 %	80 %	0 %	0 %	532352326
42	NC_022109	CTTTC	2	10	46331	46340	0 %	60 %	0 %	40 %	532352328
43	NC_022109	AGTTT	2	10	46870	46879	20 %	60 %	20 %	0 %	532352328
44	NC_022109	GAAGA	2	10	48003	48012	60 %	0 %	40 %	0 %	532352328
45	NC_022109	CTATT	2	10	49582	49591	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022109	CTTTT	2	10	50033	50042	0 %	80 %	0 %	20 %	532352331
47	NC_022109	CCGTA	2	10	53808	53817	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_022109	TCAGA	2	10	54700	54709	40 %	20 %	20 %	20 %	532352334
49	NC_022109	TTATC	2	10	55227	55236	20 %	60 %	0 %	20 %	532352334
50	NC_022109	TGAGT	2	10	55248	55257	20 %	40 %	40 %	0 %	532352334
51	NC_022109	GTTGT	2	10	56295	56304	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022109	ATTTT	2	10	58468	58477	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022109	GAGCA	2	10	59811	59820	40 %	0 %	40 %	20 %	532352335
54	NC_022109	TGTGA	2	10	62259	62268	20 %	40 %	40 %	0 %	532352337
55	NC_022109	AGTGA	2	10	63786	63795	40 %	20 %	40 %	0 %	532352338
56	NC_022109	CCTTC	2	10	64060	64069	0 %	40 %	0 %	60 %	532352338
57	NC_022109	AGGAG	2	10	66286	66295	40 %	0 %	60 %	0 %	532352340
58	NC_022109	GTTAA	2	10	66416	66425	40 %	40 %	20 %	0 %	532352340
59	NC_022109	CAAGC	2	10	68794	68803	40 %	0 %	20 %	40 %	532352342
60	NC_022109	AAAAG	2	10	69042	69051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022109	GCGAT	2	10	69854	69863	20 %	20 %	40 %	20 %	532352343
62	NC_022109	CTCTT	2	10	70208	70217	0 %	60 %	0 %	40 %	532352343
63	NC_022109	AGGGG	2	10	70854	70863	20 %	0 %	80 %	0 %	532352343
64	NC_022109	AAGAA	2	10	70896	70905	80 %	0 %	20 %	0 %	532352343
65	NC_022109	CTTGC	2	10	71985	71994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_022109	ATTGG	2	10	72186	72195	20 %	40 %	40 %	0 %	532352345
67	NC_022109	GAAAA	2	10	73258	73267	80 %	0 %	20 %	0 %	532352345
68	NC_022109	TGGGA	2	10	73675	73684	20 %	20 %	60 %	0 %	532352346
69	NC_022109	TATTT	2	10	76202	76211	20 %	80 %	0 %	0 %	532352347
70	NC_022109	AAAAG	2	10	76735	76744	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022109	ATCAA	2	10	78433	78442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022109	TGTCT	2	10	79994	80003	0 %	60 %	20 %	20 %	532352350
73	NC_022109	TTACT	2	10	80501	80510	20 %	60 %	0 %	20 %	532352350
74	NC_022109	AGAAA	2	10	81891	81900	80 %	0 %	20 %	0 %	532352352
75	NC_022109	GGAAG	2	10	82404	82413	40 %	0 %	60 %	0 %	532352352
76	NC_022109	TTTGT	2	10	85169	85178	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022109	GATCC	2	10	85955	85964	20 %	20 %	20 %	40 %	532352355
78	NC_022109	AGAGC	2	10	87290	87299	40 %	0 %	40 %	20 %	532353123
79	NC_022109	AATAA	2	10	88168	88177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022109	TTTTC	2	10	91022	91031	0 %	80 %	0 %	20 %	532352358
81	NC_022109	GGATG	2	10	91282	91291	20 %	20 %	60 %	0 %	532352359
82	NC_022109	CAACA	2	10	92821	92830	60 %	0 %	0 %	40 %	532352360
83	NC_022109	ACAGC	2	10	93866	93875	40 %	0 %	20 %	40 %	532352362
84	NC_022109	CTTTT	2	10	94240	94249	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022109	GGAAC	2	10	94578	94587	40 %	0 %	40 %	20 %	532352363
86	NC_022109	GGATT	2	10	95478	95487	20 %	40 %	40 %	0 %	532352363
87	NC_022109	AGCAT	2	10	95499	95508	40 %	20 %	20 %	20 %	532352363
88	NC_022109	CAATC	2	10	96580	96589	40 %	20 %	0 %	40 %	532352364
89	NC_022109	TTTGC	2	10	96714	96723	0 %	60 %	20 %	20 %	532352365
90	NC_022109	ATTCA	2	10	96978	96987	40 %	40 %	0 %	20 %	532352365
91	NC_022109	GATCC	2	10	97237	97246	20 %	20 %	20 %	40 %	532352365
92	NC_022109	GTTTT	2	10	97658	97667	0 %	80 %	20 %	0 %	532352365
93	NC_022109	ACAAA	2	10	97785	97794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022109	AAGCT	2	10	98860	98869	40 %	20 %	20 %	20 %	532352366
95	NC_022109	AGGGG	2	10	99219	99228	20 %	0 %	80 %	0 %	532352366
96	NC_022109	ATAGC	2	10	99918	99927	40 %	20 %	20 %	20 %	532352367
97	NC_022109	AGCGA	2	10	102845	102854	40 %	0 %	40 %	20 %	532352370
98	NC_022109	TTTCT	2	10	103203	103212	0 %	80 %	0 %	20 %	532352370
99	NC_022109	ATCAT	2	10	104409	104418	40 %	40 %	0 %	20 %	532352371
100	NC_022109	GGCAT	2	10	105117	105126	20 %	20 %	40 %	20 %	532352371
101	NC_022109	AAAGC	2	10	108843	108852	60 %	0 %	20 %	20 %	532352374
102	NC_022109	GCATT	2	10	110003	110012	20 %	40 %	20 %	20 %	532352375
103	NC_022109	GCTCT	2	10	114056	114065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_022109	TGTTT	2	10	114680	114689	0 %	80 %	20 %	0 %	532352377
105	NC_022109	CATGT	2	10	115058	115067	20 %	40 %	20 %	20 %	532352377
106	NC_022109	TATCG	2	10	115762	115771	20 %	40 %	20 %	20 %	532352377
107	NC_022109	TTTCT	2	10	116278	116287	0 %	80 %	0 %	20 %	532352378
108	NC_022109	AAAGA	2	10	118521	118530	80 %	0 %	20 %	0 %	532352380
109	NC_022109	GCTTC	2	10	122511	122520	0 %	40 %	20 %	40 %	532352383
110	NC_022109	TACAA	2	10	126299	126308	60 %	20 %	0 %	20 %	532352387
111	NC_022109	ATCCA	2	10	128704	128713	40 %	20 %	0 %	40 %	532352390
112	NC_022109	GAAGA	2	10	130254	130263	60 %	0 %	40 %	0 %	532352390
113	NC_022109	AAAAG	2	10	132167	132176	80 %	0 %	20 %	0 %	532352391
114	NC_022109	GATTC	2	10	132498	132507	20 %	40 %	20 %	20 %	532352391
115	NC_022109	GGATA	2	10	135118	135127	40 %	20 %	40 %	0 %	532352393
116	NC_022109	ATTGG	2	10	135783	135792	20 %	40 %	40 %	0 %	532352394
117	NC_022109	ATTGT	2	10	135816	135825	20 %	60 %	20 %	0 %	532352394
118	NC_022109	TGTTT	2	10	136242	136251	0 %	80 %	20 %	0 %	532352395
119	NC_022109	TTGCA	2	10	137031	137040	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_022109	TCCAG	2	10	139987	139996	20 %	20 %	20 %	40 %	532352400
121	NC_022109	GTACA	2	10	140718	140727	40 %	20 %	20 %	20 %	532352401
122	NC_022109	TAGAT	2	10	141091	141100	40 %	40 %	20 %	0 %	532352401
123	NC_022109	AAAAG	2	10	141503	141512	80 %	0 %	20 %	0 %	532353130
124	NC_022109	AAAAC	2	10	141983	141992	80 %	0 %	0 %	20 %	532352402
125	NC_022109	TGCTA	2	10	143069	143078	20 %	40 %	20 %	20 %	532352404
126	NC_022109	GGAGC	2	10	143116	143125	20 %	0 %	60 %	20 %	532352404
127	NC_022109	CTGGG	2	10	144531	144540	0 %	20 %	60 %	20 %	532352406
128	NC_022109	GTTTT	2	10	145278	145287	0 %	80 %	20 %	0 %	532352407
129	NC_022109	GAACC	2	10	149012	149021	40 %	0 %	20 %	40 %	532352408
130	NC_022109	ATTCT	2	10	152508	152517	20 %	60 %	0 %	20 %	532352412
131	NC_022109	CTGTG	2	10	152712	152721	0 %	40 %	40 %	20 %	532352412
132	NC_022109	TTCTT	2	10	155185	155194	0 %	80 %	0 %	20 %	532352415
133	NC_022109	TTCTA	2	10	157289	157298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_022109	AGGAA	2	10	159744	159753	60 %	0 %	40 %	0 %	532352419
135	NC_022109	CAAAA	2	10	161747	161756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_022109	AGAGA	2	10	162975	162984	60 %	0 %	40 %	0 %	532352422
137	NC_022109	AGCAA	2	10	163410	163419	60 %	0 %	20 %	20 %	532352422
138	NC_022109	CAAAA	2	10	166913	166922	80 %	0 %	0 %	20 %	532352424
139	NC_022109	AAGAG	2	10	167746	167755	60 %	0 %	40 %	0 %	532352424
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152	NC_022109	AGAAA	2	10	182108	182117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_022109	TTGAG	2	10	182491	182500	20 %	40 %	40 %	0 %	532353132
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232	NC_022109	ATTCC	2	10	301938	301947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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241	NC_022109	TCCGG	2	10	316277	316286	0 %	20 %	40 %	40 %	532352551
242	NC_022109	TCCAA	2	10	317464	317473	40 %	20 %	0 %	40 %	532352552
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247	NC_022109	TCAAT	2	10	321851	321860	40 %	40 %	0 %	20 %	532353144
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250	NC_022109	AGAAA	2	10	330323	330332	80 %	0 %	20 %	0 %	532352563
251	NC_022109	TAAAT	2	10	330847	330856	60 %	40 %	0 %	0 %	532352564
252	NC_022109	CTAAA	2	10	331612	331621	60 %	20 %	0 %	20 %	532352565
253	NC_022109	CAAAA	2	10	332092	332101	80 %	0 %	0 %	20 %	532352565
254	NC_022109	GCAAC	2	10	333792	333801	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
255	NC_022109	CTTGT	2	10	333852	333861	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
256	NC_022109	CCTTT	2	10	334308	334317	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
257	NC_022109	CTAAA	2	10	337411	337420	60 %	20 %	0 %	20 %	532352568
258	NC_022109	TCCAA	2	10	338046	338055	40 %	20 %	0 %	40 %	532352568
259	NC_022109	TCCAT	2	10	338129	338138	20 %	40 %	0 %	40 %	532352568
260	NC_022109	CAGAG	2	10	340523	340532	40 %	0 %	40 %	20 %	532352569
261	NC_022109	CTTCA	2	10	342221	342230	20 %	40 %	0 %	40 %	532352570
262	NC_022109	CATTG	2	10	342325	342334	20 %	40 %	20 %	20 %	532352570
263	NC_022109	ATCCC	2	10	344378	344387	20 %	20 %	0 %	60 %	532352572
264	NC_022109	AAAAG	2	10	347275	347284	80 %	0 %	20 %	0 %	532352574
265	NC_022109	GTTAC	2	10	350031	350040	20 %	40 %	20 %	20 %	532352578
266	NC_022109	ATCTC	2	10	351249	351258	20 %	40 %	0 %	40 %	532352579
267	NC_022109	CCTTC	2	10	353455	353464	0 %	40 %	0 %	60 %	532352579
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