MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 2867

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022109	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022109	AAGG	2	8	1308	1315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022109	AGTA	2	8	1488	1495	50 %	25 %	25 %	0 %	532352288
5	NC_022109	ATGA	2	8	1892	1899	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
6	NC_022109	GATA	2	8	1930	1937	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
7	NC_022109	TTTC	2	8	2227	2234	0 %	75 %	0 %	25 %	532352290
8	NC_022109	CATG	2	8	3108	3115	25 %	25 %	25 %	25 %	532352290
9	NC_022109	TTCC	2	8	3413	3420	0 %	50 %	0 %	50 %	532352290
10	NC_022109	TTTA	2	8	3811	3818	25 %	75 %	0 %	0 %	532352291
11	NC_022109	ATCC	2	8	4111	4118	25 %	25 %	0 %	50 %	532352291
12	NC_022109	GACG	2	8	4858	4865	25 %	0 %	50 %	25 %	532352291
13	NC_022109	TTGG	2	8	4961	4968	0 %	50 %	50 %	0 %	532352291
14	NC_022109	TGGA	2	8	5322	5329	25 %	25 %	50 %	0 %	532352292
15	NC_022109	CTTT	2	8	5699	5706	0 %	75 %	0 %	25 %	532352292
16	NC_022109	GGGA	2	8	6214	6221	25 %	0 %	75 %	0 %	532352292
17	NC_022109	GGAG	2	8	6305	6312	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022109	GGTG	2	8	6517	6524	0 %	25 %	75 %	0 %	532352293
19	NC_022109	AAAT	2	8	6583	6590	75 %	25 %	0 %	0 %	532352293
20	NC_022109	TATG	2	8	6954	6961	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022109	ATTT	2	8	7095	7102	25 %	75 %	0 %	0 %	532353119
22	NC_022109	TTTG	2	8	7187	7194	0 %	75 %	25 %	0 %	532353119
23	NC_022109	AAGC	2	8	7819	7826	50 %	0 %	25 %	25 %	532352294
24	NC_022109	ATTG	2	8	8217	8224	25 %	50 %	25 %	0 %	532352295
25	NC_022109	AGCG	2	8	8684	8691	25 %	0 %	50 %	25 %	532352295
26	NC_022109	AAAG	2	8	8705	8712	75 %	0 %	25 %	0 %	532352295
27	NC_022109	CTTT	2	8	9045	9052	0 %	75 %	0 %	25 %	532352295
28	NC_022109	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022109	TTCG	2	8	9417	9424	0 %	50 %	25 %	25 %	532352296
30	NC_022109	AATT	2	8	9522	9529	50 %	50 %	0 %	0 %	532352296
31	NC_022109	ATGG	2	8	9581	9588	25 %	25 %	50 %	0 %	532352296
32	NC_022109	CTTT	2	8	10206	10213	0 %	75 %	0 %	25 %	532352297
33	NC_022109	GCAA	2	8	10423	10430	50 %	0 %	25 %	25 %	532352297
34	NC_022109	AGCC	2	8	10653	10660	25 %	0 %	25 %	50 %	532352297
35	NC_022109	GAAA	2	8	10796	10803	75 %	0 %	25 %	0 %	532352297
36	NC_022109	AGAA	2	8	11200	11207	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022109	AATG	2	8	11539	11546	50 %	25 %	25 %	0 %	532352298
38	NC_022109	ATTT	2	8	12316	12323	25 %	75 %	0 %	0 %	532352298
39	NC_022109	GTTT	2	8	12571	12578	0 %	75 %	25 %	0 %	532352299
40	NC_022109	ATGC	2	8	13001	13008	25 %	25 %	25 %	25 %	532352299
41	NC_022109	AAGG	2	8	13436	13443	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022109	TTGT	2	8	14037	14044	0 %	75 %	25 %	0 %	532352300
43	NC_022109	TTCT	2	8	14208	14215	0 %	75 %	0 %	25 %	532352300
44	NC_022109	ATTT	2	8	14414	14421	25 %	75 %	0 %	0 %	532352300
45	NC_022109	TTTC	2	8	15076	15083	0 %	75 %	0 %	25 %	532352301
46	NC_022109	AAAT	2	8	15558	15565	75 %	25 %	0 %	0 %	532352301
47	NC_022109	CAAA	2	8	16070	16077	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022109	GTAA	2	8	16400	16407	50 %	25 %	25 %	0 %	532352302
49	NC_022109	CTAA	2	8	16593	16600	50 %	25 %	0 %	25 %	532352302
50	NC_022109	AGAA	2	8	16856	16863	75 %	0 %	25 %	0 %	532352302
51	NC_022109	ATTT	2	8	17002	17009	25 %	75 %	0 %	0 %	532352302
52	NC_022109	TGCG	2	8	18524	18531	0 %	25 %	50 %	25 %	532352304
53	NC_022109	CTTT	2	8	18563	18570	0 %	75 %	0 %	25 %	532352304
54	NC_022109	GAAG	2	8	19508	19515	50 %	0 %	50 %	0 %	532352304
55	NC_022109	TTTG	2	8	19534	19541	0 %	75 %	25 %	0 %	532352304
56	NC_022109	TGTA	2	8	20226	20233	25 %	50 %	25 %	0 %	532352305
57	NC_022109	CGCT	2	8	21266	21273	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_022109	TTAA	2	8	21287	21294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022109	GTTA	2	8	21324	21331	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022109	GATC	2	8	21379	21386	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022109	GATG	2	8	21642	21649	25 %	25 %	50 %	0 %	532352306
62	NC_022109	CATT	2	8	22701	22708	25 %	50 %	0 %	25 %	532352306
63	NC_022109	GCTT	2	8	23044	23051	0 %	50 %	25 %	25 %	532352306
64	NC_022109	GGTT	2	8	23092	23099	0 %	50 %	50 %	0 %	532352306
65	NC_022109	TTCT	2	8	23462	23469	0 %	75 %	0 %	25 %	532352306
66	NC_022109	TAAC	2	8	23564	23571	50 %	25 %	0 %	25 %	532352306
67	NC_022109	CATT	2	8	23687	23694	25 %	50 %	0 %	25 %	532352306
68	NC_022109	GGTA	2	8	24057	24064	25 %	25 %	50 %	0 %	532352306
69	NC_022109	TTCG	2	8	25197	25204	0 %	50 %	25 %	25 %	532352307
70	NC_022109	TAGG	2	8	25276	25283	25 %	25 %	50 %	0 %	532352307
71	NC_022109	TTCC	2	8	25400	25407	0 %	50 %	0 %	50 %	532352307
72	NC_022109	TAGG	2	8	25514	25521	25 %	25 %	50 %	0 %	532352307
73	NC_022109	GCTT	2	8	26286	26293	0 %	50 %	25 %	25 %	532352307
74	NC_022109	GGAA	2	8	26869	26876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022109	TTAA	2	8	26938	26945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022109	AAAG	2	8	26988	26995	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022109	GGGC	2	8	27268	27275	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022109	GTTT	2	8	27551	27558	0 %	75 %	25 %	0 %	532352308
79	NC_022109	CAGA	2	8	27573	27580	50 %	0 %	25 %	25 %	532352308
80	NC_022109	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022109	CTTT	2	8	29545	29552	0 %	75 %	0 %	25 %	532352310
82	NC_022109	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310
83	NC_022109	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310
84	NC_022109	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532352310
85	NC_022109	AAAG	2	8	30318	30325	75 %	0 %	25 %	0 %	532352311
86	NC_022109	AAAC	2	8	30388	30395	75 %	0 %	0 %	25 %	532352311
87	NC_022109	GATG	2	8	30531	30538	25 %	25 %	50 %	0 %	532352311
88	NC_022109	GATA	2	8	31640	31647	50 %	25 %	25 %	0 %	532352313
89	NC_022109	TGAT	2	8	34135	34142	25 %	50 %	25 %	0 %	532352316
90	NC_022109	AAGA	3	12	34263	34274	75 %	0 %	25 %	0 %	532352316
91	NC_022109	AAGC	2	8	34483	34490	50 %	0 %	25 %	25 %	532352317
92	NC_022109	GTTC	2	8	34516	34523	0 %	50 %	25 %	25 %	532352317
93	NC_022109	GGCA	2	8	34895	34902	25 %	0 %	50 %	25 %	532352318
94	NC_022109	TCGA	2	8	35152	35159	25 %	25 %	25 %	25 %	532352318
95	NC_022109	TGCT	2	8	35305	35312	0 %	50 %	25 %	25 %	532352318
96	NC_022109	TATG	2	8	35448	35455	25 %	50 %	25 %	0 %	532352318
97	NC_022109	TTGG	2	8	35537	35544	0 %	50 %	50 %	0 %	532352318
98	NC_022109	AGAT	2	8	36257	36264	50 %	25 %	25 %	0 %	532352318
99	NC_022109	CTTT	2	8	36630	36637	0 %	75 %	0 %	25 %	532352319
100	NC_022109	ATGA	2	8	37120	37127	50 %	25 %	25 %	0 %	532352319
101	NC_022109	TAGG	2	8	37279	37286	25 %	25 %	50 %	0 %	532352319
102	NC_022109	CAAT	2	8	37463	37470	50 %	25 %	0 %	25 %	532352319
103	NC_022109	AATG	2	8	38250	38257	50 %	25 %	25 %	0 %	532352319
104	NC_022109	AGAA	2	8	39087	39094	75 %	0 %	25 %	0 %	532352320
105	NC_022109	AAGA	2	8	39139	39146	75 %	0 %	25 %	0 %	532352320
106	NC_022109	ATCC	2	8	39147	39154	25 %	25 %	0 %	50 %	532352320
107	NC_022109	TAAT	2	8	39358	39365	50 %	50 %	0 %	0 %	532352320
108	NC_022109	GTGC	2	8	41447	41454	0 %	25 %	50 %	25 %	532352322
109	NC_022109	AGAA	2	8	41866	41873	75 %	0 %	25 %	0 %	532352322
110	NC_022109	GGAT	2	8	42018	42025	25 %	25 %	50 %	0 %	532352322
111	NC_022109	AAAC	2	8	43227	43234	75 %	0 %	0 %	25 %	532352324
112	NC_022109	CAAT	2	8	43431	43438	50 %	25 %	0 %	25 %	532352324
113	NC_022109	TGTT	2	8	43809	43816	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022109	AATA	2	8	44048	44055	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022109	ATTT	2	8	44186	44193	25 %	75 %	0 %	0 %	532352326
116	NC_022109	GCTC	2	8	44494	44501	0 %	25 %	25 %	50 %	532352326
117	NC_022109	TTCT	2	8	44636	44643	0 %	75 %	0 %	25 %	532352326
118	NC_022109	TTGA	2	8	45236	45243	25 %	50 %	25 %	0 %	532352327
119	NC_022109	TGTT	2	8	45408	45415	0 %	75 %	25 %	0 %	532352327
120	NC_022109	CTAT	2	8	45438	45445	25 %	50 %	0 %	25 %	532352327
121	NC_022109	TGTT	2	8	45467	45474	0 %	75 %	25 %	0 %	532352327
122	NC_022109	CTAT	2	8	45763	45770	25 %	50 %	0 %	25 %	532352327
123	NC_022109	AAGA	2	8	46258	46265	75 %	0 %	25 %	0 %	532352328
124	NC_022109	AAGA	2	8	46315	46322	75 %	0 %	25 %	0 %	532352328
125	NC_022109	AAAG	2	8	46355	46362	75 %	0 %	25 %	0 %	532352328
126	NC_022109	AAGA	2	8	46470	46477	75 %	0 %	25 %	0 %	532352328
127	NC_022109	ACTT	2	8	46731	46738	25 %	50 %	0 %	25 %	532352328
128	NC_022109	ATGG	2	8	47357	47364	25 %	25 %	50 %	0 %	532352328
129	NC_022109	AGGA	2	8	47388	47395	50 %	0 %	50 %	0 %	532352328
130	NC_022109	GAAC	2	8	47935	47942	50 %	0 %	25 %	25 %	532352328
131	NC_022109	AAGT	2	8	47970	47977	50 %	25 %	25 %	0 %	532352328
132	NC_022109	AACA	2	8	48179	48186	75 %	0 %	0 %	25 %	532352329
133	NC_022109	CTTT	2	8	49260	49267	0 %	75 %	0 %	25 %	532352330
134	NC_022109	GTAG	2	8	49278	49285	25 %	25 %	50 %	0 %	532352330
135	NC_022109	GAAG	2	8	50706	50713	50 %	0 %	50 %	0 %	532352331
136	NC_022109	TTCA	2	8	51128	51135	25 %	50 %	0 %	25 %	532352331
137	NC_022109	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022109	GGAA	2	8	52403	52410	50 %	0 %	50 %	0 %	532352333
139	NC_022109	TTAA	2	8	53144	53151	50 %	50 %	0 %	0 %	532352333
140	NC_022109	CCTT	2	8	53351	53358	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_022109	TTTA	2	8	53518	53525	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022109	AAAG	2	8	53742	53749	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022109	GATT	2	8	53879	53886	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022109	AATC	2	8	53934	53941	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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147	NC_022109	TCGA	2	8	54417	54424	25 %	25 %	25 %	25 %	532352334
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