MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_022109	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022109	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022109	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_022109	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_022109	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022109	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022109	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022109	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022109	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022109	CAA	2	6	441	446	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022109	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022109	TTG	2	6	584	589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022109	CTC	2	6	613	618	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_022109	GAT	2	6	675	680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022109	GAT	2	6	729	734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022109	GAAGGA	2	12	759	770	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022109	ATG	2	6	792	797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022109	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022109	TATGGA	2	12	812	823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022109	CCT	2	6	951	956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_022109	CTT	2	6	1012	1017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_022109	CAG	2	6	1077	1082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_022109	TGA	2	6	1138	1143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022109	A	6	6	1202	1207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022109	AAG	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022109	TGG	2	6	1235	1240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022109	CTT	2	6	1242	1247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_022109	T	7	7	1246	1252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022109	A	6	6	1257	1262	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022109	AAGG	2	8	1308	1315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022109	ATG	2	6	1335	1340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352288
33	NC_022109	GTG	2	6	1341	1346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352288
34	NC_022109	TCC	2	6	1350	1355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352288
35	NC_022109	AGC	2	6	1364	1369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
36	NC_022109	T	6	6	1383	1388	0 %	100 %	0 %	0 %	532352288
37	NC_022109	AGC	2	6	1391	1396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
38	NC_022109	AAG	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
39	NC_022109	TAC	2	6	1440	1445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352288
40	NC_022109	GCT	2	6	1450	1455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352288
41	NC_022109	AGTA	2	8	1488	1495	50 %	25 %	25 %	0 %	532352288
42	NC_022109	AAC	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352288
43	NC_022109	AGA	2	6	1560	1565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
44	NC_022109	T	6	6	1638	1643	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022109	TAA	2	6	1650	1655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022109	T	7	7	1660	1666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022109	TC	3	6	1669	1674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_022109	A	6	6	1732	1737	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022109	AGA	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
50	NC_022109	ATC	2	6	1823	1828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
51	NC_022109	TGC	2	6	1843	1848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352289
52	NC_022109	ATGA	2	8	1892	1899	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
53	NC_022109	GATA	2	8	1930	1937	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
54	NC_022109	CAT	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
55	NC_022109	AGA	2	6	1996	2001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
56	NC_022109	AAG	2	6	2025	2030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
57	NC_022109	GGA	2	6	2060	2065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352289
58	NC_022109	AG	3	6	2152	2157	50 %	0 %	50 %	0 %	532352290
59	NC_022109	ATC	2	6	2189	2194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352290
60	NC_022109	TTTC	2	8	2227	2234	0 %	75 %	0 %	25 %	532352290
61	NC_022109	ATA	2	6	2339	2344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
62	NC_022109	AAC	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352290
63	NC_022109	GGT	2	6	2418	2423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
64	NC_022109	AAT	2	6	2524	2529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
65	NC_022109	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352290
66	NC_022109	GCA	2	6	2578	2583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
67	NC_022109	GGA	2	6	2626	2631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
68	NC_022109	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
69	NC_022109	GTT	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
70	NC_022109	GGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
71	NC_022109	GA	3	6	2820	2825	50 %	0 %	50 %	0 %	532352290
72	NC_022109	T	6	6	2827	2832	0 %	100 %	0 %	0 %	532352290
73	NC_022109	AAG	2	6	2912	2917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
74	NC_022109	ATT	2	6	2974	2979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352290
75	NC_022109	TTG	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
76	NC_022109	CATG	2	8	3108	3115	25 %	25 %	25 %	25 %	532352290
77	NC_022109	AAG	2	6	3137	3142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
78	NC_022109	AAG	2	6	3152	3157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
79	NC_022109	CAG	2	6	3194	3199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
80	NC_022109	GCT	2	6	3265	3270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352290
81	NC_022109	TGTGA	2	10	3280	3289	20 %	40 %	40 %	0 %	532352290
82	NC_022109	TTCC	2	8	3413	3420	0 %	50 %	0 %	50 %	532352290
83	NC_022109	AAG	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
84	NC_022109	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
85	NC_022109	GGA	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
86	NC_022109	AAT	2	6	3578	3583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
87	NC_022109	TTGAA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	20 %	0 %	532352291
88	NC_022109	ATT	2	6	3658	3663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352291
89	NC_022109	TGA	2	6	3688	3693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
90	NC_022109	TTTA	2	8	3811	3818	25 %	75 %	0 %	0 %	532352291
91	NC_022109	GTA	2	6	3920	3925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
92	NC_022109	GAGAA	2	10	3930	3939	60 %	0 %	40 %	0 %	532352291
93	NC_022109	AGA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
94	NC_022109	ATCC	2	8	4111	4118	25 %	25 %	0 %	50 %	532352291
95	NC_022109	GAA	2	6	4151	4156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
96	NC_022109	CGT	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352291
97	NC_022109	A	7	7	4327	4333	100 %	0 %	0 %	0 %	532352291
98	NC_022109	GTT	2	6	4334	4339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
99	NC_022109	GAAAA	2	10	4367	4376	80 %	0 %	20 %	0 %	532352291
100	NC_022109	A	7	7	4373	4379	100 %	0 %	0 %	0 %	532352291
101	NC_022109	TGA	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
102	NC_022109	AT	3	6	4513	4518	50 %	50 %	0 %	0 %	532352291
103	NC_022109	TTACA	2	10	4522	4531	40 %	40 %	0 %	20 %	532352291
104	NC_022109	TTG	2	6	4566	4571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
105	NC_022109	TTC	2	6	4707	4712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
106	NC_022109	TCT	2	6	4799	4804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
107	NC_022109	AGA	2	6	4819	4824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
108	NC_022109	GTT	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
109	NC_022109	GACG	2	8	4858	4865	25 %	0 %	50 %	25 %	532352291
110	NC_022109	GGT	2	6	4894	4899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352291
111	NC_022109	AAAGCT	2	12	4940	4951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532352291
112	NC_022109	TTGG	2	8	4961	4968	0 %	50 %	50 %	0 %	532352291
113	NC_022109	CTC	2	6	4998	5003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352291
114	NC_022109	AGC	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352291
115	NC_022109	GCA	2	6	5054	5059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_022109	A	6	6	5065	5070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022109	AGA	2	6	5081	5086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022109	ATT	2	6	5148	5153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352292
119	NC_022109	TCT	2	6	5166	5171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
120	NC_022109	GCT	2	6	5212	5217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
121	NC_022109	GTCTT	2	10	5218	5227	0 %	60 %	20 %	20 %	532352292
122	NC_022109	GAT	2	6	5247	5252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352292
123	NC_022109	TC	3	6	5263	5268	0 %	50 %	0 %	50 %	532352292
124	NC_022109	GA	3	6	5274	5279	50 %	0 %	50 %	0 %	532352292
125	NC_022109	ACG	2	6	5285	5290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352292
126	NC_022109	GAA	2	6	5309	5314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
127	NC_022109	TGGA	2	8	5322	5329	25 %	25 %	50 %	0 %	532352292
128	NC_022109	AT	3	6	5378	5383	50 %	50 %	0 %	0 %	532352292
129	NC_022109	AGA	3	9	5386	5394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
130	NC_022109	AGA	2	6	5404	5409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
131	NC_022109	TGG	2	6	5440	5445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352292
132	NC_022109	AGA	3	9	5458	5466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
133	NC_022109	GGA	2	6	5467	5472	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
134	NC_022109	TG	3	6	5531	5536	0 %	50 %	50 %	0 %	532352292
135	NC_022109	T	6	6	5609	5614	0 %	100 %	0 %	0 %	532352292
136	NC_022109	TCA	2	6	5652	5657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352292
137	NC_022109	GGA	2	6	5689	5694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
138	NC_022109	CTTT	2	8	5699	5706	0 %	75 %	0 %	25 %	532352292
139	NC_022109	CTT	2	6	5749	5754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
140	NC_022109	CTG	2	6	5755	5760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
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145	NC_022109	GGAG	2	8	6305	6312	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022109	CTT	2	6	6361	6366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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155	NC_022109	GA	3	6	6997	7002	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_022109	A	6	6	7012	7017	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_022109	TATTT	2	10	7033	7042	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_022109	ATTT	2	8	7095	7102	25 %	75 %	0 %	0 %	532353119
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162	NC_022109	ATG	2	6	7237	7242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_022109	TCG	2	6	7313	7318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352294
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204	NC_022109	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_022109	TAG	2	6	11190	11195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_022109	CTT	2	6	11240	11245	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
255	NC_022109	TA	3	6	11246	11251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_022109	TCA	2	6	11277	11282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_022109	T	6	6	11297	11302	0 %	100 %	0 %	0 %	532352298
258	NC_022109	AG	3	6	11307	11312	50 %	0 %	50 %	0 %	532352298
259	NC_022109	AAT	2	6	11327	11332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352298
260	NC_022109	AATG	2	8	11539	11546	50 %	25 %	25 %	0 %	532352298
261	NC_022109	AGG	2	6	11570	11575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352298
262	NC_022109	ATA	3	9	11580	11588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352298
263	NC_022109	TAT	2	6	11599	11604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352298
264	NC_022109	T	6	6	11604	11609	0 %	100 %	0 %	0 %	532352298
265	NC_022109	ACA	2	6	11610	11615	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352298
266	NC_022109	AAGAA	2	10	11802	11811	80 %	0 %	20 %	0 %	532352298
267	NC_022109	A	6	6	11817	11822	100 %	0 %	0 %	0 %	532352298
268	NC_022109	TA	3	6	11867	11872	50 %	50 %	0 %	0 %	532352298
269	NC_022109	T	6	6	11876	11881	0 %	100 %	0 %	0 %	532352298
270	NC_022109	TAC	2	6	11903	11908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352298
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272	NC_022109	TTC	2	6	11948	11953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352298
273	NC_022109	TTA	2	6	11964	11969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352298
274	NC_022109	AGA	2	6	12005	12010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352298
275	NC_022109	TAGTGA	2	12	12103	12114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352298
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306	NC_022109	AAG	2	6	13448	13453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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353	NC_022109	GCA	2	6	16134	16139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352302
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384	NC_022109	AG	3	6	17513	17518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
385	NC_022109	GA	3	6	17526	17531	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
386	NC_022109	GTT	2	6	17628	17633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
387	NC_022109	GA	3	6	17770	17775	50 %	0 %	50 %	0 %	532352303
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391	NC_022109	CAA	2	6	17907	17912	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352303
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400	NC_022109	GAA	2	6	18372	18377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
401	NC_022109	AAT	3	9	18436	18444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352304
402	NC_022109	CT	3	6	18448	18453	0 %	50 %	0 %	50 %	532352304
403	NC_022109	TCT	2	6	18464	18469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352304
404	NC_022109	TGCG	2	8	18524	18531	0 %	25 %	50 %	25 %	532352304
405	NC_022109	CTTT	2	8	18563	18570	0 %	75 %	0 %	25 %	532352304
406	NC_022109	TGC	2	6	18592	18597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352304
407	NC_022109	TC	3	6	18648	18653	0 %	50 %	0 %	50 %	532352304
408	NC_022109	GA	3	6	18663	18668	50 %	0 %	50 %	0 %	532352304
409	NC_022109	GA	3	6	18762	18767	50 %	0 %	50 %	0 %	532352304
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413	NC_022109	TGT	2	6	18922	18927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352304
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427	NC_022109	AG	4	8	19514	19521	50 %	0 %	50 %	0 %	532352304
428	NC_022109	TTTG	2	8	19534	19541	0 %	75 %	25 %	0 %	532352304
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437	NC_022109	T	6	6	19904	19909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NC_022109	TAA	2	6	19932	19937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352305
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443	NC_022109	TG	3	6	20118	20123	0 %	50 %	50 %	0 %	532352305
444	NC_022109	TCC	2	6	20202	20207	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352305
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453	NC_022109	AG	3	6	20514	20519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
454	NC_022109	A	6	6	20552	20557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
455	NC_022109	CCT	2	6	20563	20568	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
456	NC_022109	GGA	2	6	20609	20614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
457	NC_022109	AGA	3	9	20649	20657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
458	NC_022109	GA	3	6	20672	20677	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
459	NC_022109	TGG	2	6	20868	20873	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_022109	AGG	2	6	21013	21018	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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465	NC_022109	TCC	2	6	21242	21247	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
466	NC_022109	CT	3	6	21258	21263	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
467	NC_022109	CGCT	2	8	21266	21273	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
468	NC_022109	TTAA	2	8	21287	21294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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473	NC_022109	A	6	6	21509	21514	100 %	0 %	0 %	0 %	532352306
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489	NC_022109	AT	3	6	22509	22514	50 %	50 %	0 %	0 %	532352306
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