MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_022109	TCT	2	6	182358	182363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353132
4002	NC_022109	AGG	2	6	182412	182417	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353132
4003	NC_022109	GGA	2	6	182446	182451	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353132
4004	NC_022109	TTGAG	2	10	182491	182500	20 %	40 %	40 %	0 %	532353132
4005	NC_022109	GAATG	2	10	182516	182525	40 %	20 %	40 %	0 %	532353132
4006	NC_022109	CT	3	6	182566	182571	0 %	50 %	0 %	50 %	532353132
4007	NC_022109	TGA	2	6	182580	182585	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353132
4008	NC_022109	GA	4	8	182608	182615	50 %	0 %	50 %	0 %	532353132
4009	NC_022109	AAC	2	6	182663	182668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353132
4010	NC_022109	TGA	2	6	182682	182687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353132
4011	NC_022109	TGC	2	6	182718	182723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353132
4012	NC_022109	CCAG	2	8	182738	182745	25 %	0 %	25 %	50 %	532353132
4013	NC_022109	TTG	2	6	182747	182752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353132
4014	NC_022109	ACT	2	6	182757	182762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353132
4015	NC_022109	GAT	2	6	182786	182791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353132
4016	NC_022109	GA	3	6	182812	182817	50 %	0 %	50 %	0 %	532353132
4017	NC_022109	GCG	2	6	182820	182825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532353132
4018	NC_022109	ACT	2	6	182868	182873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4019	NC_022109	TAG	2	6	182902	182907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353133
4020	NC_022109	TCGC	2	8	183000	183007	0 %	25 %	25 %	50 %	532353133
4021	NC_022109	AGA	2	6	183011	183016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353133
4022	NC_022109	GCA	2	6	183020	183025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353133
4023	NC_022109	TA	3	6	183055	183060	50 %	50 %	0 %	0 %	532353133
4024	NC_022109	GAA	2	6	183090	183095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353133
4025	NC_022109	AGA	2	6	183129	183134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353133
4026	NC_022109	GA	3	6	183168	183173	50 %	0 %	50 %	0 %	532353133
4027	NC_022109	GTT	2	6	183185	183190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353133
4028	NC_022109	GTT	2	6	183220	183225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353133
4029	NC_022109	CTT	2	6	183228	183233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353133
4030	NC_022109	GA	3	6	183271	183276	50 %	0 %	50 %	0 %	532353133
4031	NC_022109	GTT	2	6	183282	183287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353133
4032	NC_022109	GAG	2	6	183303	183308	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353133
4033	NC_022109	GAA	2	6	183323	183328	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353133
4034	NC_022109	TTG	2	6	183334	183339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353133
4035	NC_022109	AGA	2	6	183466	183471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353133
4036	NC_022109	TGA	2	6	183488	183493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353133
4037	NC_022109	CAG	3	9	183561	183569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353133
4038	NC_022109	GTA	2	6	183604	183609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353133
4039	NC_022109	GTTG	2	8	183644	183651	0 %	50 %	50 %	0 %	532353133
4040	NC_022109	GGA	3	9	183659	183667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353133
4041	NC_022109	TC	3	6	183675	183680	0 %	50 %	0 %	50 %	532353133
4042	NC_022109	ATT	2	6	183694	183699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353133
4043	NC_022109	A	7	7	183724	183730	100 %	0 %	0 %	0 %	532353133
4044	NC_022109	T	8	8	183736	183743	0 %	100 %	0 %	0 %	532353133
4045	NC_022109	ATA	2	6	183786	183791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353133
4046	NC_022109	A	6	6	183791	183796	100 %	0 %	0 %	0 %	532353133
4047	NC_022109	TAT	2	6	183867	183872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4048	NC_022109	GA	3	6	183907	183912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4049	NC_022109	AGA	2	6	183949	183954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4050	NC_022109	TGT	2	6	184008	184013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352433
4051	NC_022109	TCT	3	9	184077	184085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352433
4052	NC_022109	TTTC	2	8	184150	184157	0 %	75 %	0 %	25 %	532352433
4053	NC_022109	CTG	2	6	184198	184203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352433
4054	NC_022109	GGA	2	6	184225	184230	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352433
4055	NC_022109	TAG	2	6	184250	184255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352433
4056	NC_022109	AGT	2	6	184380	184385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352433
4057	NC_022109	ATCG	2	8	184407	184414	25 %	25 %	25 %	25 %	532352433
4058	NC_022109	TCA	2	6	184490	184495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352434
4059	NC_022109	GGA	2	6	184505	184510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352434
4060	NC_022109	AGAGA	2	10	184598	184607	60 %	0 %	40 %	0 %	532352434
4061	NC_022109	GCA	2	6	184694	184699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352434
4062	NC_022109	TTA	2	6	184991	184996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352434
4063	NC_022109	GAA	2	6	185060	185065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352434
4064	NC_022109	ATA	2	6	185120	185125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352434
4065	NC_022109	TCTA	2	8	185161	185168	25 %	50 %	0 %	25 %	532352434
4066	NC_022109	GTT	2	6	185229	185234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4067	NC_022109	TGC	2	6	185362	185367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352435
4068	NC_022109	CA	3	6	185383	185388	50 %	0 %	0 %	50 %	532352435
4069	NC_022109	AGA	2	6	185498	185503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352435
4070	NC_022109	GTT	4	12	185627	185638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4071	NC_022109	T	6	6	185644	185649	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4072	NC_022109	T	7	7	185652	185658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4073	NC_022109	T	6	6	185664	185669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4074	NC_022109	T	7	7	185714	185720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4075	NC_022109	A	7	7	185736	185742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4076	NC_022109	T	6	6	185759	185764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4077	NC_022109	T	7	7	185854	185860	0 %	100 %	0 %	0 %	532352436
4078	NC_022109	TCT	2	6	185878	185883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4079	NC_022109	TG	3	6	185888	185893	0 %	50 %	50 %	0 %	532352436
4080	NC_022109	GTC	2	6	185979	185984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352436
4081	NC_022109	ATT	2	6	186049	186054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352436
4082	NC_022109	TCT	2	6	186068	186073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4083	NC_022109	CTT	2	6	186084	186089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4084	NC_022109	AAGC	2	8	186122	186129	50 %	0 %	25 %	25 %	532352436
4085	NC_022109	GAA	2	6	186152	186157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352436
4086	NC_022109	AAC	2	6	186229	186234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352436
4087	NC_022109	TA	3	6	186306	186311	50 %	50 %	0 %	0 %	532352436
4088	NC_022109	CTT	2	6	186327	186332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4089	NC_022109	TAG	2	6	186333	186338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352436
4090	NC_022109	CAT	2	6	186377	186382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352436
4091	NC_022109	T	6	6	186384	186389	0 %	100 %	0 %	0 %	532352436
4092	NC_022109	GCTT	2	8	186403	186410	0 %	50 %	25 %	25 %	532352436
4093	NC_022109	CAC	2	6	186435	186440	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352436
4094	NC_022109	GAA	2	6	186470	186475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352436
4095	NC_022109	AAG	2	6	186576	186581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352436
4096	NC_022109	TGT	2	6	186598	186603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352436
4097	NC_022109	ACGAT	2	10	186670	186679	40 %	20 %	20 %	20 %	532352436
4098	NC_022109	TTTA	2	8	186688	186695	25 %	75 %	0 %	0 %	532352436
4099	NC_022109	AAG	2	6	186699	186704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352436
4100	NC_022109	AGA	2	6	186784	186789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352436
4101	NC_022109	CTT	2	6	186821	186826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4102	NC_022109	A	6	6	186839	186844	100 %	0 %	0 %	0 %	532352436
4103	NC_022109	AGG	2	6	186867	186872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352436
4104	NC_022109	GCTT	2	8	186895	186902	0 %	50 %	25 %	25 %	532352436
4105	NC_022109	T	7	7	186901	186907	0 %	100 %	0 %	0 %	532352436
4106	NC_022109	A	6	6	186942	186947	100 %	0 %	0 %	0 %	532352436
4107	NC_022109	GCT	2	6	187031	187036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352436
4108	NC_022109	TTC	2	6	187210	187215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352436
4109	NC_022109	GCTT	2	8	187336	187343	0 %	50 %	25 %	25 %	532352436
4110	NC_022109	TAG	2	6	187374	187379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352436
4111	NC_022109	GAT	2	6	187412	187417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352436
4112	NC_022109	T	7	7	187417	187423	0 %	100 %	0 %	0 %	532352436
4113	NC_022109	TTA	2	6	187447	187452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352436
4114	NC_022109	ATC	2	6	187454	187459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352436
4115	NC_022109	CGATA	2	10	187482	187491	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4116	NC_022109	T	6	6	187495	187500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4117	NC_022109	TCC	2	6	187515	187520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4118	NC_022109	ACA	3	9	187521	187529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4119	NC_022109	AGT	2	6	187539	187544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4120	NC_022109	AAAC	2	8	187564	187571	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4121	NC_022109	TGC	2	6	187630	187635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4122	NC_022109	AGT	2	6	187698	187703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_022109	AGT	2	6	187721	187726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4124	NC_022109	TTG	2	6	187729	187734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_022109	TAT	2	6	187809	187814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4126	NC_022109	T	6	6	187828	187833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4127	NC_022109	GCA	2	6	187881	187886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4128	NC_022109	CTT	2	6	187896	187901	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4129	NC_022109	GGAC	2	8	187923	187930	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4130	NC_022109	AAG	2	6	188033	188038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4131	NC_022109	TTG	2	6	188055	188060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4132	NC_022109	CAT	2	6	188065	188070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4133	NC_022109	T	7	7	188104	188110	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4134	NC_022109	TAA	2	6	188183	188188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4135	NC_022109	TTG	2	6	188211	188216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4139	NC_022109	CAT	2	6	188429	188434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353134
4140	NC_022109	GGT	2	6	188476	188481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353134
4141	NC_022109	CCT	2	6	188537	188542	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353134
4142	NC_022109	CCT	2	6	188552	188557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353134
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4165	NC_022109	AAAG	2	8	189432	189439	75 %	0 %	25 %	0 %	532353135
4166	NC_022109	GAC	2	6	189447	189452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353135
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4229	NC_022109	GTT	2	6	192746	192751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4230	NC_022109	GCA	2	6	192799	192804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353138
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4234	NC_022109	ATT	2	6	192989	192994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4235	NC_022109	T	6	6	193005	193010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4236	NC_022109	AAACAT	2	12	193052	193063	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	532352438
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4240	NC_022109	CTC	2	6	193203	193208	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352438
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4243	NC_022109	ACA	2	6	193375	193380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352438
4244	NC_022109	AGCAAC	2	12	193387	193398	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532352438
4245	NC_022109	GTA	2	6	193427	193432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352438
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4247	NC_022109	T	6	6	193643	193648	0 %	100 %	0 %	0 %	532352438
4248	NC_022109	CAT	2	6	193760	193765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352438
4249	NC_022109	AATT	2	8	193788	193795	50 %	50 %	0 %	0 %	532352438
4250	NC_022109	GGA	2	6	193808	193813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352438
4251	NC_022109	TTC	2	6	193822	193827	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352438
4252	NC_022109	GCA	2	6	193838	193843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352438
4253	NC_022109	TCT	2	6	193891	193896	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352438
4254	NC_022109	ACTC	2	8	193925	193932	25 %	25 %	0 %	50 %	532352438
4255	NC_022109	GATTA	2	10	193944	193953	40 %	40 %	20 %	0 %	532352438
4256	NC_022109	T	6	6	194041	194046	0 %	100 %	0 %	0 %	532352438
4257	NC_022109	ATT	2	6	194069	194074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352438
4258	NC_022109	ATC	2	6	194192	194197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352438
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4263	NC_022109	TA	3	6	194497	194502	50 %	50 %	0 %	0 %	532352439
4264	NC_022109	CTA	2	6	194504	194509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352439
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4278	NC_022109	AAC	2	6	195044	195049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4279	NC_022109	ATA	2	6	195064	195069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4280	NC_022109	T	7	7	195089	195095	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4281	NC_022109	TGA	2	6	195199	195204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4288	NC_022109	AT	3	6	195539	195544	50 %	50 %	0 %	0 %	532353139
4289	NC_022109	ATT	2	6	195546	195551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353139
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4292	NC_022109	C	10	10	195761	195770	0 %	0 %	0 %	100 %	532353140
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4298	NC_022109	CTC	2	6	195973	195978	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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4303	NC_022109	TC	3	6	196211	196216	0 %	50 %	0 %	50 %	532353141
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4306	NC_022109	AACT	2	8	196339	196346	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4307	NC_022109	GAC	2	6	196355	196360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352440
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4309	NC_022109	TTTG	2	8	196448	196455	0 %	75 %	25 %	0 %	532352440
4310	NC_022109	AACA	2	8	196576	196583	75 %	0 %	0 %	25 %	532352440
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4312	NC_022109	AGAAA	2	10	196650	196659	80 %	0 %	20 %	0 %	532352440
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4314	NC_022109	A	7	7	196783	196789	100 %	0 %	0 %	0 %	532352440
4315	NC_022109	A	7	7	196814	196820	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4316	NC_022109	AG	3	6	196836	196841	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4317	NC_022109	AAT	2	6	196846	196851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4318	NC_022109	T	8	8	196866	196873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4319	NC_022109	T	6	6	196912	196917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4320	NC_022109	TAC	2	6	196956	196961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4322	NC_022109	A	6	6	197066	197071	100 %	0 %	0 %	0 %	532352441
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4336	NC_022109	T	6	6	197526	197531	0 %	100 %	0 %	0 %	532352441
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4350	NC_022109	GTT	2	6	198152	198157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352441
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4353	NC_022109	ATC	2	6	198291	198296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352441
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4355	NC_022109	GTT	2	6	198442	198447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352441
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4357	NC_022109	ACC	2	6	198477	198482	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352441
4358	NC_022109	TAT	2	6	198605	198610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4359	NC_022109	TGA	2	6	198681	198686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352442
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4362	NC_022109	AGA	2	6	198902	198907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352442
4363	NC_022109	TAA	2	6	198935	198940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352442
4364	NC_022109	CAAG	2	8	198974	198981	50 %	0 %	25 %	25 %	532352442
4365	NC_022109	CCT	2	6	199019	199024	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352442
4366	NC_022109	CT	3	6	199061	199066	0 %	50 %	0 %	50 %	532352443
4367	NC_022109	TCA	2	6	199072	199077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352443
4368	NC_022109	CCCA	2	8	199134	199141	25 %	0 %	0 %	75 %	532352443
4369	NC_022109	GCT	2	6	199175	199180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352443
4370	NC_022109	T	7	7	199307	199313	0 %	100 %	0 %	0 %	532352443
4371	NC_022109	AT	3	6	199342	199347	50 %	50 %	0 %	0 %	532352443
4372	NC_022109	TCTGGA	2	12	199351	199362	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532352443
4373	NC_022109	GCA	2	6	199402	199407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352443
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4375	NC_022109	T	6	6	199476	199481	0 %	100 %	0 %	0 %	532352443
4376	NC_022109	GAA	2	6	199501	199506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352443
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