MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022109	ATA	2	6	47115	47120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352328
1002	NC_022109	A	6	6	47296	47301	100 %	0 %	0 %	0 %	532352328
1003	NC_022109	GAA	2	6	47308	47313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352328
1004	NC_022109	ATGG	2	8	47357	47364	25 %	25 %	50 %	0 %	532352328
1005	NC_022109	AGGA	2	8	47388	47395	50 %	0 %	50 %	0 %	532352328
1006	NC_022109	GTT	2	6	47417	47422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352328
1007	NC_022109	GGT	2	6	47426	47431	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352328
1008	NC_022109	T	6	6	47435	47440	0 %	100 %	0 %	0 %	532352328
1009	NC_022109	ATA	2	6	47443	47448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352328
1010	NC_022109	AGA	2	6	47796	47801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352328
1011	NC_022109	CTG	2	6	47853	47858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352328
1012	NC_022109	GAA	2	6	47866	47871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352328
1013	NC_022109	GAAC	2	8	47935	47942	50 %	0 %	25 %	25 %	532352328
1014	NC_022109	AAGT	2	8	47970	47977	50 %	25 %	25 %	0 %	532352328
1015	NC_022109	TAA	2	6	47979	47984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352328
1016	NC_022109	GAA	2	6	47995	48000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352328
1017	NC_022109	GAAGA	2	10	48003	48012	60 %	0 %	40 %	0 %	532352328
1018	NC_022109	AG	3	6	48035	48040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_022109	TGT	2	6	48054	48059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1020	NC_022109	CTG	2	6	48089	48094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352329
1021	NC_022109	GAG	2	6	48095	48100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352329
1022	NC_022109	TCC	2	6	48108	48113	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352329
1023	NC_022109	AACA	2	8	48179	48186	75 %	0 %	0 %	25 %	532352329
1024	NC_022109	TAG	2	6	48296	48301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352329
1025	NC_022109	CCA	2	6	48316	48321	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352329
1026	NC_022109	AAC	2	6	48352	48357	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352329
1027	NC_022109	CTT	2	6	48376	48381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352329
1028	NC_022109	AAG	2	6	48405	48410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352329
1029	NC_022109	TTC	2	6	48441	48446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352329
1030	NC_022109	CAA	2	6	48476	48481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352329
1031	NC_022109	TAT	2	6	48494	48499	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352329
1032	NC_022109	T	6	6	48544	48549	0 %	100 %	0 %	0 %	532352329
1033	NC_022109	T	8	8	48600	48607	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_022109	GTC	2	6	48732	48737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1035	NC_022109	AAG	2	6	48754	48759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_022109	TAT	2	6	48783	48788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_022109	T	8	8	48877	48884	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_022109	A	6	6	48928	48933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_022109	T	6	6	49038	49043	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_022109	TGT	2	6	49045	49050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352330
1041	NC_022109	GAA	2	6	49086	49091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352330
1042	NC_022109	GTT	3	9	49116	49124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352330
1043	NC_022109	GTG	2	6	49172	49177	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352330
1044	NC_022109	AAC	2	6	49194	49199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352330
1045	NC_022109	GAA	2	6	49226	49231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352330
1046	NC_022109	TTC	2	6	49235	49240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352330
1047	NC_022109	TTG	2	6	49246	49251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352330
1048	NC_022109	CTTT	2	8	49260	49267	0 %	75 %	0 %	25 %	532352330
1049	NC_022109	GTAG	2	8	49278	49285	25 %	25 %	50 %	0 %	532352330
1050	NC_022109	TCT	2	6	49347	49352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352330
1051	NC_022109	GTC	2	6	49381	49386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352330
1052	NC_022109	AG	3	6	49387	49392	50 %	0 %	50 %	0 %	532352330
1053	NC_022109	AGA	2	6	49553	49558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_022109	CTATT	2	10	49582	49591	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
1055	NC_022109	AAG	2	6	49615	49620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_022109	TCT	2	6	49629	49634	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_022109	ACT	2	6	49670	49675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1058	NC_022109	T	7	7	49690	49696	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_022109	AAT	2	6	49705	49710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_022109	TGT	2	6	49727	49732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_022109	GCC	2	6	49774	49779	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1062	NC_022109	ATT	2	6	49823	49828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_022109	CAA	2	6	49842	49847	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1064	NC_022109	TTC	2	6	49916	49921	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352331
1065	NC_022109	GAA	2	6	49932	49937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352331
1066	NC_022109	AAG	2	6	49949	49954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352331
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1068	NC_022109	GAA	2	6	50016	50021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352331
1069	NC_022109	CTTTT	2	10	50033	50042	0 %	80 %	0 %	20 %	532352331
1070	NC_022109	CA	3	6	50053	50058	50 %	0 %	0 %	50 %	532352331
1071	NC_022109	A	6	6	50066	50071	100 %	0 %	0 %	0 %	532352331
1072	NC_022109	TTC	2	6	50075	50080	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352331
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1075	NC_022109	CTA	2	6	50141	50146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352331
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1078	NC_022109	GCA	2	6	50242	50247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1079	NC_022109	AGA	2	6	50370	50375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352331
1080	NC_022109	TGC	2	6	50451	50456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1081	NC_022109	A	6	6	50531	50536	100 %	0 %	0 %	0 %	532352331
1082	NC_022109	TTG	2	6	50542	50547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352331
1083	NC_022109	GCT	2	6	50548	50553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1084	NC_022109	GCT	2	6	50566	50571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1085	NC_022109	GGA	2	6	50665	50670	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352331
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1087	NC_022109	T	6	6	50744	50749	0 %	100 %	0 %	0 %	532352331
1088	NC_022109	GCA	2	6	50882	50887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1089	NC_022109	CAT	2	6	50958	50963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352331
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1091	NC_022109	T	6	6	51022	51027	0 %	100 %	0 %	0 %	532352331
1092	NC_022109	ACG	2	6	51035	51040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1093	NC_022109	TCA	2	6	51067	51072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352331
1094	NC_022109	TTCA	2	8	51128	51135	25 %	50 %	0 %	25 %	532352331
1095	NC_022109	GCA	2	6	51161	51166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352331
1096	NC_022109	AGA	2	6	51273	51278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352331
1097	NC_022109	GTT	2	6	51317	51322	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352331
1098	NC_022109	TG	4	8	51383	51390	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1099	NC_022109	TAA	2	6	51400	51405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_022109	T	6	6	51424	51429	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1101	NC_022109	AGT	3	9	51468	51476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1102	NC_022109	GCA	2	6	51524	51529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1103	NC_022109	CTG	2	6	51539	51544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1104	NC_022109	GTA	2	6	51556	51561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352332
1105	NC_022109	AAG	2	6	51577	51582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352332
1106	NC_022109	A	6	6	51592	51597	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1107	NC_022109	AAG	2	6	51622	51627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352332
1108	NC_022109	A	7	7	51652	51658	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1109	NC_022109	AGC	2	6	51663	51668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1110	NC_022109	A	6	6	51700	51705	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1111	NC_022109	AAG	2	6	51730	51735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352332
1112	NC_022109	A	7	7	51760	51766	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1113	NC_022109	AGC	2	6	51771	51776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1114	NC_022109	AAG	2	6	51838	51843	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352332
1115	NC_022109	A	7	7	51868	51874	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1116	NC_022109	AGC	2	6	51879	51884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1117	NC_022109	CAA	2	6	51914	51919	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352332
1118	NC_022109	A	7	7	51918	51924	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1119	NC_022109	A	6	6	51958	51963	100 %	0 %	0 %	0 %	532352332
1120	NC_022109	GCT	2	6	51994	51999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352332
1121	NC_022109	CAA	2	6	52078	52083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352332
1122	NC_022109	GAT	2	6	52121	52126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1123	NC_022109	T	6	6	52165	52170	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_022109	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_022109	AAG	2	6	52199	52204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_022109	AAT	2	6	52226	52231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_022109	ATT	2	6	52238	52243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_022109	CTA	2	6	52296	52301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352333
1129	NC_022109	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	532352333
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1146	NC_022109	TCT	2	6	53312	53317	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1149	NC_022109	GA	3	6	53368	53373	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1150	NC_022109	TAG	2	6	53401	53406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1151	NC_022109	GTG	2	6	53416	53421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1155	NC_022109	AAG	2	6	53538	53543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1165	NC_022109	A	7	7	54112	54118	100 %	0 %	0 %	0 %	532352334
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1261	NC_022109	TGA	2	6	57993	57998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1262	NC_022109	TGT	2	6	58065	58070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1396	NC_022109	TCC	2	6	64085	64090	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352338
1397	NC_022109	CTT	2	6	64135	64140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352338
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1401	NC_022109	TAC	2	6	64422	64427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352338
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1493	NC_022109	TA	3	6	69178	69183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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