MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022109	GGTT	2	8	23092	23099	0 %	50 %	50 %	0 %	532352306
502	NC_022109	TGC	2	6	23118	23123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352306
503	NC_022109	ATT	2	6	23170	23175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352306
504	NC_022109	AAT	2	6	23212	23217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352306
505	NC_022109	TTG	2	6	23275	23280	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352306
506	NC_022109	TTCT	2	8	23462	23469	0 %	75 %	0 %	25 %	532352306
507	NC_022109	TGC	2	6	23526	23531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352306
508	NC_022109	TAAC	2	8	23564	23571	50 %	25 %	0 %	25 %	532352306
509	NC_022109	GCA	2	6	23632	23637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352306
510	NC_022109	CATT	2	8	23687	23694	25 %	50 %	0 %	25 %	532352306
511	NC_022109	AGA	2	6	23706	23711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352306
512	NC_022109	GAG	2	6	23729	23734	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352306
513	NC_022109	TTC	2	6	23792	23797	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352306
514	NC_022109	GGAAA	2	10	23805	23814	60 %	0 %	40 %	0 %	532352306
515	NC_022109	GA	3	6	23828	23833	50 %	0 %	50 %	0 %	532352306
516	NC_022109	GA	3	6	23920	23925	50 %	0 %	50 %	0 %	532352306
517	NC_022109	AGG	2	6	23927	23932	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352306
518	NC_022109	GAA	2	6	24051	24056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352306
519	NC_022109	GGTA	2	8	24057	24064	25 %	25 %	50 %	0 %	532352306
520	NC_022109	GTT	2	6	24145	24150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352306
521	NC_022109	CTT	2	6	24239	24244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352306
522	NC_022109	AG	3	6	24301	24306	50 %	0 %	50 %	0 %	532352306
523	NC_022109	TAA	2	6	24312	24317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352306
524	NC_022109	GAA	2	6	24332	24337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352306
525	NC_022109	AAG	2	6	24473	24478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352306
526	NC_022109	A	7	7	24558	24564	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
527	NC_022109	TTA	2	6	24571	24576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_022109	T	9	9	24586	24594	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
529	NC_022109	T	6	6	24618	24623	0 %	100 %	0 %	0 %	532352307
530	NC_022109	AGA	2	6	24745	24750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352307
531	NC_022109	TAA	2	6	24877	24882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352307
532	NC_022109	GGA	3	9	24909	24917	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352307
533	NC_022109	GAT	2	6	24954	24959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352307
534	NC_022109	TTCG	2	8	25197	25204	0 %	50 %	25 %	25 %	532352307
535	NC_022109	TAGG	2	8	25276	25283	25 %	25 %	50 %	0 %	532352307
536	NC_022109	TGT	2	6	25367	25372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352307
537	NC_022109	TTA	2	6	25377	25382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352307
538	NC_022109	TTCC	2	8	25400	25407	0 %	50 %	0 %	50 %	532352307
539	NC_022109	TAG	2	6	25438	25443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352307
540	NC_022109	GTGAGG	2	12	25472	25483	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	532352307
541	NC_022109	TAGG	2	8	25514	25521	25 %	25 %	50 %	0 %	532352307
542	NC_022109	AGAGG	2	10	25530	25539	40 %	0 %	60 %	0 %	532352307
543	NC_022109	AGC	2	6	25556	25561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352307
544	NC_022109	T	6	6	25565	25570	0 %	100 %	0 %	0 %	532352307
545	NC_022109	T	6	6	25596	25601	0 %	100 %	0 %	0 %	532352307
546	NC_022109	AAG	2	6	25702	25707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352307
547	NC_022109	GA	3	6	25718	25723	50 %	0 %	50 %	0 %	532352307
548	NC_022109	GT	3	6	25738	25743	0 %	50 %	50 %	0 %	532352307
549	NC_022109	TA	3	6	25940	25945	50 %	50 %	0 %	0 %	532352307
550	NC_022109	T	6	6	25949	25954	0 %	100 %	0 %	0 %	532352307
551	NC_022109	GAT	2	6	25961	25966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352307
552	NC_022109	TGT	2	6	26096	26101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352307
553	NC_022109	TAG	2	6	26134	26139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352307
554	NC_022109	A	6	6	26193	26198	100 %	0 %	0 %	0 %	532352307
555	NC_022109	GCA	2	6	26208	26213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352307
556	NC_022109	T	6	6	26269	26274	0 %	100 %	0 %	0 %	532352307
557	NC_022109	GCTT	2	8	26286	26293	0 %	50 %	25 %	25 %	532352307
558	NC_022109	CTT	2	6	26356	26361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352307
559	NC_022109	GA	3	6	26386	26391	50 %	0 %	50 %	0 %	532352307
560	NC_022109	GAA	2	6	26421	26426	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352307
561	NC_022109	GAA	2	6	26428	26433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352307
562	NC_022109	CGA	2	6	26436	26441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352307
563	NC_022109	GA	3	6	26510	26515	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
564	NC_022109	CT	3	6	26517	26522	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
565	NC_022109	ACT	2	6	26525	26530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
566	NC_022109	A	6	6	26541	26546	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
567	NC_022109	T	7	7	26553	26559	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
568	NC_022109	AGG	3	9	26694	26702	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
569	NC_022109	TAA	2	6	26730	26735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
570	NC_022109	AT	3	6	26803	26808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
571	NC_022109	T	7	7	26816	26822	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
572	NC_022109	GAA	2	6	26834	26839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
573	NC_022109	GGAA	2	8	26869	26876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
574	NC_022109	TTAA	2	8	26938	26945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
575	NC_022109	AAAG	2	8	26988	26995	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
576	NC_022109	GA	3	6	27013	27018	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
577	NC_022109	T	7	7	27087	27093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
578	NC_022109	TTC	2	6	27118	27123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
579	NC_022109	CTA	2	6	27137	27142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
580	NC_022109	T	8	8	27144	27151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
581	NC_022109	GAA	2	6	27202	27207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
582	NC_022109	GGGC	2	8	27268	27275	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
583	NC_022109	T	6	6	27284	27289	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
584	NC_022109	TGA	2	6	27297	27302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
585	NC_022109	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
586	NC_022109	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
587	NC_022109	A	7	7	27355	27361	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_022109	AAG	2	6	27372	27377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
589	NC_022109	T	6	6	27392	27397	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
590	NC_022109	A	8	8	27489	27496	100 %	0 %	0 %	0 %	532352308
591	NC_022109	TTC	2	6	27533	27538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352308
592	NC_022109	GTTT	2	8	27551	27558	0 %	75 %	25 %	0 %	532352308
593	NC_022109	CAGA	2	8	27573	27580	50 %	0 %	25 %	25 %	532352308
594	NC_022109	TTC	2	6	27651	27656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352308
595	NC_022109	AAG	2	6	27666	27671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352308
596	NC_022109	TTC	2	6	27766	27771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352308
597	NC_022109	AAG	2	6	27780	27785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352308
598	NC_022109	AAG	2	6	27798	27803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352308
599	NC_022109	A	6	6	27804	27809	100 %	0 %	0 %	0 %	532352308
600	NC_022109	T	7	7	27863	27869	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
601	NC_022109	TAA	2	6	27874	27879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
602	NC_022109	TC	3	6	27881	27886	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
603	NC_022109	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
604	NC_022109	AG	3	6	27964	27969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
605	NC_022109	AGA	2	6	27986	27991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
606	NC_022109	GAA	2	6	28036	28041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352309
607	NC_022109	ATCCG	2	10	28056	28065	20 %	20 %	20 %	40 %	532352309
608	NC_022109	TTC	2	6	28169	28174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352309
609	NC_022109	TAG	2	6	28217	28222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352309
610	NC_022109	AGA	2	6	28230	28235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352309
611	NC_022109	GAT	3	9	28312	28320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352309
612	NC_022109	GAG	2	6	28355	28360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352309
613	NC_022109	TG	3	6	28387	28392	0 %	50 %	50 %	0 %	532352309
614	NC_022109	GCA	2	6	28411	28416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352309
615	NC_022109	TC	3	6	28440	28445	0 %	50 %	0 %	50 %	532352309
616	NC_022109	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532352309
617	NC_022109	TTC	2	6	28610	28615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352309
618	NC_022109	CAG	2	6	28622	28627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352309
619	NC_022109	GAA	2	6	28636	28641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352309
620	NC_022109	TGA	2	6	28650	28655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352309
621	NC_022109	TTC	2	6	28683	28688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352309
622	NC_022109	GC	4	8	28854	28861	0 %	0 %	50 %	50 %	532352309
623	NC_022109	AAG	2	6	28862	28867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352309
624	NC_022109	TA	3	6	28976	28981	50 %	50 %	0 %	0 %	532352309
625	NC_022109	GAA	2	6	29065	29070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352309
626	NC_022109	TGT	2	6	29097	29102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352310
627	NC_022109	TCT	2	6	29165	29170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352310
628	NC_022109	ACA	2	6	29393	29398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352310
629	NC_022109	ATG	2	6	29403	29408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352310
630	NC_022109	CTTT	2	8	29545	29552	0 %	75 %	0 %	25 %	532352310
631	NC_022109	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310
632	NC_022109	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310
633	NC_022109	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532352310
634	NC_022109	T	6	6	29630	29635	0 %	100 %	0 %	0 %	532352310
635	NC_022109	ATC	2	6	29709	29714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352310
636	NC_022109	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532352310
637	NC_022109	T	8	8	29864	29871	0 %	100 %	0 %	0 %	532352310
638	NC_022109	ATG	2	6	29889	29894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352310
639	NC_022109	GA	3	6	29927	29932	50 %	0 %	50 %	0 %	532352310
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644	NC_022109	TCT	2	6	30181	30186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352311
645	NC_022109	ACT	2	6	30271	30276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352311
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650	NC_022109	T	6	6	30405	30410	0 %	100 %	0 %	0 %	532352311
651	NC_022109	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532352311
652	NC_022109	GGC	2	6	30441	30446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352311
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655	NC_022109	TAG	2	6	30542	30547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352311
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669	NC_022109	GA	3	6	31223	31228	50 %	0 %	50 %	0 %	532352311
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672	NC_022109	TGT	2	6	31313	31318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352312
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674	NC_022109	T	6	6	31432	31437	0 %	100 %	0 %	0 %	532352312
675	NC_022109	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532352312
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677	NC_022109	A	6	6	31558	31563	100 %	0 %	0 %	0 %	532352312
678	NC_022109	TGC	2	6	31586	31591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352312
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751	NC_022109	ATA	2	6	35581	35586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352318
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754	NC_022109	GGATTT	2	12	35945	35956	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532352318
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759	NC_022109	AGAT	2	8	36257	36264	50 %	25 %	25 %	0 %	532352318
760	NC_022109	T	6	6	36288	36293	0 %	100 %	0 %	0 %	532352318
761	NC_022109	ATT	2	6	36332	36337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352318
762	NC_022109	GA	3	6	36378	36383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
763	NC_022109	T	9	9	36412	36420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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