MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_022109	ACA	2	6	251225	251230	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352489
5502	NC_022109	CTC	2	6	251244	251249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352489
5503	NC_022109	CAA	2	6	251288	251293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5504	NC_022109	AG	3	6	251333	251338	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5505	NC_022109	A	8	8	251339	251346	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5506	NC_022109	AAG	2	6	251357	251362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5507	NC_022109	CAT	4	12	251407	251418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352490
5508	NC_022109	TTA	2	6	251553	251558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352490
5509	NC_022109	CTC	2	6	251584	251589	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352490
5510	NC_022109	AGT	2	6	251608	251613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352490
5511	NC_022109	GCAG	2	8	251655	251662	25 %	0 %	50 %	25 %	532352490
5512	NC_022109	TCTT	2	8	251672	251679	0 %	75 %	0 %	25 %	532352490
5513	NC_022109	C	7	7	251684	251690	0 %	0 %	0 %	100 %	532352490
5514	NC_022109	AGA	2	6	251700	251705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352490
5515	NC_022109	ACA	2	6	251732	251737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352490
5516	NC_022109	TC	3	6	251774	251779	0 %	50 %	0 %	50 %	532352490
5517	NC_022109	TTG	2	6	251831	251836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352490
5518	NC_022109	TCT	2	6	251853	251858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352490
5519	NC_022109	CAA	2	6	251910	251915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352490
5520	NC_022109	AGA	3	9	251983	251991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352490
5521	NC_022109	GGC	2	6	251994	251999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352490
5522	NC_022109	ACA	2	6	252024	252029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352490
5523	NC_022109	CAC	2	6	252031	252036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352490
5524	NC_022109	CAG	2	6	252037	252042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352490
5525	NC_022109	T	8	8	252106	252113	0 %	100 %	0 %	0 %	532352490
5526	NC_022109	TCC	2	6	252197	252202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352490
5527	NC_022109	GAAA	2	8	252218	252225	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5528	NC_022109	T	7	7	252239	252245	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5529	NC_022109	GCAG	2	8	252267	252274	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5530	NC_022109	AGAA	2	8	252300	252307	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5531	NC_022109	AG	3	6	252342	252347	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5532	NC_022109	TAT	2	6	252365	252370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5533	NC_022109	ACA	2	6	252406	252411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5534	NC_022109	A	6	6	252455	252460	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5535	NC_022109	TTG	2	6	252635	252640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352491
5536	NC_022109	TCT	2	6	252657	252662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352491
5537	NC_022109	TC	3	6	252704	252709	0 %	50 %	0 %	50 %	532352491
5538	NC_022109	T	7	7	252740	252746	0 %	100 %	0 %	0 %	532352491
5539	NC_022109	CCA	2	6	252753	252758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352491
5540	NC_022109	AAC	2	6	252806	252811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352491
5541	NC_022109	AATA	2	8	252860	252867	75 %	25 %	0 %	0 %	532352491
5542	NC_022109	GCT	2	6	252870	252875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352491
5543	NC_022109	ACA	2	6	252935	252940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352491
5544	NC_022109	CCA	2	6	252967	252972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352491
5545	NC_022109	CAA	2	6	253015	253020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352491
5546	NC_022109	CCCA	2	8	253123	253130	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
5547	NC_022109	CTT	2	6	253252	253257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352492
5548	NC_022109	AAT	2	6	253331	253336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352492
5549	NC_022109	CTC	2	6	253342	253347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352492
5550	NC_022109	ACT	2	6	253350	253355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352492
5551	NC_022109	GAA	2	6	253368	253373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352492
5552	NC_022109	CTC	2	6	253399	253404	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352492
5553	NC_022109	GCAA	2	8	253413	253420	50 %	0 %	25 %	25 %	532352492
5554	NC_022109	AAC	2	6	253430	253435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352492
5555	NC_022109	GTT	2	6	253475	253480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352492
5556	NC_022109	AAC	2	6	253514	253519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5557	NC_022109	A	6	6	253528	253533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5558	NC_022109	TAA	2	6	253579	253584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5559	NC_022109	TTC	2	6	253597	253602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5560	NC_022109	T	7	7	253638	253644	0 %	100 %	0 %	0 %	532352493
5561	NC_022109	AGCA	2	8	253675	253682	50 %	0 %	25 %	25 %	532352493
5562	NC_022109	CTT	2	6	253692	253697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352493
5563	NC_022109	TCT	3	9	253703	253711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352493
5564	NC_022109	GATAA	2	10	253731	253740	60 %	20 %	20 %	0 %	532352493
5565	NC_022109	TCG	2	6	253797	253802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352493
5566	NC_022109	CATA	2	8	253818	253825	50 %	25 %	0 %	25 %	532352493
5567	NC_022109	TCC	2	6	253837	253842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352493
5568	NC_022109	TAA	2	6	253870	253875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352493
5569	NC_022109	AG	3	6	253895	253900	50 %	0 %	50 %	0 %	532352493
5570	NC_022109	A	6	6	253914	253919	100 %	0 %	0 %	0 %	532352493
5571	NC_022109	AGA	2	6	253925	253930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352493
5572	NC_022109	CAC	2	6	253932	253937	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352493
5573	NC_022109	CAA	2	6	253978	253983	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352493
5574	NC_022109	GTA	2	6	254000	254005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352493
5575	NC_022109	ACA	2	6	254059	254064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352493
5576	NC_022109	A	8	8	254099	254106	100 %	0 %	0 %	0 %	532352493
5577	NC_022109	TA	3	6	254148	254153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5578	NC_022109	CCAA	2	8	254183	254190	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5579	NC_022109	A	7	7	254207	254213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5580	NC_022109	TAT	2	6	254226	254231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5581	NC_022109	TTCA	2	8	254258	254265	25 %	50 %	0 %	25 %	532352494
5582	NC_022109	AGA	2	6	254294	254299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352494
5583	NC_022109	TGTT	2	8	254332	254339	0 %	75 %	25 %	0 %	532352494
5584	NC_022109	CGA	2	6	254453	254458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352494
5585	NC_022109	GCAAA	2	10	254465	254474	60 %	0 %	20 %	20 %	532352494
5586	NC_022109	AATA	2	8	254551	254558	75 %	25 %	0 %	0 %	532352494
5587	NC_022109	A	6	6	254617	254622	100 %	0 %	0 %	0 %	532352494
5588	NC_022109	A	7	7	254648	254654	100 %	0 %	0 %	0 %	532352494
5589	NC_022109	ATA	2	6	254661	254666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5590	NC_022109	AACCCT	2	12	254707	254718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
5591	NC_022109	AAAC	2	8	254781	254788	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5592	NC_022109	AAG	2	6	254905	254910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5593	NC_022109	AGC	2	6	254939	254944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352495
5594	NC_022109	CAAT	2	8	255045	255052	50 %	25 %	0 %	25 %	532352495
5595	NC_022109	TTA	2	6	255117	255122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352495
5596	NC_022109	CTTCT	2	10	255149	255158	0 %	60 %	0 %	40 %	532352495
5597	NC_022109	T	6	6	255192	255197	0 %	100 %	0 %	0 %	532352495
5598	NC_022109	CA	3	6	255251	255256	50 %	0 %	0 %	50 %	532352495
5599	NC_022109	AAT	2	6	255266	255271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352495
5600	NC_022109	GCA	2	6	255276	255281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352495
5601	NC_022109	ACA	2	6	255342	255347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352495
5602	NC_022109	TTG	2	6	255406	255411	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352495
5603	NC_022109	AGA	2	6	255461	255466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352495
5604	NC_022109	TAG	2	6	255481	255486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352495
5605	NC_022109	ATTTTT	2	12	255502	255513	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	532352495
5606	NC_022109	GAG	2	6	255630	255635	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5607	NC_022109	ATT	2	6	255642	255647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5608	NC_022109	T	6	6	255646	255651	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5609	NC_022109	ACG	2	6	255652	255657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5610	NC_022109	CCTGCA	2	12	255663	255674	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	532352496
5611	NC_022109	CTG	2	6	255720	255725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5612	NC_022109	TTG	2	6	255751	255756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352496
5613	NC_022109	TCTG	2	8	255776	255783	0 %	50 %	25 %	25 %	532352496
5614	NC_022109	TCC	2	6	255806	255811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352496
5615	NC_022109	TTC	2	6	255862	255867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352496
5616	NC_022109	CTTA	2	8	255883	255890	25 %	50 %	0 %	25 %	532352496
5617	NC_022109	CGA	2	6	255896	255901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5618	NC_022109	TTC	2	6	255943	255948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352496
5619	NC_022109	ACG	2	6	256003	256008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5620	NC_022109	AACC	2	8	256047	256054	50 %	0 %	0 %	50 %	532352496
5621	NC_022109	CAG	2	6	256071	256076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5622	NC_022109	AAG	2	6	256080	256085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352496
5623	NC_022109	CTG	2	6	256104	256109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5624	NC_022109	GCT	2	6	256232	256237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352496
5625	NC_022109	ATTT	2	8	256289	256296	25 %	75 %	0 %	0 %	532352496
5626	NC_022109	TAT	2	6	256334	256339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5627	NC_022109	ATA	2	6	256343	256348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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