MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/2-93 genome

Total Repeats: 751

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022106	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	532349510
2	NC_022106	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	532349511
3	NC_022106	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	532349511
4	NC_022106	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	532349511
5	NC_022106	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	532349511
6	NC_022106	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	532349512
7	NC_022106	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022106	TGGTA	2	10	7690	7699	20 %	40 %	40 %	0 %	532349514
9	NC_022106	CGAAA	2	10	9098	9107	60 %	0 %	20 %	20 %	532349515
10	NC_022106	GGCTG	2	10	9734	9743	0 %	20 %	60 %	20 %	532349516
11	NC_022106	CCTCT	2	10	10526	10535	0 %	40 %	0 %	60 %	532349517
12	NC_022106	AAAGG	2	10	10685	10694	60 %	0 %	40 %	0 %	532349517
13	NC_022106	AAGAA	2	10	11805	11814	80 %	0 %	20 %	0 %	532349518
14	NC_022106	AAAGA	2	10	13203	13212	80 %	0 %	20 %	0 %	532349519
15	NC_022106	GGTGT	2	10	13307	13316	0 %	40 %	60 %	0 %	532349519
16	NC_022106	GATTT	2	10	15050	15059	20 %	60 %	20 %	0 %	532349521
17	NC_022106	CGTTC	2	10	16161	16170	0 %	40 %	20 %	40 %	532349522
18	NC_022106	GCTTC	2	10	16534	16543	0 %	40 %	20 %	40 %	532349522
19	NC_022106	GAAGG	2	10	16905	16914	40 %	0 %	60 %	0 %	532349522
20	NC_022106	GTTGT	2	10	20331	20340	0 %	60 %	40 %	0 %	532349525
21	NC_022106	AAGAT	2	10	21443	21452	60 %	20 %	20 %	0 %	532349526
22	NC_022106	TTTGC	2	10	22054	22063	0 %	60 %	20 %	20 %	532349526
23	NC_022106	GGAAA	2	10	23808	23817	60 %	0 %	40 %	0 %	532349526
24	NC_022106	AGAGG	2	10	25534	25543	40 %	0 %	60 %	0 %	532349527
25	NC_022106	GGAGA	2	10	27313	27322	40 %	0 %	60 %	0 %	532349528
26	NC_022106	ATCCG	2	10	28064	28073	20 %	20 %	20 %	40 %	532349530
27	NC_022106	AGGGT	2	10	28582	28591	20 %	20 %	60 %	0 %	532349530
28	NC_022106	CCTAT	2	10	29622	29631	20 %	40 %	0 %	40 %	532349531
29	NC_022106	AAGGA	2	10	30422	30431	60 %	0 %	40 %	0 %	532349532
30	NC_022106	GAGCT	2	10	31461	31470	20 %	20 %	40 %	20 %	532349533
31	NC_022106	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022106	TCAGT	2	10	35701	35710	20 %	40 %	20 %	20 %	532349539
33	NC_022106	CTATT	2	10	36135	36144	20 %	60 %	0 %	20 %	532349539
34	NC_022106	TCCTA	2	10	36182	36191	20 %	40 %	0 %	40 %	532349539
35	NC_022106	ACGAT	2	10	38098	38107	40 %	20 %	20 %	20 %	532349540
36	NC_022106	TTTGA	2	10	38463	38472	20 %	60 %	20 %	0 %	532349540
37	NC_022106	AGCAA	2	10	42114	42123	60 %	0 %	20 %	20 %	532349543
38	NC_022106	CGATG	2	10	42171	42180	20 %	20 %	40 %	20 %	532349543
39	NC_022106	TGCAA	2	10	42329	42338	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022106	CAAAA	2	10	42647	42656	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022106	TTTAT	2	10	44244	44253	20 %	80 %	0 %	0 %	532349547
42	NC_022106	CTTTC	2	10	46341	46350	0 %	60 %	0 %	40 %	532349549
43	NC_022106	AGTTT	2	10	46880	46889	20 %	60 %	20 %	0 %	532349549
44	NC_022106	GAAGA	2	10	48013	48022	60 %	0 %	40 %	0 %	532349549
45	NC_022106	CTATT	2	10	49592	49601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022106	CTTTT	2	10	50043	50052	0 %	80 %	0 %	20 %	532349552
47	NC_022106	ATTAA	2	10	51383	51392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022106	CCGTA	2	10	53926	53935	20 %	20 %	20 %	40 %	532349555
49	NC_022106	AATTT	2	10	54166	54175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022106	TTATC	2	10	55335	55344	20 %	60 %	0 %	20 %	532349556
51	NC_022106	TGAGT	2	10	55356	55365	20 %	40 %	40 %	0 %	532349556
52	NC_022106	GTTGT	2	10	56403	56412	0 %	60 %	40 %	0 %	532350348
53	NC_022106	GAGCA	2	10	59851	59860	40 %	0 %	40 %	20 %	532349557
54	NC_022106	TGTGA	2	10	62300	62309	20 %	40 %	40 %	0 %	532349559
55	NC_022106	AGTGA	2	10	63821	63830	40 %	20 %	40 %	0 %	532349560
56	NC_022106	CCTTC	2	10	64095	64104	0 %	40 %	0 %	60 %	532349560
57	NC_022106	AGGAG	2	10	66323	66332	40 %	0 %	60 %	0 %	532349562
58	NC_022106	GTTAA	2	10	66453	66462	40 %	40 %	20 %	0 %	532349562
59	NC_022106	AAAAG	2	10	69079	69088	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022106	GGAGC	2	10	69701	69710	20 %	0 %	60 %	20 %	532349565
61	NC_022106	GCGAT	2	10	69891	69900	20 %	20 %	40 %	20 %	532349565
62	NC_022106	CTCTT	2	10	70245	70254	0 %	60 %	0 %	40 %	532349565
63	NC_022106	AGGGG	2	10	70891	70900	20 %	0 %	80 %	0 %	532349565
64	NC_022106	AAGAA	2	10	70933	70942	80 %	0 %	20 %	0 %	532349565
65	NC_022106	CTTGC	2	10	72022	72031	0 %	40 %	20 %	40 %	532350351
66	NC_022106	ATTGG	2	10	72223	72232	20 %	40 %	40 %	0 %	532349567
67	NC_022106	GAAAA	2	10	73295	73304	80 %	0 %	20 %	0 %	532349567
68	NC_022106	TGGGA	2	10	73712	73721	20 %	20 %	60 %	0 %	532349568
69	NC_022106	TATTT	2	10	76239	76248	20 %	80 %	0 %	0 %	532349569
70	NC_022106	AAAAG	2	10	76772	76781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022106	ATCAA	2	10	78470	78479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022106	TGTCT	2	10	80033	80042	0 %	60 %	20 %	20 %	532349572
73	NC_022106	TTACT	2	10	80540	80549	20 %	60 %	0 %	20 %	532349572
74	NC_022106	AGAAA	2	10	81930	81939	80 %	0 %	20 %	0 %	532349574
75	NC_022106	GGAAG	2	10	82443	82452	40 %	0 %	60 %	0 %	532349574
76	NC_022106	AGCGA	2	10	84909	84918	40 %	0 %	40 %	20 %	532349576
77	NC_022106	TTTGT	2	10	85208	85217	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022106	GATCC	2	10	85994	86003	20 %	20 %	20 %	40 %	532349577
79	NC_022106	AGAGC	2	10	87329	87338	40 %	0 %	40 %	20 %	532350353
80	NC_022106	AATAA	2	10	88207	88216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022106	TTTTC	2	10	91061	91070	0 %	80 %	0 %	20 %	532349580
82	NC_022106	GGATG	2	10	91321	91330	20 %	20 %	60 %	0 %	532349581
83	NC_022106	CAACA	2	10	92860	92869	60 %	0 %	0 %	40 %	532349582
84	NC_022106	TTTAA	2	10	93743	93752	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022106	ACAGC	2	10	93904	93913	40 %	0 %	20 %	40 %	532349584
86	NC_022106	CTTTT	2	10	94278	94287	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022106	GGAAC	2	10	94617	94626	40 %	0 %	40 %	20 %	532349585
88	NC_022106	GGATT	2	10	95517	95526	20 %	40 %	40 %	0 %	532349585
89	NC_022106	CAATC	2	10	96619	96628	40 %	20 %	0 %	40 %	532349587
90	NC_022106	TTTGC	2	10	96753	96762	0 %	60 %	20 %	20 %	532349587
91	NC_022106	ATTCA	2	10	97017	97026	40 %	40 %	0 %	20 %	532349587
92	NC_022106	GATCC	2	10	97276	97285	20 %	20 %	20 %	40 %	532349587
93	NC_022106	GTTTT	2	10	97697	97706	0 %	80 %	20 %	0 %	532349587
94	NC_022106	ACAAA	2	10	97824	97833	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022106	AAGCT	2	10	98900	98909	40 %	20 %	20 %	20 %	532349588
96	NC_022106	AGGGG	2	10	99259	99268	20 %	0 %	80 %	0 %	532349588
97	NC_022106	ATAGC	2	10	99958	99967	40 %	20 %	20 %	20 %	532349589
98	NC_022106	AGCGA	2	10	102886	102895	40 %	0 %	40 %	20 %	532349592
99	NC_022106	TTTCT	2	10	103244	103253	0 %	80 %	0 %	20 %	532349592
100	NC_022106	ATCAT	2	10	104450	104459	40 %	40 %	0 %	20 %	532349593
101	NC_022106	GGCAT	2	10	105158	105167	20 %	20 %	40 %	20 %	532349593
102	NC_022106	AAAGC	2	10	108884	108893	60 %	0 %	20 %	20 %	532349596
103	NC_022106	GCATT	2	10	110044	110053	20 %	40 %	20 %	20 %	532349597
104	NC_022106	GCTCT	2	10	114097	114106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_022106	TGTTT	2	10	114721	114730	0 %	80 %	20 %	0 %	532349599
106	NC_022106	CATGT	2	10	115099	115108	20 %	40 %	20 %	20 %	532349599
107	NC_022106	TATCG	2	10	115803	115812	20 %	40 %	20 %	20 %	532349599
108	NC_022106	TTTCT	2	10	116319	116328	0 %	80 %	0 %	20 %	532349600
109	NC_022106	AAAGA	2	10	118564	118573	80 %	0 %	20 %	0 %	532349602
110	NC_022106	GCTTC	2	10	122554	122563	0 %	40 %	20 %	40 %	532349605
111	NC_022106	TACAA	2	10	126342	126351	60 %	20 %	0 %	20 %	532349609
112	NC_022106	ATCCA	2	10	128750	128759	40 %	20 %	0 %	40 %	532349612
113	NC_022106	GAAGA	2	10	130300	130309	60 %	0 %	40 %	0 %	532349612
114	NC_022106	AAAAG	2	10	132213	132222	80 %	0 %	20 %	0 %	532349613
115	NC_022106	GATTC	2	10	132544	132553	20 %	40 %	20 %	20 %	532349613
116	NC_022106	ATTGG	2	10	135829	135838	20 %	40 %	40 %	0 %	532349616
117	NC_022106	TGTTT	2	10	136288	136297	0 %	80 %	20 %	0 %	532349617
118	NC_022106	TTGCA	2	10	137078	137087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_022106	TCCAG	2	10	140034	140043	20 %	20 %	20 %	40 %	532349622
120	NC_022106	GTACA	2	10	140765	140774	40 %	20 %	20 %	20 %	532349623
121	NC_022106	TAGAT	2	10	141138	141147	40 %	40 %	20 %	0 %	532349623
122	NC_022106	AAAAG	2	10	141550	141559	80 %	0 %	20 %	0 %	532350361
123	NC_022106	AAAAC	2	10	142030	142039	80 %	0 %	0 %	20 %	532349624
124	NC_022106	TGCTA	2	10	143116	143125	20 %	40 %	20 %	20 %	532349626
125	NC_022106	GGAGC	2	10	143163	143172	20 %	0 %	60 %	20 %	532349626
126	NC_022106	CTGGG	2	10	144577	144586	0 %	20 %	60 %	20 %	532349628
127	NC_022106	GTTTT	2	10	145324	145333	0 %	80 %	20 %	0 %	532349629
128	NC_022106	GAACC	2	10	149058	149067	40 %	0 %	20 %	40 %	532349630
129	NC_022106	ATTCT	2	10	152554	152563	20 %	60 %	0 %	20 %	532349634
130	NC_022106	CTGTG	2	10	152758	152767	0 %	40 %	40 %	20 %	532349634
131	NC_022106	TTCTT	2	10	155231	155240	0 %	80 %	0 %	20 %	532349637
132	NC_022106	TTCTA	2	10	157336	157345	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_022106	AGGAA	2	10	159789	159798	60 %	0 %	40 %	0 %	532349641
134	NC_022106	CAAAA	2	10	161792	161801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_022106	AGAGA	2	10	163020	163029	60 %	0 %	40 %	0 %	532349644
136	NC_022106	AGCAA	2	10	163455	163464	60 %	0 %	20 %	20 %	532349644
137	NC_022106	CAAAA	2	10	166958	166967	80 %	0 %	0 %	20 %	532349646
138	NC_022106	AAGAG	2	10	167791	167800	60 %	0 %	40 %	0 %	532349646
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181	NC_022106	TATCT	2	10	224441	224450	20 %	60 %	0 %	20 %	532349687
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250	NC_022106	CTAAA	2	10	331617	331626	60 %	20 %	0 %	20 %	532349787
251	NC_022106	CAAAA	2	10	332097	332106	80 %	0 %	0 %	20 %	532349787
252	NC_022106	GCAAC	2	10	333798	333807	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
253	NC_022106	CTTGT	2	10	333858	333867	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_022106	CCTTT	2	10	334316	334325	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
255	NC_022106	CTAAA	2	10	337419	337428	60 %	20 %	0 %	20 %	532349790
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257	NC_022106	TCCAT	2	10	338137	338146	20 %	40 %	0 %	40 %	532349790
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