MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/971

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021899	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021899	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328298
3	NC_021899	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021899	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328305
5	NC_021899	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328305
6	NC_021899	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328306
7	NC_021899	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328309
8	NC_021899	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328312
9	NC_021899	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328315
10	NC_021899	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527328316
11	NC_021899	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328328
12	NC_021899	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527328329
13	NC_021899	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328329
14	NC_021899	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527328336
15	NC_021899	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328344
16	NC_021899	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328344
17	NC_021899	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328346
18	NC_021899	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021899	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021899	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328348
21	NC_021899	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021899	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527328349
23	NC_021899	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021899	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328352
25	NC_021899	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527328359
26	NC_021899	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328360
27	NC_021899	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328361
28	NC_021899	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328361
29	NC_021899	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328362
30	NC_021899	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021899	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328366
32	NC_021899	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328369
33	NC_021899	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328373
34	NC_021899	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527328379
35	NC_021899	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328380
36	NC_021899	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328382
37	NC_021899	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527328382
38	NC_021899	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328384
39	NC_021899	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328389
40	NC_021899	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328392
41	NC_021899	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328394
42	NC_021899	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328396
43	NC_021899	TTTTAG	2	12	115917	115928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021899	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328401
45	NC_021899	TAAAAA	2	12	120589	120600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021899	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328403
47	NC_021899	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328403
48	NC_021899	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527328404
49	NC_021899	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527328405
50	NC_021899	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328405
51	NC_021899	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527328405
52	NC_021899	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527328412
53	NC_021899	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527328413
54	NC_021899	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328422
55	NC_021899	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527328426
56	NC_021899	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328427
57	NC_021899	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328427
58	NC_021899	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328430
59	NC_021899	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527328432
60	NC_021899	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328432
61	NC_021899	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527328436
62	NC_021899	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328437
63	NC_021899	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527328439
64	NC_021899	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328440
65	NC_021899	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328441
66	NC_021899	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328444
67	NC_021899	TAAAAA	2	12	173418	173429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527328450
68	NC_021899	AAAAAG	2	12	173585	173596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527328451
69	NC_021899	AGAAAA	2	12	182796	182807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021899	ATTTGC	2	12	188708	188719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021899	AAACAT	2	12	189801	189812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527328465
72	NC_021899	AGCAAC	2	12	190136	190147	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328465
73	NC_021899	TATGAA	3	18	191730	191747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021899	TCTGGA	2	12	195408	195419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328471
75	NC_021899	CTGGAT	2	12	210999	211010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328484
76	NC_021899	GAAATA	2	12	211322	211333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527328484
77	NC_021899	TTTTAC	2	12	217052	217063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021899	GATGCA	2	12	218215	218226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328491
79	NC_021899	ACTCCA	2	12	219105	219116	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527328492
80	NC_021899	CTGCTT	2	12	219337	219348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328492
81	NC_021899	ATTGCT	2	12	222646	222657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328495
82	NC_021899	TCCTAG	2	12	222936	222947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328495
83	NC_021899	GCAACG	2	12	223424	223435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527328496
84	NC_021899	CTTAGC	2	12	226056	226067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328498
85	NC_021899	TTCCTT	2	12	232888	232899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527328503
86	NC_021899	TCTCCT	2	12	235769	235780	0 %	50 %	0 %	50 %	527328504
87	NC_021899	AACCCT	2	12	250779	250790	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021899	ATTTTT	2	12	251574	251585	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021899	CCTGCA	2	12	251735	251746	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328524
90	NC_021899	ACCTTT	2	12	256930	256941	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328529
91	NC_021899	TCATAA	2	12	264777	264788	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328536
92	NC_021899	AAGTGT	2	12	265503	265514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328536
93	NC_021899	AGGAGA	2	12	266676	266687	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021899	ATCTAA	2	12	268781	268792	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328539
95	NC_021899	TGGAAT	2	12	270979	270990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328541
96	NC_021899	GGAACA	2	12	274866	274877	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527328543
97	NC_021899	ATATTA	2	12	275574	275585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021899	CACGCG	2	12	277239	277250	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527328545
99	NC_021899	TTTCTT	2	12	277418	277429	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328545
100	NC_021899	CTCCTA	2	12	281580	281591	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328548
101	NC_021899	GCAATG	2	12	287698	287709	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328554
102	NC_021899	CGACAT	2	12	288368	288379	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328555
103	NC_021899	CCCTTA	2	12	289822	289833	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328557
104	NC_021899	AAAATA	2	12	291920	291931	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527328559
105	NC_021899	ACCACT	2	12	294275	294286	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527328561
106	NC_021899	CATTGC	2	12	297521	297532	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328564
107	NC_021899	CCAAAA	2	12	298700	298711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527328565
108	NC_021899	TCTTTT	2	12	300585	300596	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328567
109	NC_021899	CAAGAC	2	12	301676	301687	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328568
110	NC_021899	AGCTTA	2	12	302957	302968	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328570
111	NC_021899	CAAAGA	2	12	308329	308340	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527328575
112	NC_021899	ATGGCT	2	12	308945	308956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328576
113	NC_021899	TACAAA	2	12	313135	313146	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527328579
114	NC_021899	TTAATT	2	12	314814	314825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527328581
115	NC_021899	AAAACA	2	12	318301	318312	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527328584
116	NC_021899	AAAAAG	2	12	319727	319738	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021899	CAGAAC	2	12	340274	340285	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328602
118	NC_021899	ATTCAA	2	12	345251	345262	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328607
119	NC_021899	AGAATA	2	12	357208	357219	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021899	TTCTTA	2	12	357228	357239	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527328615
121	NC_021899	CAGCCT	2	12	369310	369321	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328629
122	NC_021899	AGCTGA	2	12	369360	369371	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328629
123	NC_021899	ATGCTA	2	12	373227	373238	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328631
124	NC_021899	CAATAG	2	12	379833	379844	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328634
125	NC_021899	ACTGAA	2	12	379974	379985	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328634
126	NC_021899	CTGCAC	2	12	380167	380178	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328634
127	NC_021899	TCCATA	2	12	390526	390537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527328643
128	NC_021899	TTAGGT	2	12	391877	391888	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328646
129	NC_021899	AGGGAA	2	12	393203	393214	50 %	0 %	50 %	0 %	527328647
130	NC_021899	CTGAAG	2	12	394038	394049	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328648
131	NC_021899	TAATCT	2	12	399458	399469	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527328651
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133	NC_021899	CTAAAG	2	12	400343	400354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328653
134	NC_021899	CCTTTC	2	12	401507	401518	0 %	50 %	0 %	50 %	527328654
135	NC_021899	TTTTAA	2	12	405371	405382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021899	ACATGC	2	12	411048	411059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328665
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139	NC_021899	CCCCCA	2	12	414711	414722	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527328668
140	NC_021899	TTCCTC	2	12	418776	418787	0 %	50 %	0 %	50 %	527328672
141	NC_021899	CTCTAC	2	12	422030	422041	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328674
142	NC_021899	ACATCA	2	12	422675	422686	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_021899	CGGAAT	2	12	422937	422948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328676
144	NC_021899	TGATAA	2	12	424842	424853	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527328677
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146	NC_021899	TTCTCC	2	12	439251	439262	0 %	50 %	0 %	50 %	527328690
147	NC_021899	ATGAAG	2	12	448302	448313	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527328698
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151	NC_021899	CCAATA	2	12	457147	457158	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328704
152	NC_021899	ATCGGC	2	12	462994	463005	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527328712
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159	NC_021899	CTGAAG	2	12	491479	491490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328730
160	NC_021899	TGAGTA	2	12	491933	491944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328730
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162	NC_021899	TAACTA	2	12	498903	498914	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_021899	AAGAAA	2	12	498916	498927	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_021899	GGTAAT	2	12	503718	503729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328743
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167	NC_021899	GGTTGT	2	12	506854	506865	0 %	50 %	50 %	0 %	527328747
168	NC_021899	GCTGTT	2	12	509213	509224	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328749
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183	NC_021899	CTTCCT	2	12	537864	537875	0 %	50 %	0 %	50 %	527328776
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187	NC_021899	ATTACA	2	12	546458	546469	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328785
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208	NC_021899	TCTTTT	2	12	613411	613422	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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218	NC_021899	TTAAAT	2	12	641583	641594	50 %	50 %	0 %	0 %	527328890
219	NC_021899	GCTTCT	2	12	645957	645968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328894
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222	NC_021899	TTCTAT	2	12	662728	662739	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527328905
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224	NC_021899	CATATT	2	12	676925	676936	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527328918
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226	NC_021899	GCATCA	2	12	684939	684950	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328928
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228	NC_021899	CCGCAA	2	12	694144	694155	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	527328937
229	NC_021899	AAATGC	2	12	700106	700117	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328939
230	NC_021899	GAAAGA	2	12	702224	702235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527328940
231	NC_021899	TCTTGA	2	12	707330	707341	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328943
232	NC_021899	TATCCA	2	12	717512	717523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527328955
233	NC_021899	TATTGA	2	12	733400	733411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	527328964
234	NC_021899	TCTGCA	2	12	741053	741064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328971
235	NC_021899	TGTGAT	2	12	741696	741707	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328972
236	NC_021899	CAGGAA	2	12	744922	744933	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527328974
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319	NC_021899	TAAAAT	2	12	1037802	1037813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.