MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/852

Total Repeats: 335

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021888	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021888	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527318742
3	NC_021888	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021888	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527318749
5	NC_021888	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527318749
6	NC_021888	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318750
7	NC_021888	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527318756
8	NC_021888	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527318758
9	NC_021888	GTGAGG	2	12	25478	25489	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527318759
10	NC_021888	GGATTT	2	12	35954	35965	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527318771
11	NC_021888	AATTAG	2	12	37375	37386	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527318772
12	NC_021888	TTCCTG	2	12	37674	37685	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527318772
13	NC_021888	TTTTGA	2	12	44982	44993	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527318780
14	NC_021888	TGAACG	2	12	52440	52451	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527318787
15	NC_021888	GTGATT	2	12	52459	52470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527318787
16	NC_021888	GATCTG	2	12	55092	55103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527318789
17	NC_021888	GTGTAA	2	12	55140	55151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318789
18	NC_021888	GGTTCA	2	12	55229	55240	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527318789
19	NC_021888	CCAAGA	2	12	57661	57672	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021888	AGTTGT	2	12	57767	57778	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021888	TCCTAA	2	12	59497	59508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527318792
22	NC_021888	AAAAAT	2	12	60992	61003	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021888	GTTCTT	2	12	63411	63422	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527318795
24	NC_021888	CTATTT	2	12	71733	71744	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527318802
25	NC_021888	ACTCTT	2	12	72862	72873	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527318803
26	NC_021888	TTTCTG	2	12	73412	73423	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527318804
27	NC_021888	GATCAT	2	12	73542	73553	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527318804
28	NC_021888	TAGTAC	2	12	76536	76547	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527318805
29	NC_021888	ATCTAG	2	12	76715	76726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021888	GGTTTA	2	12	80186	80197	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527318809
31	NC_021888	TTTAGT	2	12	81959	81970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527318811
32	NC_021888	GTCTGT	2	12	83230	83241	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527318812
33	NC_021888	TTCTGA	2	12	88844	88855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527318816
34	NC_021888	AAAAGA	2	12	93907	93918	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527318822
35	NC_021888	AGCTGT	2	12	96001	96012	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527318823
36	NC_021888	TCTTTT	2	12	96666	96677	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527318825
37	NC_021888	GGGGCT	2	12	97614	97625	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527318825
38	NC_021888	TTTGAG	2	12	99819	99830	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527318827
39	NC_021888	TCAGAA	2	12	106459	106470	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527318831
40	NC_021888	CATAAC	2	12	109503	109514	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527318834
41	NC_021888	TGTTCT	2	12	112270	112281	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527318836
42	NC_021888	ACTTCG	2	12	115563	115574	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527318838
43	NC_021888	TTTTAG	2	12	115998	116009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021888	TTGCCA	2	12	119102	119113	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527318842
45	NC_021888	TAAAAA	2	12	120594	120605	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021888	TTGGTA	2	12	120642	120653	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021888	AGGATC	2	12	121021	121032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021888	AAGGGT	2	12	122787	122798	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527318844
49	NC_021888	GGGTTT	2	12	123750	123761	0 %	50 %	50 %	0 %	527318845
50	NC_021888	TTGCAT	2	12	124032	124043	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527318845
51	NC_021888	AAGAGA	2	12	124401	124412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527318845
52	NC_021888	TTAAAA	2	12	133338	133349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527318852
53	NC_021888	AGGTTG	2	12	134580	134591	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527318853
54	NC_021888	GAGTTA	2	12	139630	139641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318861
55	NC_021888	TGGAAT	2	12	143058	143069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318866
56	NC_021888	ATGGTT	2	12	143302	143313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527318866
57	NC_021888	TGCTCT	2	12	145493	145504	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527318869
58	NC_021888	GAAAGG	2	12	149231	149242	50 %	0 %	50 %	0 %	527318871
59	NC_021888	GCTTTG	2	12	149474	149485	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527318871
60	NC_021888	TGTGCG	2	12	153595	153606	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527318874
61	NC_021888	CCTCAT	2	12	154893	154904	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527318875
62	NC_021888	TGGAGA	2	12	156351	156362	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527318877
63	NC_021888	CTCCAT	2	12	157720	157731	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527318878
64	NC_021888	TCCTTG	2	12	158316	158327	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527318879
65	NC_021888	AACAGC	2	12	160952	160963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527318882
66	NC_021888	AAAAAG	2	12	173542	173553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527318889
67	NC_021888	AGAAAA	2	12	182612	182623	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021888	ACTTCT	2	12	187739	187750	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527318898
69	NC_021888	GGATAT	2	12	192082	192093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021888	GAATGC	2	12	193610	193621	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021888	ATTTGC	2	12	195100	195111	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527318899
72	NC_021888	AAACAT	2	12	196194	196205	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527318902
73	NC_021888	AGCAAC	2	12	196529	196540	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527318902
74	NC_021888	TATGAA	2	12	198123	198134	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021888	TCTGGA	2	12	202799	202810	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527318909
76	NC_021888	CTGGAT	2	12	218392	218403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527318922
77	NC_021888	GAAATA	2	12	218715	218726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527318922
78	NC_021888	TTTTAC	2	12	224445	224456	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021888	GATGCA	2	12	225608	225619	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527318929
80	NC_021888	ACTCCA	2	12	226498	226509	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527318930
81	NC_021888	CTGCTT	2	12	226730	226741	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527318930
82	NC_021888	ATTGCT	2	12	230039	230050	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527318933
83	NC_021888	TCCTAG	2	12	230329	230340	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527318933
84	NC_021888	GCAACG	2	12	230817	230828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527318934
85	NC_021888	CTTAGC	2	12	233446	233457	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527318936
86	NC_021888	TTCCTT	2	12	240278	240289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527318941
87	NC_021888	TCTCCT	2	12	243160	243171	0 %	50 %	0 %	50 %	527318942
88	NC_021888	AAACCA	2	12	243735	243746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527318943
89	NC_021888	TTTTTA	2	12	258975	258986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021888	CCTGCA	2	12	259135	259146	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527318962
91	NC_021888	ACCTTT	2	12	264330	264341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527318967
92	NC_021888	TCATAA	2	12	272176	272187	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527318974
93	NC_021888	AAGTGT	2	12	272902	272913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318974
94	NC_021888	AGGAGA	2	12	274075	274086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021888	ATCTAA	2	12	276178	276189	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527318977
96	NC_021888	TGGAAT	2	12	278376	278387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527318979
97	NC_021888	GGAACA	2	12	282263	282274	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527318981
98	NC_021888	ATATTA	2	12	282971	282982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021888	CACGCG	2	12	284636	284647	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527318983
100	NC_021888	TTTCTT	2	12	284815	284826	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527318983
101	NC_021888	CTCCTA	2	12	288977	288988	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527318986
102	NC_021888	GCAATG	2	12	295096	295107	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527318992
103	NC_021888	CGACAT	2	12	295769	295780	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527318994
104	NC_021888	CCCTTA	2	12	297223	297234	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527318996
105	NC_021888	AAAATA	2	12	299321	299332	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527318998
106	NC_021888	ACCACT	2	12	301676	301687	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527319000
107	NC_021888	CATTGC	2	12	304922	304933	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527319003
108	NC_021888	CCAAAA	2	12	306101	306112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527319004
109	NC_021888	TCTTTT	2	12	307986	307997	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527319006
110	NC_021888	CAAGAC	2	12	309077	309088	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527319007
111	NC_021888	AGCTTA	2	12	310358	310369	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527319009
112	NC_021888	CAAAGA	2	12	315743	315754	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527319014
113	NC_021888	ATGGCT	2	12	316359	316370	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527319015
114	NC_021888	TACAAA	2	12	320550	320561	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527319018
115	NC_021888	TTAATT	2	12	322229	322240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527319020
116	NC_021888	AAAACA	2	12	325718	325729	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527319023
117	NC_021888	AAAAAG	2	12	327144	327155	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021888	CAGAAC	2	12	347702	347713	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527319041
119	NC_021888	ATTCAA	2	12	352679	352690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527319046
120	NC_021888	AGAATA	2	12	364636	364647	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021888	TTCTTA	2	12	364656	364667	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527319054
122	NC_021888	CAGCCT	2	12	376714	376725	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527319068
123	NC_021888	AGCTGA	2	12	376764	376775	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527319068
124	NC_021888	ATGCTA	2	12	380631	380642	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527319070
125	NC_021888	CAATAG	2	12	387237	387248	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527319073
126	NC_021888	ACTGAA	2	12	387378	387389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527319073
127	NC_021888	CTGCAC	2	12	387571	387582	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527319073
128	NC_021888	TCCATA	2	12	397931	397942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527319082
129	NC_021888	TTAGGT	2	12	399282	399293	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527319085
130	NC_021888	AGGGAA	2	12	400608	400619	50 %	0 %	50 %	0 %	527319086
131	NC_021888	CTGAAG	2	12	401443	401454	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527319087
132	NC_021888	TAATCT	2	12	406863	406874	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527319090
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135	NC_021888	CCTTTC	2	12	408912	408923	0 %	50 %	0 %	50 %	527319093
136	NC_021888	TTTTAA	2	12	412776	412787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021888	ACATGC	2	12	418453	418464	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527319104
138	NC_021888	GGCTCT	2	12	419188	419199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527319105
139	NC_021888	ATCTTG	2	12	420782	420793	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527319106
140	NC_021888	CCCCCA	2	12	422116	422127	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527319107
141	NC_021888	TTCCTC	2	12	426181	426192	0 %	50 %	0 %	50 %	527319111
142	NC_021888	CTCTAC	2	12	429435	429446	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527319113
143	NC_021888	ACATCA	2	12	430080	430091	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021888	CGGAAT	2	12	430342	430353	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527319115
145	NC_021888	TGATAA	2	12	432247	432258	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527319116
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147	NC_021888	TTCTCC	2	12	446656	446667	0 %	50 %	0 %	50 %	527319130
148	NC_021888	ATGAAG	2	12	455703	455714	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527319138
149	NC_021888	TAACTC	2	12	456220	456231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527319138
150	NC_021888	ATCCGC	2	12	457145	457156	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527319138
151	NC_021888	CTGTAT	2	12	458495	458506	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527319139
152	NC_021888	CTAAAG	2	12	459563	459574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527319139
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154	NC_021888	ATCGGC	2	12	470395	470406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527319151
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159	NC_021888	CCAATC	2	12	492044	492055	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527319160
160	NC_021888	TTCTTT	2	12	495865	495876	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527319167
161	NC_021888	CTGAAG	2	12	498924	498935	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527319169
162	NC_021888	TGAGTA	2	12	499378	499389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527319169
163	NC_021888	AAACTG	2	12	502825	502836	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527319173
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165	NC_021888	AAGAAA	2	12	506361	506372	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021888	GGTAAT	2	12	511162	511173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527319182
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169	NC_021888	GGTTGT	2	12	514299	514310	0 %	50 %	50 %	0 %	527319186
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172	NC_021888	TCTCTA	2	12	520094	520105	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527319193
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179	NC_021888	ACTGTA	2	12	534856	534867	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527319206
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183	NC_021888	AGGGAA	2	12	542978	542989	50 %	0 %	50 %	0 %	527319213
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189	NC_021888	ATTACA	2	12	554078	554089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527319225
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197	NC_021888	TTTTGC	2	12	576738	576749	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527319248
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213	NC_021888	TCTTTT	2	12	621008	621019	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
214	NC_021888	ACTGTA	2	12	622700	622711	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527319305
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217	NC_021888	AACCTC	2	12	634867	634878	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527319314
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222	NC_021888	ATCTTG	2	12	646411	646422	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527319329
223	NC_021888	TTAAAT	2	12	649182	649193	50 %	50 %	0 %	0 %	527319331
224	NC_021888	TTATTT	2	12	652221	652232	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
225	NC_021888	GCTTCT	2	12	653571	653582	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527319335
226	NC_021888	TAGGAG	2	12	654538	654549	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527319335
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229	NC_021888	AGCTGG	2	12	690724	690735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527319365
230	NC_021888	GCATCA	2	12	692566	692577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527319366
231	NC_021888	ATCAAT	2	12	696891	696902	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527319370
232	NC_021888	CCGCAA	2	12	701772	701783	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	527319375
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234	NC_021888	AAATGC	2	12	707729	707740	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527319377
235	NC_021888	GAAAGA	2	12	709847	709858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527319378
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333	NC_021888	GTAATA	2	12	1076899	1076910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527319688
334	NC_021888	ACCATC	2	12	1077641	1077652	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527319688
335	NC_021888	TAAAAT	2	12	1083250	1083261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.