MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 760

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478463067
2	NC_020974	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478463068
3	NC_020974	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478463068
4	NC_020974	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478463068
5	NC_020974	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478463068
6	NC_020974	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478463069
7	NC_020974	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020974	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478463071
9	NC_020974	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478463072
10	NC_020974	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478463073
11	NC_020974	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478463074
12	NC_020974	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478463074
13	NC_020974	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478463075
14	NC_020974	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478463076
15	NC_020974	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020974	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478463078
17	NC_020974	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478463079
18	NC_020974	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478463079
19	NC_020974	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478463079
20	NC_020974	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478463082
21	NC_020974	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478463083
22	NC_020974	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478463083
23	NC_020974	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478463083
24	NC_020974	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478463084
25	NC_020974	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478463085
26	NC_020974	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478463085
27	NC_020974	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478463087
28	NC_020974	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478463087
29	NC_020974	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478463088
30	NC_020974	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478463089
31	NC_020974	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478463090
32	NC_020974	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020974	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478463096
34	NC_020974	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478463096
35	NC_020974	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478463097
36	NC_020974	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478463098
37	NC_020974	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478463100
38	NC_020974	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478463100
39	NC_020974	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020974	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478463103
41	NC_020974	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478463105
42	NC_020974	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478463105
43	NC_020974	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020974	CTATT	2	10	50121	50130	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020974	CTTTT	2	10	50572	50581	0 %	80 %	0 %	20 %	478463108
46	NC_020974	CCGTA	2	10	54407	54416	20 %	20 %	20 %	40 %	478463111
47	NC_020974	AATTT	2	10	54647	54656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020974	TTATC	2	10	55810	55819	20 %	60 %	0 %	20 %	478463112
49	NC_020974	GTTGT	2	10	56875	56884	0 %	60 %	40 %	0 %	478463113
50	NC_020974	GAGCA	2	10	60394	60403	40 %	0 %	40 %	20 %	478463115
51	NC_020974	TGTGA	2	10	62843	62852	20 %	40 %	40 %	0 %	478463117
52	NC_020974	AGTGA	2	10	64364	64373	40 %	20 %	40 %	0 %	478463118
53	NC_020974	CCTTC	2	10	64638	64647	0 %	40 %	0 %	60 %	478463118
54	NC_020974	AGGAG	2	10	66866	66875	40 %	0 %	60 %	0 %	478463120
55	NC_020974	GTTAA	2	10	66996	67005	40 %	40 %	20 %	0 %	478463120
56	NC_020974	CAAGC	2	10	69362	69371	40 %	0 %	20 %	40 %	478463122
57	NC_020974	AAAAG	2	10	69610	69619	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020974	GGAGC	2	10	70232	70241	20 %	0 %	60 %	20 %	478463123
59	NC_020974	GCGAT	2	10	70422	70431	20 %	20 %	40 %	20 %	478463123
60	NC_020974	CTCTT	2	10	70776	70785	0 %	60 %	0 %	40 %	478463123
61	NC_020974	AGGGG	2	10	71422	71431	20 %	0 %	80 %	0 %	478463123
62	NC_020974	AAGAA	2	10	71464	71473	80 %	0 %	20 %	0 %	478463123
63	NC_020974	CTTGC	2	10	72553	72562	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020974	ATTGG	2	10	72754	72763	20 %	40 %	40 %	0 %	478463125
65	NC_020974	GAAAA	2	10	73826	73835	80 %	0 %	20 %	0 %	478463125
66	NC_020974	TGGGA	2	10	74243	74252	20 %	20 %	60 %	0 %	478463126
67	NC_020974	TATTT	2	10	76770	76779	20 %	80 %	0 %	0 %	478463127
68	NC_020974	AAAAG	2	10	77303	77312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020974	ATCAA	2	10	79001	79010	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020974	TGTCT	2	10	80565	80574	0 %	60 %	20 %	20 %	478463130
71	NC_020974	TTACT	2	10	81072	81081	20 %	60 %	0 %	20 %	478463130
72	NC_020974	AGAAA	2	10	82462	82471	80 %	0 %	20 %	0 %	478463132
73	NC_020974	GGAAG	2	10	82975	82984	40 %	0 %	60 %	0 %	478463132
74	NC_020974	AGCGA	2	10	85441	85450	40 %	0 %	40 %	20 %	478463134
75	NC_020974	TTTGT	2	10	85740	85749	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020974	GATCC	2	10	86526	86535	20 %	20 %	20 %	40 %	478463135
77	NC_020974	AGAGC	2	10	87861	87870	40 %	0 %	40 %	20 %	478463136
78	NC_020974	AATAA	2	10	88739	88748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020974	TTTTC	2	10	91593	91602	0 %	80 %	0 %	20 %	478463139
80	NC_020974	GGATG	2	10	91853	91862	20 %	20 %	60 %	0 %	478463140
81	NC_020974	CAACA	2	10	93392	93401	60 %	0 %	0 %	40 %	478463141
82	NC_020974	ACAGC	2	10	94437	94446	40 %	0 %	20 %	40 %	478463142
83	NC_020974	CTTTT	2	10	94811	94820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020974	GGAAC	2	10	95149	95158	40 %	0 %	40 %	20 %	478463143
85	NC_020974	GGATT	2	10	96049	96058	20 %	40 %	40 %	0 %	478463143
86	NC_020974	CAATC	2	10	97151	97160	40 %	20 %	0 %	40 %	478463145
87	NC_020974	TTTGC	2	10	97285	97294	0 %	60 %	20 %	20 %	478463145
88	NC_020974	ATTCA	2	10	97549	97558	40 %	40 %	0 %	20 %	478463145
89	NC_020974	GATCC	2	10	97808	97817	20 %	20 %	20 %	40 %	478463145
90	NC_020974	GTTTT	2	10	98229	98238	0 %	80 %	20 %	0 %	478463145
91	NC_020974	ACAAA	2	10	98357	98366	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020974	AAGCT	2	10	99434	99443	40 %	20 %	20 %	20 %	478463146
93	NC_020974	AGGGG	2	10	99793	99802	20 %	0 %	80 %	0 %	478463146
94	NC_020974	ATAGC	2	10	100486	100495	40 %	20 %	20 %	20 %	478463147
95	NC_020974	TTCCC	2	10	101090	101099	0 %	40 %	0 %	60 %	478463148
96	NC_020974	AGCGA	2	10	103414	103423	40 %	0 %	40 %	20 %	478463150
97	NC_020974	TTTCT	2	10	103772	103781	0 %	80 %	0 %	20 %	478463150
98	NC_020974	ATCAT	2	10	104978	104987	40 %	40 %	0 %	20 %	478463151
99	NC_020974	GGCAT	2	10	105686	105695	20 %	20 %	40 %	20 %	478463151
100	NC_020974	AAAGC	2	10	109412	109421	60 %	0 %	20 %	20 %	478463154
101	NC_020974	GCATT	2	10	110572	110581	20 %	40 %	20 %	20 %	478463156
102	NC_020974	GCTCT	2	10	114637	114646	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020974	TGTTT	2	10	115261	115270	0 %	80 %	20 %	0 %	478463159
104	NC_020974	CATGT	2	10	115639	115648	20 %	40 %	20 %	20 %	478463159
105	NC_020974	TATCG	2	10	116343	116352	20 %	40 %	20 %	20 %	478463159
106	NC_020974	TTTCT	2	10	116859	116868	0 %	80 %	0 %	20 %	478463160
107	NC_020974	GGAGA	2	10	117055	117064	40 %	0 %	60 %	0 %	478463160
108	NC_020974	AAAGA	2	10	119106	119115	80 %	0 %	20 %	0 %	478463163
109	NC_020974	CCAAT	2	10	122069	122078	40 %	20 %	0 %	40 %	478463166
110	NC_020974	GCTTC	2	10	123170	123179	0 %	40 %	20 %	40 %	478463166
111	NC_020974	TACAA	2	10	126959	126968	60 %	20 %	0 %	20 %	478463170
112	NC_020974	ATCCA	2	10	129366	129375	40 %	20 %	0 %	40 %	478463174
113	NC_020974	GAAGA	2	10	130916	130925	60 %	0 %	40 %	0 %	478463174
114	NC_020974	AAAAG	2	10	132828	132837	80 %	0 %	20 %	0 %	478463175
115	NC_020974	GATTC	2	10	133159	133168	20 %	40 %	20 %	20 %	478463175
116	NC_020974	GGATA	2	10	135777	135786	40 %	20 %	40 %	0 %	478463177
117	NC_020974	ATTGT	2	10	136474	136483	20 %	60 %	20 %	0 %	478463178
118	NC_020974	TGTTT	2	10	136900	136909	0 %	80 %	20 %	0 %	478463179
119	NC_020974	TTGCA	2	10	137689	137698	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020974	AAGAG	2	10	138941	138950	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020974	TCCAG	2	10	140646	140655	20 %	20 %	20 %	40 %	478463185
122	NC_020974	GTACA	2	10	141377	141386	40 %	20 %	20 %	20 %	478463186
123	NC_020974	TAGAT	2	10	141750	141759	40 %	40 %	20 %	0 %	478463186
124	NC_020974	AAAAG	2	10	142162	142171	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020974	AAAAC	2	10	142642	142651	80 %	0 %	0 %	20 %	478463187
126	NC_020974	TGCTA	2	10	143726	143735	20 %	40 %	20 %	20 %	478463189
127	NC_020974	GGAGC	2	10	143773	143782	20 %	0 %	60 %	20 %	478463189
128	NC_020974	CTGGG	2	10	145188	145197	0 %	20 %	60 %	20 %	478463191
129	NC_020974	GTTTT	2	10	145935	145944	0 %	80 %	20 %	0 %	478463192
130	NC_020974	GAACC	2	10	149669	149678	40 %	0 %	20 %	40 %	478463193
131	NC_020974	ATTCT	2	10	153166	153175	20 %	60 %	0 %	20 %	478463197
132	NC_020974	CTGTG	2	10	153370	153379	0 %	40 %	40 %	20 %	478463197
133	NC_020974	TTCTT	2	10	155843	155852	0 %	80 %	0 %	20 %	478463200
134	NC_020974	TTCTA	2	10	157948	157957	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020974	AGGAA	2	10	160402	160411	60 %	0 %	40 %	0 %	478463204
136	NC_020974	CAAAA	2	10	162414	162423	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020974	AGAGA	2	10	163642	163651	60 %	0 %	40 %	0 %	478463207
138	NC_020974	AGCAA	2	10	164077	164086	60 %	0 %	20 %	20 %	478463207
139	NC_020974	TATGA	2	10	164501	164510	40 %	40 %	20 %	0 %	478463208
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157	NC_020974	AGAGA	2	10	185784	185793	60 %	0 %	40 %	0 %	478463223
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249	NC_020974	TAAAT	2	10	327522	327531	60 %	40 %	0 %	0 %	478463354
250	NC_020974	CTAAA	2	10	328287	328296	60 %	20 %	0 %	20 %	478463355
251	NC_020974	CAAAA	2	10	328767	328776	80 %	0 %	0 %	20 %	478463355
252	NC_020974	GCAAC	2	10	330467	330476	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
253	NC_020974	CTTGT	2	10	330527	330536	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_020974	CCTTT	2	10	330988	330997	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
255	NC_020974	CTAAA	2	10	334091	334100	60 %	20 %	0 %	20 %	478463359
256	NC_020974	TCCAA	2	10	334726	334735	40 %	20 %	0 %	40 %	478463359
257	NC_020974	TCCAT	2	10	334809	334818	20 %	40 %	0 %	40 %	478463359
258	NC_020974	CAGAG	2	10	337203	337212	40 %	0 %	40 %	20 %	478463360
259	NC_020974	CTTCA	2	10	338900	338909	20 %	40 %	0 %	40 %	478463362
260	NC_020974	CATTG	2	10	339004	339013	20 %	40 %	20 %	20 %	478463362
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262	NC_020974	AAAAG	2	10	343954	343963	80 %	0 %	20 %	0 %	478463366
263	NC_020974	ATCTC	2	10	347928	347937	20 %	40 %	0 %	40 %	478463371
264	NC_020974	CCTTC	2	10	350134	350143	0 %	40 %	0 %	60 %	478463371
265	NC_020974	CACGA	2	10	353645	353654	40 %	0 %	20 %	40 %	478463372
266	NC_020974	ATTTA	2	10	354230	354239	40 %	60 %	0 %	0 %	478463372
267	NC_020974	TAGCA	2	10	354476	354485	40 %	20 %	20 %	20 %	478463372
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