MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 314

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478462165
2	NC_020973	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462169
3	NC_020973	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020973	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462175
5	NC_020973	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462175
6	NC_020973	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462176
7	NC_020973	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462179
8	NC_020973	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478462182
9	NC_020973	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478462184
10	NC_020973	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478462185
11	NC_020973	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462197
12	NC_020973	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478462198
13	NC_020973	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478462198
14	NC_020973	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478462204
15	NC_020973	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462211
16	NC_020973	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462211
17	NC_020973	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478462213
18	NC_020973	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462214
19	NC_020973	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462215
20	NC_020973	TCTTGT	2	12	59076	59087	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478462215
21	NC_020973	TCCTAA	2	12	59889	59900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462216
22	NC_020973	AAAAAT	2	12	61384	61395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020973	GTTCTT	2	12	63803	63814	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478462218
24	NC_020973	CTATTT	2	12	72113	72124	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478462225
25	NC_020973	ACTCTT	2	12	73242	73253	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478462226
26	NC_020973	TTTCTG	2	12	73792	73803	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478462227
27	NC_020973	GATCAT	2	12	73922	73933	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478462227
28	NC_020973	TAGTAC	2	12	76916	76927	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478462228
29	NC_020973	ATCTAG	2	12	77095	77106	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020973	GGTTTA	2	12	80569	80580	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462231
31	NC_020973	GTCTGT	2	12	83613	83624	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478462234
32	NC_020973	TTCTGA	2	12	89227	89238	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478462238
33	NC_020973	AAAAGA	2	12	94291	94302	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478462243
34	NC_020973	AGCTGT	2	12	96384	96395	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478462244
35	NC_020973	TCTTTT	2	12	97049	97060	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478462246
36	NC_020973	GGGGCT	2	12	97997	98008	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478462246
37	NC_020973	TTTGAG	2	12	100196	100207	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462248
38	NC_020973	TCAGAA	2	12	106837	106848	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462253
39	NC_020973	CATAAC	2	12	109881	109892	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478462256
40	NC_020973	TGTTCT	2	12	112648	112659	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478462258
41	NC_020973	ACTTCG	2	12	115941	115952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478462260
42	NC_020973	TTTTAG	2	12	116376	116387	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020973	TTGCCA	2	12	119482	119493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478462265
44	NC_020973	TAAAAA	2	12	121048	121059	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020973	TTGGTA	2	12	121096	121107	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462267
46	NC_020973	AGGATC	2	12	121475	121486	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462267
47	NC_020973	AAGGGT	2	12	123282	123293	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478462268
48	NC_020973	GGGTTT	2	12	124245	124256	0 %	50 %	50 %	0 %	478462269
49	NC_020973	TTGCAT	2	12	124527	124538	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478462269
50	NC_020973	AAGAGA	2	12	124896	124907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462269
51	NC_020973	TTAAAA	2	12	133831	133842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462276
52	NC_020973	AGGTTG	2	12	135073	135084	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478462277
53	NC_020973	GAGTTA	2	12	140121	140132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462286
54	NC_020973	TGGAAA	2	12	142674	142685	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478462289
55	NC_020973	TGGAAT	2	12	143549	143560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462290
56	NC_020973	ATGGTT	2	12	143793	143804	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462290
57	NC_020973	TGCTCT	2	12	145985	145996	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478462293
58	NC_020973	GAAAGG	2	12	149723	149734	50 %	0 %	50 %	0 %	478462295
59	NC_020973	GCTTTG	2	12	149966	149977	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478462295
60	NC_020973	TGTGCG	2	12	154089	154100	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478462299
61	NC_020973	CCTCAT	2	12	155387	155398	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478462300
62	NC_020973	TGGAGA	2	12	156845	156856	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478462302
63	NC_020973	CTCCAT	2	12	158214	158225	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478462303
64	NC_020973	TCCTTG	2	12	158810	158821	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478462304
65	NC_020973	AACAGC	2	12	161447	161458	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478462307
66	NC_020973	TAAAAA	2	12	173876	173887	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478462313
67	NC_020973	AAAAAG	2	12	174043	174054	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478462314
68	NC_020973	AGAAAA	2	12	183200	183211	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020973	ATTTGC	2	12	189112	189123	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478462327
70	NC_020973	AAACAT	2	12	190206	190217	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478462329
71	NC_020973	AGCAAC	2	12	190541	190552	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478462329
72	NC_020973	TATGAA	3	18	192135	192152	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020973	TCTGGA	2	12	195811	195822	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478462335
74	NC_020973	CTGGAT	2	12	211402	211413	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478462348
75	NC_020973	GAAATA	2	12	211725	211736	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478462348
76	NC_020973	TTTTAC	2	12	217455	217466	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020973	GATGCA	2	12	218618	218629	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462355
78	NC_020973	ACTCCA	2	12	219508	219519	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478462356
79	NC_020973	CTGCTT	2	12	219740	219751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478462356
80	NC_020973	ATTGCT	2	12	223049	223060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478462359
81	NC_020973	TCCTAG	2	12	223339	223350	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478462359
82	NC_020973	GCAACG	2	12	223827	223838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462360
83	NC_020973	CTTAGC	2	12	226459	226470	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478462362
84	NC_020973	TTCCTT	2	12	233291	233302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462367
85	NC_020973	TCTCCT	2	12	236172	236183	0 %	50 %	0 %	50 %	478462368
86	NC_020973	TTTTTA	2	12	251987	251998	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020973	CCTGCA	2	12	252147	252158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478462387
88	NC_020973	ACCTTT	2	12	257342	257353	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478462392
89	NC_020973	TCATAA	2	12	265188	265199	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462399
90	NC_020973	AAGTGT	2	12	265914	265925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462399
91	NC_020973	AGGAGA	2	12	267087	267098	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020973	ATCTAA	2	12	269190	269201	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462402
93	NC_020973	TGGAAT	2	12	271388	271399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462404
94	NC_020973	GGAACA	2	12	275275	275286	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478462406
95	NC_020973	ATATTA	2	12	275983	275994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020973	CACGCG	2	12	277648	277659	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478462408
97	NC_020973	TTTCTT	2	12	277827	277838	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478462408
98	NC_020973	CTCCTA	2	12	281989	282000	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478462411
99	NC_020973	GCAATG	2	12	288108	288119	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462417
100	NC_020973	CGACAT	2	12	288781	288792	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478462418
101	NC_020973	CCCTTA	2	12	290235	290246	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478462420
102	NC_020973	AAAATA	2	12	292333	292344	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478462422
103	NC_020973	ACCACT	2	12	294688	294699	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478462424
104	NC_020973	CATTGC	2	12	297934	297945	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478462427
105	NC_020973	CCAAAA	2	12	299113	299124	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478462428
106	NC_020973	TCTTTT	2	12	300998	301009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478462430
107	NC_020973	CAAGAC	2	12	302089	302100	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478462431
108	NC_020973	AGCTTA	2	12	303369	303380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478462433
109	NC_020973	CAAAGA	2	12	308754	308765	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478462438
110	NC_020973	ATGGCT	2	12	309370	309381	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478462439
111	NC_020973	TACAAA	2	12	313560	313571	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478462442
112	NC_020973	TTAATT	2	12	315239	315250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462444
113	NC_020973	AAAACA	2	12	318725	318736	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478462446
114	NC_020973	AAAAAG	2	12	320154	320165	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020973	ATTCAA	2	12	345678	345689	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462470
116	NC_020973	AGACCG	2	12	345752	345763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462470
117	NC_020973	AGAATA	2	12	357635	357646	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020973	TTCTTA	2	12	357655	357666	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478462478
119	NC_020973	CAGCCT	2	12	369732	369743	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478462492
120	NC_020973	ATGCTA	2	12	373649	373660	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478462494
121	NC_020973	CAATAG	2	12	380255	380266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462497
122	NC_020973	ACTGAA	2	12	380396	380407	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462497
123	NC_020973	CTGCAC	2	12	380589	380600	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478462497
124	NC_020973	TCCATA	2	12	390948	390959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462506
125	NC_020973	TTAGGT	2	12	392299	392310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462508
126	NC_020973	AGGGAA	2	12	393625	393636	50 %	0 %	50 %	0 %	478462509
127	NC_020973	CTGAAG	2	12	394460	394471	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462510
128	NC_020973	TAATCT	2	12	399880	399891	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478462513
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130	NC_020973	CTAAAG	2	12	400765	400776	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478462515
131	NC_020973	CCTTTC	2	12	401929	401940	0 %	50 %	0 %	50 %	478462516
132	NC_020973	TTTTAA	2	12	405793	405804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462518
133	NC_020973	ACATGC	2	12	411470	411481	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478462526
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137	NC_020973	TTCCTC	2	12	419198	419209	0 %	50 %	0 %	50 %	478462533
138	NC_020973	CTCTAC	2	12	422452	422463	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478462535
139	NC_020973	ACATCA	2	12	423097	423108	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020973	CGGAAT	2	12	423359	423370	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462537
141	NC_020973	TGATAA	2	12	425264	425275	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478462538
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143	NC_020973	TTCTCC	2	12	439673	439684	0 %	50 %	0 %	50 %	478462552
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148	NC_020973	CCAATA	2	12	457569	457580	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478462565
149	NC_020973	ATCGGC	2	12	463416	463427	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478462573
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154	NC_020973	CCAATC	2	12	485024	485035	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478462582
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156	NC_020973	CTGAAG	2	12	491907	491918	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478462591
157	NC_020973	TGAGTA	2	12	492361	492372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462591
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159	NC_020973	TAACTA	2	12	499331	499342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_020973	AAGAAA	2	12	499344	499355	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020973	GGTAAT	2	12	504146	504157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462603
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164	NC_020973	GGTTGT	2	12	507282	507293	0 %	50 %	50 %	0 %	478462607
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167	NC_020973	CTCTAT	2	12	513135	513146	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478462613
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179	NC_020973	CTTCCT	2	12	538815	538826	0 %	50 %	0 %	50 %	478462634
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183	NC_020973	ATTACA	2	12	547422	547433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462642
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190	NC_020973	AAAAAT	2	12	563212	563223	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_020973	TTTTGC	2	12	570080	570091	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478462664
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198	NC_020973	CTGCTC	2	12	597501	597512	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478462702
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205	NC_020973	ACTGTA	2	12	616066	616077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478462718
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221	NC_020973	AGCTGG	3	18	684057	684074	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478462779
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223	NC_020973	ATCAAT	2	12	690224	690235	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478462784
224	NC_020973	CCGCAA	2	12	695104	695115	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478462789
225	NC_020973	TGCTTG	2	12	697378	697389	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478462790
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228	NC_020973	TCTTGA	2	12	708289	708300	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478462795
229	NC_020973	TATCCA	2	12	718472	718483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462805
230	NC_020973	TATTGA	2	12	734366	734377	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478462814
231	NC_020973	TCTGCA	2	12	742023	742034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
232	NC_020973	TGTGAT	2	12	742665	742676	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478462821
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234	NC_020973	TATTTT	2	12	751500	751511	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.