MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020970	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478460358
2	NC_020970	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478460359
3	NC_020970	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478460359
4	NC_020970	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478460359
5	NC_020970	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478460359
6	NC_020970	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478460360
7	NC_020970	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020970	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478460362
9	NC_020970	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478460363
10	NC_020970	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478460364
11	NC_020970	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478460365
12	NC_020970	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478460365
13	NC_020970	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478460366
14	NC_020970	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478460367
15	NC_020970	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020970	GATTT	2	10	15648	15657	20 %	60 %	20 %	0 %	478460369
17	NC_020970	CGTTC	2	10	16759	16768	0 %	40 %	20 %	40 %	478460370
18	NC_020970	GCTTC	2	10	17132	17141	0 %	40 %	20 %	40 %	478460370
19	NC_020970	GAAGG	2	10	17503	17512	40 %	0 %	60 %	0 %	478460370
20	NC_020970	GTTGT	2	10	20929	20938	0 %	60 %	40 %	0 %	478460373
21	NC_020970	AAGAT	2	10	22041	22050	60 %	20 %	20 %	0 %	478460374
22	NC_020970	TTTGC	2	10	22652	22661	0 %	60 %	20 %	20 %	478460374
23	NC_020970	GGAAA	2	10	24406	24415	60 %	0 %	40 %	0 %	478460374
24	NC_020970	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478460375
25	NC_020970	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478460376
26	NC_020970	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478460376
27	NC_020970	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478460378
28	NC_020970	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478460378
29	NC_020970	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478460379
30	NC_020970	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478460380
31	NC_020970	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478460381
32	NC_020970	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020970	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478460387
34	NC_020970	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478460387
35	NC_020970	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478460388
36	NC_020970	TTTGA	2	10	39059	39068	20 %	60 %	20 %	0 %	478460388
37	NC_020970	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478460391
38	NC_020970	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478460391
39	NC_020970	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020970	CAAAA	2	10	43244	43253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020970	TTTAT	2	10	44840	44849	20 %	80 %	0 %	0 %	478460394
42	NC_020970	CTTTC	2	10	46936	46945	0 %	60 %	0 %	40 %	478460396
43	NC_020970	AGTTT	2	10	47475	47484	20 %	60 %	20 %	0 %	478460396
44	NC_020970	GAAGA	2	10	48609	48618	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020970	CTATT	2	10	50187	50196	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020970	CTTTT	2	10	50638	50647	0 %	80 %	0 %	20 %	478460399
47	NC_020970	CCGTA	2	10	54305	54314	20 %	20 %	20 %	40 %	478460402
48	NC_020970	AATTT	2	10	54545	54554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020970	TCAGA	2	10	55197	55206	40 %	20 %	20 %	20 %	478460403
50	NC_020970	TTATC	2	10	55724	55733	20 %	60 %	0 %	20 %	478460403
51	NC_020970	TGAGT	2	10	55745	55754	20 %	40 %	40 %	0 %	478460403
52	NC_020970	GTTGT	2	10	56792	56801	0 %	60 %	40 %	0 %	478460404
53	NC_020970	ATTTT	2	10	58965	58974	20 %	80 %	0 %	0 %	478460405
54	NC_020970	GAGCA	2	10	60308	60317	40 %	0 %	40 %	20 %	478460406
55	NC_020970	TGTGA	2	10	62757	62766	20 %	40 %	40 %	0 %	478460408
56	NC_020970	CCTTC	2	10	64558	64567	0 %	40 %	0 %	60 %	478460409
57	NC_020970	AGGAG	2	10	66786	66795	40 %	0 %	60 %	0 %	478460411
58	NC_020970	GTTAA	2	10	66916	66925	40 %	40 %	20 %	0 %	478460411
59	NC_020970	CAAGC	2	10	69294	69303	40 %	0 %	20 %	40 %	478460413
60	NC_020970	AAAAG	2	10	69542	69551	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020970	GCGAT	2	10	70354	70363	20 %	20 %	40 %	20 %	478460414
62	NC_020970	CTCTT	2	10	70708	70717	0 %	60 %	0 %	40 %	478460414
63	NC_020970	AGGGG	2	10	71354	71363	20 %	0 %	80 %	0 %	478460414
64	NC_020970	AAGAA	2	10	71396	71405	80 %	0 %	20 %	0 %	478460414
65	NC_020970	CTTGC	2	10	72485	72494	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020970	ATTGG	2	10	72686	72695	20 %	40 %	40 %	0 %	478460416
67	NC_020970	GAAAA	2	10	73758	73767	80 %	0 %	20 %	0 %	478460416
68	NC_020970	TGGGA	2	10	74175	74184	20 %	20 %	60 %	0 %	478460417
69	NC_020970	TATTT	2	10	76702	76711	20 %	80 %	0 %	0 %	478460418
70	NC_020970	AAAAG	2	10	77235	77244	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020970	ATCAA	2	10	78933	78942	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020970	TGTCT	2	10	80495	80504	0 %	60 %	20 %	20 %	478460421
73	NC_020970	TTACT	2	10	81002	81011	20 %	60 %	0 %	20 %	478460421
74	NC_020970	AGAAA	2	10	82392	82401	80 %	0 %	20 %	0 %	478460423
75	NC_020970	GGAAG	2	10	82905	82914	40 %	0 %	60 %	0 %	478460423
76	NC_020970	TTTGT	2	10	85670	85679	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020970	GATCC	2	10	86456	86465	20 %	20 %	20 %	40 %	478460426
78	NC_020970	AGAGC	2	10	87791	87800	40 %	0 %	40 %	20 %	478460427
79	NC_020970	AATAA	2	10	88669	88678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020970	TTTTC	2	10	91523	91532	0 %	80 %	0 %	20 %	478460430
81	NC_020970	GGATG	2	10	91783	91792	20 %	20 %	60 %	0 %	478460431
82	NC_020970	CAACA	2	10	93322	93331	60 %	0 %	0 %	40 %	478460432
83	NC_020970	ACAGC	2	10	94367	94376	40 %	0 %	20 %	40 %	478460434
84	NC_020970	CTTTT	2	10	94741	94750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020970	GGAAC	2	10	95079	95088	40 %	0 %	40 %	20 %	478460435
86	NC_020970	GGATT	2	10	95979	95988	20 %	40 %	40 %	0 %	478460435
87	NC_020970	CAATC	2	10	97081	97090	40 %	20 %	0 %	40 %	478460437
88	NC_020970	TTTGC	2	10	97215	97224	0 %	60 %	20 %	20 %	478460437
89	NC_020970	ATTCA	2	10	97479	97488	40 %	40 %	0 %	20 %	478460437
90	NC_020970	GATCC	2	10	97738	97747	20 %	20 %	20 %	40 %	478460437
91	NC_020970	GTTTT	2	10	98159	98168	0 %	80 %	20 %	0 %	478460437
92	NC_020970	ACAAA	2	10	98286	98295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020970	AAGCT	2	10	99362	99371	40 %	20 %	20 %	20 %	478460438
94	NC_020970	AGGGG	2	10	99721	99730	20 %	0 %	80 %	0 %	478460438
95	NC_020970	ATAGC	2	10	100420	100429	40 %	20 %	20 %	20 %	478460439
96	NC_020970	AGCGA	2	10	103348	103357	40 %	0 %	40 %	20 %	478460442
97	NC_020970	TTTCT	2	10	103706	103715	0 %	80 %	0 %	20 %	478460442
98	NC_020970	CTTCT	2	10	103760	103769	0 %	60 %	0 %	40 %	478460442
99	NC_020970	ATCAT	2	10	104912	104921	40 %	40 %	0 %	20 %	478460443
100	NC_020970	GGCAT	2	10	105620	105629	20 %	20 %	40 %	20 %	478460443
101	NC_020970	AAAGC	2	10	109346	109355	60 %	0 %	20 %	20 %	478460446
102	NC_020970	GCATT	2	10	110506	110515	20 %	40 %	20 %	20 %	478460448
103	NC_020970	GCTCT	2	10	114559	114568	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020970	TGTTT	2	10	115183	115192	0 %	80 %	20 %	0 %	478460451
105	NC_020970	CATGT	2	10	115561	115570	20 %	40 %	20 %	20 %	478460451
106	NC_020970	TATCG	2	10	116265	116274	20 %	40 %	20 %	20 %	478460451
107	NC_020970	TTTCT	2	10	116781	116790	0 %	80 %	0 %	20 %	478460452
108	NC_020970	ATGCT	2	10	118704	118713	20 %	40 %	20 %	20 %	478460455
109	NC_020970	AAAGA	2	10	119025	119034	80 %	0 %	20 %	0 %	478460455
110	NC_020970	GCTTC	2	10	123015	123024	0 %	40 %	20 %	40 %	478460458
111	NC_020970	TACAA	2	10	126804	126813	60 %	20 %	0 %	20 %	478460462
112	NC_020970	ATCCA	2	10	129209	129218	40 %	20 %	0 %	40 %	478460465
113	NC_020970	GAAGA	2	10	130759	130768	60 %	0 %	40 %	0 %	478460465
114	NC_020970	AAAAG	2	10	132672	132681	80 %	0 %	20 %	0 %	478460466
115	NC_020970	GATTC	2	10	133003	133012	20 %	40 %	20 %	20 %	478460466
116	NC_020970	GGATA	2	10	135623	135632	40 %	20 %	40 %	0 %	478460468
117	NC_020970	ATTGG	2	10	136288	136297	20 %	40 %	40 %	0 %	478460469
118	NC_020970	ATTGT	2	10	136321	136330	20 %	60 %	20 %	0 %	478460469
119	NC_020970	TGTTT	2	10	136747	136756	0 %	80 %	20 %	0 %	478460470
120	NC_020970	TTGCA	2	10	137536	137545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020970	TCCAG	2	10	140492	140501	20 %	20 %	20 %	40 %	478460476
122	NC_020970	GTACA	2	10	141223	141232	40 %	20 %	20 %	20 %	478460477
123	NC_020970	TAGAT	2	10	141596	141605	40 %	40 %	20 %	0 %	478460477
124	NC_020970	AAAAG	2	10	142008	142017	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020970	AAAAC	2	10	142488	142497	80 %	0 %	0 %	20 %	478460478
126	NC_020970	TGCTA	2	10	143574	143583	20 %	40 %	20 %	20 %	478460480
127	NC_020970	GGAGC	2	10	143621	143630	20 %	0 %	60 %	20 %	478460480
128	NC_020970	CTGGG	2	10	145035	145044	0 %	20 %	60 %	20 %	478460482
129	NC_020970	GTTTT	2	10	145782	145791	0 %	80 %	20 %	0 %	478460483
130	NC_020970	GAACC	2	10	149516	149525	40 %	0 %	20 %	40 %	478460484
131	NC_020970	ATTCT	2	10	153012	153021	20 %	60 %	0 %	20 %	478460488
132	NC_020970	CTGTG	2	10	153216	153225	0 %	40 %	40 %	20 %	478460488
133	NC_020970	TTCTT	2	10	155689	155698	0 %	80 %	0 %	20 %	478460491
134	NC_020970	TTCTA	2	10	157791	157800	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020970	AGGAA	2	10	160246	160255	60 %	0 %	40 %	0 %	478460495
136	NC_020970	CAAAA	2	10	162249	162258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020970	AGAGA	2	10	163477	163486	60 %	0 %	40 %	0 %	478460498
138	NC_020970	AGCAA	2	10	163912	163921	60 %	0 %	20 %	20 %	478460498
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