MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 748

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478472064
2	NC_020967	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478472065
3	NC_020967	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478472065
4	NC_020967	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478472065
5	NC_020967	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478472065
6	NC_020967	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	478472066
7	NC_020967	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020967	TGGTA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	478472068
9	NC_020967	CGAAA	2	10	9698	9707	60 %	0 %	20 %	20 %	478472069
10	NC_020967	GGCTG	2	10	10334	10343	0 %	20 %	60 %	20 %	478472070
11	NC_020967	CCTCT	2	10	11126	11135	0 %	40 %	0 %	60 %	478472071
12	NC_020967	AAAGG	2	10	11285	11294	60 %	0 %	40 %	0 %	478472071
13	NC_020967	AAGAA	2	10	12405	12414	80 %	0 %	20 %	0 %	478472072
14	NC_020967	AAAGA	2	10	13803	13812	80 %	0 %	20 %	0 %	478472073
15	NC_020967	GGTGT	2	10	13907	13916	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020967	GATTT	2	10	15650	15659	20 %	60 %	20 %	0 %	478472075
17	NC_020967	CGTTC	2	10	16761	16770	0 %	40 %	20 %	40 %	478472076
18	NC_020967	GCTTC	2	10	17134	17143	0 %	40 %	20 %	40 %	478472076
19	NC_020967	GAAGG	2	10	17505	17514	40 %	0 %	60 %	0 %	478472076
20	NC_020967	GTTGT	2	10	20931	20940	0 %	60 %	40 %	0 %	478472079
21	NC_020967	AAGAT	2	10	22043	22052	60 %	20 %	20 %	0 %	478472080
22	NC_020967	TTTGC	2	10	22654	22663	0 %	60 %	20 %	20 %	478472080
23	NC_020967	GGAAA	2	10	24408	24417	60 %	0 %	40 %	0 %	478472080
24	NC_020967	AGAGG	2	10	26133	26142	40 %	0 %	60 %	0 %	478472081
25	NC_020967	GGAGA	2	10	27912	27921	40 %	0 %	60 %	0 %	478472082
26	NC_020967	ATCCG	2	10	28663	28672	20 %	20 %	20 %	40 %	478472084
27	NC_020967	AGGGT	2	10	29181	29190	20 %	20 %	60 %	0 %	478472084
28	NC_020967	CCTAT	2	10	30221	30230	20 %	40 %	0 %	40 %	478472085
29	NC_020967	AAGGA	2	10	31021	31030	60 %	0 %	40 %	0 %	478472086
30	NC_020967	GAGCT	2	10	32060	32069	20 %	20 %	40 %	20 %	478472087
31	NC_020967	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020967	TCAGT	2	10	36300	36309	20 %	40 %	20 %	20 %	478472093
33	NC_020967	CTATT	2	10	36734	36743	20 %	60 %	0 %	20 %	478472093
34	NC_020967	TCCTA	2	10	36781	36790	20 %	40 %	0 %	40 %	478472093
35	NC_020967	ACGAT	2	10	38697	38706	40 %	20 %	20 %	20 %	478472094
36	NC_020967	TTTGA	2	10	39062	39071	20 %	60 %	20 %	0 %	478472094
37	NC_020967	AGCAA	2	10	42713	42722	60 %	0 %	20 %	20 %	478472097
38	NC_020967	CGATG	2	10	42770	42779	20 %	20 %	40 %	20 %	478472097
39	NC_020967	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020967	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020967	TTTAT	2	10	44843	44852	20 %	80 %	0 %	0 %	478472101
42	NC_020967	CTTTC	2	10	46940	46949	0 %	60 %	0 %	40 %	478472103
43	NC_020967	AGTTT	2	10	47479	47488	20 %	60 %	20 %	0 %	478472103
44	NC_020967	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020967	CTATT	2	10	50191	50200	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020967	CTTTT	2	10	50642	50651	0 %	80 %	0 %	20 %	478472106
47	NC_020967	ATTAA	2	10	51982	51991	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020967	CCGTA	2	10	54417	54426	20 %	20 %	20 %	40 %	478472109
49	NC_020967	AATTT	2	10	54657	54666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020967	TTATC	2	10	55826	55835	20 %	60 %	0 %	20 %	478472110
51	NC_020967	TGAGT	2	10	55847	55856	20 %	40 %	40 %	0 %	478472110
52	NC_020967	GTTGT	2	10	56894	56903	0 %	60 %	40 %	0 %	478472111
53	NC_020967	GAGCA	2	10	60342	60351	40 %	0 %	40 %	20 %	478472113
54	NC_020967	TGTGA	2	10	62791	62800	20 %	40 %	40 %	0 %	478472115
55	NC_020967	AGTGA	2	10	64318	64327	40 %	20 %	40 %	0 %	478472116
56	NC_020967	CCTTC	2	10	64592	64601	0 %	40 %	0 %	60 %	478472116
57	NC_020967	AGGAG	2	10	66820	66829	40 %	0 %	60 %	0 %	478472118
58	NC_020967	GTTAA	2	10	66950	66959	40 %	40 %	20 %	0 %	478472118
59	NC_020967	AAAAG	2	10	69576	69585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020967	GGAGC	2	10	70198	70207	20 %	0 %	60 %	20 %	478472121
61	NC_020967	GCGAT	2	10	70388	70397	20 %	20 %	40 %	20 %	478472121
62	NC_020967	CTCTT	2	10	70742	70751	0 %	60 %	0 %	40 %	478472121
63	NC_020967	AGGGG	2	10	71388	71397	20 %	0 %	80 %	0 %	478472121
64	NC_020967	AAGAA	2	10	71430	71439	80 %	0 %	20 %	0 %	478472121
65	NC_020967	CTTGC	2	10	72519	72528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020967	ATTGG	2	10	72720	72729	20 %	40 %	40 %	0 %	478472123
67	NC_020967	GAAAA	2	10	73792	73801	80 %	0 %	20 %	0 %	478472123
68	NC_020967	TGGGA	2	10	74209	74218	20 %	20 %	60 %	0 %	478472124
69	NC_020967	TATTT	2	10	76736	76745	20 %	80 %	0 %	0 %	478472125
70	NC_020967	AAAAG	2	10	77269	77278	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020967	ATCAA	2	10	78967	78976	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020967	TGTCT	2	10	80529	80538	0 %	60 %	20 %	20 %	478472128
73	NC_020967	TTACT	2	10	81036	81045	20 %	60 %	0 %	20 %	478472128
74	NC_020967	AGAAA	2	10	82426	82435	80 %	0 %	20 %	0 %	478472130
75	NC_020967	GGAAG	2	10	82939	82948	40 %	0 %	60 %	0 %	478472130
76	NC_020967	AGCGA	2	10	85405	85414	40 %	0 %	40 %	20 %	478472132
77	NC_020967	TTTGT	2	10	85704	85713	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020967	GATCC	2	10	86490	86499	20 %	20 %	20 %	40 %	478472133
79	NC_020967	AGAGC	2	10	87825	87834	40 %	0 %	40 %	20 %	478472134
80	NC_020967	AATAA	2	10	88703	88712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020967	TTTTC	2	10	91557	91566	0 %	80 %	0 %	20 %	478472137
82	NC_020967	GGATG	2	10	91817	91826	20 %	20 %	60 %	0 %	478472138
83	NC_020967	CAACA	2	10	93356	93365	60 %	0 %	0 %	40 %	478472139
84	NC_020967	TTTAA	2	10	94239	94248	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020967	ACAGC	2	10	94400	94409	40 %	0 %	20 %	40 %	478472140
86	NC_020967	CTTTT	2	10	94774	94783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020967	GGAAC	2	10	95113	95122	40 %	0 %	40 %	20 %	478472141
88	NC_020967	GGATT	2	10	96013	96022	20 %	40 %	40 %	0 %	478472141
89	NC_020967	CAATC	2	10	97115	97124	40 %	20 %	0 %	40 %	478472143
90	NC_020967	TTTGC	2	10	97249	97258	0 %	60 %	20 %	20 %	478472143
91	NC_020967	ATTCA	2	10	97513	97522	40 %	40 %	0 %	20 %	478472143
92	NC_020967	GATCC	2	10	97772	97781	20 %	20 %	20 %	40 %	478472143
93	NC_020967	GTTTT	2	10	98193	98202	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020967	ACAAA	2	10	98320	98329	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020967	AAGCT	2	10	99396	99405	40 %	20 %	20 %	20 %	478472144
96	NC_020967	AGGGG	2	10	99755	99764	20 %	0 %	80 %	0 %	478472144
97	NC_020967	ATAGC	2	10	100454	100463	40 %	20 %	20 %	20 %	478472145
98	NC_020967	AGCGA	2	10	103382	103391	40 %	0 %	40 %	20 %	478472148
99	NC_020967	TTTCT	2	10	103740	103749	0 %	80 %	0 %	20 %	478472148
100	NC_020967	ATCAT	2	10	104946	104955	40 %	40 %	0 %	20 %	478472149
101	NC_020967	GGCAT	2	10	105654	105663	20 %	20 %	40 %	20 %	478472149
102	NC_020967	AAAGC	2	10	109380	109389	60 %	0 %	20 %	20 %	478472152
103	NC_020967	GCATT	2	10	110540	110549	20 %	40 %	20 %	20 %	478472154
104	NC_020967	GCTCT	2	10	114593	114602	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020967	TGTTT	2	10	115217	115226	0 %	80 %	20 %	0 %	478472157
106	NC_020967	CATGT	2	10	115595	115604	20 %	40 %	20 %	20 %	478472157
107	NC_020967	TATCG	2	10	116299	116308	20 %	40 %	20 %	20 %	478472157
108	NC_020967	TTTCT	2	10	116815	116824	0 %	80 %	0 %	20 %	478472158
109	NC_020967	AAAGA	2	10	119060	119069	80 %	0 %	20 %	0 %	478472161
110	NC_020967	GCTTC	2	10	123050	123059	0 %	40 %	20 %	40 %	478472164
111	NC_020967	TACAA	2	10	126838	126847	60 %	20 %	0 %	20 %	478472168
112	NC_020967	ATCCA	2	10	129246	129255	40 %	20 %	0 %	40 %	478472171
113	NC_020967	GAAGA	2	10	130796	130805	60 %	0 %	40 %	0 %	478472171
114	NC_020967	AAAAG	2	10	132709	132718	80 %	0 %	20 %	0 %	478472172
115	NC_020967	GATTC	2	10	133040	133049	20 %	40 %	20 %	20 %	478472172
116	NC_020967	ATTGG	2	10	136325	136334	20 %	40 %	40 %	0 %	478472175
117	NC_020967	TGTTT	2	10	136784	136793	0 %	80 %	20 %	0 %	478472176
118	NC_020967	TTGCA	2	10	137574	137583	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_020967	TCCAG	2	10	140530	140539	20 %	20 %	20 %	40 %	478472182
120	NC_020967	GTACA	2	10	141261	141270	40 %	20 %	20 %	20 %	478472183
121	NC_020967	TAGAT	2	10	141634	141643	40 %	40 %	20 %	0 %	478472183
122	NC_020967	AAAAG	2	10	142046	142055	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020967	AAAAC	2	10	142526	142535	80 %	0 %	0 %	20 %	478472184
124	NC_020967	TGCTA	2	10	143612	143621	20 %	40 %	20 %	20 %	478472186
125	NC_020967	GGAGC	2	10	143659	143668	20 %	0 %	60 %	20 %	478472186
126	NC_020967	CTGGG	2	10	145073	145082	0 %	20 %	60 %	20 %	478472188
127	NC_020967	GTTTT	2	10	145820	145829	0 %	80 %	20 %	0 %	478472189
128	NC_020967	GAACC	2	10	149554	149563	40 %	0 %	20 %	40 %	478472190
129	NC_020967	ATTCT	2	10	153050	153059	20 %	60 %	0 %	20 %	478472194
130	NC_020967	CTGTG	2	10	153254	153263	0 %	40 %	40 %	20 %	478472194
131	NC_020967	TTCTT	2	10	155727	155736	0 %	80 %	0 %	20 %	478472197
132	NC_020967	TTCTA	2	10	157832	157841	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_020967	AGGAA	2	10	160285	160294	60 %	0 %	40 %	0 %	478472201
134	NC_020967	CAAAA	2	10	162288	162297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020967	AGAGA	2	10	163516	163525	60 %	0 %	40 %	0 %	478472204
136	NC_020967	AGCAA	2	10	163951	163960	60 %	0 %	20 %	20 %	478472204
137	NC_020967	CAAAA	2	10	167454	167463	80 %	0 %	0 %	20 %	478472206
138	NC_020967	AAGAG	2	10	168287	168296	60 %	0 %	40 %	0 %	478472206
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