MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 23055

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_020966	TATCT	2	10	226472	226481	20 %	60 %	0 %	20 %	478458748
5002	NC_020966	TAT	2	6	226549	226554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458748
5003	NC_020966	TGC	2	6	226555	226560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458748
5004	NC_020966	A	7	7	226652	226658	100 %	0 %	0 %	0 %	478458748
5005	NC_020966	TTTTC	2	10	226674	226683	0 %	80 %	0 %	20 %	478458748
5006	NC_020966	TC	3	6	226788	226793	0 %	50 %	0 %	50 %	478458748
5007	NC_020966	CATT	2	8	226836	226843	25 %	50 %	0 %	25 %	478458748
5008	NC_020966	A	7	7	226879	226885	100 %	0 %	0 %	0 %	478458748
5009	NC_020966	TTA	2	6	226895	226900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458748
5010	NC_020966	TAA	2	6	226935	226940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458748
5011	NC_020966	AAC	2	6	226996	227001	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458748
5012	NC_020966	TTG	2	6	227149	227154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458748
5013	NC_020966	ATA	2	6	227218	227223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458748
5014	NC_020966	TAA	2	6	227227	227232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5015	NC_020966	AAAC	2	8	227243	227250	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5016	NC_020966	ACAA	2	8	227295	227302	75 %	0 %	0 %	25 %	478458749
5017	NC_020966	TTC	2	6	227356	227361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458749
5018	NC_020966	CT	3	6	227490	227495	0 %	50 %	0 %	50 %	478458749
5019	NC_020966	ATT	2	6	227520	227525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458749
5020	NC_020966	ACT	2	6	227540	227545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458749
5021	NC_020966	A	7	7	227573	227579	100 %	0 %	0 %	0 %	478458749
5022	NC_020966	ATT	2	6	227640	227645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458749
5023	NC_020966	TTA	2	6	227649	227654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458749
5024	NC_020966	CTGG	2	8	227704	227711	0 %	25 %	50 %	25 %	478458749
5025	NC_020966	TAT	2	6	227726	227731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458749
5026	NC_020966	TGT	2	6	227770	227775	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458749
5027	NC_020966	ATT	2	6	227847	227852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458749
5028	NC_020966	TCA	2	6	227899	227904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458749
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5030	NC_020966	CATT	2	8	227966	227973	25 %	50 %	0 %	25 %	478458749
5031	NC_020966	CTT	2	6	227996	228001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458749
5032	NC_020966	T	6	6	228012	228017	0 %	100 %	0 %	0 %	478458749
5033	NC_020966	TTA	2	6	228103	228108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458750
5034	NC_020966	GTC	2	6	228124	228129	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458750
5035	NC_020966	AAC	2	6	228228	228233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458750
5036	NC_020966	GAA	2	6	228287	228292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458750
5037	NC_020966	GAA	2	6	228354	228359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458750
5038	NC_020966	AGA	2	6	228462	228467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458750
5039	NC_020966	ATTGCT	2	12	228580	228591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458750
5040	NC_020966	ATT	2	6	228613	228618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458750
5041	NC_020966	CTA	2	6	228709	228714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458750
5042	NC_020966	TCA	2	6	228716	228721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458750
5043	NC_020966	TG	3	6	228749	228754	0 %	50 %	50 %	0 %	478458750
5044	NC_020966	TCCTAG	2	12	228870	228881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458750
5045	NC_020966	CAA	2	6	228908	228913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458750
5046	NC_020966	AAC	2	6	228985	228990	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458751
5047	NC_020966	GAG	2	6	229024	229029	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458751
5048	NC_020966	CT	3	6	229070	229075	0 %	50 %	0 %	50 %	478458751
5049	NC_020966	TCGA	2	8	229119	229126	25 %	25 %	25 %	25 %	478458751
5050	NC_020966	TCC	2	6	229136	229141	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478458751
5051	NC_020966	GAT	2	6	229169	229174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458751
5052	NC_020966	ATG	2	6	229206	229211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458751
5053	NC_020966	CAT	2	6	229244	229249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458751
5054	NC_020966	G	6	6	229250	229255	0 %	0 %	100 %	0 %	478458751
5055	NC_020966	AAG	2	6	229276	229281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458751
5056	NC_020966	TAA	2	6	229340	229345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458751
5057	NC_020966	GCAACG	2	12	229358	229369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458751
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5059	NC_020966	AATT	2	8	229405	229412	50 %	50 %	0 %	0 %	478458751
5060	NC_020966	ATTT	2	8	229468	229475	25 %	75 %	0 %	0 %	478458751
5061	NC_020966	T	6	6	229505	229510	0 %	100 %	0 %	0 %	478458751
5062	NC_020966	TCA	2	6	229513	229518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458751
5063	NC_020966	CTG	2	6	229531	229536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458751
5064	NC_020966	TAG	2	6	229582	229587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458751
5065	NC_020966	CTT	2	6	229644	229649	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458751
5066	NC_020966	T	8	8	229718	229725	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5067	NC_020966	TCCT	2	8	229868	229875	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5068	NC_020966	AGA	2	6	229920	229925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5069	NC_020966	ATT	2	6	229957	229962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5070	NC_020966	TTC	2	6	230041	230046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458752
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5072	NC_020966	TGA	2	6	230147	230152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458752
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5076	NC_020966	TGA	2	6	230321	230326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458752
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5079	NC_020966	CCTT	2	8	230490	230497	0 %	50 %	0 %	50 %	478458752
5080	NC_020966	TTG	2	6	230512	230517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478458752
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5082	NC_020966	GATA	2	8	230585	230592	50 %	25 %	25 %	0 %	478458752
5083	NC_020966	ATT	2	6	230625	230630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458752
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5085	NC_020966	TCCTC	2	10	230665	230674	0 %	40 %	0 %	60 %	478458752
5086	NC_020966	AGA	2	6	230699	230704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458752
5087	NC_020966	CTT	2	6	230791	230796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458753
5088	NC_020966	TAC	2	6	230893	230898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458753
5089	NC_020966	TAT	2	6	230902	230907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458753
5090	NC_020966	TCT	2	6	230962	230967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458753
5091	NC_020966	TTTC	2	8	231038	231045	0 %	75 %	0 %	25 %	478458753
5092	NC_020966	CTT	2	6	231100	231105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458753
5093	NC_020966	TTA	2	6	231167	231172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458753
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5095	NC_020966	T	6	6	231292	231297	0 %	100 %	0 %	0 %	478458753
5096	NC_020966	TAT	2	6	231367	231372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458753
5097	NC_020966	ATT	2	6	231446	231451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458753
5098	NC_020966	CAC	2	6	231492	231497	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478458753
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5100	NC_020966	ATT	2	6	231578	231583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458753
5101	NC_020966	CAA	2	6	231645	231650	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458753
5102	NC_020966	TTCT	2	8	231714	231721	0 %	75 %	0 %	25 %	478458753
5103	NC_020966	ACT	2	6	231725	231730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458753
5104	NC_020966	ATG	2	6	231767	231772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458753
5105	NC_020966	CTTC	2	8	231774	231781	0 %	50 %	0 %	50 %	478458753
5106	NC_020966	TTAT	2	8	231876	231883	25 %	75 %	0 %	0 %	478458753
5107	NC_020966	CTAT	2	8	231895	231902	25 %	50 %	0 %	25 %	478458753
5108	NC_020966	TCTT	2	8	231942	231949	0 %	75 %	0 %	25 %	478458753
5109	NC_020966	TGC	2	6	231985	231990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458753
5110	NC_020966	CTTAGC	2	12	231991	232002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458753
5111	NC_020966	GGA	2	6	232022	232027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458753
5112	NC_020966	CA	3	6	232030	232035	50 %	0 %	0 %	50 %	478458753
5113	NC_020966	TGG	2	6	232094	232099	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458753
5114	NC_020966	TTGG	2	8	232138	232145	0 %	50 %	50 %	0 %	478458753
5115	NC_020966	TGG	3	9	232157	232165	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458753
5116	NC_020966	GTC	2	6	232211	232216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458754
5117	NC_020966	CTT	2	6	232249	232254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458754
5118	NC_020966	AGA	2	6	232295	232300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458754
5119	NC_020966	CTT	2	6	232317	232322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458754
5120	NC_020966	CTA	2	6	232376	232381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458754
5121	NC_020966	ATTT	2	8	232385	232392	25 %	75 %	0 %	0 %	478458754
5122	NC_020966	TGG	2	6	232463	232468	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478458754
5123	NC_020966	AAT	3	9	232563	232571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458754
5124	NC_020966	GAA	2	6	232662	232667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458754
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5235	NC_020966	CTGT	2	8	238069	238076	0 %	50 %	25 %	25 %	478458758
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5239	NC_020966	AT	5	10	238628	238637	50 %	50 %	0 %	0 %	478458758
5240	NC_020966	TTGA	2	8	238679	238686	25 %	50 %	25 %	0 %	478458758
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5243	NC_020966	TTCCTT	2	12	238823	238834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458758
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5245	NC_020966	C	6	6	239104	239109	0 %	0 %	0 %	100 %	478458758
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5497	NC_020966	GCA	2	6	250570	250575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458768
5498	NC_020966	AAG	2	6	250619	250624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458768
5499	NC_020966	TAGC	2	8	250691	250698	25 %	25 %	25 %	25 %	478458768
5500	NC_020966	CTT	2	6	250711	250716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458768

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