MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis K/SotonK1 complete genome

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020965	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478457651
2	NC_020965	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457651
3	NC_020965	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457655
4	NC_020965	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020965	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457661
6	NC_020965	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457661
7	NC_020965	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457662
8	NC_020965	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457668
9	NC_020965	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457670
10	NC_020965	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478457671
11	NC_020965	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457683
12	NC_020965	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478457684
13	NC_020965	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457684
14	NC_020965	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478457690
15	NC_020965	TGAACG	2	12	52821	52832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457697
16	NC_020965	GTGATT	2	12	52840	52851	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457697
17	NC_020965	GATCTG	2	12	55488	55499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457699
18	NC_020965	GTGTAA	2	12	55536	55547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457699
19	NC_020965	GGTTCA	2	12	55625	55636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457699
20	NC_020965	GAAAAG	2	12	56884	56895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457700
21	NC_020965	CCAAGA	2	12	58126	58137	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457701
22	NC_020965	AGTTGT	2	12	58232	58243	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457701
23	NC_020965	TTGTTC	2	12	59155	59166	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457701
24	NC_020965	TGAAAA	2	12	59625	59636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478457702
25	NC_020965	TCCTAA	2	12	59964	59975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457702
26	NC_020965	AAAAAT	2	12	61459	61470	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020965	GTTCTT	2	12	63884	63895	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457704
28	NC_020965	CTATTT	2	12	72206	72217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478457711
29	NC_020965	ACTCTT	2	12	73335	73346	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457712
30	NC_020965	TTTCTG	2	12	73885	73896	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457713
31	NC_020965	GATCAT	2	12	74015	74026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457713
32	NC_020965	TAGTAC	2	12	77009	77020	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457714
33	NC_020965	ATCTAG	2	12	77188	77199	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020965	GGTTTA	2	12	80659	80670	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457717
35	NC_020965	TTTAGT	2	12	82432	82443	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478457719
36	NC_020965	GTCTGT	2	12	83703	83714	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478457720
37	NC_020965	TTTGTG	2	12	87505	87516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457722
38	NC_020965	TTCTGA	2	12	89317	89328	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457724
39	NC_020965	AAAAGA	2	12	94381	94392	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478457730
40	NC_020965	AGCTGT	2	12	96474	96485	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457731
41	NC_020965	TCTTTT	2	12	97139	97150	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457733
42	NC_020965	GGGGCT	2	12	98087	98098	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478457733
43	NC_020965	TTTGAG	2	12	100291	100302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457735
44	NC_020965	TCAGAA	2	12	106932	106943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457740
45	NC_020965	CATAAC	2	12	109976	109987	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478457743
46	NC_020965	TGTTCT	2	12	112740	112751	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457745
47	NC_020965	ACTTCG	2	12	116024	116035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457747
48	NC_020965	TTTTAG	2	12	116459	116470	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020965	TTGCCA	2	12	119563	119574	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457752
50	NC_020965	TAAAAA	2	12	121055	121066	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020965	TTGGTA	2	12	121103	121114	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457754
52	NC_020965	AGGATC	2	12	121482	121493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457754
53	NC_020965	AAGGGT	2	12	123289	123300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478457755
54	NC_020965	GGGTTT	2	12	124252	124263	0 %	50 %	50 %	0 %	478457756
55	NC_020965	TTGCAT	2	12	124534	124545	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457756
56	NC_020965	AAGAGA	2	12	124903	124914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457756
57	NC_020965	TTAAAA	2	12	133836	133847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457762
58	NC_020965	AGGTTG	2	12	135078	135089	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478457763
59	NC_020965	CTGTTT	2	12	135773	135784	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457764
60	NC_020965	GAGTTA	2	12	140128	140139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457772
61	NC_020965	TGGAAA	2	12	142681	142692	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478457775
62	NC_020965	TGGAAT	2	12	143556	143567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457776
63	NC_020965	ATGGTT	2	12	143800	143811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457776
64	NC_020965	TGCTCT	2	12	145992	146003	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457779
65	NC_020965	GAAAGG	2	12	149730	149741	50 %	0 %	50 %	0 %	478457781
66	NC_020965	GCTTTG	2	12	149973	149984	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478457781
67	NC_020965	TGTGCG	2	12	154095	154106	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478457785
68	NC_020965	CCTCAT	2	12	155393	155404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457786
69	NC_020965	TGGAGA	2	12	156851	156862	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478457788
70	NC_020965	CTCCAT	2	12	158218	158229	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457789
71	NC_020965	TCCTTG	2	12	158814	158825	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457790
72	NC_020965	AAGTTT	2	12	158899	158910	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478457790
73	NC_020965	AACAGC	2	12	161451	161462	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457793
74	NC_020965	AAAAAG	2	12	174038	174049	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478457800
75	NC_020965	AGAAAA	2	12	182675	182686	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020965	ACTTCT	2	12	189776	189787	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457813
77	NC_020965	ATTTGC	2	12	192469	192480	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457814
78	NC_020965	AAACAT	2	12	193559	193570	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478457817
79	NC_020965	AGCAAC	2	12	193894	193905	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457817
80	NC_020965	TATGAA	2	12	195488	195499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020965	TTGCCT	2	12	196608	196619	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457821
82	NC_020965	TCTGGA	2	12	199858	199869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457825
83	NC_020965	CTGGAT	2	12	215448	215459	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457838
84	NC_020965	GAAATA	2	12	215771	215782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478457838
85	NC_020965	TTTTAC	2	12	221501	221512	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_020965	GATGCA	2	12	222662	222673	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457845
87	NC_020965	ACTCCA	2	12	223552	223563	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478457846
88	NC_020965	CTGCTT	2	12	223784	223795	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457846
89	NC_020965	ATTGCT	2	12	227093	227104	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457849
90	NC_020965	TCCTAG	2	12	227383	227394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457849
91	NC_020965	GCAACG	2	12	227871	227882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457850
92	NC_020965	CTTAGC	2	12	230504	230515	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457852
93	NC_020965	TTCCTT	2	12	237336	237347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457857
94	NC_020965	TCTCCT	2	12	240217	240228	0 %	50 %	0 %	50 %	478457858
95	NC_020965	AAACCA	2	12	240792	240803	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457859
96	NC_020965	AACCCT	2	12	255218	255229	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020965	ATTTTT	2	12	256013	256024	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020965	CCTGCA	2	12	256174	256185	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478457877
99	NC_020965	ACCTTT	2	12	261369	261380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457882
100	NC_020965	TCATAA	2	12	269216	269227	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478457889
101	NC_020965	AAGTGT	2	12	269942	269953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457889
102	NC_020965	AGGAGA	2	12	271115	271126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020965	ATCTAA	2	12	273220	273231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478457892
104	NC_020965	TGGAAT	2	12	275418	275429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457894
105	NC_020965	GGAACA	2	12	279305	279316	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478457896
106	NC_020965	ATATTA	2	12	280013	280024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020965	CACGCG	2	12	281678	281689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478457898
108	NC_020965	TTTCTT	2	12	281857	281868	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457898
109	NC_020965	CTCCTA	2	12	286019	286030	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457901
110	NC_020965	GCAATG	2	12	292138	292149	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457907
111	NC_020965	CGACAT	2	12	292814	292825	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478457908
112	NC_020965	CCCTTA	2	12	294268	294279	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457910
113	NC_020965	AAAATA	2	12	296366	296377	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478457912
114	NC_020965	ACCACT	2	12	298721	298732	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478457914
115	NC_020965	CATTGC	2	12	301967	301978	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457917
116	NC_020965	CCAAAA	2	12	303146	303157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457918
117	NC_020965	TCTTTT	2	12	305031	305042	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457920
118	NC_020965	CAAGAC	2	12	306122	306133	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457921
119	NC_020965	AGCTTA	2	12	307403	307414	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457923
120	NC_020965	CAAAGA	2	12	312775	312786	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478457928
121	NC_020965	ATGGCT	2	12	313391	313402	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457929
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230	NC_020965	TTATTT	2	12	649162	649173	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
231	NC_020965	GCTTCT	2	12	650512	650523	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458238
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234	NC_020965	TTCTAT	2	12	667301	667312	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478458249
235	NC_020965	AGAAAG	2	12	669623	669634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458250
236	NC_020965	CATATT	2	12	681491	681502	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478458262
237	NC_020965	AGCTGG	2	12	687666	687677	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478458270
238	NC_020965	GCATCA	2	12	689508	689519	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458271
239	NC_020965	ATCAAT	2	12	693833	693844	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458275
240	NC_020965	CCGCAA	2	12	698714	698725	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478458280
241	NC_020965	AAATGC	2	12	704676	704687	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458282
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246	NC_020965	TCTGCA	2	12	745624	745635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
247	NC_020965	TGTGAT	2	12	746267	746278	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458312
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250	NC_020965	GGGAAG	2	12	759224	759235	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478458325
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255	NC_020965	TTTCCA	2	12	777692	777703	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458342
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264	NC_020965	GAAATT	2	12	803911	803922	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458363
265	NC_020965	TTTTCT	2	12	805026	805037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_020965	TAGCCT	2	12	807540	807551	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458364
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268	NC_020965	CACCTA	2	12	822101	822112	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458374
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271	NC_020965	GAAAGG	2	12	832815	832826	50 %	0 %	50 %	0 %	478458383
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273	NC_020965	TTTTTA	2	12	835243	835254	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_020965	ATCACA	2	12	838375	838386	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458389
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287	NC_020965	TAAGGA	2	12	878249	878260	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
288	NC_020965	CCGGAG	2	12	879167	879178	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_020965	TTTTCT	2	12	889551	889562	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458419
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321	NC_020965	GCAATA	2	12	1008105	1008116	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458522
322	NC_020965	CTTTAT	2	12	1011499	1011510	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478458524
323	NC_020965	AGCTGG	2	12	1011927	1011938	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478458524
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326	NC_020965	TTTCTT	2	12	1029711	1029722	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458538
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329	NC_020965	GTAATA	2	12	1036057	1036068	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458540
330	NC_020965	ACCATC	2	12	1036799	1036810	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458540
331	NC_020965	ATTTTT	2	12	1038781	1038792	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_020965	TAAAAT	2	12	1042404	1042415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.