MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/8200/07 complete genome

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020945	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478470270
2	NC_020945	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470274
3	NC_020945	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020945	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470280
5	NC_020945	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470280
6	NC_020945	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470281
7	NC_020945	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470284
8	NC_020945	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470287
9	NC_020945	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470289
10	NC_020945	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478470290
11	NC_020945	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470302
12	NC_020945	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470303
13	NC_020945	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470303
14	NC_020945	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478470309
15	NC_020945	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470316
16	NC_020945	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470316
17	NC_020945	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470318
18	NC_020945	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470319
19	NC_020945	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470320
20	NC_020945	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470320
21	NC_020945	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470320
22	NC_020945	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470321
23	NC_020945	AAAAAT	2	12	61528	61539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020945	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470323
25	NC_020945	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478470330
26	NC_020945	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470331
27	NC_020945	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470332
28	NC_020945	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470332
29	NC_020945	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470333
30	NC_020945	ATCTAG	2	12	77239	77250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020945	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470336
32	NC_020945	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470339
33	NC_020945	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470343
34	NC_020945	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478470348
35	NC_020945	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470349
36	NC_020945	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470351
37	NC_020945	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478470351
38	NC_020945	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470353
39	NC_020945	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470358
40	NC_020945	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478470361
41	NC_020945	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470363
42	NC_020945	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470365
43	NC_020945	TTTTAG	2	12	116521	116532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020945	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470370
45	NC_020945	TAAAAA	2	12	121193	121204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020945	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470372
47	NC_020945	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470372
48	NC_020945	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478470373
49	NC_020945	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478470374
50	NC_020945	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470374
51	NC_020945	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470374
52	NC_020945	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470381
53	NC_020945	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478470382
54	NC_020945	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470391
55	NC_020945	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478470394
56	NC_020945	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470395
57	NC_020945	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470395
58	NC_020945	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470398
59	NC_020945	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478470400
60	NC_020945	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470400
61	NC_020945	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478470404
62	NC_020945	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470405
63	NC_020945	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478470407
64	NC_020945	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470408
65	NC_020945	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470409
66	NC_020945	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470412
67	NC_020945	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478470418
68	NC_020945	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478470419
69	NC_020945	AGAAAA	2	12	183396	183407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020945	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470432
71	NC_020945	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478470434
72	NC_020945	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470434
73	NC_020945	TATGAA	3	18	192333	192350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020945	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470440
75	NC_020945	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470453
76	NC_020945	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478470453
77	NC_020945	TTTTAC	2	12	217654	217665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020945	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470460
79	NC_020945	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470461
80	NC_020945	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470461
81	NC_020945	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470464
82	NC_020945	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470464
83	NC_020945	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470465
84	NC_020945	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470467
85	NC_020945	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470472
86	NC_020945	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478470473
87	NC_020945	TTTTTA	2	12	252186	252197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020945	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470492
89	NC_020945	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470497
90	NC_020945	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470504
91	NC_020945	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470504
92	NC_020945	AGGAGA	2	12	267286	267297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020945	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470507
94	NC_020945	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470509
95	NC_020945	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478470511
96	NC_020945	ATATTA	2	12	276182	276193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020945	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478470513
98	NC_020945	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470513
99	NC_020945	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470516
100	NC_020945	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470522
101	NC_020945	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470523
102	NC_020945	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470525
103	NC_020945	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478470527
104	NC_020945	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470529
105	NC_020945	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470532
106	NC_020945	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470533
107	NC_020945	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470535
108	NC_020945	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470536
109	NC_020945	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470538
110	NC_020945	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478470543
111	NC_020945	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470544
112	NC_020945	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478470547
113	NC_020945	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470549
114	NC_020945	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478470551
115	NC_020945	AAAAAG	2	12	320352	320363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020945	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470570
117	NC_020945	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470575
118	NC_020945	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470575
119	NC_020945	AGAATA	2	12	357832	357843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020945	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478470583
121	NC_020945	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470596
122	NC_020945	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470598
123	NC_020945	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470601
124	NC_020945	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470601
125	NC_020945	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470601
126	NC_020945	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470610
127	NC_020945	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470612
128	NC_020945	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478470613
129	NC_020945	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470614
130	NC_020945	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478470617
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132	NC_020945	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470619
133	NC_020945	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478470620
134	NC_020945	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470622
135	NC_020945	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470630
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139	NC_020945	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478470637
140	NC_020945	CTCTAC	2	12	422649	422660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470639
141	NC_020945	ACATCA	2	12	423294	423305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020945	CGGAAT	2	12	423556	423567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470641
143	NC_020945	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470642
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145	NC_020945	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478470656
146	NC_020945	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478470664
147	NC_020945	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470664
148	NC_020945	ATCCGC	2	12	450363	450374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470664
149	NC_020945	CTAAAG	2	12	452781	452792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470665
150	NC_020945	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478470669
151	NC_020945	ATCGGC	2	12	463613	463624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478470677
152	NC_020945	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470677
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156	NC_020945	CCAATC	2	12	485222	485233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470686
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158	NC_020945	CTGAAG	2	12	492104	492115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470695
159	NC_020945	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470695
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161	NC_020945	TAACTA	2	12	499528	499539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_020945	AAGAAA	2	12	499541	499552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020945	GGTAAT	2	12	504343	504354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470707
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165	NC_020945	AGAATA	2	12	505516	505527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020945	GGTTGT	2	12	507479	507490	0 %	50 %	50 %	0 %	478470711
167	NC_020945	GCTGTT	2	12	509837	509848	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470713
168	NC_020945	AACTAA	2	12	511248	511259	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_020945	CTCTAT	2	12	513330	513341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470717
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181	NC_020945	CTTCCT	2	12	538835	538846	0 %	50 %	0 %	50 %	478470738
182	NC_020945	ACAAGA	2	12	540338	540349	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478470739
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185	NC_020945	ATTACA	2	12	547442	547453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470746
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189	NC_020945	TTTCAA	2	12	557603	557614	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478470757
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192	NC_020945	AAAAAT	2	12	563232	563243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020945	TTTTGC	2	12	570100	570111	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470768
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200	NC_020945	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478470806
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202	NC_020945	TAGGGG	2	12	602400	602411	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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206	NC_020945	TCTTTT	2	12	614394	614405	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
207	NC_020945	ACTGTA	2	12	616086	616097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470822
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216	NC_020945	ATCTTG	2	12	639790	639801	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470845
217	NC_020945	TTAAAT	2	12	642562	642573	50 %	50 %	0 %	0 %	478470847
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223	NC_020945	AGCTGG	3	18	684075	684092	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478470883
224	NC_020945	GCATCA	2	12	685917	685928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470884
225	NC_020945	ATCAAT	2	12	690242	690253	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470888
226	NC_020945	CCGCAA	2	12	695123	695134	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478470893
227	NC_020945	TGCTTG	2	12	697397	697408	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470894
228	NC_020945	AAATGC	2	12	701080	701091	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470895
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230	NC_020945	TCTTGA	2	12	708308	708319	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470899
231	NC_020945	CAAAGT	2	12	713857	713868	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470904
232	NC_020945	TATCCA	2	12	718492	718503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470909
233	NC_020945	TATTGA	2	12	734384	734395	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478470918
234	NC_020945	TCTGCA	2	12	742041	742052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_020945	TGTGAT	2	12	742683	742694	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470925
236	NC_020945	TATTTT	2	12	751518	751529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_020945	GGGAAG	2	12	755640	755651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470938
238	NC_020945	GGAAGA	2	12	759305	759316	50 %	0 %	50 %	0 %	478470940
239	NC_020945	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470944
240	NC_020945	GAGAAA	2	12	761846	761857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470944
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251	NC_020945	GAAATT	2	12	800331	800342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470977
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.