MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/8200/07 complete genome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020945	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478470273
2	NC_020945	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478470274
3	NC_020945	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478470274
4	NC_020945	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478470274
5	NC_020945	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478470274
6	NC_020945	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478470275
7	NC_020945	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020945	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478470277
9	NC_020945	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478470278
10	NC_020945	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478470279
11	NC_020945	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478470280
12	NC_020945	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478470280
13	NC_020945	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478470281
14	NC_020945	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478470282
15	NC_020945	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020945	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478470284
17	NC_020945	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478470285
18	NC_020945	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478470285
19	NC_020945	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478470285
20	NC_020945	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478470288
21	NC_020945	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478470289
22	NC_020945	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478470289
23	NC_020945	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478470289
24	NC_020945	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478470290
25	NC_020945	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478470291
26	NC_020945	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478470291
27	NC_020945	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478470293
28	NC_020945	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478470293
29	NC_020945	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478470294
30	NC_020945	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478470295
31	NC_020945	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478470296
32	NC_020945	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020945	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478470302
34	NC_020945	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478470302
35	NC_020945	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478470303
36	NC_020945	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478470304
37	NC_020945	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478470306
38	NC_020945	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478470306
39	NC_020945	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020945	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478470309
41	NC_020945	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478470311
42	NC_020945	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478470311
43	NC_020945	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020945	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020945	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478470314
46	NC_020945	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478470317
47	NC_020945	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020945	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478470318
49	NC_020945	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478470319
50	NC_020945	GAGCA	2	10	60379	60388	40 %	0 %	40 %	20 %	478470321
51	NC_020945	TGTGA	2	10	62828	62837	20 %	40 %	40 %	0 %	478470323
52	NC_020945	AGTGA	2	10	64349	64358	40 %	20 %	40 %	0 %	478470324
53	NC_020945	CCTTC	2	10	64623	64632	0 %	40 %	0 %	60 %	478470324
54	NC_020945	AGGAG	2	10	66851	66860	40 %	0 %	60 %	0 %	478470326
55	NC_020945	GTTAA	2	10	66981	66990	40 %	40 %	20 %	0 %	478470326
56	NC_020945	CAAGC	2	10	69347	69356	40 %	0 %	20 %	40 %	478470328
57	NC_020945	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020945	GGAGC	2	10	70217	70226	20 %	0 %	60 %	20 %	478470329
59	NC_020945	GCGAT	2	10	70407	70416	20 %	20 %	40 %	20 %	478470329
60	NC_020945	CTCTT	2	10	70761	70770	0 %	60 %	0 %	40 %	478470329
61	NC_020945	AGGGG	2	10	71407	71416	20 %	0 %	80 %	0 %	478470329
62	NC_020945	AAGAA	2	10	71449	71458	80 %	0 %	20 %	0 %	478470329
63	NC_020945	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020945	ATTGG	2	10	72739	72748	20 %	40 %	40 %	0 %	478470331
65	NC_020945	GAAAA	2	10	73811	73820	80 %	0 %	20 %	0 %	478470331
66	NC_020945	TGGGA	2	10	74228	74237	20 %	20 %	60 %	0 %	478470332
67	NC_020945	TATTT	2	10	76755	76764	20 %	80 %	0 %	0 %	478470333
68	NC_020945	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020945	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020945	TGTCT	2	10	80550	80559	0 %	60 %	20 %	20 %	478470336
71	NC_020945	TTACT	2	10	81057	81066	20 %	60 %	0 %	20 %	478470336
72	NC_020945	AGAAA	2	10	82447	82456	80 %	0 %	20 %	0 %	478470338
73	NC_020945	GGAAG	2	10	82960	82969	40 %	0 %	60 %	0 %	478470338
74	NC_020945	AGCGA	2	10	85426	85435	40 %	0 %	40 %	20 %	478470340
75	NC_020945	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020945	GATCC	2	10	86511	86520	20 %	20 %	20 %	40 %	478470341
77	NC_020945	AGAGC	2	10	87846	87855	40 %	0 %	40 %	20 %	478470342
78	NC_020945	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020945	TTTTC	2	10	91578	91587	0 %	80 %	0 %	20 %	478470345
80	NC_020945	GGATG	2	10	91838	91847	20 %	20 %	60 %	0 %	478470346
81	NC_020945	CAACA	2	10	93377	93386	60 %	0 %	0 %	40 %	478470347
82	NC_020945	ACAGC	2	10	94422	94431	40 %	0 %	20 %	40 %	478470348
83	NC_020945	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020945	GGAAC	2	10	95134	95143	40 %	0 %	40 %	20 %	478470349
85	NC_020945	GGATT	2	10	96034	96043	20 %	40 %	40 %	0 %	478470349
86	NC_020945	CAATC	2	10	97136	97145	40 %	20 %	0 %	40 %	478470351
87	NC_020945	TTTGC	2	10	97270	97279	0 %	60 %	20 %	20 %	478470351
88	NC_020945	ATTCA	2	10	97534	97543	40 %	40 %	0 %	20 %	478470351
89	NC_020945	GATCC	2	10	97793	97802	20 %	20 %	20 %	40 %	478470351
90	NC_020945	GTTTT	2	10	98214	98223	0 %	80 %	20 %	0 %	478470351
91	NC_020945	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020945	AAGCT	2	10	99419	99428	40 %	20 %	20 %	20 %	478470352
93	NC_020945	AGGGG	2	10	99778	99787	20 %	0 %	80 %	0 %	478470352
94	NC_020945	ATAGC	2	10	100471	100480	40 %	20 %	20 %	20 %	478470353
95	NC_020945	TTCCC	2	10	101075	101084	0 %	40 %	0 %	60 %	478470354
96	NC_020945	AGCGA	2	10	103399	103408	40 %	0 %	40 %	20 %	478470356
97	NC_020945	TTTCT	2	10	103757	103766	0 %	80 %	0 %	20 %	478470356
98	NC_020945	CTTCT	2	10	103811	103820	0 %	60 %	0 %	40 %	478470356
99	NC_020945	ATCAT	2	10	104963	104972	40 %	40 %	0 %	20 %	478470357
100	NC_020945	GGCAT	2	10	105671	105680	20 %	20 %	40 %	20 %	478470357
101	NC_020945	AAAGC	2	10	109397	109406	60 %	0 %	20 %	20 %	478470360
102	NC_020945	GCATT	2	10	110557	110566	20 %	40 %	20 %	20 %	478470362
103	NC_020945	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020945	TGTTT	2	10	115246	115255	0 %	80 %	20 %	0 %	478470365
105	NC_020945	CATGT	2	10	115624	115633	20 %	40 %	20 %	20 %	478470365
106	NC_020945	TATCG	2	10	116328	116337	20 %	40 %	20 %	20 %	478470365
107	NC_020945	TTTCT	2	10	116844	116853	0 %	80 %	0 %	20 %	478470366
108	NC_020945	GGAGA	2	10	117040	117049	40 %	0 %	60 %	0 %	478470366
109	NC_020945	AAAGA	2	10	119091	119100	80 %	0 %	20 %	0 %	478470369
110	NC_020945	CCAAT	2	10	122054	122063	40 %	20 %	0 %	40 %	478470372
111	NC_020945	GCTTC	2	10	123155	123164	0 %	40 %	20 %	40 %	478470372
112	NC_020945	TACAA	2	10	126944	126953	60 %	20 %	0 %	20 %	478470376
113	NC_020945	ATCCA	2	10	129351	129360	40 %	20 %	0 %	40 %	478470380
114	NC_020945	GAAGA	2	10	130901	130910	60 %	0 %	40 %	0 %	478470380
115	NC_020945	AAAAG	2	10	132813	132822	80 %	0 %	20 %	0 %	478470381
116	NC_020945	GATTC	2	10	133144	133153	20 %	40 %	20 %	20 %	478470381
117	NC_020945	GGATA	2	10	135762	135771	40 %	20 %	40 %	0 %	478470383
118	NC_020945	ATTGT	2	10	136459	136468	20 %	60 %	20 %	0 %	478470384
119	NC_020945	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020945	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020945	TCCAG	2	10	140631	140640	20 %	20 %	20 %	40 %	478470391
122	NC_020945	GTACA	2	10	141362	141371	40 %	20 %	20 %	20 %	478470392
123	NC_020945	TAGAT	2	10	141735	141744	40 %	40 %	20 %	0 %	478470392
124	NC_020945	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020945	AAAAC	2	10	142627	142636	80 %	0 %	0 %	20 %	478470393
126	NC_020945	TGCTA	2	10	143713	143722	20 %	40 %	20 %	20 %	478470395
127	NC_020945	GGAGC	2	10	143760	143769	20 %	0 %	60 %	20 %	478470395
128	NC_020945	CTGGG	2	10	145175	145184	0 %	20 %	60 %	20 %	478470397
129	NC_020945	GTTTT	2	10	145922	145931	0 %	80 %	20 %	0 %	478470398
130	NC_020945	GAACC	2	10	149656	149665	40 %	0 %	20 %	40 %	478470399
131	NC_020945	ATTCT	2	10	153153	153162	20 %	60 %	0 %	20 %	478470403
132	NC_020945	CTGTG	2	10	153357	153366	0 %	40 %	40 %	20 %	478470403
133	NC_020945	TTCTT	2	10	155830	155839	0 %	80 %	0 %	20 %	478470406
134	NC_020945	AGGAA	2	10	160389	160398	60 %	0 %	40 %	0 %	478470410
135	NC_020945	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020945	AGAGA	2	10	163629	163638	60 %	0 %	40 %	0 %	478470413
137	NC_020945	AGCAA	2	10	164064	164073	60 %	0 %	20 %	20 %	478470413
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253	NC_020945	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020945	CTAAA	2	10	334114	334123	60 %	20 %	0 %	20 %	478470565
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266	NC_020945	TAGCA	2	10	354499	354508	40 %	20 %	20 %	20 %	478470578
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